蒙药也是以草药为主，用多种草药研成药末制成，与中药有相似之处。老蒙医使用的药箱是个小木箱，里面分成数十个小方格，每个格子里放一只圆而长的羊皮小口袋，皮袋内装着各种不同颜色的药末。蒙医切脉处方后，用一只银质长柄的小圆勺在皮袋内掏药末（这是一种称量法），然后倒在一张白纸上。患者遵医嘱服用。
蒙医除使用蒙药治患者的疾病外，还有诸如火针、火灸、放血、药浴及蒙古脑震术等传统疗法。蒙医的传统疗法有独到之处，它的火针包括长短、粗细不同的针，还有三棱小刀及钩刀等。治疗时，先把针烤热再扎进一定的穴位。火针对治疗风湿病、慢性神经痛、半身不遂等症效果较好。放血疗法主要治血热病、血压高及急性病等。最有特色的是脑震术，这是治疗脑震荡的一种好办法。关于这些传统特色疗法，我们后文会有详细论述。
蒙医的基本理论指导：阴阳五行学说
蒙医是蒙古族人民在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的传统医学，其历史悠久，内容丰富，是蒙古族人民同疾病作斗争的经验总结和智慧结晶，也是一门具有鲜明民族特色和地域特点的医学科学。
蒙医学以阴阳五行学说理论为指导，人与自然的整体观贯穿其中，内容包括三根、七素的物质基础，辨证施治的基本方法等。古代蒙古人称苍穹为“父天”（阳），称世界为“母地”（阴），他们认为世界上一切事物都是由木、火、土、金、水五种物质经过运动与变化构成的，称之为“五大要素”，也称为“五行学说”。
蒙医学中认为父精、母血是以五元为基因，经复杂的量和质的变化聚合而成的，人体的本基是“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根。“赫依”属气，“希拉”属火，“巴达干”属土和水。所谓“赫依”，是指各种生理功能的动力。凡是思维、语言、动作及各脏器的功能活动，皆受“赫依”支配。如果“赫依”的功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘、疲乏、眩晕、麻木、抽搐、瘫痪等。“希拉”有火热之意，在脏腑中与胆的关系最为密切。机体的体温、各组织器官的热能及精神的振奋等都是“希拉”在发挥作用。“希拉”偏盛，则可发生各种温热病，如黄疸、口苦、吐酸、烦渴、神情狂躁等，都属于“希拉”失常导致机能亢盛的表现。“巴达干”是指体内的一种黏液状物质，具有寒性的特征。在正常生理情况下，“巴达干”能滋润皮肤，濡养组织器官，滑利关节，化为唾液、胃液、痰液等分泌物。“巴达干”的功能失调，除表现为一般寒性征象外，还易导致水液的停滞不化而出现浮肿、胸水、腹水、痰多、吐清水、妇女白带多等各种分泌物增多的现象。此外，中医属于痰浊蒙蔽的嗜睡、痴呆及湿困脾胃的消化不良等病症，在蒙医中也属“巴达干”的病症范围。在正常生理情况下，“赫依”、“希拉”、“巴达干”三者协调一致，保持相对平衡；如果三者的平衡关系失调，则产生各种病理变化。若以“赫依”与“希拉”的关系失调为主，则产生阳热亢盛一类病变；若以“赫依”与“巴达干”的关系失调为主，则出现阴寒及水液不化一类病变。
蒙医以“七素”作为构成人体的基本物质，包括水谷精微、血、肉、脂、骨、髓、精液。“赫依”、“希拉”、“巴达干”与“七素”之间有着相互依存的密切关系。
蒙医的辨证方法主要有病因辨证、病位辨证及论病辨证等。此外，尚有探查性服药的辨证方法，多用于疑难病症。
蒙医非常重视人与自然环境、生活习俗与疾病的关系。特别是蒙古民族以肉、乳、炒米为主食，多见消化道疾病，故蒙医认为胃为人体后天之本，饮食起居适宜尤为重要。在诊治内科疾病时首先注意消化系统有无异常，新陈代谢有无障碍，把提高胃肠消化、吸收功能，放在治疗的首位。因此，蒙医对于胃肠疾病的诊治有丰富的经验和很好的疗效。
此外，尚有“脏腑说”、“白脉说”、“黑脉说”、“四季发病规律”、“南北人群发病差异”，以及瘟疫、热病的独特理论学说和治疗方法，指导着蒙医的临床实践。
蒙医的诊法原理：全息理论
蒙医学认为“内病必外现”，“脏腑虽居内，其花却开于外”。诊病时，蒙医会收集病人各个方面的体征和症状信息，加以分析和归纳，从发病原因判断疾病的性质，从症状和体征判断疾病的类型及病变部位，是从外察内、从局部知整体、从个别求普遍、从特殊到一般的求证方法。蒙医还据此总结出一整套蒙医诊法的基本原理，具体内容包括以下几个方面：
1.内外对应
蒙医学认为人体是自然界的缩影，是一个有机的整体，表里有多种相应关系。这种对应关系包括下列几点：
（1）身体各部位与脏腑之间特定的对应关系。如“头者整体之关键，喉者舌之关键……关节者肢之关键，四掌者脂之关键，齿者骨骼之关键，大拇指者肌之关键，阴器者筋之关键……”的说法，把相互之间的对应关系表述得非常全面且具体。
（2）体表器官与脏腑之间特定的对应关系。如：蒙医学认为，“舌为心脏之关键，鼻为肺之关键，目为肝之关键，唇为脾之关键，耳为肾之关键”，或“舌为心脏之花，鼻为肺之花，目为肝之花……”，“视舌厚薄长短，可估计心脏之大小……舌薄而长者，其心脏为麻雀胃状……舌薄而短者，其心脏为近似四方状……视鼻大小遍股，可估计肺之特性……视目大小宽窄及黑白珠，可知肝知特性……视唇厚薄好恶，可估计脾之状况……视耳大小高低散卷厚薄，可辨别肾之状况……”。
（3）颜色变化与脏俯器官之间的特定关系。蒙医学根据五行学说认为：“白当肺，赤当心，青当肝，黄当脾，黑当肾。”在三大因素方面：青（或黑）与赫依有关，赫依病人面部、皮肤、尿等的颜色以青为主要特征，还因赫依依赖于下身，主要位于脐以下，故青（或黑）色也与下身器官有关；黄（或赤）与希日有关，希日病人的面部、皮肤、尿……以黄（或赤）色为主要特征，因希日依赖于肝胆，主要位于脐以上、心以下的躯体中部，故黄（或赤）也与中部器官有关；白色与巴达干有关，巴达干病人的面部、皮肤、尿等以白色为主要特征，因巴达干依赖于脑，主要位于心以上、头部等躯体上部，故白色与躯体上部的组织器官有关。
（4）外在变化与内在变化在趋势上相对应。如：“尿之泡沫从中央向外扩散者，其病从内走外；从外向中央聚者，其病从外走内……”并根据伊渣玛嘎沉淀物积聚于尿液上、中、下部的具体情况，可在躯体相对应的上、中、下部找出其病变部位。
2.局部与整体的不同部位相对应
蒙医的诊法原理认为，综合病人的局部变化，可以测知其整体情况。
（1）脉诊
脉诊是蒙医的一种全息诊断方法。其中，男子左寸对应心和小肠，左关方法。诊脉的部位和方法在“腕上第一皱纹起，下量一寸突骨（桡骨茎突）内侧，对应脾胃，左查克对应肾和散木赛（散木赛枣相当于男女内生殖器官）；右寸对应肺和大肠，右关对应肝胆，右查克对应右肾和膀胱”，女子“左寸对应肺和大肠，右寸对应心和小肠，其余与男子相同”；“手指按之上角诊五脏，下角诊六腑”。诊脉部位分前、中、后，正好分别对应人体的上、中、下部，也基本上与人体左右两半相对应。
（2）舌诊
舌是一个相对应的部分，《金光注释集》中说：“舌和尿若同名镜，疾病就像明镜里清楚显现的影子，故察之可辨清疾病也。”另外还有“舌尖候心肺，舌中候脾胃，舌根候肾，舌边候肝胆”的分位区诊法，后者可能是从中医理论中吸取过来的。
（3）目诊
蒙医把眼睛当做“肝之花”，其内容为：“内眦外眦候心，黑珠（虹膜）正上方的眼白（巩膜）候肺，黑珠正下放的眼白候肝，黑珠内下放的眼白候肾，黑珠外下放的眼白候脾胃。”
（4）察耳郭辨病
即：“男孩左耳上部对应心和小肠，左耳中部对应脾胃，左耳下部对应左肾和散木赛，右耳上部对应肺和大肠，右耳中部对应肝胆，右耳下部对应右肾和膀胱……女孩左耳上部对应肺和大肠，右耳上部对应心和小肠，其余相同。”
（5）头顶五脏穴
蒙医认为“头顶正中为心穴，正中前一寸为脾穴，正中往后一寸为肾穴。”若五脏有病变，其相应穴位有压痛，其穴位上施以针或灸，即可治对应的脏器之病。
（6）手指
五指指甲与五脏的对应关系是：“大拇指指甲候肺，食指候肝，中指候心，无名指候脾，小拇指候肾……其颜色白者为巴达干病，全白者为赫依病，全黄者为希日病。”另外，五指背侧还布有五脏病放血穴位，即：“大拇指背有心脉，食指背侧有肺脉，中指背是脾脉，无名指背是肾脉，小拇指背是肝脉。”或灸五指可治相应脏腑之病，即：“心和大肠之病灸大拇指，肺和大肠之病灸食指，肝胆之病灸中指，脾胃之病灸无名指，肾、散木赛、膀胱之病灸小拇指。”
总之，蒙医诊法是以全息思想为基础的，是由外象测知本质，由局部测知整体，体现了部分同整体对应，部分是整体的缩影及不同系统之相似性联系等全息观点。这与中医辨病的整体观从原理上是类似的。
蒙医的诊断三法：问诊、望诊、触诊
蒙医的诊断方法与中医非常相似，中医为望、闻、问、切，蒙医为望诊、问诊、触诊，简称三诊，其中触诊又分为切诊和按诊，这是蒙医观察和诊断疾病的基本方法。
1.望诊
是通过医者的视觉诊察患者全身及其有关部位的情况，以了解疾病体征和健康状况的方法。蒙医认为，人体内部的三根、七素以及脏腑发生异常变化，必然会反映到体表。因此，可通过望诊来帮助判定疾病的性质。望诊主要观察患者的精神、面容、体型（蒙医把人的体型分为赫依型、希拉型、巴达干型、合并型、混合型），形体的浮肿或干枯，以及五官、舌质、舌苔、痰液、呕吐物、血色、二便、妇女带下的色泽等；三岁以下的小儿还看指纹、耳纹以辅助诊断。
2.问诊
这是三诊中较为重要的诊察方法，通过有目的地询问和听取患者及其家属亲友的讲述，了解患者的发病经过和症状进行诊断。问诊内容主要是一般情况、病史、病症等，着重于探求与辨证施治有关的资料。根据三根理论要做到29种问诊。如询问患者的寒热情况，生活习惯，饮食嗜好和对病情有害及有益的情况，二便有无异常，睡眠及精神状况如何，妇科经带胎产，出汗情况，患病的规律和患病时的季节气候，周围环境的过冷、过热、过湿等情况，以及是否接触传染源等。
3.触诊
是医生用手直接接触患者身体的一定部位以探索病情的方法，包括切脉和按诊。
（1）切脉是蒙医必须具备的机能，在诊断中占有很重要的地位。分辨三根及寒热，以及脏腑的变化、气血之盛衰等，均以切脉为主，通常是在病人的腕关节掌面桡动脉搏动处进行。历代蒙医积累了丰富的经验，对临床脉象会出现的异常情况辨认得非常细致，细分为47种脉象，一般以12种脉象为基础，又归纳为寒、热两类，作为临床诊断的一个重要方面。
（2）按诊是医生用手直接按压病人的体表或病变部位的诊察方法。按诊主要用以分辨病证之寒温、润燥、肿胀、疼痛及包块，并观察病人对按压的反应。触按四肢关节诊察有无骨折、脱臼，循脊柱触按可了解有无病理反应等。
蒙医在基础理论的指导下，通过三诊得来的临床症状及体征，结合病人的体质、性别、年龄及发病原因等情况，加以综合、分析，就可对疾病做出诊断。蒙医诊病中，还非常注意对病人粪、尿等排泄物的观察，从排泄物的色质、性状、气味等情况，判断病变的性质，提供诊断参考。在诊断中，还可能会遇到的“四种误诊”和“五种假象”等复杂情况，这时必须将辨证与辨病相结合，方能做出正确的诊断。
蒙医的特色治疗方法
在长期的临床实践中，蒙医逐渐形成了具有地域和民族特色的多种治疗方法和手段。
首先，蒙医学将疾病分为阴性病、阳性病两大类型，进而分为“赫依”、“希拉”、“巴达干”三种病质。这三种病质又可分为4门，404病，1116证。经过长期临床实践，将这些病证归纳为20种基本性质。“赫依”（诸风）病的性质是糙、轻、寒、细、强、动等6种；“希拉”（火、热）病的性质是脂、锐、热、轻、臭、泄、湿等7种；“巴达干”（痰、寒、湿）病的性质是脂、寒、重、钝、柔、固、黏等7种。
针对这些病质，蒙医利用药物的17种功能（柔、重、温、脂、固、寒、钝、凉、和、稀、燥、淡、热、轻、锐、涩、动）去克制病证的20种基本性质，从而达到治疗的目的。其大致情况是：
除药物治疗以外，蒙医经常应用的还有饮食疗法、外伤与正骨疗法、正脑术、灸疗、放血疗法等。
1.饮食疗法
蒙古族人民中流传着这样一句谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”古代的蒙古人民认为：诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补强身、防病治病的作用。这就是蒙医饮食疗法的前身。在《蒙古秘史》中，就有用马奶酒救治受伤大出血昏厥病人的记载。元朝饮膳太医忽思慧用汉文编著的《饮膳正要》中就记载了各种食物、有关验方和蒙古族的大量饮食疗法、营养保健膳食等内容。
2.外伤与正骨疗法