红楼飞雪，一时英杰，
先哲曾书写，爱国进步民主科学。
忆昔长别，阳关千叠，
狂歌曾竟夜，收拾山河待百年约。
我们来自江南塞北，情系着城镇乡野；
我们走向海角天涯，指点着三山五岳。
我们今天东风桃李，用青春完成作业，
我们明天巨木成林，让中华震惊世界。
燕园情，千千结，问少年心事，
眼底未名水，胸中黄河月。
这是1952年的北京大学校歌。北大在蔡元培时代和胡适时代有过三首校歌，此为第四首。马寅初出任校长后先做两件事，一是请毛泽东书写校牌，二是负责创作这首校歌。因刚刚从红楼搬到燕园，又名《燕园情》。从“红楼飞雪，一时英杰”到“眼底未名水，胸中黄河月”，既概括了北大的光荣历史，又抒发了“让中华震惊世界”的壮志豪情。
1919年，美国传教士司徒雷登创办燕京大学，1926年也就是江隆基正在北大读书的那年，燕大从城内搬迁到燕园，除对原有的古建筑作了很好的保护修缮外，又陆续增加了一些教学设施，代表作当属静园六院。该建筑位于未名湖之南，品字形布局，老式砖木结构，灰顶红色小门，石砌虎皮矮墙，各种树木参差交错，青藤环绕，是幽静典雅的读书之地。天津解放之后，人民解放军兵临北平城下，关键时刻傅作义将军果断宣布起义，北平因而和平解放，城内城外的重要建筑诸如故宫、燕园等都毫发未损。北平改名北京，作了中华人民共和国的首都。
就在这首燃烧着青春激情的歌曲声中，江隆基踏着未名湖畔的幽幽小径，走上了新北大的领导岗位，开始了他新的人生之旅。在此之前，他自认是“革命家办教育”，从现在起他要做个真正的教育家，或者说是“教育家干革命”。
1949年全国政协会议通过的具有宪法性质的《共同纲领》中规定：“人民政府应有计划、有步骤地改革旧的教育制度、教育内容和教学方法。”江隆基亲自参加过这次具有重要历史意义的会议，回西北后作过会议精神的传达和贯彻。
对高等教育的改革始于1950年。这年，教育部召开第一次全国髙等教育工作会议。会上教育部拿出《大学组织法》讨论，其主要内容是模仿照搬苏联的高等教育模式。有相当一部分代表认为，我国的高等教育发端于19世纪末，起初学日本，后来学美国，而美国的又源于英国。英美式的体制特点是在一些大城市里多所综合性大学并存；而苏联模式是在一座中心城市只设一所大学，其他均为专科性学院，当时全苏联只有三十三所大学，而学院已达八百多所。我国的老教育工作者大多接受的是英美教育，对苏联模式很难认同，认为照此调整会使两种模式的冲突更为突出，会留下许多后遗症，甚至还有更尖锐的意见。所以这个“组织法”虽然下发到各高校，但会议后并未得到应有的贯彻和实施。
1951年国庆前夕，应马寅初的再三邀请，由北大、南开两校发起，邀请周恩来总理在怀仁堂作了关于知识分子思想改造问题的长篇报吿，报告分七个部分，长达七个小时。以这次重要报吿为契机，全国的高等学校才开始了大规模的调整和改革。
江隆基自然知道这些精神和全过程，所不同者，在此之前他领导的是教育资源相当薄弱的西北地区，现在是北大。暑假期间，已将清华、燕京还有辅仁几所大学的文、法、理各专业调整到北大使其成为文理科综合性大学，而将北大理工科的一部分调整到清华使之成为多科性工科大学；一部分如医学、地质等分出去另立专业学院，很快地，便有了医学院、地质学院、航空学院、石油学院、钢铁学院、邮电学院、外语学院等八大院校。当时北京以大学冠名的，只有北大、清华、北师大和以原华北联大、华北大学为基础新组建的中国人民大学四所，其他都是学院。这些高等院校大都建在市区北郊，因而又有了新的海淀区。清华的教务长周培源调任北大教务长，北大原教务长曾昭伦调任教育部副部长，周到北大也不满一年。随之而来的还有清华冯友兰、燕大李汝祺等一批知名教授。由于几所大学的渊源不同，教学体系和教学方法互有差异，教师的学术派别和思想状况也比较复杂。江隆基认为，如何做好团结工作，统一在一面旗帜之下，是办好新北大的首要问題，所以他在征得马校长同意后在欢迎大会上讲了三条，特别强调了学习和思想改造。
思想改造运动是毛泽东1951年10月23日在全国政协的一次会议上提出来的：“思想改造，首先是各种知识分子的改造，是我国在各方面彻底实现民主改革和逐步实现工业化的重要条件之一。”接着中共中央发文指出，思想改造运动的目的是要“从思想上、政治上、组织上清除学校中的反动遗迹，使全国学校都逐步掌握在党的领导之下，并逐步取得与保持其革命的纯洁性”。在全国开始“三反”（反贪污、反浪费、反官僚主义）运动后，又两次发文指出，“资产阶级思想在极大多数学校现在仍然居于实际的支配地位”，因此必须“揭发和批判资产阶级思想，从而确立工人阶级思想的领导权”，要求学校的校长和老师“在群众斗争中洗洗澡，受受自我批评的锻炼，拿掉架子，清醒谦虚过来”。“每个教师必须在群众面前进行检讨，实行‘洗澡’和‘过关’。”江隆基是了解这些文件精神和运动要求的，也了解在有些地区和学校，已经把思想改造运动搞成了人人过关的“洗澡运动”，还有所谓洗“大盆”（全校）、“中盆”（全系）、“小盆”（教研室）的创造。他是经历过延安整风和其后的“三查”运动的，深知运动中过激的做法会造成对人格的极大伤害，带来难以弥补的后遗症，所以他把这次运动严格地界定在“思想改造”的范畴之内，即进行思想清理而不是政治清理。思想清理就是通过学习提高觉悟认识；通过自我检查改变自己，达到适应新政权、新时代的要求。有这样的指导思想作基础，北大的思想改造虽然也称之为“运动”，但对广大知识分子来说，绝无后来那样谈“改造”色变、提“运动”心跳的心理压抑，相反倒是大家乐意接受、欣然参与的事情。
北大党组织解放后从地下转为公开，1951年成立党委。但党员人数少，大多是解放前学潮中加入地下党的学生，如胡启立、王学珍、杨传伟、文重等，基本分布在党政工团部门。教师队伍中党员更少，中文、西语、俄语三个系的党员人数才够成立一个联合支部。这些年轻的党员干部熟悉学校情况，能联系群众，工作热情，有朝气，但思想水平、工作经验与江隆基这样的老干部比起来，却有很大的差距。校长马寅初、副校长汤用彤都是民主人士，教务长周培源、副教务长侯仁之、严仁赓都还不是党员。江隆基到任后，成立了党的核心小组，亲自担任组长，负责政治学习和思想改造运动。
江隆基是第一个从延安来北大的干部，周围是一批年轻的地下党员和在旧社会生活多年的老知识分子，以这样的队伍，既要按中央的要求搞好思想改造运动，又要按教育部的部署完成教学制度、教学内容、教学方法、教学组织的系统性改革，其难度、其困难可想而知，他一再讲：“北大的改造，对我是一件陌生而崭新的工作。”
以“革命家办教育”的理论修养和实践经验，江隆基在认真分析了新北大的种种矛盾和矛盾的主要方面后，认为解决之道首先是抓学习。学马列著作，学中国革命史，学《矛盾论》和《实践论》，辅之以辅导报告、社会调查、座谈讨论等形式，通过学习提高认识，增强团结，建立对新中国的信任感，树立教学改革的坚定信心。北大教师中民主人士多，许多还是民主党派的主要领导，如周培源又是九三学社的副主席。他把这些各党派（包括共产党）的人员组织起来，成立一个学习小组，每两周学习一次，又称“双周会”。对行政部门的党员干部要求更高，每周学习一次，但遇“双周会”时与老同志一起学习讨论。
为配合中国革命史的学习，江隆基主动承担了《矛盾论》、《实践论》的辅导任务。这个课题他以前多次讲过，但那是在延安和西安，现在是在最髙学府里面对最有学问的教授，所以他准备得格外认真。每日于繁忙的工作之余，夜深人静的时候，将原来的讲稿推翻，一字一句地重新写起。轮到他讲课时，都由马老主持会议，每次都是用“现在请江先生给大家演讲”这样的话作介绍。满腹经纶的马寅初在待人接物上有自己固定的一套，非正式场合，称自己谓“兄弟”，称对方谓“先生”，请某人作报告都说成“演讲”，不用“报告”一词。这种称谓关系是北大的传统，大概并非马寅初始。一位在北大当过多年领导的老同志到老不习惯，说“北大这地方就是怪，见我这样的干部叫‘先生’，叫我老伴‘夫人’‘太太’，别扭着哪！我一直想不通，叫‘同志’多好啊，大家都是革命同志嘛！”
江隆基也不例外，也经历了由“同志”到“先生”的适应过程。他是党的核心小组负责人、副校长，但下属们都叫他“江校长”，老教授们仍叫他“江先生”。马老称他“先生”并请作“演讲”，无疑是将他放在学者教授的位置，这使本来就够严肃谨慎的江隆基更加谨慎严肃起来。马老耳背，偏偏要搬凳子坐在讲桌一侧，边听边做笔记。听到生动处、感兴趣处，往往带头高声喝彩，击节叫好，弄得江隆基有些窘迫，耳根燥热，但由此也锻炼了他的学识和胆识，感悟到了一种人格的力量。
辅导报告涉及国家领导人的都由马老出面请。一次请李富春副总理作经济建设的报告，马老在介绍时“李富春先生”“李富春总理”地绕了几遍，竟说成“李副总统”，逗得李富春哈哈大笑，全场也以笑声代替掌声。何干之是华北联大的教师，专门研究中国革命史，到人民大学后创建了全国第一个中共党史教研室，是党史学科的奠基人，曾是江隆基的部下，由江隆基请来作了一场中共党史的专题报告。这场报告效果非同凡响，一些老先生评价是“茅塞顿开，豁然一亮”。
上次读原著或听报告，下次必定讨论。讨论会都是畅所欲言，生动活泼，不分党派，不分老少，人人都有充分表达自己看法的机会，不乏争论，不乏谈笑风生，也不乏诙谐幽默。
某日学习，适逢周培源、冯友兰、侯仁之、翦伯赞、朱光潜、李汝祺等一批教授从基层视察回来，他们大都是政协委员，又是校系两级的负责人，这次学习会就变成了谈心得体会的座谈会，由江隆基主持。与会者心里都有话要说，但还是公推周培源首席发言。周先生是个做学问和做人都很严谨的人，便拿出一份《光明日报》清了清嗓子说：“我给《光明日报》写了篇文章，题目叫《批判我的资产阶级思想》，先念一下，然后谈谈这次视察的体会。”
于是念报纸。座谈会气氛显得呆板沉闷。念过几段，马老有些沉不住气，朗声笑着打断说：“周先生别念了，报纸都看过了，兄弟也给《光明日报》写过一篇，把新中国的成就分为看得见的成就、看不见的成就和想不到的成就三种，就用这个作标题，不知诸位看了没有？里面写的全是我见到的事实，生动不生动？周先生你就讲几件下面见到的事实吧，要干货，要生动的。”说着把目光投向江隆基，“我看咱们今天的讨论就讲故事，凡下去过的先生一人讲一两个故事，好不好？”
江说：“这样很好，生动活泼，理论也是从实践中抽象出来的嘛。”
于是开始讲故事。周培源先讲了一个，他到东城化觉寺访问了一位五十多岁的回族妇女。一天半夜下起大雨，满街是齐膝的洪水，涌进比街道低的化觉寺，眼看几十户居民受淹。连续高温突降暴雨，居民们都睡得很实，并无觉察，而这位回族妇女因为拉痢疾睡不成觉，发现水情后挨家挨户将人叫醒，组织大家救灾，避免了水淹。他说：“这是个普通的家庭妇女，为了群众的利益，不顾自己有病的身体在雨水里蹚来蹚去，可见她的觉悟提高很快。”
冯友兰讲了他在郊区农村的见闻。他去的那家老两口有三个儿子，解放前穷得叮当响，可以说是一无所有，现在一个儿子在工厂当学徒，一个在车站当搬运工，一个帮他爹种地。家里盖了新瓦房，桌子上摆着大座钟、收音机，院子里停着一辆自行车。他和老人正在座谈时，当搬运工的儿子回来了，也骑一辆崭新的自行车。小伙子长得很帅，穿新棉袄，系红围巾，车把上还挂着两包点心，说是孝敬爹妈的。见有客人，打开就请我们吃。这位哲学家感慨地说，“一个农民家就有两辆新自行车，大家想想这变化！”
“我去的那家还多，五个儿子一人一辆。”地理学家侯仁之插话说，“那家老头儿旧社会拉了二十多年骆驼，苦死累活养活不了一家老小。去年盖了新房，儿子下地劳动，一人一辆自行车，一双新胶鞋。晚上都去扫盲班识字、学习，打手电筒照路。农民上路打手电，这怕是几千年来做梦也不曾梦到的吧。”