《〈国立〉台湾大学藏岸里大社文书》，全五册，岸里大社文书出版编辑委员会编辑，台湾大学1998年版。
《草屯地区古文书专辑》，台湾省文献委员会采集组编，南投县台湾省文献委员会1999年版。
《噶玛兰、西拉雅古文书》，曾振名、童元昭主编，台北市台湾大学人类学系1999年版。
《凯达格兰古文书》，谢继昌主编，台北市台湾大学人类学系1999年版。
《道卡斯新港社古文书》，胡家瑜主编，台北市台湾大学人类学系1999年版。
《云林古文书汇编？第壹辑》、《嘉义古文书汇编？第壹辑》，潘是辉编，云林梅湖文化工作室1999年版。
《大肚社古文书》，刘泽民编著，南投市台湾省文献委员会2000年版，影印本。
《梧栖古文书史料专辑》，董伦岳撰文，台中县梧栖镇公所2000年版。
《台湾省文献委员会北部地区古文书专辑》，全二集，台湾省文献委员会采集组编校，南投县台湾省文献委员会2000年版。
《后劲记事：后劲陈三正家藏古文书编》，郑水萍编，高雄市文化中心2000年版。
《外埔乡藏古文书专辑》，洪丽完主编，台中县外埔乡公所2001年版。
《台湾总督府档案平埔族关系文献选辑》，刘泽民、陈文添、颜义芳编译，南投市台湾省文献委员会2001年版。
《笨港古文书选辑》，曾品沧执行编辑，台北县新店市国史馆2001年版。
《平埔百社古文书》，刘泽民编著，南投市国史馆台湾文献馆2002年版。
《水沙连埔社古文书选辑》，简史朗、曾品沧主编，台北县新店市国史馆2002年版，影印本。
《道卡斯后垅社群古文书辑》、《道卡斯蓬山社群古文书辑》，潘英海、陈水木编，苗栗县文化局2002年版。
《靖海侯施琅督垦文献辑》，林金悔编，台南县将军乡公所2002年版。
《台湾社会生活文书专辑》，洪丽完编著，台北中央研究院台湾史研究所筹备处2002年版。
《关西坪林范家古文书集》，刘泽民编著，南投市国史馆台湾文献馆2003年版。
《金门古文书》，全2辑，叶钧培等编著，金门县立文化中心2003年、2004年版。
《大甲东西社古文书》（上、下册），刘泽民编著，南投市国史馆台湾文献馆2003年版，影印本。
《左营历史照片及古文书》，曾光正编，高雄市政府文献会2003年版。
《杨云萍藏台湾古文书》，张炎宪、曾品沧编，台北国史馆2003年版。
《中央研究院民族学研究所藏道卡斯古契文书图文册》，潘英海编，台北中央研究院民族研究所2004年版。
《台湾总督府档案平埔族关系文献选辑续编》(上、下)，刘泽民编著，南投市国史馆台湾文献馆2004年版。
《大冈山地区古契约文书汇编》，陈秋坤编著，高雄县政府文献会2004年版。
《古凤山县文书专辑》，唐荣源编，高雄市政府文献会2004年版。
《大基隆古文书选辑》，许文堂编，基隆文化中心2004年版。
《流金岁月话蓬山：通苑古文书老照片专辑》，王春凤编著，苗栗县蓬山文教协会2004年版。
《北路淡水：十三行博物馆馆藏古文书》，林明美总编，台北县立十三行博物馆2005年版，影印本。
《水沙连眉社古文书研究专辑》，简史朗编，南投县政府2005年版。
《浦边周宅古文书》，陈荣文编著，金门县政府2005年版。
《嘉义市古文书选辑》，彦尚文计划主持、李建兴编，嘉义市政府2005年版。
《新竹郑利源号典藏古文书》，郑华生口述、郑烱辉整理，南投国史馆台湾文献馆2005年版。
《台湾总督府档案抄录契约文书》第一、二辑，全二十六册，台湾史料集成编辑委员会编，台北行政院文化建设委员会、远流出版事业股份有限公司2005—2006年版，辑录本。
《鹿港郊商许志湖家与大陆的贸易文书(1895-1897)》，林玉茹，刘序枫编，台北中央研究院台湾史研究所2006年版。
《力力社古文书契抄选辑：屏东崁顶力社村陈家古文书》，陈纬一、刘泽民编，南投台湾文献馆、屏东县政府2006年版。
《大台北古契字集》，全四集，高贤治编著，台北市文献委员会2002年、2007年版，影印本。
《苗栗鲤鱼潭巴宰族史暨古文书汇编》，张素玢编，台北苗栗县文化局2007年版。
《日阿拐家藏古文书》，林修澈编，台北苗栗县文化局2007年版。
《神冈——筱云吕玉庆堂典藏古文书集》，杨惠仙编，南投国史馆台湾文献馆2007年版。
《台中东势詹家清水黄家古文书集》，冯明珠、李天鸣编，台北故宫博物院紫禁城出版社2008年版。
《李景旸藏台湾古文书》，林正慧、曾品沧编，台北国史馆2008年版。
《台湾中部平埔族群古文书研究与导读》，洪丽完编，台中县立文化中心2009年版。
《台南县平铺族古文书集》，林玉茹编，台南县文化局2009年版。
《淡新档案》，台湾大学图书馆编，台湾大学出版中心1995—2009年版，已出版28册，影印本。据台湾大学图书馆藏淡新档案编辑。
此外，台湾还有一些文书档案的出版物，恕不一一列出。迄今台湾文书档案出版物总数达六十余种。
20.《中国历代契约会编考释》
《中国历代契约会编考释》（上、下册），张传玺主编，北京大学出版社1995年版，辑录本。其下册所辑为明、清及民国时期的契约文书。据北京大学图书馆、国家图书馆、天津市图书馆和博物馆、广西壮族自治区博物馆、安徽省博物馆、中国历史博物馆、中国社会科学院民族研究所等所藏契约文书编辑。
21.《田藏契约文书粹编》
《田藏契约文书粹编》，田涛、［美］宋格文、郑秦编著，中华书局2001年版，辑录本。据田涛个人收藏契约文书编辑。
22.《故纸拾遗》
《故纸拾遗》，全三卷，王支援等主编，三秦出版社2006—2008年版，影印本，本书汇编了清至民国时期以洛阳地区为主，包括山西、陕西、云南、东北、甘肃等地在内的各种契约文书。
23.《故纸堆》
《故纸堆》，全十册，鲍传江、郭又陵主编，北京图书馆出版社2003年版，影印本。本书收载了明清、民国及解放后南北各地的多种契约文书。
24.日本学者所辑中国土地契约文书
①《中国土地契约文书集（金至清）》，东洋文库明代史研究室编，财团法人东洋文库1975年刊行，辑录本。据各种文献所录契约文书编辑。
②《东洋文化研究所所藏中国土地文书目录？解说》（上、下），［日］滨下武志等编，东京大学东洋文化研究所附属东洋文献中心1983年、1986年刊行，辑录本。据东京大学东洋文化研究所藏中国清代契约文书编辑。
③《徽州歙县程氏文书？解说》，［日］臼井佐知子编著，东京外国语大学大学院地域文化研究科研21世纪COE“史资料ハプ地域文化研究据点”本部2006年版，影印本。据编者在黄山市文物商店所购文书编辑。
以上所列，为迄今关于明清地方文书档案的出版物，计120余种。
（二）保存在各收藏单位、尚未公布的明清地方文书档案。
所谓尚未公布，主要是指没有公开出版，只能到收藏单位阅览者。而因各单位管理制度并不一致，其中有的单位仍未完全开放，前去阅读尚有困难。这类档案主要保存在以下几个方面的收藏单位。
1.档案馆系统
关于明清地方文书档案，在档案馆系统多归于明清档案或古代档案一类，其内容诸如地方官衙档案，房地产买卖契约，租佃契约及其它契约文书，工商会馆档案，同业公会档案，盐务档案，海关档案，邮政、各种工程档案，教会档案，慈善机构档案等等。这类档案在全国各地档案馆多有遗存，但遗存种类，各有特色；遗存数量不一，相差悬殊，多者达数十万卷（件），少者仅几件。从时代属性来说，又以清代档案占绝大部分。
2.博物馆系统
因文书档案本身兼具文物性质，故文书档案又作为一种文物被许多博物馆收藏。其中不少博物馆所收藏的文书档案品质上乘，数量可观。如中国国家博物馆、安徽省博物馆收藏的徽州文书，南京博物院收藏的清代苏州府太湖厅档案等等，都是如此。首都博物馆收藏的一批北京地区的契约文书达一万五千余件。
3.图书馆系统
收藏文书档案的图书馆，既有中央及各地直属大图书馆，也有大学和研究院所的图书馆，这些图书馆，实为收藏明清地方文书档案单位的一个重要方面。中国国家图书馆、中国社会科学院历史研究所图书馆、北京大学图书馆、上海图书馆、安徽省图书馆、南京大学历史系资料室收藏的文书档案都是很有名的。
4.其它单位及个人收藏
还有一些明清地方文书档案，因种种原因而被收藏于其它单位。如清同治年间编造、民国时期补造的浙江兰溪的一大批鱼鳞图册，即收藏于浙江省兰溪市财税局。又如，位于北京市海淀区、始建于辽代的大觉寺，保存有一批清代至民国初年有关寺院庙产等方面契约文书原件。近年以来，随着私人收藏热的兴起，个人收藏契约文书者亦颇为引人注目。如田涛搜集的明清地方文书档案有五千余件，王振忠搜集的徽州文书有一万数千件，刘伯山个人收藏的徽州文书更达四、五万件之多。此外，黄山地区个人收藏文书契约在万件以上者，亦颇有人在。
（三）散在各地民间、尚待发掘的文书档案。这里先简要介绍一下2000年以来有关新发现的文书档案的几件事。
事例一 2000年7月，一场强台风向浙江省台州市袭来，该市黄岩区的一些老旧房屋被摧毁。就在一所倒塌的房屋中，意外地发现了一批清代文书档案。这是一批保存基本完整的诉讼案卷，包括有诉状状式、副状、证据和审理记录等在内的司法文书，计约一百一十余件。这批文书档案大部分已被中国第一历史档案馆收藏，被学界称为“黄岩诉讼档案”。其后，田涛教授等又到该地做了多次的实地调查，进一步搜集了黄岩地区的大量文书及相关资料，采访了《黄岩诉讼档案》中部分当事人的后人，并写出了《黄岩诉讼档案及调查报告》，该书已于2004年出版。
事例二 2007年5月，上海交通大学教授曹树基到浙江省松阳县大东坝镇石仓村参观古民居，在村民阙龙兴家中，意外地发现了一批契约文书。经调查发现，在这一集中的村落群中，农家老屋里多保存有旧时的契约文书。这些老契虽已过时，但仍被视为宝物，珍藏如初，并不轻易示人。后经协商，只可暂借在村中复制；部分愿出让者，也不准带出村外，仍在村里集中保存。曹树基遂在村中建立了工作室，扫描收集文书契约。现已收集到明末至民国时期各种契约文书四千余件，这些文书以土地契约为主，并包括分家书、收租簿、流水账、杂字书、医书、商业文书等各种文书。其内容涉及诸多领域。2008年，曹树基以研究这批文书为中心，申请了国家社科基金一般项目和上海市社科规划重大课题：《浙南山区土地契约的搜集、整理与研究（以松阳县石仓村为中心）》，已获立项，并已出版文书资料《石仓契约》。
事例三 2007年11月20日《三秦都市报》报道，陕西省澄城县尧头镇南关村一村民在整修家中年久失修的地洞时，发现了一百多份发黄的契约文书。文书的种类很多，包括地契、水契、买卖合同、村保村规等，文书跨越的年代也很长，从清康熙时起，历经各朝直到民国年间，长达两百多年。澄城县地处陕西渭南，发现文书的人家是个大家族，在清代出过举人和秀才，到现在有十几辈人了。
事例四 2009年6月4日《扬子晚报》报道，江苏苏州太湖东山雕花楼藏宝阁藏有原主人金锡之、金植之的名片、中国兴业银行东山支行信封、“崇德公典”账本、当票，“田租总账”账册以及太湖厅官颁卖契等。
事例五 位于徽州本地的黄山学院，借地利之便，从上世纪末开始，在不到十年的时间里，收购的徽州文书达七万余件。目前正在整理出版。
还有一些近年来各地发现明清契约文书的事例，不再列出。
以上这些事例足以表明，迄今在中国不少地方，仍有一些明清文书档案，或深藏在农家的老屋里，或保存在个人手中，至今尚未面世，没有被发掘出来。这种情况在交通不便、开发较迟、山区以及边远的地方，诸如山西、江西、浙东山区、皖南山区、云南、贵州等地，出现的几率更大。这部分契约文书的数量，目前仍然是一个未知数，很可能超出我们的想象。
总体来看，在前面列出的一百二十余种出版物中，大陆地区的出版物共六十余种，而台湾地区的出版物亦有六十余种。据台湾学者估计，台湾地区遗存的契约文书总数在三万五千件以上，可以说，相当多的台湾明清文书档案已公布于世。并已建置古文书资料库，实施数字化典藏，开通古文书阅览的网络平台，为文书资料的利用提供极大便利。相形之下，大陆地区相关的出版物就很有限了。据估计，明清地方文书档案的遗存总量不下数百万件。而目前大陆地区已经出版公布、能为学者利用的明清地方文书档案，仅占其遗存的一小部分。绝大部分的明清地方文书档案，仍深藏在有关单位，或散在民间，尚待发掘出来。这就是明清地方文书档案遗存的现状。
二、明清地方文书档案举要
以下对一些有代表性的明清地方文书档案试作简略介绍。