1967年11月27日，江青在北京工人座谈会上，首次提出了“清理阶级队伍”。她说：“在整党建党的过程中，在整个无产阶级文化大革命的过程中，都要逐渐地清理队伍，有党内，也有党外。”这并非江青一个人的意见。1968年两报一刊元旦社论提出：“混在内部的一小撮叛徒、特务、党内一小撮死不悔改的走资本主义道路的当权派，社会上的牛鬼蛇神（即没有改造好的地、富、反、坏、右），以及美帝、苏修和他们的走狗，绝不会甘心于自己的灭亡”，因此，“要充分发动群众，彻底查清，坚决处理，保证无产阶级文化大革命的顺利进行”。此后，“清理阶级队伍”运动，即把混在革命队伍内部的叛徒、特务、走资派以及没有改造好的地、富、反、坏、右分子清除出队伍的运动在上海等少数地方开展起来。多数省、市、自治区因革委会尚未成立，此项运动并未展开。
1968年5月，毛泽东在姚文元送阅的《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》文章上作了批示，“在我看过的同类材料中，此件是写得最好的”，“建议此件批发全国”。不久，中共中央、中央文革小组转发了这一材料，要求全国各地“有步骤地有领导地把清理阶级队伍这项工作做好”。8月，姚文元在《工人阶级必须领导一切》的文章中公布了毛泽东的指示：“建立三结合的革命委员会，大批判，清理阶级队伍，整党，精简机构、改革不合理的制度，下放科室人员，工厂里的斗、批、改，大体经历这么几个阶段。”“清理阶级队伍”成了“斗、批、改”的主要内容之一。此后，“清理阶级队伍”作为毛泽东亲自抓的“六厂二校”经验之一，用于指导全国的“斗、批、改”运动。
1969年两报一刊元旦社论《用毛泽东思想统帅一切》再次强调：“清理阶级队伍的工作必须抓紧”。在4月举行的中共九大会议上，“清理阶级队伍”作为“斗、批、改”的主要内容和步骤被肯定下来。之后，“清理阶级队伍”工作逐渐有步骤、有领导地在全国全面展开。当时是利用军管和工宣队领导的方式，把“文化大革命”前定性的阶级敌人，如地主、富农、右派以及“文化大革命”中被打成“叛徒”、“特务”、“走资派”、“漏网右派”的人，总之，一切“有问题”的人统统清查一遍。
九大以后，“清理阶级队伍”的重点是“一打三反”和清查“五一六”。
1970年1月31日，中共中央发出《关于打击反革命破坏活动的指示》，主要内容有6项，一是要放手发动群众，用战备的观点观察一切、检查一切、落实一切，使群众认清，打击反革命破坏活动是一场激烈的阶级斗争，是打击帝、修、反“别动队”的斗争，实际上也是一项重要的战备工作。二是要突出重点，打击的重点是现行反革命分子。三是要严格区分两类不同性质的矛盾，分清敌我，区分轻重。四是要大张旗鼓地、广泛地、深入地做好宣传、动员。五是要统一掌握批准权限，按照中央规定，杀人要由省、市、自治区革命委员会批准，报中央备案，六是要加强领导，必须由首长负责，自己动手，具体指导，深入实施。
2月5日，中共中央发出《关于反对贪污盗窃、投机倒把的指示》和《关于反对铺张浪费的通知》，要求在全国范围内放手发动群众，掀起大检举、大揭发、大批判、大清理的高潮，开展“一打三反”（即打击反革命分子、反对贪污盗窃、反对投机倒把、反对铺张浪费）运动。
清查“五一六”始自1967年下半年。1967年5月，北京出现了少数人参加的“首都五一六红卫兵团”组织。这个组织利用《**********》公开发表的机会，在北京偷偷印了和张贴诬蔑攻击周恩来的传单、大字报，激起了广大群众的愤恨。这年8月发生的“揪军内一小撮”、造反派夺外交部长陈毅的权、火烧英国驻京代办处等严重事件之后，毛泽东认为，必须制止这股“极“左””思潮，制止反对周恩来活动的蔓延，打击“首都五一六红卫兵团”。
9月8日，《人民日报》发表了毛泽东审阅的姚文元《评陶铸的两本书》一文。毛泽东亲自在文中加了一段话，指出所谓的“五一六”的组织者和操纵者，是一个搞阴谋的反革命集团，“这个反革命组织的目的是两个：一个是要分裂和破坏以我们的伟大领袖毛主席为首的党中央的领导；一个是要分裂和破坏无产阶级专政的主要支柱——伟大的人民解放军”。随后，这个“首都五一六红卫兵团”的小组织被揭露出来，其主要成员被拘捕审查。其他地区并未有类似组织，事情本应就此结束，但操纵打击“首都五一六红卫兵团”的林彪、江青、康生等人却别有用心地要求在全国范围内开展揪“五一六”分子的政治运动。
1968年，为统一领导，中央成立了清查“五一六”专案领导小组，陈伯达任组长，谢富治、吴法宪为小组成员，在全国范围内开展了批判和清查“五一六”的运动。因“五一六”并没有明确的标准和标志，在清查过程中，负责清查的领导通过查组织、追表现，大搞逼供信和株连，随意地把自己的对立面指为“五一六”。林彪、江青等人则趁机把许多反对中央文革小组，反对自己的干部、群众打成“五一六”分子。
1969年，中共九大前后，随着“清理阶级队伍”在全国范围内的展开，“五一六”问题再次提出，各单位又进行清查活动。1970年1月，林彪鼓动“不吃饭，不睡觉，也要把清查运动彻底搞清”，清查“五一六”的运动进一步扩大加深。
1970年3月27日，中共中央发出《关于清查“五一六”反革命阴谋集团的通知》，主要内容有5项。一是错误地把肖华、杨成武、余立金、傅崇碧与王力、关锋、戚本禹连在一起，说成是“五一六”的操纵者，认为他们否认存在“五一六”反革命集团、对清查“五一六”有抵触、甚至为“五一六”翻案是“完全错误的”。二是认为当前的清查工作存在扩大化倾向，清查重点应是揭露“五一六”的骨干分子和幕后操纵者。三是清查中搞逼供信，甚至采用体罚和变相体罚的办法是“完全错误的”。四是要求在防止清查“五一六”扩大化的同时，不要放松对其他反革命分子的斗争，反革命秘密组织决不只一个“五一六”，应根据中央历次指示，将这些反革命清理出来，是什么组织就叫什么组织、是什么性质就叫什么性质，不要一律叫“五一六”。
《通知》发出后，全国各地利用清查“五一六”名义制造大批冤假错案之风有所遏制，但《通知》要求继续清查实际在大多数地区都不存在的“五一六”，并规定不限名额，这又使得清查在新形势下制造出许多新的冤假错案。
1970年9月，陈伯达倒台后，被认为是“五一六”的“黑后台”。1971年2月18日，中共中央作出《关于建立“五一六”专案联合小组的决定》，中央成立“五一六”专案联合小组，统一“五一六”专案的清理、审查和核查，协调中央和地方“五一六”专案的调查，并规定清查“五一六”的重点在北京。
1971年“九一三”事件后，林彪又成了“五一六”的最大黑后台。清查“五一六”的运动继续发展，直到粉碎“四人帮”之后才停止。这期间，许多干部和群众遭受打击和迫害。
“清理阶级队伍”运动中，毛泽东、中共中央一再强调要“给政策”、区别对待、分清敌我和重点打击，但是，这一运动的前提就是错误的，因为实际生活中根本不可能存在那么多的“叛徒”、“特务”、“地、富、反、坏、右”及“五一六”分子。运动又与“大批判”结合，大搞逼供信，强迫“坦白交待”，根本无法做到分清敌我、重点打击。因此，“清理阶级队伍”虽然揪出了少数坏人，但却使大批干部群众无辜受株连，造成了大量的冤假错案。