第十条曰，军务部置部长一人，副长一人，下列七课：一总务课，二军务课，三人事课，四军需课，五经理课，六执法课，七医务课。
第十一条曰，总务课掌左列事务：一属于机宜事项。二关于军事公文书类之收发、编纂、保存事项。三印刷及翻译文书事项。四关于征发对象、表册报告及统计事项。五依例规应办庶务及不属于各课事项。
第十二条曰，军事课掌左列事项：一建置及编制事项。二军队配置事项。三演习及教练事项。四动员计划。五戒严及征发事项。六关于战时规则事项。
第十三条曰，人事课掌左列事项：一关于将校、士官及附属文官之进退任免、分科、定俸事项。二关于各项人员名簿及兵籍事项。三关于军事恩给、进位、赏与事项。
第十四条曰，军需课掌左列事项：一关于军事出纳、预算、决算报告事项。二关于军官兵士俸给及旅费之规定事项。三关于军装粮饷及马匹给予之规定事项。
第十五条曰，经理课掌左列事项：一关于军装被服之制造及检查事项。二关于战用箭械及马具事项。三关于陆军诸建筑事项。
第十六条曰，执法课掌关于军政裁判事项。凡关于犯罪事项，应由军法会议议决施行。但都督有特赦命令者，不在此限。
第十七条曰，医务课掌左列事项：一关于卫生及饮水用水事项。二关于医疗病院及各营疗养事项。三关于卫生材料及恤兵团体之组织事项。
第十八条曰，各课员之配置另定之。