2003年7月，在华西村第六届党代会上，吴协恩全票当选为村党委书记。在就职感言中，他说：“我们新一届党委要按照‘美丽的华西村，幸福的华西人’的标准，建设名副其实的‘天下第一村’。具体来说，也就是要发展五业（工业、农业、商业、旅游业、服务业），使大华西的‘五容’（山容、河容、田容、厂容、村容）和‘五子’（房子、票子、车子、孩子、面子）再上新台阶。作为我们来说，要建设‘五个五’，实现‘五个五’，关键要团结‘五种人’，调动他们的积极性。所谓‘五种人’，就是大华西在本村工作的人，大华西在外面工作的人，在华西工作的工程技术人员和打工的人，吸收国内外华西需要的人，以及前四种人中德才兼备的人，我们要团结这‘五种人’，调动这‘五种人’的积极性，发挥这‘五种人’的才能，增强更大的力量，创造更好的条件，为共同建设一个更加名副其实的‘天下第一村’而努力奋斗！”。
吴协恩是吴仁宝的四儿子，1964年生，11岁时被送给村民孙良庆当“儿子”。
据说，因为吴仁宝的儿子继任华西村党支部书记，有些人热衷于从中挑理。试想，如果吴协恩不优秀，吴仁宝能推荐么？全村的党员能拥护么？美国布什父子先后被选为总统，吴仁宝父子怎么就不能相继被选为党支部书记呢？只要他能带领村民致富，只要他行得端做得正，前任书记的儿子凭什么就不能当书记呢？下一章介绍的南岭村也是这种情况，关键看实践，看德才，看成就，不必太计较接班人是谁的儿子。
“老四年轻，有思路，能吃苦，善经营，懂管理，私心少，朋友多。”吴仁宝这样评价他。
吴协恩说：“是老爹受毛泽东思想影响太深，怕我们变坏，非要把我们送到艰苦的地方锻炼一下，其实不苦的地方我们也不会变坏。”
记者问吴协恩：“有信心超过老书记吗？”
他说：“我不敢说我会比我父亲做得更好，因为他做的实在太好了，想超越真的太难了，但是谁叫我是吴仁宝的儿子呢，我会尽力的！此外我还认为，新班子是过渡的一代，不是第二代。老爹把一张白纸绘成一个现代化的新农村，那时没有钱，没有人。现在有钱有人了，我只要顺着路调整华西经济发展方向就可以了。”
2003年，人民英雄纪念碑前，华西新任党委书记吴协恩带领党委委员向先烈宣誓：“有福民享，有难官当，苦战3年，拿下可用资金50亿。”
有记者问吴仁宝：人们常说的是“有福同享，有难同当”，你们为什么要提出“有福民享，有难官当”？吴仁宝说，“立党为公，执政为民”，在华西村的体现就是“有福民享，有难官当”，这样才能体现出共产党员的先进性。
吴协恩显得十分谦和、谨慎。
有位记者问他：“华西村换届后，社会上出现了一些议论，譬如‘子承父业’，‘华西村是吴氏天下’……”
吴协恩回答：“华西村换届选举，社会上关注度很高，这也是社会各界对华西村的关心。但是，不谦虚地说，我当选为华西村的新书记，是因为我为华西村做的那些事。不过，如果没有‘吴仁宝儿子’这样的因素，我的当选也是要打折扣的。在选举时，老书记讲出‘让协恩当书记’的提议后，选举是按无记名投票的方式进行的，我自己投了自己一票，所以我是全票当选。”
记者问：“自己投自己一票？”
吴协恩回答：“是的，我在这里不讲假话，不讲虚话。说心里话，起初我只想逃。通过老书记几十年的发展，在国家的政策影响下，华西村以百分之几十的速度发展，我觉得当书记的压力特别大；而且我这人好偷懒，是自己份内的事力求做得最好，份外的事听也不听，问也不问。当我感觉到村民都希望我当书记、如此信任我的时候，我就义不容辞了，投了自己一票。但是，老书记向村里做工作说让下一代把接力棒接下来，决不是要培养谁谁当书记。”
记者问：“按老书记的说法，从知识面上，你不如大哥协东，从驾驭复杂问题的能力上，你不及二哥协德，父亲为何就选你接他的班呢？”
吴协恩回答：“我的几个哥哥和姐姐，或者华西村的任何一个干部当选新书记，我都赞成。但为何选我当书记？我的最大优势是年龄优势，在想问题和决策时会冲劲大些，更重要的是还有老书记在后面支持。”
吴协恩曾自我表白说：“我是在安徽当的兵，总共三年半的后勤兵，修汽车的。媒体上说的当时父亲强令我结婚是我当兵的其中一个因素。我当兵的另一个因素是，我自小淘气，有些逆反，尽管我力求不说自己是吴仁宝的儿子，但毕竟就是吴仁宝的儿子。当兵，就是要体味在没有吴仁宝光环下自己的独立性。”
吴协恩1990年当上华西铝制品厂的厂长，当年销售量就超过1000万个，但效益只有不足50万元人民币。1992年、1993年他就出去看市场、找市场。当时对他触动最大的是海尔的品牌战略，那时也是“品牌值多少钱”被议论最多的时候。当时华西村的品牌有人估价1亿元，10亿元，甚至几十亿元的。他就开始动脑筋。1993年实施品牌合作战略，与云南“玉溪”和江苏烟草合作生产，联合出品“华西村牌”香烟，当年仅卖烟就赚了上千万。
吴协恩曾说：“老书记提出的共同富裕的政策、股份制的集体经济的政策，不会变，今后也不变。至少在我手里不变。”
有记者问他：“你继任后，村民的股份是否会超过集体？”
吴协恩回答：“不会的，在我手里不会。华西村发展到今天，我们也在不断改革、转制，也在与时俱进。尽管村民个人股份比集体股份少，但在去年有了大幅度增长。到2002年底为止，1257名华西村民总资产3.2亿元人民币，村民进一步富起来了，但富得更健康。”
吴协恩第一次召集开会就给干部每人发了一本《挑战极限》。这本书是一个朋友推荐给他的，他看了以后大受启发，于是推荐给大家。
吴协恩上任后，华西村改革上有一些新举措。一是企业合作制，即村企分开；二是经理负责制，提出职业经理人的概念；三是董事监督制，华西村下属八大公司都设立自己的董事会，强化监督；四是工代议事制，从企业中推选出的一千多人行使职权。
吴协恩曾说，华西村几十年前，也是负债的，几十年后发展到几十亿元的资产，就是老书记提出的“实事求是”为百姓办实事。“我的想法是：村里的钱不是我个人的，是华西村每个村民的，当一个村官不记住这些话，就不会受到老百姓的拥护。当村官，不负责任，最好当；最难当的是负责任的村官。”
吴协恩曾说：“当年我们学习大寨的时候，不是学习他们的梯田，而是学习大寨人的创业精神。而很多到华西村参观的外地人只看到华西村表面的繁华，而没有学习到实质。”
吴协恩说，华西村从小打小闹到发展规模型企业，后来又逐步调整经济结构，转变发展方式。华西今后的发展过程中一是要调整，大力发展现代服务业、物流业，利用农业来发展现代旅游业，在参股江苏银行、重庆农商行、华泰证券和东海证券的基础上，继续参股银行和证券公司，还将进一步扩大棉花交易市场；二是要提升，用高科技手段提升传统工业。
他说：“在我们村，如果传统工业和现代服务业的比重各占50%，就比较理想了。”“我们希望老百姓不能光想着赚钱，赚钱是为了让生活更好，但首先要有健康。”吴协恩说。村里投资六千多万元建成了一个体检中心，引进了六七个国家的先进设备，每年为村民免费体检，并且和上海长海医院合作，检查出病症直接送长海医治。“我们要让所有华西人不带病工作，而且有了病可以带薪治病。”
今后五年，华西人还想办两件事：一是引导农民保护环境、绿化环境；二是在生活垃圾已经集中处理的基础上，将生活污水100%集中处理。吴协恩说：“不能认为我们是农村，将就一点没关系，华西一定要带好这个头！”
吴协恩说：“老书记就像一本读不完的书，他永远那么充满活力，积极乐观，与时俱进；他几十年如一日一心为民，不看重成绩，只求百姓满意。为了义不容辞的责任，我要珍惜荣誉，跟着老书记的脚印走下去，让华西村这块金字招牌在我手里发扬光大，帮更多的中国农民走上共同富裕之路。”
他还表示：“我不认为我们是第二代，我们只是过渡的一代。我们的上一代创业，我们则要不断完善制度建设、人员管理、企业的发展方向，我们这批人做好调整，为下一代的再一次大发展做好准备。我每天都在努力，都在给自己加油，希望做得更好。”“也许若干年之后，华西村党委班子，50%的成员是留学生，50%的成员是大学生。”
吴协恩的妻子孙惠芬是他养父母的亲生女儿。吴协恩11岁时到孙家，与孙家姑娘一同长大。吴协恩1985年自部队退伍回来后，养父已经过世，家中只剩下养母和异姓“妹妹”。养母托人到吴家传话：“孙家不要协恩做儿子，要他当上门女婿。”
这个姻缘至少可以说明吴协恩这人挺好。否则，养母怎能把女儿嫁给他。
吴仁宝同意，吴协恩照办。
吴协恩曾说：“我的婚姻是包办，从兄妹变成夫妻，但‘满好’！”