李雪峰批评了“四清”工作队在大寨搞“扎根串连”的做法，他说：“扎根串连，主要指领导权不在我们手里的大队，一种是阶级敌人掌权的，一种是干部蜕化变质的。中央‘二十三条’的精神，主要是整党内那些走资本主义道路的当权派，把领导权夺回来。像你们这些大队，扎根串连，不管公开、秘密都是不应该的。因为原来的根子就正，而且很好，根本不需要扎根串连。他们有点问题，主要是工作中的缺点和错误。”李雪峰也告诫陈永贵：“再正确的人也有缺点和错误，哪里的工作都是也有成绩也有缺点，这是一分为二的方法。越是搞的好的地方，越要见缝插针找缺点。常胜将军是没有的。”
此后，华北局、山西省委重新组织了由山西省农业厅长等七人组成的联合工作组，“帮助”大寨大队党支部搞“四清”。新的工作组进村之后，宣布“一切工作都经过党支部”。这个工作组在大寨工作了78天，于4月底结束。1965年5月20日，联合工作组向上级提交了《关于帮助大寨党支部进行社会主义教育运动的报告》。中共山西省委以1965年138号文件转发了这份报告。《报告》认为：“原晋中地委、昔阳县委派驻大寨的工作队，思想不明确，不敢大胆地相信党支部，机械地搬用了三类生产大队的‘四清’做法”是不对的。《报告》肯定指出：“经过社会主义教育运动的检验，再一次证明，以陈永贵为首的党支部是一个经得起一系列严重阶级斗争和生产斗争考验的革命的班子。”
工作组在《报告》中也对大寨和陈永贵提出了一些忠告。《报告》说：陈永贵等人的思想觉悟，“在一定程度上还是朴素的零碎的，平时自觉地有系统地学习毛主席著作，是不够的。因而在他们的头脑中，不免还残留着农民小私有者的某些落后的东西”。尤其是在出名之后，“盲目地、不自觉地背上某些荣誉的包袱，成为精神上的负担”。陈永贵自己也承认：他本人有“农民意识”，“经不起表扬”，“怕说大寨的坏处”，工作作风“不够民主，不虚心和社员商量”。
1975年4月22日，已经是国务院副总理的陈永贵在给大寨党支部的信里，列出大寨历史上三十个问题，让他们就“大寨斗争史”上的这些重大问题展开讨论。其中有几处涉及“四清”这段历史。
关于第十七个问题，陈永贵写道：“六四年‘四清’时，他们（指工作队）执行刘少奇的资产阶级反动路线，要搞复辟，当时你们低了什么头？出卖了什么？投降了什么路？坚持了什么路？为什么在毛主席1964年提出了‘农业学大寨’，总理在三届人大表扬了大寨的时候，他们偏偏在这个时候反的是大寨？看一看谁要破坏大寨？谁要保护大寨？三届人大期间，主席接见了我，并请吃饭，回到大寨从党内到党外没一个人过问，修正主义吓得你们连主席的健康长寿都不敢过问，你们想一想是不是这么一回事？”
关于第十八个问题，陈永贵写道：“特别提醒同志们有一点千万不要忘记，就是不要忘记六四年在狼窝掌十分钟夺回了大寨这块社会主义阵地，打击了资产阶级的反动路线，赶走了执行错误路线的工作组，没有豁出去五不怕的革命精神，难道敢这样做吗？”
1965年《红旗》杂志第11期发表山西省委书记陶鲁笳的文章《让大寨精神遍地开花结果——山西农村开展学大寨运动的初步总结》，《人民日报》10月5日将该文转载。陶鲁笳在文章中说：
……长期革命斗争的实践证明，大寨党支部是经得起考验的，是一个真正的坚强的战斗堡垒。现在的十九个党员，绝大多数同志都能密切联系群众，都能在一切工作中起模范带头作用。陈永贵同志等七个支部委员，都是经过长期斗争考验的群众拥护的坚强骨干。在最近进行的社会主义教育运动中，广大群众对他们的一致评论是：全心全意搞社会主义，时时为群众为集体为国家打算；一贯依靠贫农下中农，敌我界限分得很清楚；一贯带头参加集体生产劳动，个个都是劳动能手；大公无私，办事公道。
大寨的贫农、下中农，土改以来，有着强烈的改变一穷二白的愿望。他们要干，要革命。他们在党支部的领导下，形成了强大的阶级队伍。这个队伍中的积极分子，紧紧地团结在党的领导核心的周围，成为一支有战斗力的社会主义突击队。这就是陈永贵同志所说的那七十条好汉。
大寨在长期的革命和建设的斗争中，有这样一个好的领导核心，又有这样一支有觉悟的阶级队伍，就有了改天换地的保证。
陶鲁笳认为，在大寨的政治工作经验中，值得着重提出的有以下三点：
一、他们一贯重视党支部的建设，对每个党员特别是对党员干部要求很严格。他们在党内经常进行批评和自我批评，特别注意克服自私自利的思想意识。他们要求每个党员都要在学习、劳动以及其他一切工作中起模范带头作用；每个党员都要联系几户社员群众，经常做思想政治工作。他们要求每个党支部委员，真正是党员中最优秀的分子，不仅会做政治工作，而且是生产劳动的行家。陈永贵同志就是这样一个又红又专的好榜样。
二、他们从合作化以来一直坚持干部参加集体生产劳动，并且一直坚持在劳动中做思想政治工作。陈永贵同志说得好：“要想做好思想政治工作，就必须见人，见人就得下地劳动。”“干部离开了集体劳动，就和群众隔了一层皮，眼睛和鼻子也就不灵了，不通了。”“越是刮风下雨，或者发生意外灾害的紧急关头，干部越要往地里跑，越要到最艰苦的第一线去。因为牛鬼蛇神要活动，就瞅这个时机；每个社员的觉悟程度，这个时候也看得最清楚。”他还说：“干部参加集体生产劳动，就像一条红线，把阶级斗争、生产斗争、科学实验串连在一起了。”
三、他们遵循着毛泽东同志关于“严重的问题是教育农民”这一教导，一步一步地引导农民革命化，由只顾个人利益到热爱集体，由只爱自己的集体到热爱别人的集体，由热爱集体到热爱国家，由爱国主义到国际主义。例如，党支部花了十多年的功夫，对贫农出身的社员赵小和，耐心地反复地进行社会主义、共产主义的思想教育，终于把赵小和由一个自私自利思想比较严重的人改造成为一个具有高尚风格的毫不利己专门利人的人。一九六四年，赵小和同志为集体事业光荣地献出了自己的生命。赵小和的革命精神已成为全体社员学习的榜样。陈永贵同志说得好：“人是可以改变的。思想落后的人可能变好，思想先进的人，也可能变坏。在我们人民内部，对于思想落后的人只能采取耐心说服教育的方法，帮助他变成先进；对于思想先进的人，也要抓紧教育，使他更先进。”正因为他们能这样用辩证的观点来对待人，所以他们的政治工作能够做得又深又细。
由于他们政治工作抓得紧，做得好，所以广大社员的觉悟一年比一年高，干劲一年比一年大，生产建设一年比一年好。生产建设的巨大成就，又促进了社员觉悟的提高。大寨十多年来，就是这样由物质变精神、由精神变物质的反复的过程。大寨人的革命精神也就是这样逐步地成长起来的。
陶鲁笳把大寨人的革命精神归纳为“一条红线、五个要点”。
一条红线，就是毛泽东思想挂帅，总路线挂帅。
五个要点，就是：有社会主义、共产主义的远大理想；有爱憎分明、一心向党的坚定立场；有自力更生、艰苦奋斗的顽强意志；有大胆踏实、改天换地的革命干劲；有热爱国家、热爱集体的高尚风格。
陶鲁笳提出“把学大寨人的革命精神摆在首要地位”。
有评论说，陈永贵是太行山里一个小山村的农民，但他不是一个普通农民：他既有中国农民的传统特点，又有普通农民无法企及的智慧和才干；他能吃苦、性格倔强，事事不甘人后，又热心公众事务，为人处事不怕吃亏，有吸引乡亲们跟上他走的魅力；他没上过学，但善于学习，实干而不保守，有理解、接受新事物的敏感。他是中国农民中的佼佼者。乡亲们佩服他，说他是一个有胆量敢干、有本领能干“大事”的“能人”……陈永贵是个实干家。他带领大寨人自力更生、艰苦奋斗。从50年代初到60年代中，进行十几年艰苦卓绝的奋斗，不仅改变了大寨的旧山河，改变了大寨人的命运，也创造出不甘命运摆布，靠自己的双手和科学技术改变生产条件、发展生产的“大寨经验”和以“自力更生，艰苦奋斗”为主要内涵的“大寨精神”，成为中国人民的宝贵财富。但是，这些特殊的经历也使他经受了一些极为特殊的考验，使他成了一个颇有争议的人物。他是那个特殊历史时期造就的一个特殊的人物。特殊的时势为他搭就了一个大舞台，使他有一番淋漓尽致的表演，才干智慧得以施展，弱点和局限也表露无遗，其人生七十余载，大起大落，浓墨重彩，不同凡响。
1965年5月，中共昔阳县委发表《昔阳学大寨运动的转折点》一文，有人认为这篇文章是“农业学大寨”运动向“左”转的一个先兆。此文认为，“四清”运动是“农业学大寨”运动的“转折点”。因为社会主义教育运动解决了两条道路斗争的大是大非问题，也就解决了学不学大寨的思想问题。过去“对大寨生产建设中的成果看得清，而对大寨生产建设面貌起了巨大变化的根本原因总结不够”，因而“对大寨革命精神宣传不够，没有抓住学大寨的要领”。文章的结论是：学不学大寨“确是两种思想和两条道路的斗争，也就是要不要总路线，要不要政治挂帅，革命不革命的大问题，而绝非一个简单的方法问题”。
1965年7月，中共昔阳县委又发表了《学大寨是一场思想大革命》的文章，说“大寨精神是革命精神”，学大寨必须坚持“两条道路斗争”；“大抓阶级斗争和两条道路斗争的纲，是深入广泛地开展学大寨的纲”。
《山西日报》农村部编写的《怎样才能把大寨经验学到手》那本小册子说：“就学大寨的全部经验来说，阶级斗争是‘纲’，其他具体经验是‘目’，纲举才能目张”。
大寨被树为全国农业战线上的红旗时，正是“左”的思想极度膨胀，“文化大革命”山雨欲来之时。“农业学大寨”运动开始之日，也正是“大寨经验”开始向“政治典型”演变之时。“文化大革命”是我们国家的悲剧，同时也是大寨的悲剧。理解大寨，必须首先理解那个时代。
“文革”期间，关于大寨和关于学习大寨的文章可以说是铺天盖地。下面举出《人民日报》发表的关于大寨的部分文章，从中可以体会当时的社会政治氛围和“农业学大寨”偏颇之所在。
《用毛泽东思想武装起来的大寨党支部》（1966年5月22日第1版）。
《新大寨粉碎了孙冶方的谬论》，陈永贵（1966年8月9日第5版）。
《用毛泽东思想武装起来的大寨人夺得精神战线和物质战线双胜利》（1966年12月25日第1版）。
《大寨在毛泽东思想的光辉照耀下前进》，陈永贵（1967年4月5日第4版）。
《大寨是在同中国赫鲁晓夫的斗争中前进的》，陈永贵（1967年8月6日第5版）。
《大寨大队党支部怎样领导社员活学活用毛主席著作？狠抓阶级教育树立革命好学风 干部学在前用在前带头做榜样》（1968年2月13日第1版）。
《坚决按照毛主席的无产阶级革命路线办事 大寨大队狠抓阶级斗争和路线斗争教育》（1968年4月26日第4版）。
《狠抓阶级斗争，在社会主义道路上阔步前进！——记大寨大队以毛泽东思想为武器坚持革命斗争的战斗经历》（1968版8月26日第3版）。
《在毛主席最新指示指引下大寨形势越来越好》，山西昔阳县大寨公社大寨大队党支部（1968年9月25日第2版）。
《用毛泽东思想武装起来的人无往而不胜 大寨大队战胜严重灾害获得好收成》（1968年10月17日第4版）。
《毛泽东思想武装起来的人是无敌的——记英雄的大寨人战胜特大雹灾夺得丰收的斗争》（1968年11月21日第1版）。
《大寨人在继续革命大道上前进》（1969年9月17日第2版）。
《毛泽东思想是力量的源泉——记山西大寨大队连续八年获得高产丰收》（1969年11月24日第1版）。
《大寨贫下中农是怎样管理学校的》，山西省昔阳县大寨学校革委会（1971年7月20日第4版）。
《要使红旗飘万代，重在教育后一代——大寨大队团支部教育青年的调查报告》（1972年5月4日第1版）。
《继续抓紧抓好批修整风这个头等大事 大寨大队党支部领导成员认真学习元旦社论，决心加强团结，调动一切积极因素，谦虚谨慎，带领群众争取更大的胜利》（1973年1月5日第1版）。
《一件值得注意的大事——大寨党支部培养妇女干部的调查报告》（1973年3月7日第3版）。
《大寨又迈大步 灾年再夺丰收》（1973年12月4日第1版）。
《在毛主席革命路线指引下一步一个新胜利 大寨大队的社员们喜气洋洋欢度革命化的春节》（1974年1月25日第2版）。
《狠批“克己复礼”保卫社会主义江山——大寨大队干部社员积极投入批林批孔斗争》（1974年2月19日第1版）。
《大寨之路就是斗争之路——狠批林彪贩卖孔老二“中庸之道”的反动谬论》，郭凤莲（1974年3月7日第2版）。
《深刻的变革——大寨意识形态领域里的革命》（1974年9月19日第1版）。
《大寨的干部和社员在革命大批判中进一步焕发了社会主义积极性 三年大旱三年高产》（1974年12月12日第1版）。
《培养一代具有共产主义觉悟的新农民——大寨大队联系实际学习无产阶级专政理论的调查》（1975年6月23日第1版）。
《学习无产阶级专政理论 坚持党的基本路线 大寨大队今年农林牧副全面丰收 干部社员决心把胜利作为继续前进的新起点 永不满足永不停顿》（1975年12月15日第1版）。