（2）常设机构概念不清问题
在国际税收中，一国通常以外国企业是否在该国设有机构作为对非居民营业所得是否征税的界定依据。但电子商务是完全建立在一个虚拟的市场上，完全打破了空间界限，使传统意义上的固定营业场所的界线变得更加模糊。因此，电子商务导致常设机构概念不清，成为税收的又一障碍。
（3）课税对象性质模糊不清问题
网络贸易发展速度最快的领域是数字化资讯。电子商务中许多产品或劳务是以数字化的形式通过电子传递来实现的，传统的计税依据在这里已失去了基础。由于数字化信息具有易被复制和下载的特性，改变了产品固有的存在形式，模糊了有形商品、无形劳务和特许权之间的界限，使得有关税务当局很难确认一项所得究竟是商品收入所得、提供劳务所得还是特许权使用费，这将导致税务处理的混乱，使课税对象的性质变得模糊不清。
（4）按目的地原则征税难的问题
增值税通常都是按目的地原则征收的。在互联网上，由于联机计算机IP地址可以动态分配，同一台电脑可以同时拥有不同的网址，不同的电脑也可以拥有相同的网址，而且用户可以利用匿名电子信箱掩藏身份。因此，就销售者而言，不知其用户的所在地，不知其服务是否输往国外，也就不知是否应申请出口退税；就用户而言，不知所收到的商品和服务是来源于国内还是国外，也就无法确定自己是否应缴增值税。
（5）国际避税问题
任何国家都有权就发生在其境内的运输或支付行为征税。任何一个公司只要拥有一台计算机、一个Modem和一部电话就可设立一个网站与国外企业进行商务洽谈和贸易。所以，有些纳税人为了避税，多选择在避税港建立虚拟公司，形成一个合法的经营地，而仅把国内作为一个存货仓库，利用避税港的税收优惠政策避税，造成许多公司在经营地微利或亏损生存，而在避税港利润却居高不下，使得税收漏洞越来越大、税款流失现象越来越严重，极大地削弱了国家的宏观调控能力。
4）电子商务税收法律体系的构建
（1）构建电子商务税收法律体系的基本原则——税法公平原则
按照税法公平原则的要求，电子商务与传统贸易应该适用相同的税法，负担相同的税负。因为从交易的本质来看，电子商务和传统交易是一致的。确定这一原则的目的，主要是为了鼓励和支持电子商务的发展，但并不强制推行这种交易。同时，这一原则的确立，也意味着没有必要对电子商务立法开征新税，而只是要求修改完善现行税法，将电子商务纳入到现行税法的内容中来。
其他方面的原则，包括以现行税制为基础的原则，中性原则，维护国家税收主权的原则，财政收入与优惠原则，效率和便利原则，以及整体性和前瞻性原则等，在电子商务税收立法中也要充分予以考虑。
（2）明确我国目前电子商务税收立法的基本内容
我国目前电子商务税收立法的基本内容如下：
首先，在税法中重新界定有关电子商务税收的基本概念，具体包括“居民”“常设机构”“所得来源”“商品”“劳务”“特许权”等电子商务相关的税收概念的内涵和外延。
其次，在税法中界定电子商务经营行为的征税范围，根据国情和阶段性原则，对电子商务征税按不同时期分步考虑和实施。在税法中明确电子商务经营行为的课税对象，根据购买者取得何种权利（产品所有权、无形资产的所有权或使用权），决定这类交易产品属于何种课税对象；在税法中规范电子商务经营行为的纳税环节、期限和地点等。
（3）修改税收实体法
在明确立法原则和基本内容的基础上，根据电子商务的发展，适时调整我国税收实体法。我国税收实体法主要包括流转税法、所得税法及其他税法。在电子商务税收立法中，要根据实体法受到电子商务影响的不同情况，具体考虑对他们的修订、改动、补充和完善。
（4）完善电子商务的相关法律
①应完善金融和商贸立法。制定电子货币法，规范电子货币的流通过程和国际金融结算的规程，为电子支付系统提供相应的法律保证。
②应完善计算机和网络安全的立法，防止网上银行金融风险和金融诈骗、金融黑客等网络犯罪的发生。
③完善《会计法》等相关法律，针对由于电子商务的隐匿化、数字化等特点，导致的计税依据难以确定的问题，可在立法中考虑从控管网上数字化发票入手，完善《会计法》及其他相关法律，明确数字化发票作为记账核算及纳税申报凭证的法律效力。
（5）在立法过程中加强国际税收协调与合作
在电子商务税收立法过程中，只有进行充分的国际协调，才能最大限度地保证税收法律的有效性。国际税收协调与合作，不仅可以消除关税壁垒、避免跨国所得重复征税，而且可以促进各国互相变换有关信息，携手解决国际税收方面存在的共同性问题，逐步实现国际税收原则、立法、征管、稽查等诸方面的紧密配合，以及各国在税制总体上的协调一致。
5）电子合同
电子商务的出现带动产生了新的合同形式。电子合同有广义和狭义之分。广义的电子合同除狭义电子合同的种类外，还包含电报、电传以及传真方式订立的合同。狭义的电子合同主要有三种类型，即以EDI订立的合同、以电子合同订立的合同、电子格式合同等。各国及我国均对电子合同进行了法律承认，但在其成立和生效方面又有特殊性，具体表现为以下几个方面：
（1）电子合同的含义和特征
①电子合同的含义。电子合同是随着现代电子计算机和网络技术以及电子商务的出现而产生的一个新概念。电子合同在含义上有广义和狭义之分，广义的电子合同是指所有通过电子计算机网络形成的合同，包括E唱mail等传输手段订立的合同和通过EDI 系统形成的合同，这里的电子合同作广义的理解。狭义的电子合同专指以交易为目的，通过计算机网络形式订立的明确相互权利义务关系的协议。
②电子合同的特征。
电子文本：电子合同是指以一定电脑程序为基础生成的电子文本，非经显示器显示或打印，不具有可读性。这一特点是电子合同和传统合同的本质区别。
网上运作：订立合同的双方或多方在网络上运作，可以互不见面。由于电子合同的超时空特点，合同内容等信息记录在计算机或磁盘等中介载体中，其修改、流转、储存等过程均在计算机内进行。这也使合同双方的身份和性质不易确定。
电子签名：在电子合同中，人们不可能也不需要通过电子方式亲笔签名或签字，它只需要每一方采用电子密码“签名”即可。这种电子“签名”的方法越来越多地获得社会的广泛认可。
易受反击：计算机电子合同所依赖的电子数据具有易消失性和易改动性。由于电子数据的传播以程序的分解、转让为基础，因而，在传播的路径上易被截取、修改，并重新传播。
（2）电子合同的法律承认
电子商务的发展促使各国均要考虑以电子形式订立的合同在成立和生效方面是否给予法律承认的问题。1996年，联合国国际贸易法委员会第29届年会通过了《电子商务示范法》，该法律的通过为实现国际贸易的“无纸操作”提供了法律保障。
1999年10月，我国开始实施新《合同法》，该法规定书面形式包括电子数据交换和电子邮件，从而在法律上承认了电子合同的合法性。
（3）电子合同引发对我国《合同法》的完善
完善我国《合同法》应遵循的基本原则：
媒体中立性原则。法律对采取纸质媒介订立的合同和采取磁质媒介订立的合同都应该采取一视同仁的态度。不因合同采取的媒介不同而厚此薄彼。根据这一原则，采取了电子形式的合同不应仅仅因为其形式而影响其法律效力，同时还享受法律上的优惠。技术中立性原则，对合同使用的技术手段一视同仁，不应把某一特定技术作为法律规定的基础，而歧视其他形式的技术。
（4）完善我国《合同法》的几点具体建议
①书面形式问题。电子数据没有书面形式，具有易改动性和易消失性。我国新《合同法》已经将传统的书面合同形式扩大到数据电文形式。第十一条规定：“书面形式是指合同书、信件以及数据电文（包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件）等可以有形地表现所载内容的形式。”
②完善合同有效需要签名、盖章问题。传统合同法规定，合同必须有当事人的签名或盖章才有效。电子合同很难满足法律对手书签名或盖章的要求。我国《合同法》应对电子签名等能够起到与书面签名、盖章同等功能的方法加以认可，允许采取电子签名。
③完善可变更、可撤销合同的问题。病毒、黑客是威胁计算机信息安全的因素之一，合同受到病毒、黑客的攻击，其内容就会发生变化，当事人的权利义务因此也会发生变化。为了避免由于病毒、黑客的攻击可能给合同当事人带来显失公平的后果。我国《合同法》应明确规定：电子合同受到病毒、黑客攻击是合同可变更、可撤销情形中的一种。
④完善合同的司法保护。在司法实践中，要认定电子合同的成立与否，必须首先查明合同一方当事人发出的要约。这种要约，因为计算机网络的开放性、自动输入性不难查明。开放性使得多家网络用户可以自动存储这种要约。其次，必须查明合同另一方当事人的承诺。要查明当事人的承诺，必须查明当事人的受价和回复，在国际贸易中，受价具有十分重要的意义。各国法律均规定，发价需到达受发价人，既受发价人确认方能生效。在这一点上，电子合同也应一样。
6）知识产权
随着互联网技术的日渐成熟，以电子数据交换方式的交易逐渐成为21世纪的主要经济贸易方式之一。在这虚拟的世界之中，和现实的世界一样，也存在着违法犯罪和投机取巧行为。代表社会发展先进技术方向的贸易过程电子化的电子商务活动中，不可避免地存在着与传统的知识产权法律保护问题的冲突，需要对电子商务中的知识产权法律保护问题加以认真的研究。因此，正确理解电子商务活动与知识产权保护的关系，在发展电子商务活动的同时加大对知识产权的保护，已经是知识经济时代刻不容缓的问题。