在取得权力斗争的胜利之后，拉藏汗所做的另外一件事情，就是立即抛弃了昔日密切相处的仓央嘉措。1706年，在清廷的默许下，拉藏汗宣布废黜仓央嘉措六世达赖喇嘛的身份，并于次年拉拢新任第巴隆索，新立他一手培养的阿旺益西嘉措为“六世达赖喇嘛”。这样，拉藏汗在已经控制了西藏地方政府政权的情况下，还试图通过自己控制的新达赖，达到其集政教大权于一身的目的。
然而，拉藏汗暂时的胜利并未给他带来绝对的权威，匆匆新立为“六世达赖喇嘛”的益西嘉措更是受到了西藏僧俗的抵制。益西嘉措虽住布达拉宫达11年之久，但西藏人从未认可他是真达赖。蒙古汗王与西藏上层贵族的矛盾，也并未就此终结。拉藏汗面临的，实际上是一个更加复杂凶险的局面。
也正是因为对所面临的危险的察觉，拉藏汗在处理仓央嘉措善后问题上矛盾重重。一方面，他希望把仓央嘉措控制在自己手里，所以一开始拒绝了康熙皇帝要求将仓央嘉措押解到京的命令。可是后来，他又不得不主动把仓央嘉措送往北京，希望把这块烫手的山芋交到康熙皇帝手里。然而此时，康熙皇帝也改变了主意，不愿意沾惹这一棘手的难题。
在对退位后的仓央嘉措的处理上，虽然拉藏汗和康熙皇帝各怀心事，但由于仓央嘉措的六世达赖身份业已根深蒂固深入人心，谁也不敢轻易起杀害之心，以免激化矛盾招致灾难。而这一心态，也为后来仓央嘉措所谓“病死青海湖”的官方结论埋下了伏笔——因为这样一个结局，是官方最希望看到的。
由于拉藏汗自行所立的益西嘉措得不到格鲁派寺院集团上层当权者的认可，西藏的局势人心浮动，康熙皇帝认为这是削弱拉藏汗的地位、强化中央政府对西藏直接统治的一个机会。于是，在钦派侍郎赫寿进藏协同拉藏汗办理藏务后，他又在康熙五十二年（1713年），正式册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”（满语尊称，“珍宝”之意），同样颁赐了金册、金印和谕旨，以期在格鲁派与蒙古汗王之间取得新的政治平衡。此后，历世班禅额尔德尼的转世继位，都必须经过中央政府的册封和批准。而班禅也从此取得了和达赖几乎同等的宗教地位。
康熙四十九年（1710年），拉萨三大寺喇嘛和青海蒙古首领察罕丹津等人根据仓央嘉措在诗作中的暗示，从康区理塘寻访到仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措。康熙五十五年（1716年），格桑嘉措被送往塔尔寺出家受戒。此时仓央嘉措已经退位，拉藏汗所立的益西嘉措得不到西藏僧俗的认可，所以清廷对仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措采取了默认的策略。
康熙五十六年（1717年）秋天，在噶尔丹兵败自杀20年后，其侄儿策妄阿喇布坦东山再起，打着“拯救黄教”和为桑结嘉措报仇的旗号，向西藏大举进犯，并于年底攻占拉萨，擒杀拉藏汗，囚禁并废黜了拉藏汗所立的从未获得广泛承认的六世达赖益西嘉措。至此，蒙古和硕特部从固始汗起在西藏近80年的统治宣告结束。蒙古青海派势力联合西藏桑结嘉措集团的残余势力执杀拉藏汗后，清朝中央政府承认格桑嘉措为仓央嘉措转世化身。
康熙五十七年和五十九年，清廷两次出兵征讨准噶尔。期间，原属拉藏汗旧部的康济鼐、颇罗鼐等也组织后藏地区军民配合清军行动。在清军与西藏地方武装的夹攻下，康熙五十九年（1720年）八月，准噶尔军被驱除出藏。不过，为了稳定局面，平衡各方势力，青海派所立的仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措继续获得承认，并被清廷派兵从青海护送返回西藏坐床。
虽然康熙皇帝曾正式下诏敕封格桑嘉措为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”，但因为仓央嘉措为六世达赖喇嘛的观念在西藏僧俗两界根深蒂固，到了乾隆四十八年（1783年），乾隆皇帝敕封格桑嘉措的转世灵童强白嘉措时，就通过认定强白嘉措为“八世达赖”的方式，默认了格桑嘉措为七世达赖、仓央嘉措为六世达赖的事实。
在驱逐蒙古准噶尔军、结束“以蒙治藏”的历史之后，西藏地方政府中独揽大权的第巴一职亦遭废止，改由新设置的众噶伦共同处理西藏政务。18世纪中叶以后，西藏建立噶厦政权，逐步确立了延续到上个世纪中叶的政教合一的体制。
8、 一个真实的法王
关于仓央嘉措一度流连酒肆、行为放荡的风流韵事，后世研究者历来多有争议，但如果仅仅据此就把仓央嘉措在其他方面尤其是他后半生在文化发展和宗教弘扬方面的巨大功绩一笔抹杀，那是非常不公平的，也是不符合历史事实的。
仓央嘉措出生的门隅地区向来以信仰宁玛派即红教为主。这一教派相当于最原本的藏传佛教，其僧人相信，佛祖从来没有限制过你做这做那，佛祖教人的就是解脱，而解脱的道路不止一条，要看个人的缘法。比如，有人在寺庙附近吹奏乐器，有人说清修之地怎能有俗声，但也有人认为入世才能更好地出世，所以这种音乐反而是更好的“修习工具”。
宁玛派不重戒律，强调现世成佛，自我速成，自己修身得道。而后来的达赖、班禅所属的格鲁派强调渐进渐悟，强调要经过累世的修行和积累，所以，强化僧团组织才有可能兴盛并政教合一。宁玛派的喇嘛甚至可以结婚。格鲁派的僧人虽然不能结婚，但一般来说，出家的喇嘛也不会看不起在家的喇嘛。
有人甚至认为，仓央嘉措的骨子里更多的是宁玛派的传承。有专家引述《隆多喇嘛全集》和《秘传》（指《仓央嘉措传》）的记载，说他是宗教世家、宁玛派传承。比如，《秘传》不仅提到仓央嘉措的宁玛世系，还具体说到他研习宁玛经典的情况：“总之，凡一切藏土所有的教派如萨迦、格鲁、宁玛等，其能所熟之灌顶以及能解脱之传授、经教、密咒，等等，无论显密，不分流派，全都加以闻习。”
著名藏学家于乃昌先生认为，根据史料所记，五世达赖本人也奉行红教密法，并有论述红教传统的著作传世。五世达赖对桑结嘉措有一定的影响，而第巴桑结嘉措是五世达赖传统的坚定的维护者，也是选择六世达赖的决定性人物。鉴于他的思想倾向，“他在红教世家中选定信仰红教的仓央嘉措为新达赖是不足奇怪的”。
德国人H.霍夫曼所写《西藏的宗教》引述大卫·德尼尔的论证也说：“仓央嘉措很显然是被传授了一些密法，这允许他甚至是鼓励他过一种在我们看来是放荡的生活。这种生活对一个不学密法的人说来的确意味着放荡。”
作者还举出在清朝档案中有一份准噶尔王子旺拉布登（即策妄阿喇布坦）给康熙的信件。这封信责难六世达赖和桑结嘉措支持宁玛教派。信中还控告这位年轻的达赖不仅在拉萨木鲁寺，甚至还在布达拉宫的那个扎仓举行红教仪式，在大昭寺寺内亵渎觉卧佛，在上述两个圣地内树立佛像作为射箭和穿刺的靶子。据说准噶尔王的使者曾经亲眼见到上述情形。
关于策妄阿喇布坦上书清廷，对第巴桑结嘉措和仓央嘉措的指责，在《清圣祖实录》和魏源的《圣武记》中均有记载。《圣武记》卷五记载：“策妄疏曰：……（五世）达赖圆寂之后，第巴匿之不宣……而自尊其身，别奉红教喇嘛谓即达赖化身，诈传法旨，扰乱诸部。”
无论如何，仓央嘉措名义上是藏传佛教格鲁派的最高领袖，也是全藏的法王。格鲁派是藏传佛教诸派中形成最晚但戒律最严的一个教派，“格鲁”在藏语里的意思即是“戒律精严”。不过，作为大乘佛教，格鲁派尽管有戒律，但也认为为了众生的根本目的，可以变通采取各种方法，包括为了惩恶扬善的杀戮等，认为教化和榜样引导不是唯一手段。
在佛教界，一直以来都有一种意见，认为戒律只对小乘教徒有约束，而大乘教徒要从轮回中解救灵魂，应该享有权巧方便，有更灵活的方式。所以，很多人认为，戒律的本质是为了断除恶念，而不是为了持戒而持戒。真正的戒律在人心，目标比形式更加重要，戒律从来不是死板的教条。
实际上，佛教的一些戒律也不能生搬硬套，比如不食肉这一戒律，在藏传佛教中就无法施行，因为如果不食肉的话，处于牧区的喇嘛都必将饿死，还有谁能布道传法呢？再比如，在佛祖释迦牟尼时代，僧人开始说法前，往往有洗足的习惯，久而久之成为一条规矩。那是因为古印度的僧人要光脚随众乞食，脚板沾满泥，所以在学佛前必须洗掉。
再比如，印度天气炎热，人们维持身体热量消耗的食物较少，而且餐饭主要靠乞讨，如果坚持一天吃三顿饭，一是可能没有必要，二是如果用那么多的时间外出乞讨，哪里还有时间学佛呢？所以规定过午不食。可是到了中国寒冷的北方，僧人们如果也过午不食，一天只吃两顿，在冬天到了晚上就不容易抵御寒冷，对身体反而不好，所以就不必过于拘泥过午不食的规矩。
还有咒语，有人不知念咒语的本来目的主要在于通过声音共振慑服意念收心，所以一味迷信念咒本身的神奇力量，这样，到头来尽管念了一辈子咒语，念了一辈子“阿弥陀佛”，也是事倍而功半。
所以，对佛教戒律最重要的是了解其精神，而不是死板地模仿形式，那样戒律反而失去了意义。在西藏，有一首民谣表达了同样的意思：“用污水洗你的衣裳，一千回也洗不干净；投沙尘于雪山之上，无损于它的银辉。”
真正的戒律在于人心的善恶。宋朝邢居实的《拊掌录》载，欧阳修与朋友喝酒，规定各作两句诗，说明假如不追究你会犯什么罪。有一人说：“持刀哄寡妇，下海劫人船。”有一人说：“月黑杀人夜，风高放火天。”而欧阳修想了半天说：“酒粘衫袖重，花压帽檐偏。”即使是酒后臆想，有些人坏都坏不到哪儿去。所以，戒律只是形式，如果心无慧根，持戒再好终究也难抵诱惑，等于无用。
没有理解就不是真正的遵守，恪守教条终归意义不大。比如，有个朋友说，他曾接到一本现代人编写的劝孝书，里面大多还是沿用“二十四孝”的东西，囫囵吞枣。本来是为了劝人行善，结果引用的例子中有的“孝子”为了母亲活埋儿子，有的让老婆常年给婆婆喂奶，有的赤身躺在冰上化冰求鱼……这些行为，在今天的孩子们看来，简直就像是疯子所为，这样的教条，所带来的效果到底是好呢还是不好呢？
在春秋时期，齐桓公有三个近臣，均是用卑鄙的手段讨悦取宠：一是竖刁，自宫入内；二是易牙，烹子媚君；三是开方，弃亲求荣。他们表面上表达了忠心，实际上是居心叵测，相互勾结祸乱国家而已。
所以，经受过怀疑考验的戒律和信仰，才是最坚固的。一位哲人曾说：“一个人最好不要一直信仰他生来就属于的宗教。他必须在什么时候抛弃他生来就得到的那些态度和信仰，否则冒险永远不会开始。一个人不应该停留在出生的地方。一个人应该到未知的角落去，感受它所带来的振奋和鼓舞。”
有一位法国女导演对中国很有研究，她说最不喜欢的京剧角色就是包拯，因为“这个人太正，谁都能猜到他会怎么说，让人没有期待和惊喜，不像一个经常会犹豫、有时会徇点小私情的正常人”。所有的伟人都是从“正常人”开始的。尽管一些宣传会刻意加以美化，但如果一个人从小就很了不起，年轻时也不犯一点错误，那不是太不正常了吗？这样的人，就像那位法国女导演说的一样，只能让人敬而远之。
一位朋友曾说，对“是人都做不到的道德”的歌颂，就等于对“是人都做得到的道德”的放弃，这才是道德沦丧、礼崩乐坏的本源。
在佛家看来，没有空性的悲心不能入道，没有悲心的空性也不能入道。唯有悲心空性双运，才能入道而成就遍知的佛果位。也就是说，没心没肺的四大皆空，那是心死，那是“枯禅”，是与佛家的修心背道而驰的。大乘佛教的本质，就是悲心与空性的双运，而所谓菩提心，就是大乘的本质和自性。
所以，尽管颇有争议，但西藏老百姓至今仍然喜欢仓央嘉措，他也是历代达赖中最有人缘的一个。
比如，据有关专家考证，藏文《七世达赖传》中就记载说：当仓央嘉措被执送“走到哲蚌寺时，僧侣们含着眼泪，在一片祈请声中，舍命从蒙古人手中抢走仓央嘉措，迎至甘丹颇章。拉藏汗闻之，即调兵攻打。其时，仓央嘉措顿起不忍之心，说‘生死对我已无什么损失’，言罢，无所畏惧地径直前往蒙军之中”。
仓央嘉措作为六世达赖喇嘛在西藏的深入人心，从一个有趣的事实上也能够看出来。仓央嘉措舅父的家族因为是达赖喇嘛的亲戚，长久以来都享有“第巴古相”（意为王亲贵族）的尊号。他的家族拿着政府的封文，可以世代享受土地、农奴、房产的占有权，并免支差赋。
据专家考证，每当新的达旺总管到达旺上任，或错那宗本冬季到仓央嘉措舅父家族所在的门隅收税时，“第巴古相”就穿戴整齐，骑马携礼，亲临达旺行见面礼，并请达旺总管或错那宗本验认封文，照例沿袭。直到1853年之前，仓央嘉措舅父家族的后裔还世袭职务，只不过后来因为发生纠纷，西藏地方政府才取消了旧有规定，改由西藏地方政府委派。
1853年，西藏地方政府噶伦给门隅各地官员发出的指令如下——
错那宗本、达旺细哲、绛喀溪、三错、达巴、邦钦、勒布、章朗河流域、上下绒朗等的头人、白姓尊卑上下人等一体知悉：
门古香巴乃是六世达赖的舅家……绛喀溪管理人员中由他家充任之一员，自本年起为了减少纠纷，由政府收回。
9、 青海湖畔的谜团
仓央嘉措被废黜之后的命运可谓扑朔迷离、莫衷一是。官方报告称在押解赴京途中病死。不过，最新的考证越来越倾向于他其实并未病死。由于仓央嘉措作为达赖喇嘛的转世在藏区仍然深得人心，当时的西藏地方统治者和北京的清廷谁也不知道究竟应该怎么处置这样一位退位的达赖喇嘛——他们既不能冒加害于他的风险，也不能继续给他活佛的礼遇。
最后，受到康熙皇帝训斥的押解人员想出一个万全之策，请求仓央嘉措自遁而去。自此，仓央嘉措看破红尘云游四方，苦心修行。最后在阿拉善一带落脚弘法，而他自己也在走下佛坛之后真正悟道，成为一位真正的高僧大德。
《清圣祖实录》中记载：“（拉藏汗）陈奏假达赖喇嘛情由。授命护军统领席柱、学士舒兰为使，往封拉藏为翊法恭顺汗，令拘达赖喇嘛赴京。拉藏以为执送假达赖喇嘛则众喇嘛必至离散，不从。席柱等奏闻，上谕诸大臣曰：拉藏今虽不从，后必自执之来献。至是，驻扎西宁喇嘛商南多尔济果报拉藏起解假达赖喇嘛赴京，一如圣算，众皆惊异。”可见，对于如何处置仓央嘉措，拉藏汗的想法前后矛盾，而这正是当时西藏复杂的社会情势的反映。
根据《清圣祖实录·卷二二七》记载：“康熙四十五年十二月庚戌，理藩院题‘驻扎西宁喇嘛商南多尔济报称，拉藏送来假达赖喇嘛，行至西宁口外病故。假达赖喇嘛行事悖乱，今既在途病故，应行文将其尸骸抛弃’，从之。”