六月初三日，公驻建德县。驰摺奏：安庆之围，不可撤动，盖取以上游制下游之势。臣南岸一军，先守徽、宁要县，暂不深入，庶免贼抄我后路之虞。至于地方公事，未可置为缓图。臣在皖南驻扎行营，仍于安庆水次设立老营，规模与行省衙署相似。历年文卷概存水次官署，专委司道大员经管。其地方寻常事件，即令代拆代行，紧要者汇封送营核办。此臣兼管地方变通办理之大概也。附片奏已革守备成名标请开复原官。又片奏水师各营候补候选人员，请援照咸丰六年奏准前案，各照升衔，给予封典。又片奏调四川万县知县冯卓怀来营差委。又奏副将成发翔复姓归宗一案。初四日，拔营启行。初九日，途次奉到上谕：“曾国藩现已抽调兵勇万人，由宿松进驻祁门，俟鲍超、张运兰、李元度到后，即行分路进兵。具见胸有成竹，谋定后战。惟苏省待援迫切，该署督惟当催令鲍超等迅速来营，会筹进剿。但能援师早到一日，即早一日救民水火，实深殷盼。该署督现统兵勇较单，未可轻率前进，宜加持重为要。”钦此。十一日，行抵祁门县。各军以次集，公调派择要驻营。十三日，派员专管地方案牍。其时文卷，日以繁多，乃仿照平时衙署章程，分别吏、户、礼、兵、刑、工六科，择书吏收贮，汇归安庆老营。十六日，奏报行抵祁门日期一摺。并奏陈：鲍超、张运兰均难刻期至皖，左宗棠、李元度新募之勇，则须七八月间陆续前来。臣兵力过单，未敢轻进。又具摺奏称：杨载福、彭玉麟本系臣之旧部，兹复奉旨，归臣调遣，自应钦遵办理。
惟军情未可遥度，奏报不可太迟。杨载福统率水师，谋勇器识，度越诸将。所有江面战守事宜，仍令该提督自行具奏。附片奏：钦奉寄谕“徽、宁等府，本曾国藩兼辖地方，该处军务，并由该署督督办，自觉事权归一”等因。臣查询徽、宁两郡兵勇不能得力。臣初到祁门，情形未熟，兵将未齐，未便接办皖南军务。张芾所部各军，应暂由该副都御史统筹调度。是日，又与官文公、胡公林翼会奏请令左宗棠督勇来皖一摺。维时张公芾在徽州被人纠劾，而左公宗棠曾奉旨赴川省督办军务也。公治军八载，转战两湖、江、皖等省，与地方大吏，分主客之势。
至是兼任疆圻，百务填委。乃以安庆水次为老营，设立行署，奏派大员，总理地方文卷，札委银钱所、军械所、发审所各员弁，刊发营制营规，训饬各营将领士卒，刊发《居官要语》一编，训饬僚吏，密札司道，举劾属员，札各营统领，举劾营官哨弁，均得以密函上达。札饬道府州县官，访求地方利病、山川险要，留心所属绅民之才俊、田野之树畜。现前急应办理事件，均用书函答复。出示晓谕江南北士民凡六条：其一，禁官民奢侈之习。谓吴中民俗好善，而遭祸之故，由于繁华。其二，令绅民保举人才。以两江之才，足平两江之乱。其三，安插流徙。
凡衣冠右族、经生大儒与殉难死事之家，均令地方官加意存恤，贫乏者给予囗食之资。其四，求闻己过。凡己之过失与军中各弊端，许据实直告。其五，旌表节义。于行营设立忠义局，委员采访，详复事实，或由地方官汇报，或由该家属亲邻径禀，随时汇案具奏。请建总祠总坊，其死事尤烈者，另建专祠专坊，以慰忠魂而维风化。其六，禁止办团。军兴以来，各省团练未闻守城杀贼之攻，徒有敛费扰民之害。自后非其地、非其人，毋得擅自举办，其从前各处练丁支领囗粮者，概予裁撤。又出示晓谕军营兵勇，严禁骚扰，三令五申，词极剀切。接见守令各员，教之以廉静为体，以善听断为用。虽军事倥偬之时，而修理秩然不紊矣。二十日，公子纪泽来营省视。江苏城邑，扰陷殆遍，避贼者群集于上海。贼复陷松江，扑犯上海，薛公焕督官军固守。贼之入浙江者，围湖州，逼近杭州，分陷各属城邑。皖南之贼，攻围宁国甚急。官绅皆望公以军赴援，公牍私函至者日以十数。公以军将未集，弗能遽进也。公之在营也，未明即起，黎明出巡营垒，阅操练。日中清文卷，接见宾僚，以其馀时披览书史，不使身心有顷刻之暇逸。尝称时局艰难，惟劳勤心力者可以补救。前后数十年，治军治官，虽当困苦危险之际，以至功成名遂之时，不改其度焉。二十四日，奉上谕：“两江总督著曾国藩补授，并授为钦差大臣，督办江南军务。”钦此。
七月初三日，驰奏钦奉谕旨斟酌进兵兼顾皖南军务一摺。奏称：臣自行抵祁门后，瑞昌、王有龄迭次催臣援浙，张芾亦催拨兵赴援宁国。钦奉谕旨，饬臣斟酌办理。臣以鲍超尚未旋鄂，张运兰一军虽入江西境，又经抚臣毓科留防。袁州新军未齐，统将未至，往返商办，徒托空言。且待兵将齐集，察贼势最重之处，疾趋而痛剿之。至徽、宁两处防军，历年取用浙饷，约计千万，浙中恃为长城，本省别无防守之师，一旦藩篱尽撤，任贼长驱，杭州惨遭浩劫，周天受、张芾不能不任其咎。皖南地方辽阔，处处与江浙毗连，一片逆氛，几无完土。惟系臣兼辖地方，自应力筹兼顾。如奉旨归臣督办，断不能更顾浙江。又具摺奏保道员李鸿章，请简授江北地方实缺，兴办淮扬水师。附片奏江南河道总督，奉谕旨裁撤，添设总兵一员，特保水师营官副将黄翼升，请简授淮扬镇总兵一缺。又具摺奏湖南平江县，捐建忠义祠，汇祀阵亡员弁勇丁，请列入祀典，饬地方官春秋致祭。
附片奏行营设忠义局，采访江苏、安徽等省历年剿贼阵亡殉难官绅士女，随时奏请，分别旌恤。兹以宁国县殉难绅士程枚一家男女十人为第一案。初七日，兵部火票递到补授总督谕旨。同日奉上谕：“薛焕僻处海隅，兵力单弱，剿办恐难得手。此时苏、常一带并无重兵攻剿，都兴阿尚在英山驻扎。江北各军，无人总统，深恐贼势北趋，剿办愈难措手。曾国藩现授为钦差大臣，事权归一，责无旁贷，大江南北，均应妥为布置。著即飞催左宗棠、李元度、鲍超、张运兰等到齐，由池州、广德分路进兵，规复苏、常。其江北一带尤为紧要。应如何布置之处，并著先行筹画，免至临事周张。该大臣膺兹重任，务当统筹全局，迅扫逆氛，以副委任。”钦此。初十日，置木匦于营门外，许军民人等投书言事。十二日，公拜发恭谢天恩一摺。奉朱批：“卿数载军营，历练已深。惟不可师心自用，务期虚己用人，和衷共济，但不可无定见耳。”钦此。公又奏通筹全局一摺。奏称：左宗棠、李元度、鲍超、张运兰均未到皖。顷闻窜杭之贼回扑广德，州城失守；宁国一城，群贼环萃，势孤援绝。目下皖南危乎其危。臣军调齐以后，须攻广德，援宁国，不能绕越皖境，径趋苏、常，上海、嘉兴相距愈远，文报梗塞，实难兼顾。至江北军务，迭奉谕旨，饬催都兴阿驰赴扬州，迄今未能成行。以臣愚见，淮、徐风气刚劲，不患无可招之勇，但患无训练之人。抑即函商官文、都兴阿酌带楚军千人，先行驰往。到江北后，用楚军之营制，练淮、徐之勇丁。若得一二名将出乎其间，则两淮之劲旅，不减三楚之声威。臣力所能勉者，当勤恳以图之，力所不逮，亦不敢欺饰。又奏保新授浙江温处道李元度调补皖南道缺一摺。江浙贼氛大炽，纷纷请援于公。十四日，接奉派兵援剿宁国之旨。十五日，接奉由严州转战而东赴援浙江之旨。十七日，接奉统师南下，规复苏、常郡县之旨。二十一日，接奉派兵救援浙省之旨。二十二日，驰奏复陈四次谕旨一摺。奏称：臣由皖南进兵，以急援宁国、急攻广德为要。力不能兼顾，则以专救宁国为要。徽、宁等属，一片贼氛，皖南不安，臣军且有岌岌不保之势，何能屏蔽浙江？更何能规复苏、常？目下兵力未齐，上不能分圣主宵旰之忧，下不能慰苏人云霓之望，寸心负疚，惶悚无地。附片奏团练一事，实为地方大弊，皖南岭隘纷歧，若筑碉设卡，尚可以资防守。在籍编修宋梦兰，众论称许，请赏加侍讲衔，令其董劝绅民，兴筑碉堡。又片奏保安徽臬司毛鸿宾堪胜江苏藩司之任。又奏报江长贵收复广德州城一片。是日，接奉上海危急设法救援之旨。又奉派拨兵勇赴援宁国之旨。
二十四日，张公运兰到祁门营。二十八日，拔营由徽州、旌德进援宁国。是月薛公焕击贼，却之，上海解严。张玉良攻嘉兴不克，全军败溃，杭州戒严。贼陷金坛县，周威毅公天孚等死之。贼杀戮极惨。京囗将军巴栋阿守镇江府，派提督冯子材攻丹阳。
八月初一日，公出至渔亭，巡视营垒。奉到上谕：“张芾著即来京。所有皖南军务，统归曾国藩督办，周天受著交曾国藩差委。”钦此。又奉上谕“薛焕片奏江南贼匪滋蔓难图，惟以重兵直捣金陵，该逆必回顾根本等语。著曾国藩体察情形，或即先捣金陵，亦可牵制贼势”等因。钦此。公调派副将宋国永代领鲍超所部霆字营一军，进攻泾县，以援宁国。李元度新募平江勇，行抵江西贵溪。公亟调来徽州会剿。初三日，驰奏张运兰、宋国永分路进兵日期一摺。附片奏：上海情形已松，臣军未能即图金陵。又片奏：杭城危急，浙省贼势浩大，非数千人所能救全。必须左宗棠新军到后，配足万人，乃可赴杭援剿。骆秉章奉命督办四川军务，奏请左宗棠入蜀，湖南本省空虚，人心惊恐，左宗棠未克成行。恳恩敕令骆秉章暂缓入蜀，俾左宗棠星夜兼程来皖，合两湖、江西之全力，以救浙而攻苏，或有补于万一。初七日，李元度领军到祁门。贼再陷广德州，攻扑宁国府。