一身湖海恨茫茫，
缟素裹身仇未偿。
壮士扯篷东洋去，
波涛万顷任尔闯。
明末福建海商的兴起，以郑芝龙为代表。郑氏海上贸易集团的兴起与衰亡表现了明末福建商帮发轫时复杂的历史风貌，成为闽商登上历史舞台的先声。
郑芝龙是明末著名的海商。他小名一官，字日甲，号飞黄（或称飞虹），福建南安石井人。生于1604年，1661年被杀。他一生既经商获厚利，成为郑氏海商集团的重要人物；又先后就抚于明廷和清廷，在政治、军事舞台上扮演过显赫的角色，产生过重要影响。
郑芝龙出生于小官吏之家，父亲郑绍祖曾做过泉州库吏。郑芝龙少年“性情荡逸，不喜读书，有臂力，好拳棒”。他所生活的东南沿海是个海商辈出的地方，其母舅黄程就是个经常来往于日本、广东之间的著名商人，其母黄氏也是个很有经商才能的妇女。在这种环境的影响下，郑芝龙从小就对经商有浓厚的兴趣，总想自己也有机会大显身手。
明天启元年（1621），17岁的郑芝龙到广东香山澳寻母舅黄程。香山澳当时是中外贸易中心，商贾云集，店肆林立，繁华非常。黄程见外甥到来十分高兴，便留他做经商的帮手，还让他接受了天主教洗礼，取教名为尼古拉（一说为贾斯帕）。郑芝龙的海商生涯便从此开始。他先后在澳门、马尼拉等地从事过贸易，还在台湾地区替荷兰海商做过事。在与中外商人的广泛接触中，他学会了葡萄牙语和从事海上贸易的实际知识，为后来广泛开展海上贸易活动打下了基础。
天启三年（1623），黄程有一批白糖、麝香等货物搭载著名海商李旦的船去日本贩卖，派郑芝龙随船押送到达日本后，郑芝龙在平户逗留期间娶了日本女子田川氏为妻，次年（1624）生下一子，即郑成功。在日本逗留期间，郑芝龙与李旦华商贸易集团建立了亲密关系。
李旦是日本平户的华商领袖，拥有大批船舶，专门从事日本、台湾地区、福建沿海之间的贸易活动，并不时率手下的武装商船配合国外海盗滋扰大陆海疆，被明廷称之为“海贼”。郑芝龙依附李旦后，很快取得了信任，被收为义子。不久李旦去世，郑芝龙便继承了李旦的大部分财产和部众。也有记载说是郑芝龙巧取豪夺了李旦的遗产。不管具体情形怎样，总之李旦的大量资产、船舶和部众确已落入郑芝龙手里，从而构成了郑氏海商资本的重要来源之一。
郑芝龙海商资本的另一个来源是接收颜思齐海商集团的财产。颜思齐是福建海澄人，亦在日本组织了海商集团。郑芝龙在日本加入这一集团不久，他们进据台湾，招漳州、泉州之民3000余人，进行海上贸易活动。在此期间，郑芝龙参与了把盘踞澎湖列岛的荷兰人从澎湖运到台湾地区的活动，为荷兰驻台湾长官迪？韦特担任翻译。天启五年（1625），颜思齐在台湾染病身亡，郑芝龙继任集团首领。从此，郑芝龙拥有了李旦、颜思齐两支海商集团的资财与部众，初步形成了自己的海商资本，开始独立活动于福建沿海一带，进一步招兵置船，扩大实力。此时正逢福建连年大旱，灾民甚众，郑芝龙劫富济贫。他每到一地，就让当地富人助饷，称之为“报水”，从不胡乱杀人。饥民闻知郑芝龙乐善好施，为求活路，纷纷投靠于他，使他聚众数万，拥有的船只也从数十艘迅速增加到上千艘。到崇祯初年，郑芝龙海商集团已成为一支颇有影响的海上商业力量。
但郑芝龙海商集团发展迅速，称雄于东海，还是在他投靠明廷，获得朝廷庇护之后。
明朝末年，国内各种矛盾十分尖锐，明政府对东南沿海各路海盗一时穷于应付，虽曾组织过征剿，却未见明显效果。在这种形势下，为了集中力量镇压国内农民起义和抵挡满洲军队的进攻，明政府不得不对郑芝龙实行招抚政策，以期借助郑氏海商集团的力量去平定东南沿海海盗的骚扰，解除后顾之忧。
对于郑芝龙来说，当时海外还有杨六、杨七、李魁奇，钟斌、刘香等海商集团。他们同郑氏时合时离，是郑氏海商集团的主要竞争对手。郑芝龙为了发展海上贸易，也想借助明朝廷的力量，除掉这些竞争对手，以达到垄断海上贸易的目的。所以，他早已有心接受明朝廷的招抚，对于郑芝龙的这种态度，明朝官员自然表示欢迎。
崇祯元年，在泉州知府王猷建议下，新任福建巡抚熊文灿派卢毓英前去招抚郑芝龙。郑芝龙于是率部投降，被明廷授予海防游击之职。当时，福建各地旱情继续蔓延，饥民遍野。郑芝龙就向熊文灿建议，由他集资，安置一部分饥民到台湾垦荒，以解民困。熊文灿闻言大喜，欣然同意。郑芝龙陆续招得饥民数万，每人发给牛种银若干，用船载到台湾，垦荒种田，收获后再向郑氏交租。从此，台湾岛汉人激增，土地逐步得到开发。
郑芝龙受招抚后，仍保持一定的独立性，并非完全接受朝廷差遣。比如辽东松山一战，明军不敌满洲兵的进攻而败退，大学士蒋德琛向朝廷献计，想调郑芝龙以海师援辽，但郑芝龙不愿离开福建远行，便加以拒绝，朝廷对他也无可奈何。与此同时，郑芝龙却借助明政府的庇护与支持，竭力扩大自己的势力，从崇祯元年至八年，展开了消灭异己、控制东南制海权的斗争。
崇祯二年，郑芝龙发起了消灭李魁奇海商集团的战斗。起初，郑芝龙与明军协同作战，连战皆捷，李魁奇落荒而逃，到了广东。在广东海商集团的支持下，李魁奇建造了一批坚固的乌尾大船，接着率船队回师厦门，包围了郑芝龙船队。郑芝龙焚烧了自己的船只，登陆逃走，凭城自守。一时间厦门海面成为李魁奇横行无忌的场所。然而李魁奇恃胜而骄，慢待下属，郑芝龙趁机采用离间计，唆使李的主要助手钟斌叛离，削弱了李魁奇的势力。紧接着，郑芝龙统领渔兵，在同安知县曹疆泰以及钟斌等人的配合下，突袭李魁奇。李魁奇毫无防备，仓促应战，被郑芝龙打得晕头转向，终至全军溃败，李魁奇本人亦被擒。这样，郑芝龙取得了争夺制海权第一个回合的胜利。
消灭李魁奇集团后，郑芝龙乘胜前进，又击溃了杨六、杨七海商集团，斩杨六、杨七于浯州港，收其部众，进一步充实了自己的力量。紧接着，郑芝龙一鼓作气，又消灭了广东褚彩老海商集团。
崇祯三年，郑芝龙在明政府的支持下，再战钟斌集团。本来在擒获李魁奇时，钟斌出了不少力，但他不愿久居郑芝龙之下，不久即叛去。明政府于是资助郑芝龙坚船利炮进剿钟斌。在泉州一带，钟斌中了郑芝龙埋伏，大败而逃，后被逼投海身亡。
在逐个消灭了上述各海商集团之后，当时在海上能与郑芝龙相抗衡的只剩下刘香海商集团。刘香集团拥有数千人，船百余只，规模相当庞大，他们“杀伤官军，横行粤东、碣石、南澳一带地方”。面对这个强大对手，郑芝龙在明政府的支持下，先后经过六次激烈战斗，逐步削弱了这一集团的力量。崇祯八年（1635），郑芝龙大战广东田尾洋，向刘香集团发动了最后的总攻击。郑军和明军从四面包围了刘香所乘的大船，奋力攻击，刘香走投无路，举火焚船，自己也投身火海中。刘香一死，军中无主，该集团全线溃败，郑芝龙乘胜追击，夺得大小船数十只，斩杀和俘获数百人，彻底剿灭了这个海商集团。
除了与国内海商集团对垒外，这一时期郑芝龙还面临着荷兰海盗的侵扰，所以在剿灭各海商集团的同时，郑芝龙也倾力对付荷兰海盗。
荷兰海盗占领台湾以后，经常在海面上游弋，截夺商船，封锁中国的对外贸易，严重威胁着郑氏集团的利益。郑芝龙一方面保持与荷兰的商务关系，另一方面对荷兰海盗的挑衅行为进行针锋相对的斗争。早在天启七年（1627）郑芝龙就抚于明廷之前，就曾与前来进攻的荷兰海盗在福建铜山岛进行了一场较量，结果是荷兰殖民者被打得丢盔卸甲，狼狈而逃，郑芝龙奋勇追击，俘获数艘荷兰大帆船与快艇。后来在荷兰人一再请求下，郑芝龙又把快艇归还给他们。不久，双方签订了为期三年的沿海贸易协议。崇祯三年（1630），郑芝龙又与荷兰驻台湾地区长官普特曼斯订立荷人对郑氏船只不得进行伤害的协议。
当然，荷兰殖民者是不会放弃海盗行径的。崇祯六年（1633），荷兰驻台湾地区长官普特曼斯率八艘战舰偷袭厦门，不宣而战。厦门港内大量明军船只和郑芝龙的一些船只毫无戒备，被荷舰全部击毁。当时郑芝龙正在广东，闻讯赶回，积极备战。不到两个月时间，又重新聚集各种兵船150艘，会同闽粤水师，迅速发动反击，连战连捷。金门料罗湾一战，郑芝龙大破荷舰，焚毁大型夹板船五只，俘获一只，烧死、生擒大批荷兰人，并缴获大量武器弹药。此役被时人称为海上数十年未有的“奇捷”。崇祯十二年（1639），郑芝龙在福建湄州湾再次击败前来骚扰的荷兰人，焚毁荷舰多艘。至此，荷兰殖民者再不敢入窥闽境，不得不与郑芝龙重新和好。崇祯十三年（1640），双方达成关于海上航行和对日贸易的协议，荷兰人被迫向郑芝龙纳税。
通过对国内海商集团的围剿和对荷兰海盗的反击，郑芝龙的势力急剧扩大，完全拥有了东南沿海的制海权。与此同时，他也为明朝立下了赫赫战功，因而不断获得晋升，从参将到副总兵，又从总兵升南安伯，再晋封平夷侯，最后封为平国公。他的家人也因此得势，接连跻入官场。郑氏家族可称得上是“一门声势，赫奕东南”，“芝龙以虚名奉召，而君以全闽予芝龙也”。
郑芝龙自从雄踞东南沿海后，利用自己在海上的武装实力和明朝要员的身份，独擅通洋巨利。他一面积极扩大海上贸易，派统辖的3000艘商船穿梭往返于日本、台湾地区、吕宋（今属菲律宾）和东南亚各国之间，成为荷兰东印度公司的竞争对手。另一方面，又继续向商民索取“报水”（助饷）。当时北至吴淞，南至闽粤，海船没有郑氏令旗不能往来。要想得到郑氏令旗，在郑氏武装船队的保护下自由航行，从事海上贸易，每船必须向郑芝龙纳金两千。这种“每舶倒入二千金”，其实是“引税”和“水饷”的合二而一，既起着海上贸易通行证作用，又是对海商索取的军饷。这样，郑芝龙一年收入以千万计，虽身为明总兵，但“十余年养兵，不费公家一粒”，且所募之兵，都能“厚饷以养之”。
郑芝龙不仅垄断了海上贸易，而且田园遍闽粤，达数万顷。每年田租收入不计其数。这里还不包括他募饥民到台湾垦地收租所得。郑芝龙家财无算，富可敌国，生活上奢华无比。他曾花巨资在家乡安平（今福建南安安海镇）大造宅邸，“宅第弘丽，绵亘数里，朱栏锦幄，金玉充物”，甚至“开通海道，直至其内，可通洋船，亭榭楼台，工巧雕琢，以至石洞花木，甲于泉郡。”他每次出游，都带数百随从前呼后拥，八面威风，而且衣着华丽，让人分辨不出主从。福建巡抚沈猷龙母亲过生日时，郑芝龙前去祝寿，进献一株高尺余的珊瑚，上面装饰着珠龙金碗。沈猷龙正惊叹不已，他又拿出一犀角所雕之树，也是高尺余，外表全用黄金铸成。郑芝龙认为：“世无君子，天下皆可货取耳……黄金胜百战矣”，为了取媚邀宠，他不惜挥金如土。他还大肆贿赂朝臣，曾一次派人携银十万两进京打点。他这样做也确实得到了很多好处，官运亨通。官做得越大，权势就越大，也就能更充分保护自己的商业利益，从而使财富越积越多。他仅贮存在厦门的财富，就有“黄金九十余万两，珠宝数百镒，米粟数十万斛，其余将士之布帛，百姓之钱谷，不可胜计。”