唯识宗，他所尊奉的经典是“六经十一论”。分别是：《华严经》、《解深密经》、《如来出现功德经》、《阿毗达摩经》、《楞伽经》和《密严经》等，是其六经；其十一论是：《瑜伽师地论》、《显扬圣教论》、《大乘庄严经论》、《集量论》、《十地经论》、《分别瑜伽论》、《唯识二十论》、《观所缘缘论》、《辩中边论》和《大乘阿毗达摩集论》。在这“六经十一论”中，主要经典是《解深密经》和《瑜伽师地论》。因为其余诸经的思想体系较杂，有的如《华严经》是讲“法界缘起”的，这就不同于唯识讲的阿赖耶识缘起。所谓十一论，过去就有“一本十枝”之说。这个一本就是《瑜伽师地论》为根本，而其余则是枝叶。因为，《成唯识论》是奘基二师糅译成的，是唯识思想资料的一座“宝库”，简约丰富，理论精深，所以，研究唯识，重点是阅读一经（《解深密经》）二论（《瑜伽师地论》、《成唯识论》）。
唯识宗的基本思想是以“阿赖耶识”论和“种子”说的世界观、“四分”说与“三自性”的认识论及“五位百法”和“因明”逻辑的方法论。
麟德元年（664），玄奘在玉华宫译场圆寂，译经事业中止。在玄奘圆寂之后，窥基住锡长安慈恩寺，专事撰述。奘基师徒创立了唯识宗的思想理论体系，窥基继承玄奘师遗志，以长安大慈恩寺为祖庭，大力弘扬唯识宗旨，组织本宗队伍。于永淳元年（682）圆寂于慈恩寺翻经院。其弟子很多，能传其宗者为慧沼阇黎。
慧沼，一作惠沼，或惠照，俗姓刘，名玄，又以“入法修身，不违戒苑”，时称“沼阇黎”。祖籍彭城（今江苏徐州市），后迁淄州（今山东省东北部），因此亦称为“淄州沼”。15岁那年在唐高宗为其新生儿子（睿宗）祈福度僧时，他就此得度出家。相传他曾亲近过玄奘。青年时就博通经藏，能讲《法华》、《般若》、《涅槃》等经。咸亨三年（672）始从窥基、普光受学。以其慧解超群，被称为“山东遍照”。他的唯识、因明诸疏，大概就是此十年间禀受师说，渐次写成的。在基师去世（682）后，他游化诸郡，讲经说法20余年，致使唯识宗又兴盛了一段时间，开元二年（714）圆寂，世寿六十有四。他一生曾被驿征3次，诏讲2次，补纲维大德6次，敕译经论4次，受到当时朝廷的重视、优遇。其著作现存10种，计40卷。主要有《成唯识论了义灯》14卷、《因明入正理论义纂要》1卷、《因明入正理论义断》2卷、《因明入正理论续疏》等等。其中，《了义灯》和基师的《成唯识论枢要》、智周的《成唯识论演秘》总称“唯识三疏”。主要是祖述基说，并加以补充阐发，更重要的是对圆测、道证等诸家异说给予一一批驳。其《因明入正理论续疏》是对窥基著作《因明入正理论疏》到喻过部分时，因病故绝笔。所作的补注解释，称为《续疏》。
据说慧沼有一种“当仁不让于师”的求真精神，他不但对圆测、道证、法宝等前辈的异说一一批驳，没有一点妥协的态度；就是对其基师主张，有怀疑的地方亦要求得一个是非；甚至对师爷玄奘的教授，也要经过透彻思考才予接受。正是他的这种“当仁不让”，力排众议的求真精神，充实推动了窥基学说思想的发展；就是在与以圆测为首的西明寺派的论争中，慈恩一系才能获得最后胜利。维护了慈恩一系的唯识正统地位，沼师功不可没。