1895年，中国在甲午战争中败于日本，这对其近代历史发展的速度和方向影响至巨。日军给清军的几次毁灭性打击，使清廷标榜30年的“自强求富”完全破产。日军摧毁了中国有史以来仅有的一支现代舰队，也把维持了半个多世纪的东亚国际秩序打乱了。1895年4月17日，日本在马关把媾和条件强加给倒霉的李鸿章后不久，便引发了欧洲政治家所谓的远东问题。除了赔偿战胜国日本军费约1.6亿美元外，中国还被迫割让台湾全岛及所有附属各岛屿、澎湖列岛和辽东半岛给日本。不到一周，沙俄又伙同德、法两国强迫日本交出辽东半岛。其后的6个月里，沙俄为掠夺满洲所策划的阴谋，使英国人焦虑不安。后者更感兴趣的是扩大对华贸易，而不是中国的领土。年初，英国驻广州副领事仍认为维持现状是有可能的：“看起来的确是这样：虽然中国政府实际上被解除了武装，无力抵抗外国劲敌，但它仍有足够的力量维持国内的安定——保持中国这头大奶牛的安定，俾让外国人挤奶，同时有可能只让日本人取得他们应得的一份。”
然而，旧的秩序已不能恢复。包括英国在内的列强，不再是只分享商业特权，而是很快地为垄断权而进行竞争。他们一方面保持徒有其表的中国主权，另一方面则按沙俄驻华公使喀希呢伯爵的意见行事：“谁想要中国什么东西，谁就提出来，直截了当地拿去好了。”数年间，列强竞相争夺租界和租借地，使中国面临瓜分和亡国的威胁。“保持中国这头大奶牛的安定”已不可能。事实上，甚至在这个国家感受到帝国主义列强激烈争夺的巨大压力之前，依稀的危机感实际上就已产生。
日本的胜利使中国人民大为震惊。欧洲人虽曾使他们造成惨重损失，但也从未有过如此巨大的震惊。他们受到东亚同种人——中国悠久传统的从前受益者——如此可鄙的打击，这是难以想象的。国家易受侵害这个弱点的充分暴露，必然在人民群众中产生屈辱、惊恐的情绪及政府威信急遽下降。战争也使人们重新认真思考中国该怎样对待工业化文明的挑战。日本之所以取得胜利，仅仅是由于它有效地使用了现代武器，还是因为它在非军事制度方面进行了改革？对儒家学者来说，这是当前更有必要考虑的问题。作为战争的直接后果，虽然他们中的大多数人不敢打破传统的中国政治和文化，但还是有一些人采取前所未有的步骤，组织、鼓动激进的改革。而使他们醒悟的国家日本，则成了他们最喜欢仿效的模式。
欧化的中国人，曾对1895年以前的维新嗤之以鼻，现在比过去任何时候都更不相信清廷的任何别的补救办法。在他们看来，即使是受外国的统治或善意的监护，也是可取的。7月，一位英国官员就听到何启的内弟伍廷芳一次非常绝望的表白：“我宁可看到中国成为第二个印度，也不愿它现在这样存在下去。它已丢尽了面子，软弱无力，而且毫无改善的希望。”
商界也充满了危机感，对外国人的竞争日益不满。商人们开始组织起来，迫切要求改革。一般说来，在战争期间被课以重税的富商，对朝廷能否有效地使用国防经费持怀疑态度。殷实市民也对当局能否对付正在社会下层蔓延的骚乱而担忧。在全国各地，那些士气低落、无饷可领而被遣散的士兵，成群结伙加入游勇或秘密会党的行列。
在广东，被遣散的士兵尤其是严重祸患，而其他一些因素则更加重了战后的创伤。与南方其他沿海各省一样，这里比北方对失去台湾看得更严重。此外，广东被一位总督统治长达五年之久，其劣迹引起公众强烈不满。4月，这位总督被免职，其因由据说是为防止起义的爆发。因为这位总督正是负责战争事宜的李鸿章的哥哥，为此他曾征集一支庞大的地方军队，以支援他的弟弟在北方进行战争。战后，士兵大都被遣散，流落于广东各口岸。早在5月，粤东就爆发了三合会和行踪不定的绿林起义，持续数月之久。9月和10月，又发生新的骚乱。与此同时，孙中山及其追随者正在招募三合会会员和绿林分子，为突然袭击广州作准备。
早在3月，即在《马关条约》签订之前，在香港的密谋者已作出起义的决定。在此后的几个月中，当估计起义会比预期的要顺利时，他们便制订了详细的行动计划。
他们准备在10月26日，即农历重阳节那天发难，届时度假的熙熙攘攘的人群可为之提供掩护。攻击分几路进行。由三合会会员和从广东沿海地区招募的其他勇敢分子组成的突击队在香港集中，他们将携带武器弹药——都装在贴着波特兰士敏土标签的木桶里——乘船向广州进发。这些人的任务是进攻衙署，杀死或俘虏在该处的文武官员，从而使全省的指挥系统陷于瘫痪。郊区各县的三合会会员和绿林分子，则一齐进攻省城的要害地点，以牵制和消灭忠于朝廷的军队。由于袭取广州较有把握，密谋者还可望得到省内外各地的起义响应。潜在的战士是现存的，现在需要的是胆量和金钱。
筹措经费主要由杨衢云负责。杨在香港的关系很多，因之香港方面的事务都由他掌管。杨衢云新吸收的一位兴中会会员，卖了一所房子，捐资8000港元；50年前，这位会员的父亲曾与首批基督教徒一起，被派往美国学习。还有1万多港元则是一个匿名商人所捐献，他是在一块墓地里把钱交给杨的。这些款项，加上夏威夷的汇款和孙中山给的数目不详的钱，足够这次行动之用。孙中山把行医得的钱，全都捐出来了。
在设计青天白日革命军旗的陆皓东和三合会老手郑士良等老朋友的协助下，孙中山亲临广州指挥。他在地方最高当局的眼皮底下，编织了一张遍及广州社会各阶层的颠覆网，显示了他是个富有想象力、有胆识但不顾一切的密谋者。
广州地区约有30名当地社会人士与孙中山密切配合。在这些社会人士中，有几位来自孙中山的家乡香山县的海军军官，密谋者指望他们破坏广东的部分舰队。另一位重要人物，是华人基督教牧师，他经营的宗教书店——圣教书楼，恰好坐落在广州一条有名的大街上，是密谋者秘密开会和贮藏军火的地方。来自夏威夷参与行动的两个成员，则受命率领一队来自其家乡香山县的战士（兴中会夏威夷分会的另一位成员、曾慷慨捐资充军费之用的农场主邓荫南在香港活动）。据说，孙中山从夏威夷带来几位西方同情者——“军事专家”，内有一位美国（或英国）化学教师，在广州郊区临时建立了一座秘密军火库。
为掩盖自己的真正目的，孙中山以热心的革新分子姿态出现。他及其密使，一方面秘密用现金和许以抢劫等手段罗致三合会及绿林的头领，另一方面极力提倡普及教育和促进科学的农业及其他与其名字分不开的改革事业。10月初，他宣布成立“农学会”，得到权贵们的赏识。看来孙中山博得广州的士绅更多的认真的合作。然而这些人并非全对他的意图一无所知，至少有一位雄心勃勃的进士，知道他正在干什么和等待什么结果。
刘学询，这位因经营彩票而积攒了一大笔财富的香山知名人士，在此多事之秋看到实现其建立一个新王朝梦想的机会业已到来。他自己不去冒险，而是鼓励孙中山密谋，希冀转化为对己有利。显然孙中山助长了他的这种欲望。但是，孙中山及其同志并未曾打算冒自己的生命危险，去满足刘学询的野心。然而，孙中山始终认为有必要与他打交道，这是其权变的政治作风的明显标志。只有像孙中山那样自信和乐观的人，才能为操纵别人下这样大的赌注。
孙中山喜欢运用宽宏的策略，容易在思想上产生妥协的危险。这种爱好，亦可从他希望缩短革命进程得到说明。如前所述，孙中山认为，中国在国际上的处境十分危险，不允许一场旷日持久的流血斗争。由于广州密谋的中坚分子不足50人，因而求助于外围分子是必要的。除了时刻想涌进省城的饥饿的士兵外，那些愤愤不平的官绅亦可利用。他们的财富及声望，可为出身卑微但受过外国教育的基督教皈依者领导的起义，增加一点实力和抬高一些身价。然而，正因密谋者也有外国背景，所以他们重视香港，争取英国人的支持。为了谋求外援，必须把兴中会早先提出的民族主义和共和主义的目标降低一些。
孙中山从前的老师何启博士，充当了他们的影子“外长”。何启未曾正式加入兴中会，却出席了最初在香港举行的一些会议。在争取《德臣西报》和《士蔑西报》英人编辑充当即将举事的新闻代言人一事上，他也出了力。3月，《德臣西报》——先前刊登过何启的论改革匿名文章——透露，“改革党”正准备推翻清王朝，并建立君主立宪统治。该报极力规劝外国人不要像在太平天国起义期间那样支持清政府。编者宣称，这些革命党人所持的观点很开明，以至很难相信这是中国人的看法。这些革命党人旨在可能的条件下，通过“和平手段”取得政权，决心“使他们的国家摆脱暴政的邪恶制度，正是这种制度把中国排除于西方的影响、西方的贸易和西方的文明之外”。编者接着说，这个新政权为了使其改革卓有成效，将乐于任用外国顾问；它将承认中国的所有债务，继续把帝国的关税作为债务抵押，而且将暂时委托外国人负责国内的税收事宜；更重要的是，它将“为英国的企业和资本提供一条新的出路”；使这个有理智、有节制的革命形象变得完美的则是这个声明：革命的目的是建立一个新的王朝，“没有提出要建立一个共和国”。
显然，这个声明意欲迎合通商口岸的愿望和偏见。但是，其精神却与温和的民族主义相一致。长期以来，这种民族主义一直是孙中山的夺取政权、振兴中华方案的组成部分。诚如已指出的那样，孙中山及其同事认为，没有外国的赞许，要在中国实行重大的改革是不可能的。尤其是这种改革倘若由他们——在国内没有强有力的社会基础的人——领导，更是如此（他们没有忘记太平天国起义的结局）。他们还认为，满足外国的奢望与恢复国家尊严及主权完整，两者并不矛盾。他们自认是西方文明的代表，并且宣称：西方列强特别是英国将会发现，由他们将西方文明引进中国，对双方都有利。必须注意的是，在考察孙中山的特别的政治姿态时，一定要考虑到他喜欢掩饰，以及他为了达到自己的目的而利用别人和其他势力，并对自己这方面的能力非常自信。
由于意识到外国人大都对中国共和政体的前景持怀疑态度，所以密谋者认为，显示自己倾向于在中国建立一个受外国人监护的王朝是恰当的。对那些老牌的中国通来说，这更合乎情理，因为这些人虽然对清政府不满，但害怕革命会带来破坏性的后果。实际上，密谋者虽难预料突袭广州结果如何，但在暗地里商议时，仍冀图这次行动能为共和国的建立铺平道路。
在预定举事前两周，被推为未来的临时政府“大总统”者是杨衢云，而不是孙中山。由于杨衢云及其追随者控制的香港基地十分重要，孙中山及其密友便对杨衢云作了让步，但不能认为事情就此结束。他们设想，如果突袭广州成功，孙中山在广州的重要作用会使他成为当然领袖。可是，10月26日，广州密谋者不是猛攻衙署，而是一枪未放便竞相逃命。
早些时候，虽然警方已对孙中山有所怀疑，但是很难使总督相信，孙中山不仅仅是一个装腔作势、高谈改良主义陈词滥调的与世无争的怪人。而且直到他们掌握了确凿的证据后，当局还是不愿因逮捕一位外国传教士的信徒而冒招惹这些传教士的风险。然而，到了10月26日，密谋者在香港走漏了风声，杨衢云招募的活动分子已引起当局的注意。无论如何，杨衢云已无法按原定计划行事。在广州的同谋者意欲延迟这次行动，可是警察已经跟踪他们。孙中山脱逃了，他的朋友陆皓东及其他几个领导人被捕。28日，当杨衢云的突击队在广州上岸时，警察已经在那里恭候。这支突击队由约400名苦力组成，后来他们声称是受雇来当“官军”的，每月十港元。两个在船上的乘客，被认为是招募人员而被拘留。其余大多数人不是当时逃走，就是后来被遣散。当局要抓的是罪魁祸首。被捕的陆皓东等魁首被处死。为把孙中山捉拿归案，当局出了最高的赏格。
据英国领事说，省衙的官员为事先防止了这次“严重的起义”而庆幸。可是他怀疑这些官吏是否对此事作了追究。官员中有一种看法，认为调查会使政府得到“不好处理的情报”，并迫使他们“采取严厉的措施追查下去……以致促使迄今为止并未防止的叛乱突然发生”。因此，省衙只是谴责一小撮麻烦制造者“煽惑”群众。但是，清廷并不认为孙中山及其朋友是一般的煽动者。这些人的基督教背景，引起了它对洪秀全等太平天国领袖的不愉快回忆。
10月29日，孙中山来到香港。康德黎叫他去请教一位律师。后者劝他及其朋友尽快离开此地，认为即使英国拒绝引渡他们，但避开清政府的暗探也是明智的。此时，适值一艘日本货船上有舱位，孙中山、陈少白和郑士良便乘这艘船前往神户，于11月12日抵达目的地。此际，孙中山发现，自己已不是一般人物，日本的报纸已注意到他了，因为这些报纸宣布，“中国革命党领袖”已抵达神户。
但是，广州密谋失败后，几乎谈不上什么政党了。中国是禁区，因而那些未被逮捕的密谋者，便成了漂泊各地华侨社区的流亡者。杨衢云在东南亚停留一段时间后，便到约翰内斯堡定居。他在那里建立了兴中会分会，但只有少数粤籍商人和劳工参加。
孙中山亦感很难激起再谋举义的热情。横滨有数千名粤籍人士，出席孙中山主持的兴中会分会成立仪式的只有15人，“但是，他仍能向两位非常热心的追随者借到足够的盘缠去夏威夷旅行。他自信能把自己伪装起来，剪掉辫子，留起胡子，换上西服，俨然是个日本人。孙中山的肤色，比多数中国人的黑一些。诚如1896年12月3日《德臣西报》所描述，他”身材适中，瘦而结实，言谈深刻，态度诚恳，在中国人中是少见的。
1896年1月，孙中山抵达夏威夷，与其亲属——为逃避清政府可能的报复而离开中国的他的妻子、两个孩子（儿子生于1891年，女儿生于1895年）及其寡母——在一起住了6个月。第二个女儿将于11月出生。只要孙中山亡命在外，他那富有而慷慨的哥哥，是会照料在茂宜的一家人的。
尽管孙中山没有使士气低落的夏威夷分会振作起来，但还是筹到了足够下一站旅行的费用。在赴美国之前，他不期而遇正要回英国的康德黎博士及其夫人。孙中山此后的打算尚未确定，他想访问欧洲，增长见识。他应允在伦敦拜访康德黎，而这位从前的老师则想说服他继续其医学研究。
孙中山的三个月美国之行完全失败，但是，此行却使清政府大为惊恐。面对一位显然是不屈不挠、威胁要用海外资金煽旺起义之火的极为活跃的鼓动者，清廷采取了不寻常的措施，在东南亚各大城市张贴悬赏缉拿孙中山的布告。驻世界各地的中国外交官也提高了警觉，参与追捕。在美国，他们可以毫不费劲地监视孙中山横越大陆的行踪，因为他的“伪装”已被戳穿：中国驻华盛顿使馆，有一张他在旧金山摆着姿势拍摄的照片的复制品。所以在9月底孙中山离纽约前往利物浦时，中国公使提醒在伦敦的同僚注意；后者立即询问英国外交部，孙中山到此地时能否将其引渡。得到的答复是否定的。10月1日，孙中山抵达伦敦，住在康德黎夫妇为之安排的位于葛兰旅店街的寓所里。距康德黎在覃文省街的住处不远。
孙中山在伦敦历险，是从通常的旅行方式开始的。在其一生中，此事也许比其他任何插曲都受到更多的宣传。广州密谋失败后约一年的时间里，孙中山寻求赞助均告徒劳，体验到一位职业革命家所遭到的极其痛苦的挫折。现在，他表面上准备暂歇一下，其实已把注意力转到伦敦种种诱人的事物上面。他经常拜访康德黎的家。与此同时，中国驻英使馆雇用的密探也在不断地跟踪他，提出许多乏味的报告，公使又把这些报告转寄海外各地。引渡不成，使馆便采用另一种办法，准备把他押送回国。可怕的惩罚正等待着他。出人意料的是，正是孙中山本人为使馆提供了机会。
虽然孙中山公开否认，但包括他私下吐露的其他迹象表明，他如此粗心大意，竟然至少两次随便走进中国使馆。10月11日是最后一次，他终于被囚，拘系了12天。这是没有争论余地的；倘若英国当局不出面干预，孙中山将被秘密押送回国而受惩处，这亦是毫无疑问的。
看来，无论是伦敦的风光，还是大英博物院图书馆藏的巨著，都未使孙中山中辍自己的主要工作。传播革命福音的强烈愿望总是压抑不住，为了寻找自己的同胞，特别是广东同乡，他走进了使馆。他一到伦敦，就一定注意到这座建筑，因为它就在距康德黎家不远的波德兰区。刚到伦敦时，康德黎夫人和孟生博士都告诫他：要避开使馆。可是孙中山受到这样的教育：完全相信英国尊重法律，认为只要不致被引渡，就无理由大惊小怪。此外，他确信能隐瞒自己的身份。于是他便在10月10日化名走访使馆，遇见一位粤籍雇员，约定他次日再来，然后两人同赴利物浦会见广东海员。但是，这位雇员将此事告诉了上司，后者乃不费力气确定此人就是孙中山，旋制订计划，待他再来时即予拘留。
第二天，孙中山开始受折磨了。他是否自投罗网，抑或如他后来所强调，是被“诱进”使馆的，而且他以前从未去过。凡此均无关紧要（遗憾的是，孙中山这两天的活动，司赖特侦探社没有充分记述）。英国当局的看法是，不管他怎样进入使馆，拘留他便是违反外交特权，因而在国际法上开创了先例。但是，他们首先必须了解发生了什么事。孙中山被囚禁在三楼一个房间里，由于音信不通，每想到国内等待着他的是什么，便感到恐惧。他想象自己的“眼睑将被割掉”，最后是“碎尸万段”。
绑架孙中山的主谋，是中国使馆参赞马格里爵士。他是苏格兰军医，曾在与太平军作战的清军中服役。他熟知清廷急于捉拿孙中山，于是下了毒手。孙中山被囚禁后的三天里，马格里一直为租船把一个“疯子”送回中国而进行谈判。款项是没有问题的。他的上司通过海底电报，授权花7000英镑办理此事。与此同时，马格里截获了孙中山试图送给康德黎博士的一些书信。
经过一周的极度痛苦之后，孙中山的说服力并未稍减。他终于使中国使馆的仆役、一位名叫柯尔的年轻的英国人相信，他不是疯子，而是和“伦敦社会党领袖”一样的持不同政见者。当这位仆役犹豫不决、不敢对马格里抗命时，孙中山给了他20镑现金，并答应以后再给1000镑，倘若他能给康德黎博士捎信的话。这期间，柯尔向使馆的英人女管家透露秘密，她决定亲自向康德黎告警，在博士的信箱里留下了一封匿名短简。博士早已为长时间找不到其朋友而担忧，亦在四处打听。第二天（10月18日），柯尔送来孙中山写在两张名片上的信。信中说：“我于星期日被绑架到中国使馆里面，将要被偷运到中国去受死刑，请即速救我。中国使馆已经雇好一船，载我回中国去，我沿途将被封锁起来，不能与任何人通消息。唉！我的大难到了！”
此后，康德黎和孟生不曾稍歇。当天，他们竟日与苏格兰场警署、外交部及《泰晤士报》社联系。在英国官员整理他们的陈述，而《泰晤士报》对这些陈述扣压不发的同时，两位博士在对付使馆。康德黎雇了一名私人侦探监视这所大楼。次日，他请司赖特侦探社担当这项工作（如是脚踩两只船的侦探社，便能不断地把营救当事人的进展情况告知马格里）。然而，这时首相兼外相沙士勃雷已授权部属干预此事。19日晚，苏格兰场警署开始日夜监视使馆，泰晤士河区警察也奉命监视所有开往中国的船只。孙中山虽已得知朋友予以干预，但仍焦虑不安，又请柯尔把另一封信捎给朋友。信中写道：“我出生于香港，我在四五岁时才回中国内地。作为一个合法的英国国民，据此你能使我出去吗？”
孙中山的这种做法是多余的。22日，英国外交部决定敦促中国使馆释放他。马格里要求假以时日，以便报请清廷批准。康德黎和孟生则按官方的意见，向中央刑事裁判所一位法官申请，运用人身保护法令反对使馆。虽然这位法官把责任推回外交部，但他们的申诉引起了《地球报》的注意，当天就出特辑披露了此案的真相。