思来虑去令蒋介石最担心的还是“四大家族”中的“二陈”，亦即陈果夫、陈立夫兄弟。以蒋宋联姻为基础，逐步形成的“蒋、宋、孔、陈”四大家族，是蒋介石在大陆独裁统治的支柱，而在建立新的政治架构中尤其是让蒋经国接班问题上，他们是最大的障碍。宋子文、孔祥熙已远走高飞。陈果夫、陈立夫则不一样，他们还在台湾，长期掌控国民党的组织、人事大权，ＣＣ系曾经多次暗地里搞些小动作，挑战他的权威，阻挠蒋经国在政坛发展。陈立夫在“政大”的表演，使他对其更加保持戒心。消除这个障碍那只是迟早的事情了。在南京政权覆灭前夕，蒋介石被迫“下野”，召见有关人士时，蒋愤怒地说：“共产党没有打败我，都是自己人打败的。”然后，手指着陈立夫说：“就是你们这班人。”
蒋介石这次决心首先拿“二陈”开刀，大刀阔斧地“改造”国民党。他说要把台湾建成“反共复国的基地”，“唯一可循的途径，就是摆脱派系倾轧的漩涡，涤除人事纠纷的积习，从头做起，改造本党。”他还放风说，为了完成“改造”党的任务，他将毫不留情。熟知他的秉性的人心里十分清楚这句话的含义。不仅如此，他进一步向“二陈”施压，在一次中常会上，他问陈立夫：“你们弟兄俩跟着我这么多年，没有想到会被共产党赶到这海岛上来吧？”
陈立夫对蒋还抱有希望，顺着话说：“确实没有想到今天这个局面，惭愧！”蒋介石接着问道：“不知道你对我的改造现在有什么认识？”
陈立夫愈来愈感到事情不妙，他只好检讨说：“我是认为，大陆失败，党、政、军三方面都应出面承担责任。党的方面，当然由我和果夫承担。我俩就适宜参加党的改造了。”陈打算以大包大揽地承认错误，换取蒋介石的原谅。其实，蒋介石早有安排了，他指定的中央改造委员会中已把陈立夫排除在外，而陈果夫也只是在安慰性的中央评议会中挂了一个名而已。
应该说蒋介石这样安排非常巧妙，也是一个毒招。
因为，此时的陈果夫已病入膏肓，活不了多久。而陈立夫能干事，却什么职务也不给他安排。陈立夫十分清楚蒋的用意，于是顺着蒋的心思提出去美国，蒋则顺水推舟。临走前，蒋介石亲自送了他５万美元，然后说有事离开了，让夫人接待他。在一旁的宋美龄送了一本《圣经》给陈立夫，说：“你过去担负这么大的责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应。这里有一本《圣经》，你带到美国念念，你会在心灵上得到不少安慰。”陈立夫听了这话啼笑皆非，瞟了蒋介石的肖像一眼说：“夫人，那活着的上帝都不信任我，我还想得到上帝的信任吗？”
同年８月，陈立夫离开台湾到美国定居，在新泽西州以养鸡为业，陈果夫第二年就死了，赫赫有名的“二陈”就这样销声匿迹。
“二陈”问题解决，其他的人就不在话下了。
山西王阎锡山在大陆期间接替孙科担任“行政院长”一职，蒋介石在复职后的第五天，就免去了这一职务，他没有反抗的能力了，到一个清闲的地方隐居，埋头著述，想以文字传天下。
白崇禧被委以“战略顾问委员会”副主任的职务，后来为了用白崇禧对付李宗仁，送给白一个中央执行委员会委员，即使这样，白崇禧也感激不尽，成为批判李宗仁的先锋。
权倾一时的何应钦，到台湾后，自称要“闭门思过”，蒋介石过意不去，给了他一顶“总统府战略顾问委员会”主任的帽子，何应钦既不“顾”也不“问”，关起门来“著书立说”。蒋介石对其他嫡系亲信，也一个个地扫地出门。
严格整肃，从“娘家侄”头上动土
“二陈”刚刚被打入另册，尚未了结，蒋氏父子又编织罪名，制造了“毛邦初案”。
且说当国民党改造运动进行整肃阶段时，“毛邦初案”不早不晚浮出水面，轰动了台湾海岛，并引起海内外的极大关注。应该说此案并不是一般的违纪整肃，令人扑朔迷离，众说纷纭。
众所周知，毛邦初是蒋介石原配夫人毛福梅的亲侄。
一日夫妻百日恩。尽管蒋与毛福梅婚变，同宋美龄结合，但蒋对毛邦初、毛民初、毛瀛初三兄弟仍一如从前，极力栽培。在毛氏三兄弟中，精干聪明当数毛邦初，因此也最受蒋介石青睐。北伐战争后期，为加强空军建设，曾被蒋送到苏联学习飞行。返国后追随蒋介石鞍前马后，官职步步升高，人们也风言风语。抗战中，他与周至柔协手，立过赫赫战功。从1943年起改任国民党“驻美空军购料处”主任，常驻美国，从事采购工作，1946年晋级为空军副司令。内战开始后，蒋介石曾多次汇巨款给毛邦初，授权其在美国购置空军装备和后勤补给品。蒋介石下野后，一面令俞鸿钧将黄金、白银、美元运往台湾，一面又给毛汇去1000万美元。后来蒋又令“空军总司令”周至柔电致毛邦初，将1000万美元提出，以他私人名义分存华盛顿、纽约及瑞士银行，以免为李宗仁政府冻结。此事充分表明，当时蒋对毛还是十分信任的。
事过境迁。
到了1950年11月，美国参议员诺兰夫妇抵台访问时，蒋介石热情接待。其宴会间，诺兰除了向蒋介石说了许多“将在美国国会支持中华民国”的好话后，同时又提出今后台湾空军购买器材的差事由他代办为好。诺兰还称：美国国会议员在若干航空制造公司颇具影响力，如由他采办器材，可以少花钱多办事，他还可以动员国会议员加入支持台湾当局的行列，以解除台湾目前的外交燃眉之急。
蒋介石没加思索就愉快地答应了诺兰的要求。
其后，蒋介石便指示“空军总司令”周至柔通知毛邦初，将采购器材的工作移交给诺兰办理。毛邦初接此命令，大为气愤，认为蒋介石对他不信任了。此时诺兰又登门催毛移交购买器材款项。话不投机半句多，二人吵将起来。后来诺兰又找到台湾驻美“大使”，“大使”出面调停无效。毛邦初就是不交，诺兰又找到隔洋的蒋介石。蒋电话致毛，毛不仅不接蒋的电话，还将此事告知在美做寓公的前“代总统”李宗仁。李宗仁听后说：“此款既在代总统任内之事，本人应有审查大权。”
接着，蒋介石又催促毛邦初，毛说此款项系李宗仁代总统任内汇出，蒋无权支配这笔外汇。
至此两人脸面撕破。
毛在美国，与蒋的死对头李宗仁结合一起，揭发蒋的1000万美元来路不正，声明要追查到底。毛还扬言说他手中保存有蒋在美国进行“游说活动资金凭据”。游说活动是蒋介石退台后，采纳“总统府”秘书长王世杰建议，到美国游说，收买陆军外援蒋集团，对民主党政府施加压力，以修改对华政策。此项“游说活动”的电文通过毛邦初主持的“驻美空军购料处”专用电台时，被毛截获。李特嘱毛邦初：“不得移交，并责其保全档案，藉资审察。”
再说，毛与蒋抗命的这段时间内，美国有人站出来，怀疑台湾当局是否利用“美援”进行“游说”活动，立案调查。蒋介石闻之大为不悦，认为都是毛邦初提供有关“游说”材料，加之毛与李搞在一起，愤怒异常，故借当时肃整时机，1951年8月21日宣布毛邦初停职查办，并令其迅速返台，听候处理。
毛邦初一不做二不休，被撤职后，拒不返台，不交“赃款”。
蒋介石眼见指挥失灵，亲自指令“司法行政院”政务次长查良监前往美国向法院起诉。当查抵美后，毛邦初闻风携巨款潜逃墨西哥。蒋又令查前往墨西哥。后来墨西哥当局以毛邦初伪造入境证非法入境将其拘留，准备提起公诉。
当时台湾报纸上连篇累牍地报道此事，蒋介石与国民党中央也声言要严办查处，闹得风风雨雨，但最后也是不了了之。
排除异己，“孙立人案”始末
从国民党改造以及改造以后的日子，蒋介石念念不忘内部清洗，继续为公子经国升迁鸣锣开道。这时，陆军总司令孙立人，在蒋对“吴国桢案”处理上打抱不平，颇有微词，同时本人性格桀骜不驯，才华过人，学识、能力和资历，皆在蒋经国之上。蒋的“既定方针”将受到挑战，于是寻找机会挤掉孙立人，只需时间安排了。
不久，“孙立人兵变”事件就发生了。
１９５５年８月，蒋介石以“孙立人兵变”的罪名立案，将孙立人拘禁起来，孙大喊冤枉。当然这也不是空穴来风，台湾特务机关抓到一名叫郭廷亮的“匪谍”，郭是孙立人部队的少校营长。经过调查，孙立人与郭案并没有直接责任。
因为孙时任陆军总司令，三军反响极为强烈。同时，大洋彼岸的美国也引起轰动。蒋介石要干什么？人们不约而同地睁大了眼睛。
孙立人，安徽省舒城县人，1901年生。清华大学毕业后，曾留学美国印第安纳州的普度大学，后转入西点军校，与乔治·马歇尔元帅是同学。回国后，在党务党校任军训队长，１９４０年任师长，随后率部参加远征军赴缅甸作战。曾在仁安羌解救被围英军，反攻缅北时又立战功，被誉为“东方的隆美尔”，获英国皇家勋章。在蒋介石与史迪威的争斗中，他坚决站在蒋的一边，支持蒋。因此，虽然非黄埔嫡系，仍深得老蒋的信任。抗战胜利后，特别是在蒋介石发动全面内战后，孙被委任重要的军事职务。退台后，老蒋任命孙为“陆军总司令兼台湾防卫司令”。应该说这是蒋于困难中为取悦美国好感而精心安排的。
在台湾，军权在握的孙立人自恃有功，又是“美军的宠儿”，“委员长的爱将”，除了蒋介石外不把任何人放在眼里，公子蒋经国也不例外。孙立人一直对国民党官员的腐败，对蒋的家天下不满，很想改革弊政。蒋经国在部队中建立“政工制度”时，加强特务统治，以控制军队，孙立人对这种做法极为反感，曾联合美国军事顾问团团长蔡斯进行抵制。这样，就给了蒋介石以新的口实。
在查办吴国桢之后的三个月，蒋介石下令免去了孙立人“陆军总司令”的职务，而改任为“总统府参军长”，这是一个虚职。接着，蒋氏父子编织罪名，把孙立人置于死地。
因被打入冷宫，孙更加痛恨蒋家王朝。尤其是对兵变之事，认为言而无据。孙不服，蒋于1955年8月20日下令成立“孙立人兵变案”调查委员会。孙案调查委员会主张对孙立人不予以处刑。最后的治罪理由，则为“于军中成立小组织”。欲加之罪，何患无辞？作为陆军总司令，下属一个小组织还需上批，真是无稽之谈。
最后，蒋介石以“准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时考察，以观后效”为托辞，将孙终身软禁。
蒋经国死后，于1988年3月20日开释。这年孙立人已九十余岁了，胡须、头发皆白，共软禁了三十余年。比张学良还惨，因为他没有张的自由多。
“孙立人案”发生后，“总政”发动“效忠总统运动”。使台湾偏离民主之道更远，把蒋的个人独裁和神化又推向一个新的高峰。这是完全的愚民政策和推行帝制的运动，是倒退和复辟的运动。
应该说，这时台湾的民主，多停留在蒋介石口头上、党纲上、文件上，但对他本人却不适用。因杜鲁门弃蒋，蒋也更恨杜鲁门。在蒋的眼中，美国人既不肯帮蒋反攻大陆，又反对他的独裁，甚是“可恶”。而孤居台岛的蒋介石，虽然把亲美派吴国桢、孙立人等已经搞掉，清除了民主主义的代表人物，而强大的民主主义思潮，美国竞选的民主方式，使蒋介石统治的台岛难以抵制。
曾几何时，蒋介石苦思良策，而最好的办法，莫如既信赖美国，又在民族精神上形成反美的情绪。此既可从中获得人民的拥护或好感，又出了他对美国人反复无常的这口恶气。