孙中山听后，欲言又止，沉默良久，然后说：“我何言哉！我病如克痊愈，则所言甚多，当先至温泉休养，费数日之思索，然后分别言之。设使不幸而死，由汝等任意去做可矣，复何言哉！”
孔祥熙4人再次请求说：“吾等仍愿听先生之吩咐也。”
汪精卫还说：“我等今已预备一稿，读与先生一一请听，先生如肯赞同，即请签字，当做先生之言，如不赞成，亦请别赐数语，我可代为笔记。”
孙中山说：“可。汝可试读之。”
汪精卫立即取出所拟文稿，即著名的《总理遗嘱》。低声慢读：
“余致力国民革命凡四十年，其目的在求中国之自由平等。积四十年之经验。深知欲达此目的，必须唤起民众。及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗……”
孙中山听毕，点头说：“好，我极赞成。”
汪精卫取来笔具，请孙中山签字。孙中山说：“汝暂时收存可也，今日不须签字，俟数日后再酌。吾总还有数日之生命。”
3月11日，孙先生病危。这天是星期三，孙先生要把他从那张舒适的床上移到行军床上。孔祥熙、宋子文、孙科等围绕在病榻旁。汪精卫将预备好的《总理遗嘱》呈上去，孙中山先生因手力甚弱，不停颤动。无法自持。晚9时，夫人宋庆龄含泪托起孙中山先生的手腕，执钢笔签上“孙文”二字。他对国是的最后遗言是“和平……奋斗……救中国”。
3月12日，这是一个无风的天气，上午9时30分，中国民主革命的伟大先行者孙中山先生在北京铁狮子胡同行辕溘然长逝，终年59岁。
这样，孔祥熙便成了孙中山最后所见到的亲戚和同志之一，也是《遗嘱》的“证明人”。
事后，孔祥熙曾宣称，孙中山在病危时确认他对基督教的信仰，并要求按基督教规举行葬礼。但孙夫人宋庆龄对此断然给予否认，指出这“完全是假的”。说其目的在于否认孙中山是一个革命者。
主持孙中山葬礼名扬天下
孙中山逝世后，广州国民党中央任命孔祥熙为“总理治丧处主任”，全权负责葬礼。这一任命反映出国民党上层对孔祥熙的重用和信任，因为当时在北京操办葬礼的还有李大钊、林伯渠、于树德、汪精卫、宋子文、吴稚晖等人，他们都是国民党中央的执行委员或监察委员。却偏偏任命一个在国民党中央没有任何职务的孔祥熙为治丧处主任。这一职务使孔祥熙从此名扬天下。
有人认为此举足见孔祥熙在国民党内的地位之重要，实际上是既见其地位重要又可说无足轻重。说它重要是因为孙中山的葬礼受到全国和一些外国人的特别重视，出任这一职务需要斡旋方方面面的关系，没有一定才能和受到普遍尊敬的人是不能胜任的。在孙家和宋家，孔祥熙都受到信任，比较起来，他年纪较大，当时已经45岁，办事稳重，圆滑老练，没有政敌，能够处好同各方的关系。说他无足轻重，是因为孙中山的逝世，留下了一笔巨大的财富——这就是他的国民党领袖地位。窥视这一地位的人太多了，他们各有优势，互不相让。换了他们当中的任何一个出任治丧处主任，谁都会借此把这一职务演变为孙中山的合法接班人。在他们决斗尚未分出胜负之前，他们是谁都不能占据这个位置的，孔祥熙既有年纪大、是孙中山的亲戚和信任的同志以及办事老练的优点，又在党内没有任何职务，无论如何不可能由此成为孙中山的接班人，广州国民党中央的这一任命，从某种意义上说，是对身在北京的汪精卫的一个阻挠。
在最后的年月里，孙中山同苏联建立了良好的关系。他逝世后，苏联公使馆立刻下半旗志哀。其他国家过了一天也都下了半旗。俄国人还从莫斯科运来一口特殊的棺材，一口带玻璃盖的漆成黄色的钢棺材。在中国，棺材是用称为楠木的硬质木材制造的，最好的楠木来自云南西部山区。庆龄挑了一口传统的“头号”楠木棺材。
北洋政府鉴于孙中山在全国民众中的崇高威望，提出要由他们对孙中山举行“国葬”。但是孙中山生前不带一兵一卒前来与他们共商国是，他们竟出尔反尔，不听取孙先生的任何意见，现在先生仙逝，他们又想借他的名声来捞政治稻草，稍有头脑的人都不会答应。孔祥熙把这个消息报告后，唐绍仪、章太炎等政界元老首先宣告北洋政府为不合法政府，无权国葬总理。广州政府也明确表示坚决反对。孔祥熙于是转告北洋政府代表，葬礼自有安排，无须费心。在孔祥熙的安排下，孙中山身着大礼服、头戴礼帽，由侍从武官马超俊等舁入棺内。19日，灵柩移至中央公园社稷坛大殿。24日发丧致祭。前后参加致祭悼念的达14万人之多。
4月2日，孙中山的灵柩移至西山碧云寺。送灵的队伍超过了30万人。从天安门的中央公园出发，到碧云寺全程约30公里。绝大多数人是一直步行走到的。孙夫人身穿丧服，蒙着面纱哭着，是那样虚弱和哀痛，她的小妹宋美龄和孙的前妻的儿子孙科扶架着她的双臂。后面还有孔祥熙夫妇以及其他亲友。再后面是24个护棺人抬着的巨大灵柩。巨大的灵柩通过十里长街时，街道两旁挤满了数十万的人群。人们早就汇集到这里，从凌晨3点到上午10点，整整7个小时，他们等待着和领袖告别的最后一刻。最后，巨大的灵柩通过十里长街，伴着人们哭声移至坐落在白皮松林中的西山碧云寺大殿。而就在此时，身穿肥大袈裟的方丈才得到通知，说俄国的棺材此时运抵北京，他不满地说：“来的不是时候！”那口棺材在匆匆送往碧云寺后，被和尚放到一边去了。
在碧云寺孙中山停灵的龛内，孔祥熙作为治丧处主任，首先挂出了一副挽联：
功高华盛顿，识迈马克思，知易行难，并有名言传海内；
骨瘗紫金山，灵栖碧云寺，地维天柱，永留浩气在人间。
葬礼结束，孔祥熙在他的西总布胡同住宅里，专门腾出一间房子存放挽幛花圈。
孙中山的葬礼安排得十分圆满，从孙中山的逝世中爆发出来的民众感情浪潮，很快变成了他的革命思想的一次大宣传、北伐革命的一次大发动。
这次从孙中山北上、治病，到逝世、葬礼的费用，主要是由孔祥熙筹集的；保卫、治安、典礼及修路、运输等所需要的军、警，则由孔祥熙请冯玉祥的国民军解决。为安排护灵事宜，孔祥熙在北京又停留了一年左右。
指挥移灵别具用意
孙中山逝世4年后，已经在南京建立全国政权的国民党蒋介石集团，按照孙中山生前“希望辞世后葬回中华民国诞生地南京城”的遗愿，在他生前选中的墓址紫金山，花费白银400万两，建成中山陵寝；花费白银128万两，建成南京城的迎榇大道及有关设施。1929年1月14日，正式成立“中国国民党总理奉安委员会”，由蒋介石任主任委员，孔祥熙任办事处总干事，具体负责和指挥移灵、迎灵、奉安事项。奉安委员会又指定何应钦为奉安典礼总指挥，孔祥熙及赵戴文、鹿钟麟为指挥，孔祥熙又为“迎榇总指挥”。
5月22日，从欧洲刚刚回国的孙夫人宋庆龄，亲眼看着孙中山的遗体改殓铜棺。26日，马拉的灵车运到前门火车站。碧云寺则从此改为孙中山“衣冠冢”。28日，在孔祥熙护送下，载有孙中山遗体的迎榇专列南下至浦口。12时，灵榇乘“威胜舰”渡江至中山码头。孔祥熙率32名杠夫从舰上起灵。然后，他乘马指挥迎灵队伍至中央党部礼堂。从下午6时至6月1日晨4时，孔祥熙安排党国要员和外国使节致祭悼念守灵。5月31日下午6时，公祭结束，由孙中山的连襟蒋介石、孔祥熙和孙府长子孙科涂殡。
6月1日晨2时，孔祥熙和新任奉安总指挥朱培德，到中央党部安排当天的奉安大典。4时在国民党中央常务委员、立法院长胡汉民主持下。举行移灵典礼。礼毕孔祥熙执旗指挥，率领国府委员、中委、亲友把灵柩移至灵车，向中山陵运行。南京狮子山鸣礼炮101响，向孙先生致意。哀乐声中，运灵队伍缓慢前行，马路两边向孙中山致敬的民众达50万人。到达陵前广场，孔祥熙又指挥杠夫把灵柩抬向祭堂和奉安墓内。安放灵柩的同时，再次鸣礼炮101响，全国民众停止工作，默哀3分钟。孙中山先生的葬礼至此全部结束。
在孙中山奉安大典中，孔祥熙还专门写了千余字的祭文。这篇《祭孙总理文》写道：
太谷孔祥熙谨于中央党部祖饯之辰，爰具鲜花素果，致祭于灵前而言曰：
翳日月之易迈。伤圣哲之速迁，怅音容之久隔，
奄忽逾乎四年，青旗明于薄海，灵风郁其高骞，
溯丹心之救世，如白日之经天，发端绪于三民，
致治平以五权，蕲大同之速跻，谁审识乎知难，
为众生之先觉，予群速之指南，留福音于六合，
虽百世其莫殚，籍旒旌以美德，轶古今而谁先，
窃微生之多辰，得追随于生前，敢致诔乎鸿烈，
惟略陈其私言。亿负笈于彼美，接清尘于逆旅，
密谈娓其珠霏，高论纷如花雨，讶天禀之聪睿，
喜经邦之洪绪，愤昏淫于虏廷，怀侨压而危惧，
幸同气以相求。忝谋国之必兴……
誓努力于未死，期无负于九原，哀江南兮魂归，
昭万古兮埃尘，呜呼尚飨！
在中国现代史上这一少有的重大葬礼进行过程中，孔祥熙出力甚多，保证移灵中央公园、停灵碧云寺、迎灵南下、奉安中山陵等事顺利进行。
但是移灵南京的大典和当年北京的祭奠相比已经变味。孙中山逝世时，祭奠活动完全是民众的自发行动，是人民群众出于内心对孙中山的敬仰。孔祥熙也是怀着对孙先生的一腔敬意诚心安排一切的。然而这一次移灵大典却带上了浓厚的政治色彩，葬礼成为一场针对政敌和非蒋嫡系的政治仗。他们是要告诉世人。安葬总理的人，就是总理的信徒，就是三民主义的力行者，因而掌握国民党的统治权，具有不可替代的正统性。反对他们就是反对总理。就是反对三民主义，蒋、孔安葬总理的本意在此。通过葬礼，巩固国民党统治集团的权力，为南京城里的执政者违背总理遗教、篡改三民主义拉起一面遮人的大旗。在整个葬礼过程中，蒋介石一再企图靠近孙夫人庆龄，想以此证明他的合法地位，但是庆龄却不给他这个机会，在祭堂前，庆龄把蒋介石等人远远甩开，独自站在前面。使想借此捞取政治资本的蒋介石很不舒服。
当然，蒋介石、孔祥熙确是孙总理的亲戚，而这种亲戚关系是通过庆龄结成的，但是他们之间对于如何继承孙中山遗志已经发生了重大分歧。蒋、孔当时竭力掩盖这一分歧，使“总理奉安”增加了蒋、宋、孔等家族的政治资本。他们的亲戚关系，使得国民党统治中心不乏家族色彩，安葬、奉安总理一事更强化人们对家族色彩的认识。但是，在孙中山逝世后，孔祥熙和蒋介石、汪精卫一样，完全背叛了孙中山的革命思想。孔祥熙同蒋介石相互勾结，打着孙中山的旗号，歪曲孙中山新三民主义的革命精神，反对“联俄、联共、扶助农工”的三大政策。此是后话。第十七章择机出山第十七章择机出山
孔祥熙等局势明朗以后出仕，
蒋介石乱中取胜，一举夺取国民党最高权力
孙中山逝世后，被追认为中华民国的国父。
主持国父孙中山葬礼，使孔祥熙名传一时，但是，葬礼结束后，他仍然只能回到中俄会议督办公署，当他的“坐办”。在南方发展起来的国民党，并没有因此给他什么高位，潘益民给他相面“相”出来的大富大贵，还是不见踪影。
他的命运，注定只能在国民党产生出新的“领袖”之后，根据新的形势来确定。而他自己，这时既没有竞争继承权的资本，而且根本没有这种野心。
但是，在国民党内，围绕着孙中山的继承权，却展开了一场激烈的争斗。一开始，这场争斗是在汪精卫、胡汉民和廖仲恺3个人之间展开的，蒋介石因为是一名军人，而且年纪太轻，算不上一个真正的竞争者——没有人认为他能够得到这枚果实。