孔繁兹把儿子藏在家中的地窖里，不许他再出去惹是生非。义和团冲进福音院后，双方一阵混战，互有死伤。孔祥熙最敬重的魏禄义死于义和团乱刀之下。还有一些洋人被抓了起来，押在华美公学院内。
义和团没忘记那天和洋人在一起的孔祥熙，他们成群结队地来到程家庄搜查。孔繁兹又是谎称根本没见到儿子回来，又是暗中用钱疏通，义和团虽没在家里翻箱倒柜地搜查，但几乎天天来庄上问孔家要人，孔祥熙在地窖里哪里还敢露头？
孔繁兹看这样下去，儿子难免有一天被人发现抓走，只好派人找五弟孔繁杏，请他想法解救孔祥熙。孔繁杏到底有些办法，这天他托言回老家搬东西，带了一班衙役，鸣锣开道，后面两套马车，张张扬扬地回到程家庄，搬了些箱笼杂物。孔繁兹早把家里一只大木柜，让人打了些通气孔，要孔祥熙钻进去乘机逃走。谁知孔祥熙惦着关在华美公学的几个洋人，不肯自己逃生，非要一笔钱去买通看守，把这些人救出。孔繁杏费了好大劲，劝说犟侄子，先保住自己，才能救人。一直磨蹭到午后，才算把孔祥熙塞进大木柜，抬上马车，在义和团眼皮底下离开了太谷。
当年恩师到山西处理教案带来机会
孔祥熙在五叔的榆次官邸开始了他的避难生涯。
眼看八国联军要攻进北京，危急关头，清王朝又出卖了义和团，跟洋人议和。那些杀红了眼的洋鬼子，哪里肯罢休？义和团又把自己的口号改成了“反清灭洋”，跟八国联军和清军两面作战。腐败的清王朝，既不能剿灭义和团，更抵挡不住外国军队的炮火猛攻，北京防线一触即溃，慈禧太后只好裹挟光绪皇帝，出西直门狼狈逃难。李鸿章被任命为全权大臣，与洋人议和。攻进北京的侵略者，明火执仗地大肆抢掠，把个天子古都弄了个百孔千疮，面目全非。
德军统帅瓦德西担任了八国联军统帅，他不顾清政府屈辱的议和请求，洗劫了北京后，还扬言要向全国一切发生教案的地方进行报复。他们攻占了保定，设立了联军公所，成立了军法处，疯狂地要向中国人民全面清算。其实八国联军只有几千人的队伍，根本不可能向中国广大的地方全面进攻。但清政府被洋枪洋炮吓破了胆，一般百姓又不知道虚实，许多人被洋人的气势汹汹蒙蔽了。
孔祥熙听到了八国联军要向山西进攻的传言，他相信这是真的。他感到山西巡抚毓贤杀了洋人，太谷那样的小县也杀了洋人，洋人肯定要向山西报复。他既悲伤于曾经帮助他的魏禄义等人被杀，又不愿意豺狼般的八国联军去蹂躏他的家乡，便想凭借自己既是中国人又是基督徒的身份，从中进行斡旋，给外国人利益以补偿，换取他们放弃对山西的报复。
孔祥熙虽有此大志，但毕竟还只是一个20来岁的青年学生，会有人对他的想法给予关注吗？当然，这需要机会。不过，首先是要有这种想法，才能找到机会。
机会还真的来了！不久美国派出了曾在太谷担任牧师的文阿德来山西处理教案。文阿德就是当年给孔祥熙治病，并把他拉入教会的那一位，二人关系形同父子。听到文阿德来处理教案，孔祥熙高兴得发狂，他第一次提出要和五叔孔繁杏干一杯。
孔繁杏只比孔祥熙年长十几岁，二人思想接近，又有差不多相似的经历，早就过从甚密。孔繁杏当年步入官场，就遭到家族内一些人的干预，说是有违“孔门子孙永远不得出仕为官”的祖训，同遗老们闹过一场大别扭。与以后孔祥熙到教会医院看病、到教会学校上学所遭受阻挠的经历，如出一辙。这次孔祥熙在榆次县衙避难，叔侄朝夕相处，日日晤谈，感情和思想又接近了不少。孔繁杏当初就对巡抚毓贤亲自出面擒获洋人、就地杀头的做法不以为然，认为早晚会引起国际纠纷，现在时事已经验证了他的担心。他最怕八国联军进攻山西，因为联军如攻破娘子关，到太原必经他的地盘。无论联军是赶杀地方官还是荼毒百姓，他的日子都没法过。今天孔祥熙从外面回来，兴致勃勃地提出要和他喝一壶，孔繁杏想不出能有什么喜事值得这样高兴，依然忧心忡忡，但他还是命人准备了家乡的杏花村汾酒，切了猪头肉，蒸了米粉肉，准备了满满一桌下酒菜。
“五叔，我们大显身手、千古留名的机会来了！来，我先敬你一杯！”孔祥熙兴致勃勃。
“贤侄，究竟有什么喜事，你先说出来我听听。”
“当年给我治病的文阿德牧师受命到山西来办理教案了！”
“我不明白！”
“我们可以分头行动。我通过文牧师去说动外国人，请他们放弃对山西动武。你赶紧到省里活动，请我们山西籍的官员，都众口一词，把教案发生的责任，都推到毓贤头上，让他来承担一切。这样，山西就可以避免遭受战火，我们就可以为家乡做一件大事，这岂不是一件天大的功德？”
“嗯，倒是个好主意，只是对外国人的心思，我怕你难于把握。”
“我这几年在教会学校学习，跟洋人接触不少，对他们的思维方式还是有所了解的。他们并不像狭隘的乡下人，对一件事非钻牛角尖，他们是注重实际利益的，也是最善于在恰当的时候妥协的。对山西动武对他们并没有实际的好处，而只能结下新的冤仇。所以我感到我可以劝动他们，尤其是文阿德牧师前来，这样的机会更大了。”
“有道理！愿苍天保佑我们成功！干杯！”
“基督保佑！”
叔侄统一了思想，为他们的宏伟蓝图鼓舞，推杯换盏，喝了个星宿满天。
提出秘密条件使八国联军改变惩罚山西的措施
一辆帏幔拉得严严的马车，乘着黄昏的掩护，疾驰在太原市的街道上。嘚嘚的马蹄声，敲击着石板路面，里面的人听来，这像是一首进行曲，在为他的计划预祝成功。
孔祥熙没有在文阿德到达的时候去迎接他。一是他的身份不便在正式的场合出现，二来他不愿意过早地把自己的计划暴露于公众。他选择在文阿德安顿下来后，悄悄去会见，因为私下的窃窃私语比在众人面前大声叫嚷更容易让人注意和接受。
“啊，我的孩子！在这场灾难中，你没有遭到什么不测吧？”文阿德一见到孔祥熙，就张开双臂把他拥到自己怀里。
“教父，我自己很好。但是，你的继任者，把我送到潞河书院学习的魏禄义牧师却遭难了！愿他的灵魂升入天堂！”
“在世界已经跨入20世纪的时候，在中国竟然发生这样的事情，真是太悲哀了！那些乡野刁民竟然屠杀给他们带来基督福音的传教士，真是愚不可及！八国联军的军队马上就会从娘子关进入山西，你等着瞧吧，那些红腰带（义和团）会被一个个抓起来枭首示众，一个传教士的性命会用100个甚至1000个刁民的性命来折抵！我们会给他们一个永远的教训，让他们再也不敢如此……”
“我慈爱的教父！这些话你可以在同山西的满清官员谈话时宣布，但我今天不是来听这个的，我有一个比较实际的计划来同你商讨。”
“怎么，你怀疑我们不会报复，不会杀人？山西是全国杀戮传教士最多的省份，联军在这里的报复不会比北京差多少。虽然瓦德西统帅说过，北京此次所受之损失及抢劫之损失，其详数将永远不能查出，但为数必极大无疑。山西……”
“牧师，杀戮再多，也不能使一个传教士复活！这无论对于死者本人还是对于他们的家庭来说，都没有任何实际意义。相反，这会激起一般民众对外国人以至教会的仇恨，在外国军队撤出以后，很容易再发生类似的事件，传教活动将变得更加艰难。因此，我不认为这是一个好的主意。”
“啊，祥熙先生，看来你已经长大了，已经不再是那个脖子上生着大疮、性命危在旦夕的小孩子了！你在利用同我的旧日感情，为你的家乡说话！告诉你吧，我这次来，是受美国教会的委托，我不能辜负他们的期望！你的说词动摇不了我的决心，而且即使我对你的家乡动了恻隐之心，他们也会另派人来，山西是逃不脱惩罚的！”
“牧师，你误解我的意思了！我不是在这里为我的家乡向你求饶，我是向你提供一个更好的方式完成你的任务。扼要地说，我的计划有两点：第一，惩罚一个有影响的大人物比杀戮一千个无名百姓更能达到惩前毖后的目的；第二，接受送上的赔款和一个开放的市场，比放纵军队进行抢掠有更多的实惠和更好的名声！”
“什么什么？请你谈详细些，我愿意倾听！”
两个人坐了下来，开始了头抵头的密谈。
几天后，孔祥熙带着文阿德的信件进入北京。文阿德显然对孔祥熙的计划产生了兴趣，但是他不能自专。在北京，还有同清政府议和大臣直接谈判的八国总代表，他的计划付诸实施需要八国总代表处和清朝中央政府的同意。
孔祥熙凭着文阿德的信件，在北京会见了两位不同寻常的外国人。一个是在八国联军总部为西方列强工作的英国贵族叶守贞，一个是担任清朝议和大臣李鸿章顾问的英国传教士李提摩太。经过几次秘密接触，代表八国联军的一方和代表清政府的一方，都感到孔祥熙的建议是一个好的思路。西方列强从中看到的是可以攫取更多的实际利益，清政府从中发现的是可以保全“天朝上国”的面子。
在由八国联军提出、清政府照允的议和大纲12条里面，吸收了孔祥熙的建议。山西教案作为一个特例，单独处理。八国联军没有进入山西，这应该有多方面的原因，侵略军如果真的深入中国腹地，复杂的地形必然使他们先进的火器失去威力，同仇敌忾的人民群众会使他们陷入灭顶之灾。山西巡抚毓贤被指为“排外仇教”的祸首，他是外国列强坚持必须严惩的最高级别的官员，也是清政府愿意抛出的一只替罪羊。孔祥熙和孔繁杏笑嘻嘻地看着这个朝廷一品大员被打入囚车，充军新疆。走到途中，不知什么原因使朝廷又改变了主意，于兰州将他处死。这样，那些来办理教案的传教士就有了很好的交代。但义和团的主要骨干还是遭到了屠杀，不过那是由清政府的军队代为完成的。山西赔款的数字没有公布，那是一个秘密。而此后外国商业在山西的活跃则是人所共知的事实。
赴美签证和龙图勋章——教会与清政府的双重奖赏
中外双方都视孔祥熙为功臣。美国教会送他一本美国签证和一笔奖学金，邀请他到美国留学。李鸿章要封他一个“帮办洋务”的官衔，做自己同洋人打交道的助手。对于前者，孔祥熙接受了；对于后者，他却婉言辞谢了。因为他感到自己的学识、经验和关系都还远远不够，如果现在就出仕做官，将永远只能是一个小配角，休想成为国家重臣。而到美国留学，不仅可以充实知识，更可以借机结识一批有用的人物，在中国这样的社会里，关系有时比学问更重要。就拿这一次协理教案来说，如果不是碰巧非常熟悉的文阿德前来，他纵有再好的计划也没有路子上达，那当然更谈不上付诸实施了。
李鸿章破例会见了这个毛头小伙子，对他的见识表示赞赏。李鸿章没有再强留他做自己的助手，而是代表清政府授予他一枚龙图勋章，作为对他的奖励。不过对他赴美留学之事，李鸿章还是脸有愠色地问道：
“对于青年来说，继续读书确是好事，但何必漂洋过海到洋人之邦？是不是你认为是中国的书不够读，才要到美国去？”
孔祥熙想不到李中堂竟提出这样的问题，因为在此之前清政府已经派遣几批学生到外国留学了。对于政府这样的决策，孔祥熙认为这个一力支撑着清王朝摇摇欲坠大厦的中堂大人肯定是支持的。他顿了一下，回答说：“倒不是我国的书不够读，而是我想到外国去求些切合实用的学问。”
李鸿章又问：“什么是切合实用的学问？”
孔祥熙说：“我以为凡富国强兵之术，都是切合实用的。比如西人说，声光化电是发达实业之母，而发达实业又为富国强兵之基。研读声光化电，当然是到美国去合适一些。”
李鸿章这才连连点头：“你的见解，透辟得很！我们堂堂中华，泱泱大国，之所以被外人侵扰，疆土日蹙，权力外溢，实是因为我们的大刀长矛敌不过洋人的坚船利炮。这些年来我极力主办洋务，就是想把国家在技术上同洋人的差距缩小一些。你小小年纪，能够参透这层道理，又肯前去学习，将来必定前程远大！我今天送你一句话，叫做见闻宜广，学贵专一。老夫等你学成归来，报效朝廷！”
报效朝廷？孔祥熙心里说，“我学成归来，一定要推翻这个朝廷的。”不过这话他现在不能说。
李鸿章看他不说话，问道：“怎么，你认为我说得不对吗？”
孔祥熙一惊，急忙看着李鸿章，装出诚恳的样子说：“大人说得对极了，我在想怎样才能不负大人的知遇之恩呢！”
李鸿章高兴地说：“好好！我这里已经写下了一封信，到美国后面交我国政府驻美大使伍廷芳。有这封我的亲笔信，你在美国留学期间不论遇到什么困难，都会得到大使馆帮助的。”
孔祥熙要行跪拜礼谢恩。李鸿章一时兴起，又按住他说：“且慢！像你这样的人才，虽然不肯屈从我的帐下做助手，我还是要封你一个官衔，使你在美国能够享受政府官员的优待。也使你能在美国学成归国后，已经具备朝廷命官的任职资历。”
李鸿章略一思索，立即填写了一张“全权议和大臣一等肃毅伯随员”的委任状。孔祥熙不知道这算不算正式命官，属于几品，支不支薪俸，又不好相问，只得收下，认认真真地向这位中堂大人叩头谢了恩。