“袁总统富于政治经验，担任国事，可谓中国之幸”；“袁总统善于练兵，以中国之力，练兵数百万，保全我五大族领土”；“以我五大族人民既庶且富，又能使人人受教育，与列强各文明国并驾齐驱，又有强兵以为之盾，10年后，当可为世界第一强国”。致词毕，举杯高呼“袁大总统万岁”。席间只是侃谈地方风土人情一些酬应的话，并未正面涉及政治问题。
孙中山在京期间，袁嘱冯耿光等陪孙共谒明陵，游居庸关，到张家口。袁每天都召冯到府里，问询孙的举止、言谈。但每天也无非都是些观山即景的闲话，因此冯就简要地回对。而袁世凯总是问：“他还说了些什么？”冯实在听不到什么，因此也就据实回说，看来袁对此很不高兴：“你让我失望。”
孙中山雍容大方，而袁世凯也就对他的大方产生出了疑忌。他认为孙在革命人物中毕竟是有威望的，因此想给孙一个全国铁路督办，通过这个特授，用钱收买孙中山；另一方面又把需款最多、兴办最难的全国铁路交给孙来筹划，使孙孤立无援，闭门设想，必将一无所成而失去在国人中的威望。不久，袁世凯果然实授孙中山以筹划全国铁路的全权。
“国内双雄礼见”，未能收到预期效果，袁世凯反而露了怯，这是叫他深感遗憾的事。
双雄相会不久，孙中山被选举为中华民国铁道协会会长。
每次会见时，袁世凯都对孙中山竭力恭维奉承，对他的话几乎是言听计从。袁世凯腆着大肚子在孙中山面前低三下四的，使宋霭龄转变了对他的一贯印象。有一次，她对孙中山说：“我原来一直以为袁世凯是个猴儿精猴儿精的奸诈鬼，没想到是这样一位厚道慈祥的大头翁。”孙中山问何以见得，霭龄说：“人太奸诈了老用心思琢磨别人，就不可能长胖，必定是尖嘴猴腮；只有心眼厚道的人才能心宽体胖，腆出大肚子来。这样的人即使想使坏，也必定不难斗！”孙中山听得大笑，故意说：“听口气你还是个相面专家。我比袁世凯瘦得多，你看看是不是不如他心眼好啊？”
孙中山也对袁世凯失去了警惕，接受了“全国铁路督办”的委任。孙中山诚恳地对袁世凯说：“今后我们二人分工合作，10年之内，你练精兵百万，我筑铁路20万里，共同使中国走向富强。”
宋嘉树担任了全国铁路督办司库，与孙中山一起奏响了铁路狂想曲。
陈其美与袁世凯的较量
袁世凯窃取辛亥革命果实后，开始还假惺惺地组阁，3月30日，一纸任命陈其美为唐绍仪内阁的工商总长。
应该说这是袁世凯顺江苏立宪派之意而采取的调虎离山计。为此有人高兴有人忧。江苏立宪派立刻表示欢迎，正如其首张謇所讲：此君有所归，江苏之大幸也！
再者上海的工商勇进党、实业联合会等急速跟进，也纷纷召开所谓欢送会，欢送陈都督高升，赴京就任工商总长。
黄鼠狼给鸡拜年，没安好心。陈其美看出了对方的计谋，对袁世凯的任命并没有表现出丝毫的兴奋来，相反他看出了袁世凯的用心。袁世凯催急了，他以结束上海军事为由，拒不北上。
4月11日，陈其美接受媒体采访时，说：是否就任北京方面工商总长，“尚待参酌”。
陈其美的拖延就职，让袁世凯十分生气，无可奈何之际，推出次长代总长的对策。
一个月后的1912年5月10日，陈其美在上海设奠纪念黄花岗七十二烈士，他在祭文中除了充分肯定黄花岗烈士的丰功伟绩外，也对南北统一后的前途表示了深深的忧虑。
祭文说：
迄今河山光复，新旧南北，一炉共冶，乘时以起者，因不管明达之士，然吾知七十二君而果尚在者，必不致仅成今日之现象。
茫茫后顾，来日大难，渺渺前车，群雄安在？是今日之现象，讵足以慰公等，适增公等悲耳？公等且自悲之，而美能不为公等悲乎哉？
美岂唯悲公等，抑为吾民国前途悲焉。
且说陈其美的忧虑很快就成了残酷的现实。袁世凯上台后，很快就暴露了专制独裁的反动本质。
他的第一步棋便是排挤和搞垮唐绍仪的内阁。这样一来，6月15日一早，唐绍仪忍无可忍袁世凯的专制独行，辞职远走天津。
应该说，唐绍仪内阁的垮台，是袁世凯蓄意破坏《中华民国临时约法》，追求专制独裁统治的第一步。对此陈其美表示了极大的气愤。
6月20日，他致电袁世凯，表示强烈抗议，责问其逼退总理的险噩用心。他的电文是：
临时政府甫成立，忽传逼退总理之恶耗。丁兹时艰，奚堪演此恶剧？唐总理因受逼而退矣，试问逼之者何心，继之者何人？果于大局无害而有益，即更举总统可也。如其不然，宁勿躁！鄙见世面止此，窃愿与大界诸君子亟起图之。
两天后的6月22日，袁世凯忙复电陈其美，极力否认，并反责陈其美“误听浮方”。同时，袁还唆使死党对陈其美展开反攻。6月26日，北京《大自由报》发表北京报界联合会与《新纪元报》、《中国公报》、《民视报》的两封通电。在通电中，肆其颠倒黑白之伎俩，指责陈其美。
电文说：
唐绍仪弃职潜逃，法在不宥，推其心迹，实以监守自盗，恐被重诛，初无人逼迫之也。乃陈其美通电，挟持党见，肆其莠言，既以逼迫为辞，又欲总统、总理同时进退。按总理变置，乃是政界党规；总统猝更，必由国中异变。陈其美并为一谈，是何肺腑！详查陈其美行多不法，残贼公行。前唐绍仪到沪，曲意逢迎，后被用为工商总长，犹复拥兵自卫，敢肆跳梁，腾布奸言，希图扰乱。此而不诛，法纪安在？应请副总统通电各都督府，张皇六师，扫其巢穴，禽渠传首，以快人心，以奠国本。
临时参议院在袁世凯的授意下，就陈其美拒就工商总长和拒绝取消沪军都督府两次提出书面质问。与此同时，旅京江苏人士致电江苏省议会，指责陈其美“盘踞沪上，拥兵自雄，军政府应撤不撤，梗国家之统一，增苏民之重累。……横施构乱，煽惑人心，动摇国本，国贼民仇，不诛何等。”
这时的上海《大共和日报》等都刊载北京报界二电，要求缉拿陈其美归案。
《大共和日报》创刊于1912年元月，社长章太炎，主编张丹斧。章太炎创办这份报纸，是把它作为中华国民联合会的机关报的，发行初始，就以言词激烈而著称。孙中山就任南京政府临时大总统时，该报曾发表过不少攻击孙中山的言论。袁世凯上台后，该报对他也颇多抨击，但一个月后，该报对袁世凯的态度却突然来了个180度的大转弯，议论趋向缓和，对袁世凯褒多贬少。上海滩的人很奇怪，细究其由，才知道此报已被袁世凯收买了。
据说武昌起义爆发后，各省纷纷宣布独立，大有各自为政之势，章太炎认为这样于国家统一不利，便发起成立了中华国民联合会，旨在促进各省和全国统一。该会成立后，许多名人纷纷加入，一时颇有声势。当时有个杭州人程祖福也参加了该会。此人在清朝做过官，有些钱财，当他得知章太炎欲办《大共和日报》却苦于缺少资金，便慷慨解囊，借给章太炎二万元。
此事被袁世凯在上海的爪牙探听到，认为这是收买章太炎的一个好机会，忙电告袁世凯。袁世凯让该爪牙遣人送钱来，明知是收买，但章为救还债的燃眉之急，只得收下。
当送钱的人要章太炎写张收条时，章太炎心虚，不肯出正式字据，只是掏出一张自己的名片，在上面写了“收到二万元”五个字，将送钱人打发走了。
再说，对于政治反对派的攻击，陈其美也进行了强烈反击。
7月4日戴季陶看不下去了，发表《伤革命》一文，对袁世凯及其拥护者一一予以驳斥。戴季陶指出：
至谓动摇国本，吾国之国本，共和也。陈其美为建设共和之人，吾即知陈为确定国本之人。中华民国由革命战友而来者也，是中华民国本于革命，陈其美为实行革命之人，吾更知其为巩固国本之人，而此辈乃谓光复中华者为民仇，为国贼，是有意破坏民国，破坏共和也。
孰为民仇？孰为国贼？……共和成矣，孙文也，黄兴也，胡汉民也，陈其美也，皆宜乎人之攻击之也。世间无公理，强权而已；天下无是非，成败而已，举世皆盗贼，复何言哉？
7月15日，陈其美也发表通电，对参议院议员予以痛斥。指出那些提出质问书的参议员是“不称职分子”，要求将来成立正式国会时，应“慎重选举”议员以免祸害民国。
在此之前的五六月间，以柳成列、朱葆诚、蒯际唐、蒯左同等一批革命党人在陈其美的策动下，图谋由陈其美提供军火，以朱葆诚任团长的先锋团为主力，联合新军第四十六标，将原属张勋所部、光复前调到苏州的江防营包围缴械，然后消灭江苏都督府依靠的主要军事力量巡防营，以武力驱逐江苏都督程德全，拥戴陈其美为江苏都督。
然而，因事机不密，程德全侦悉陈其美等人的计划后，先发制人，于5月19日从南京返抵苏州坐镇，安抚军队，部署应变措施。
6月1日凌晨2时，程德全派兵将图谋起事的蒯际唐、蒯左同、吴寿康、程宏等全部捕获，仅柳成列一人逃脱。程德全在捕获蒯际唐等人后，立即向袁世凯作了报告，称：“苏州城近日谣言蠡起，少数军队密谋作乱，德全于昨今两日选派得力兵力，极力防范，已拿首要，严密审讯。”
当天下午8时，程德全奉命将蒯氏兄弟杀害，同时派军队将先锋团三个营包围缴械遣散。
陈其美在获悉倒程计划失败以后，曾致电程德全询问柳成列的下落，程德全轻描淡写地说：“敝处本不知柳成列踪迹，蒯案亦未闻及。特闻。”一场惊心动魄的斗争就这样双方心照不宣地掩盖了过去。
先锋营事件的失败，表明程德全在江苏的地位已经十分稳固，陈其美一时无法撼动。陈其美在孤掌难鸣、计无所出的情况下，不得不考虑交卸沪军都督职务。
7月12日，袁世凯任命了一批都督，其中有：湖北都督黎元洪、湖南都督谭延闿、浙江都督蒋尊簋、福建都督孙道仁、江西都督李烈钧、四川都督尹昌衡、陕西都督张凤翱、广西都督陆荣廷、云南都督蔡锷，但没有沪军都督陈其美。
一朝天子一朝臣，这让陈其美处境很尴尬。