铲除情敌，废黜太子，自己成了皇后，儿子成了太子，在外人看来，武则天俨然已经是最有权势的女人，她的地位已经牢不可破了。但是这些对于她来说，还远远不够，对于那些反对过她的人，她不可能就这么轻易地放下，她不愿意给自己留下任何祸患，不允许让任何一个可能威胁到她地位的人存在。
于是乎，她开始为稳固地位做长期计划。她明白，这一次她面对的不是两个失去庇佑的后宫女子，也不是势单力薄的后宫之子李忠，而是权倾朝野的长孙无忌，以及围绕在他身边的一干大臣们。
这似乎是一个不可能完成的任务，但是她从来就不是一个在困难面前低头的人。越是艰巨，越有挑战，就越能够激发她的征服欲望。
武则天明白自己身边虽然已经团结了一批人，但是这些力量并不足以撼动长孙无忌这棵大树。于是她决定先给这棵大树松松土。
正当武则天在思考从何下手的时候，韩瑗的行为给了她一个很好的借口。当年褚遂良用辞官、甚至寻死要挟高宗，阻止他立武则天为皇后，由于行为过激被贬为潭州都督。
过了一年后，韩瑗觉得皇帝气应该消了，而且武则天上台之后并没有开展打击自己这些当初反对他的人，他就想求皇帝把褚遂良给调回来。
于是他就写了个请愿书，大致意思是：褚遂良是国家的忠臣良相，当初被小人谗言诽谤，被调到地方上去了。当初微子（商王帝乙的长子，纣王的庶兄）这样的忠臣被放逐了所以商朝就灭亡了，张华被司马伦杀死，西晋就出现了动乱。陛下您现在无故把遂良这样的元老给贬黜了，恐怕对国家社稷来说不是个好事啊！
听到韩瑗这么说，李治一肚子火，心想当初你那么顶撞我，我没计较，现在又来数落我，还敢替褚遂良求情？他当初是怎么顶撞我的，还拿自己的性命来威胁我，动不动就要死要活的。这让我皇帝的面子和威严哪里放？你们一个个也太不把我放在眼里了吧？
气愤之下的李治不仅没有把褚遂良调回来，反而把他放逐到更远的桂州（今桂林）当都督。看到这个情况，武则天真是喜不自禁，立马授意自己的得力助手许敬宗和李义府，开始松土运动。
许、李二人心领神会，没过多久就参了韩瑗和褚遂良一本，说韩瑗利用职务之便，把褚遂良安排到桂州，好方便练兵。两个人互相勾结，意图谋反。当然他们的盟友来济也跑不掉，他们三个从来都是沆瀣一气，所以他们三个肯定是互相勾结在一起的。
用这么牵强的理由，就把韩瑗贬为振州都督，来济贬为台州刺史，终身不许入朝。起先被贬为荣州刺史的柳奭也受牵连改贬为象州刺史。三个人都在离京城十万八千里远的地方，褚遂良更惨，文件还没下达到手里，就又从桂州都督改贬为爱州刺史，按现在来说他都被流放到越南去了，不过那个时候爱州还是祖国的边疆省份。
想当年，在太宗朝自己是多么春风得意，如今却被贬到这鸟不拉屎的地方。褚遂良的内心是拔凉拔凉的，他不知道自己到底做错什么了，于是老泪纵横地给李治写了封信。
信里面说，他在这么短的时间里屡屡遭贬，心里很忧虑，不知道是什么原因。自己当年和长孙无忌等人坚决拥立李治为皇帝，太宗临死之前，只有自己和长孙无忌是托孤大臣。当时陛下您那么伤心，抱着我的脖子哭，是我安慰了您。
先帝死后，我和无忌两个人把事情都安排好了，送陛下回宫，让陛下能够顺利地继承皇位。就算没有功劳也有苦劳，希望皇上您念在以往的份上，原谅我。但是这封自白书却并未能唤回李治的心。绝望中的褚遂良在三年之后死在任上。
在韩瑗、来济、褚遂良相继被干掉之后，长孙无忌这棵大树身边的土基本上就松得差不多了。
当武则天在皇后的位子上左蹦右跳的时候，长孙无忌却躲进小楼成一统了。他身上有着和妹妹长孙皇后一样的气质，当他清楚自己的外甥已经不再信任自己的时候，他就放弃了。
对于他来说达则兼济天下，穷则独善其身。所以当他失望之后，他就开始逃离政治，对于武则天的所作所为他假装不知道，专注于读书立说上面来。
在武则天进行清洗运动的时候，他主持完成了武德、贞观两朝的《国史》八十卷，梁、陈、周、齐、隋《五代史志》三十卷，《显庆新札》一百三十卷。
他以为自己退守书斋，凭借自己的身份和声望，武则天至少不敢把黑手伸向自己，但是他再一次轻视了这个女人，并为此付出了惨重的代价。
公元659年四月，有个叫李奉节的人控告太子冼（xiǎn）马（太子的初级教师）韦季方、监察御史李巢和朝廷权贵相勾结，拉帮结派，李治派当时为中书令的许敬宗去处理这个案子。
这对于武则天来说无疑是个极好的机会，在她的授意下，许敬宗发挥创造力将这个案件处理为：太子冼马韦季方意图勾结长孙无忌，残害忠良，图谋造反，被揭发之后韦季方畏罪自杀。
虽然李治对于舅舅什么事情都管着自己很不满意，但是他绝不相信舅舅会谋反，于是在听完许敬宗的汇报之后，他脱口而出“这怎么可能呢？”
但是接着他想到最近自己的行为，又开始自言自语道：“舅舅肯定是听了小人离间的谗言，心里对我有些意见是肯定的，但是怎么可能就造反呢？”
见高宗并不相信，许敬宗接着说道：“我已经把这件事情的前前后后都搞得清清楚楚了，但是陛下您却仍然不相信，心存仁慈，恐怕这对国家安全来说实在不是什么好事啊！”
听了许敬宗的话，高宗心里开始有些动摇了，甚至忍不住哽咽地说：“我们李家真是家门不幸啊！亲戚里面总是不团结，有这些谋反的事情发生。去年高阳公主和房遗爱造反，今年舅舅又这样，总出这些丢人的事，让我怎么有脸去面对天下臣民啊！”
悲伤了一会之后，没有主见的李治便问许敬宗，“这个事如果是真的话，那你说该怎么办呢？”
许敬宗见皇帝内心已经开始动摇了，便趁热打铁地说：“房遗爱是个乳臭未干的小屁孩，高阳公主只是个女流之辈，他们俩能翻起什么波浪来呢？但是长孙无忌就不同了，他是和先帝一起打天下的功臣，智慧超群，天下无人能及。如今，他牢坐宰相之位已三十余年，威名遍天下。真可以说是既有威望又有智谋。我恐怕，他要是知道季方自杀未遂，事情败露，来个狗急跳墙，突然起事谋反，陛下打算派谁去阻挡他呢？谁又阻挡得了他呢？现在实在是托祖宗的福，借着这件小事，竟然发现了这个大奸臣，真的是社稷之福啊！”
见李治还在犹豫，许敬宗继续举宇文化及灭隋的例子催促李治，要吸取前车之鉴，速下决定，逮捕长孙无忌。
尽管如此，李治还是没有完全相信许敬宗的话，只是让他重新审查这个案件。
李治不亲自去审理，让许敬宗办理，结果可想而知。第二天，许敬宗就向李治汇报自己连夜审查的结果：季方已经承认和无忌合谋造反，韩瑗曾经跟长孙无忌说过，“柳奭、褚遂良劝长孙无忌立李忠为太子，现在李忠被废了，皇上对你也不再信任了，还把你的表弟高履行贬黜了。这让无忌心里不安，开始计划谋反。后来看到韩瑗也获罪，心里就更加不安了。所以加紧与季方等人谋反。季方说的这些，我已经仔细审查过，句句属实，希望陛下批准逮捕长孙无忌。
听了许敬宗的话，李治开始相信长孙无忌为求自保而谋反，但是天性仁孝的他还是不忍心将长孙无忌治罪。悲伤地说道：“就算舅舅真的这样做了，我也不忍心处罚他啊！要是我判了他的罪，这天下人、后世的人肯定会说我容不下亲戚，才导致这样的结果。”
许敬宗当然没有放弃，接着他就举汉文帝大义灭亲处死舅舅薄昭的事，说服李治以国家大义为重，果断将长孙无忌处决。
虽然李治很不想为难这个舅舅，但是他优柔寡断的性格决定了长孙无忌无法幸免。李治并没有亲自审问长孙无忌，一切都操于武则天的掌控之中，长孙无忌插翅难逃。
最初，李治只是下诏削去长孙无忌的官职和爵位，流放到黔州（今四川彭水县）安置，李治对这个舅舅还是很有感情的，虽然削了官爵，却还是让他享受一品官的待遇。
至于长孙无忌的“同党”，就没有这么好运了，长孙无忌的儿子及宗族成员全部被牵连，要么被流放要么被处死，一时间，这个显赫的家族七零八落，死的死，逃的逃。让人感叹世事变化无常，荣华富贵如同过眼云烟。
但是这件事情远没有结束，就像当初的王皇后和萧淑妃事件一样。事后，李治忽然有种感觉：这个案子可能是个冤案。于是，他让许敬宗等人重新审查这个案件，许敬宗是武则天的犬牙，李治真有眼光。再次审查的结果是：长孙无忌畏罪自杀。就这样李治的不忍和善良再一次让自己的亲人丧命。
长孙无忌自杀，对于武则天很给力，现在可以将政敌一网打尽了。她首先把柳奭、韩瑗以及长孙冲（无忌的儿子，李治同母姐姐长乐公主的丈夫）这些人除名，褚遂良被削去官爵，高履行再贬洪州都督，褚遂良两个儿子在流放途中被杀。凉州刺史赵持满（长孙诠的外甥）不肯招认，惨死狱中，长孙诠（长孙无忌的堂弟、李治同母妹妹新城公主的丈夫）被流放地的县令所杀。
此外，当初没有明确反对武则天的中立派于志宁，也因为拥戴过废太子李忠未能幸免于难，先是被免官、发配到黔州当刺史，后来又贬为荣州刺史，他的亲戚中也有七个人被牵连降职。
在所有反对武则天当皇后的人中，结局最好的当属来济。他没有被牵涉进造反案中，只是和褚遂良结党营私而被贬为庭州刺史，后来在与突厥的战争中阵亡，被追赠为楚州刺史，回葬家乡。