作为工作组组长的万桐书的任务是相当艰巨的，他要对两个录音版本进行对比，也就是说他要对1951年的钢丝录音和1954年的磁带录音进行对比，进行研究和分析，找出它们的共同点和不同点，然后决定用哪个版本记成乐谱和制作唱片。
这两个演唱的音响版本都是吐尔地阿訇唱的，声音是他的，问题是时间相差四年，演唱的水平前后是否一致，有无差别，都必须作出比较来。
这是个复杂而又相当细致的工作，万桐书不厌其烦地进行深入的研究对比，经过仔细而又认真地听记检验，发现它们都很符合今天所讲的非物质文化的口头文艺，在其流传过程中的稳定性和非稳定性。
1951年和1954年的两个演唱音响的音乐结构和音乐题裁及风格等方面是完全相同的，也就是说从大处来看两个音响版本是相同的。
也有不相同的方面，归纳起来不同之处有三点：第一点是，1954年吐尔地阿訇演唱的录音版本中有些散板序唱比1951年的录音版本中的散本序唱的结构长；第二点是1951年的版本中最后有一部终结性的阿赫倩西曼，而在1954年的录音版本中没有阿赫倩西曼这一部分。
第三点是两个演唱的录音版本中都有不同的遗漏了的歌段或者乐段。
两个版本最重要的不同处是在演唱声音和感情方面，由于年龄的四年之差和其他因素的影响，1951年演唱的明显要比1954年演唱的好。
汇报上级领导经过研究决定把1951年演唱的录音版本用制作十二木卡姆的研究唱片和记成乐谱。
把1951年录音中遗漏的个别曲目，从1954年录音中有的曲目，作近距离补遗曲目补记插入1951年的乐谱集中。
从1956年8月到8月24日，在北京举行了首届全国音乐周的活动，以万桐书为领导的工作组织参加了音乐周的大型活动，并向中央有关部门汇报了十二木卡姆的整理工作的成果。
得到指示将全部十二木卡姆的曲谱附上歌词的原文、汉译文和全部1951年的钢丝录音以及1954年的磁带录音报送全国音乐家协会和中央音乐学院民族音乐研究所进行审查。
整理的原词和翻译的汉文已送赛福鼎主席和新疆文化厅审查。
作为全国音乐家协会主席和中央音乐学院院长的吕骥非常重视和支持十二木卡姆的录音记谱工作，李元庆主任也大力支持。他们让少数民族音乐研究室的全体专家投入听音响，看乐谱的检听工作中。
吕骥也亲自抽审和检听。
李元庆也全力以赴的审看乐谱的检听和音响的检听。
经过审查他们认为整理的很出色，达到了要求的目标，给予了很高的评价。
吕骥指示民族音乐研究所报送文化部艺术事业管理局审批。
文化部艺术事业管理局局长周巍峙看到报告后很满意，认为这是中国音乐史上的大事，意义重大，当即批拨了三万元专款支援十二木卡姆的整理工作。
并经过研究，决定出版十二木卡姆的乐谱和研究唱片。
万桐书夫妇在北京得到了这样的消息，非常兴奋，为自己所作出的成果而感到自豪，为能得到全国音乐工作的领导们的肯定与支持而感到欣慰。
他们夫妇在北京受到吕骥和李元庆等有关领导的热情款待，他们畅谈了分别后工作的得失和对未来的憧憬，谈得很投机很有趣也很快乐。
吕骥和李元庆又对他们夫妇提出了更大的期望，希望他们继续为十二木卡姆的整理，保护与发展传承作出更大的贡献。
万桐书夫妇把他们的指示牢牢记在心中，决心回到乌鲁木齐市以更大的精力和更加饱满的热情投入新的更加艰巨的工作中去，继续为十二木卡姆的传承与发展作出更大的成绩。
万桐书夫妇肩负领导们的重托和希望于11月11日离开北京回到乌鲁木齐市，正准备投入紧张的工作，却突然听到了一个不幸的消息，使他们立即陷入悲痛之中。
不幸的消息是吐尔地阿訇在1956年8月9日不幸与世长辞了。
这个不幸的消息像炸雷似的把他们轰到了，他们倒在家中的床上不停地哭泣，不停地念吐尔地阿訇的名字，感到心中像压了一块大石喘不过气来。
他们倒在床上整整一天一夜起不来，也不吃不喝，感觉不到饥饿，脑海里只有吐尔地阿訇朴实的形象不断闪现，只有吐尔地阿訇的声音不断出现，只有吐尔地阿訇和他儿子奥修阿訇的音容笑貌，不断出现，只有吐尔地阿訇和他的白马相亲相爱的场景出现，只有他们与吐尔地阿訇父子离别时流泪的情境出现，只有……
总之，他们被不幸的噩耗击晕了击垮了，经受不住突然传来的精神打击和情感的猛然刺激，无力支持地倒在床上沉迷于对吐尔地阿訇往事的回忆。
他们像害了一场大病似得的无精打采。
他们像失去了自己的亲人似的悲痛。
他们把吐尔地阿訇的遗像挂在家里的正面墙壁上，举行了伊斯兰教的送别仪式，然后跪在遗像下，嚎啕大哭了一场，把心中的想念把心中的悲苦，把心中的懊悔，把心中的失落，把心中的无力挽救老人生命的歉疚统统哭出来，让哭声和眼泪把心中的悲伤和痛苦全部带走。
看到他们悼念的场景和伤心的痛苦，邻居们都忍不住地流出了悼念的眼泪。
大家说万桐书夫妇与吐尔地阿訇父子们的友谊和感情太深了，可以说是情同父子啊！可以说是骨肉相连啊！
有位词作家当即写了一首歌词，请来作曲家谱好曲传唱起来。
吐尔地音乐大师有不死的灵魂
是因为有了万桐书音乐大师的传承
他们是不同的民族友谊比山重
他们是兄弟民族情意比海深
学习他们无私奉献的精神
让他们的精神永世传颂
这首歌曲很快地传唱起来了，大家都在默默地敬仰中纪念不死的吐尔地音乐大师，赞扬万桐书音乐大师对吐尔地阿訇音乐大师的念念不忘，称他们是十二木卡姆瑰宝永生的灵魂。
在对吐尔地音乐大师举行的悼念会上，万桐书沉痛地说吐尔地音乐大师还没有听到自己演唱的十二木卡姆唱片的声音，还没有看到自己演唱十二木卡姆完整的乐谱，就离开了人世，这实在是非常遗憾的事情。我为自己工作速度的缓慢而感到痛悔，如果让他能看到乐谱，能听到唱片的声音，那该有多好啊！
现在他看不到听不到了，我感到深深的内疚，这实在是预料不到的事情，都怪可怕的死神太残忍了，残忍的不留余地。
万桐书又说现在事实已经无可辩驳地证明了自治区主席赛福鼎是个很有远见的领导，他早就看到了会失传的危险存在着，所以，他及早的汇报了周总理，得到了总理的支持，得到了文化部和全国音协等领导的支持，得到了全国民委的支持，才让我们这些有关的人员参与抢救和整理，才请来吐尔地阿訇父子演唱演奏十二木卡姆，完成了全部十二木卡姆曲目的录音和记谱，免去了十二木卡姆失传的危险，实现了抢救十二木卡姆的愿望。
否则，吐尔地大师一旦谢世，就没有第二个人来代替他演唱全套的十二木卡姆。因为没有人能像吐尔地大师那样把全套的十二木卡姆全部演唱出来。
如果吐尔地大师不在了，十二木卡姆的大曲部分就会有许多许多的歌段和乐段会失传，就会造成无法弥补的严重损失，那失传的大量的歌段和乐段就会在人间无声无息的消失了，那该是多么残酷的悲剧啊！
我们抢救的及时，才没有出现上述的悲剧，这是不幸之中的大幸。
在这一点上我们走在了死神的前面。
这是值得我们汲取的经验教训，也是我们工作的万幸。
与会人员听了万桐书的发言，都认为他谈出了问题的实质与要害，都异口同声赞同他的真知灼见。
会议快结束的时候，有关领导向大家传达说报送全国音协与文化部艺术管理局的报告通过了审查，得到了明确的批示。批拨的关于整理十二木卡姆的专款已经收到了，这都是令人鼓舞的好消息。
令人遗憾的是歌词的整理没能达标。
这个问题又引起大家的重视与讨论。
讨论的结果是让万桐书出面去解决这个没能达标的问题。
万桐书心中有数，他早已考虑好了解决难题的办法，所以，他义不容辞地接受这个任务。
将十二木卡姆歌词中的察合台语译成现代的维吾尔文，再译成汉文，这本身就是很难的事情，没有一定的文字水平，不懂察合台语言文字是无法翻译的，看来必须寻找这方面的学者专家，否则是无法完成达标任务的。
万桐书非常重视这方面的人才，他也了解一些确有真才实学的人。但他为了更慎重更能选好人，只好求教于文学界的有关领导铁衣甫江，他对维吾尔族在这方面有专长的人才使比较了解的，在他的物色下，联系下，找到了拜城著名的维吾尔族诗人李米谢衣提。
经过商谈李米谢衣提接受了整理十二木卡姆歌词的任务，并很快投入紧张的工作。
在万桐书的指导与帮助下，诗人李米谢衣提克服种种困难，日夜不停地工作，终于按时完成了整理歌词的任务，经过上级部门的审查，认为符合要求，便很快又报送到全国音协和文化部艺术事业管理局审批。
经过很长时间的焦急等待，终于得到了歌词达标的批示，万桐书和李米谢衣提绷紧的心弦终于放松了。
从1957年8月12日到11月16日，万桐书除了继续整理十二木卡姆的曲目工作，又着手筹建南疆十二木卡姆普查小组的工作。
普查小组的成员有万桐书，连晓梅，邵光琛、阿不都热西提，库尔班内孜五人。
普查小组的全体成员在万桐书的率领下，乘坐敞篷卡车，向南疆行进。
当时的条件很差，自带行李，交通不便，道路崎岖不平，一路上都是搓板路，大卡车颠簸得很厉害，让人的胃肠胀痛得很难受，跑一天路，走下车连腰都直不起来。
虽然如此艰难，如此辛苦，但大家都无怨言，情绪很饱满，心情很愉快，都有一种献身的工作精神。
大卡车把他们拉到和田停下来投入工作，他们集中了于田和策勒的有名的和田木卡姆的演唱家和麦西莱甫的歌唱家，听取他们演唱和表演的特点。
根据调查，得知于田的著名演唱家克里姆毛拉和和田的著名演唱家苏来满阿訇等人都已经是年事很高的老人了。
根据这种情况，普查小组分成两组，一组留下来在文化馆对和田木卡姆和麦西莱甫进行录音。
另外一组沿着昆仑山北缘到墨玉、叶城、莎车、英吉沙，喀什进行普查，然后在喀什与采录组会合。
作为领导的万桐书自然是勇挑重担，不辞辛苦，他坐上颠簸不停的大卡车在上述那些县城进行普查与采访，获益匪浅。
他来到莎车普查时，特意瞻仰了阿曼尼莎汗的陵墓，并给她献了鲜花。
他早已听说了阿曼尼莎汗整理十二木卡姆的动人事迹，对她充满了敬意，早就想来为她扫墓鲜花，但苦于一直没有时间。现在好不容易从千里之外的乌鲁木齐来到莎车——阿曼尼莎汗的故乡，怎能不来表达对她的敬慕之情呢？
为了表示对阿曼尼莎汗的敬重与关注，万桐书在莎车进行了观光采风，对莎车和阿曼尼莎汗有了比较全面的认识和了解。
莎车县是古代叶尔羌汗国的都城，因为有了阿曼尼莎汗而成为人们向往的名城。
叶尔羌汗国的建立者赛伊德汗是成吉思汗儿子察合台的后裔，他不仅是尊贵的国王，也是一位善于写诗的能人，他的周围有不少文人墨客，常常聚在一起舞文弄墨，吟诗作画，所以王官所在的莎车有着浓厚的文化氛围。
都城莎车有不少的经学院和图书馆，云集了不少的文化人，史学家和诗人画家。
赛伊德汗的儿子苏丹阿不都热西提是第二代国王，从小在这种文化氛围的熏陶与感染下深爱艺术，颇懂音乐，善于作诗，还是一位书法家。
有一天，苏丹阿不都热西提带领大臣和官员，在卫士们的保护下从都城莎车沿着塔里木河的河岸来到卡勒玛克戈壁打猎，打了几天猎，苏丹阿不都热西提从当地猎人们的口中了解到常有地方官勒索当地百姓的事情，他便记下来，暗中命令他的大臣派人去惩治那些为非作歹的官员。
由此他想到王室官员是否也有欺压百姓的事情？为了查明此事，他身穿破衣，装扮成农民的样子，以投诉者的身份，夜晚到农民的家里去借宿，达到明察暗访的目的。
这天晚上他又走向乡村去投宿，在半路上听到了动听的弹拨尔的演奏声。他被优美的琴声引到一座残垣断壁的土屋前，让他的侍卫去敲门。
敲门的声音阻断了优美的琴声。
听不见琴声却看见了一个少女。
那少女站在门口问他们做什么？
可怜的国王说他想借宿。
少女看到他和他的儿子很可怜，生出了怜悯之心，就让他们进屋了。
屋内坐着一位穷苦的打柴人，他的名字叫马合木提，他就是那位少女的父亲。
苏丹阿不都热西提看见墙壁上挂着一把弹拨尔琴，以为琴声是马合木提弹奏的，便夸奖他弹的很好听，请他在弹奏一曲。
马合木提说不是他弹的，是他的女儿弹奏的，并说他的女儿会弹很多曲子。
老人的话让苏丹阿不都热西提感到惊奇，他有些不相信地看着面前亭亭玉立的少女，在微弱灯光的照射下他不看则已，一看便立刻惊呆了，这么漂亮的少女，莫不是仙女下凡吧？
他心里这么想着，嘴上却说：
“请你女儿弹一曲吧！”
马合木提看到他们听琴急切的样子，不愿让他们扫兴，就请自己的女儿弹一曲，让他们开开心。
少女非常孝顺自己的父亲，听了父亲的话，只好操琴在手，演奏了一曲《潘吉尕木卡姆》，声音美妙动听的让苏丹阿不都热西提如痴如醉，久久回不过神来。
他是个懂音乐的诗人，听过不少的琴声，还从未听到过如此迷人的音乐，所以听得走神了。