他控制全疆局面后， 又请动各地文武大员和地方官吏以及王公贵族电呈南京政府，表明拥护他当省主席。
金树仁又电告南京政府平息叛乱的经过情形， 大肆吹嘘自己如何有功，如何有能力有谋略，如何控制住了全疆的局势，恳请南京政府尽快委任他为新疆省主席兼总司令。
南京政府原来支持樊耀南出任新疆当局最高领导， 见如今金树仁得逞，便不予理会，拖延下来。
拖延之时，金树仁不断电呈新疆局势如何稳定，但不能群龙无首，拖延日久将会发生动乱，影响国内局势。
而他又再三表示绝对服从南京政府的号令， 请求政府尽快对他任命，以安定军民之心。并派出亲信带上厚礼到南京进行活动。
南京政府觉得拖下去恐生变乱， 樊耀南已死再无合适的人选。认为金树仁效忠南京政府的决心很大，并已表示遵循南京政府的指示办事，也就只好下令委任他为新疆省主席，至于总司令一职先搁置不任，准备另选合适的人畀以总司令而牵制他。
金树仁当上省主席之后，认为大局已定，名正言顺了，便把杨保山请到督署商议军务，等他一进门，便被事先埋伏好的卫兵活捉了。
严刑拷打后，他始终不承认与樊耀南有任何阴谋联系。
金树仁把关押在牢房里的奉樊耀南之命前去报告他消息而被截获的卫兵押来与他作证，并出示了樊耀南写给他的手谕。
然而，杨保山矢口否认，宁死不屈，终于被金树仁秘密暗杀了。接着又迅速清除了杨保山军中的一些武官及其同伙。
金树仁把清理后的杨保山的一团人马交给了为他上台而立下汗马功劳的张培元。
金树仁为了借助杨增新的势力和威望统治新疆， 便把杨增新的著作《补过斋文牍》54卷和杨增新的读书笔记《补过斋日记》30卷摆放在自己的书案上， 以此表明他是杨增新的得意门生和合法的继承人。
杨增新在北伐战争以前曾表白自己死后将埋骨博格达山峰下的天池之滨，并亲自查看了风水宝地，想给自己建立一座安身的园林公馆，死后作为陵园。
由于北伐的胜利，全国局势大变，他感到自己在新疆的独裁统治摇摇欲坠，便在1927年年初把家眷搬到了北京。
事先他曾派教育厅厅长刘文龙专程到北京、天津和大连等地观察时局的变化，考虑把家眷安置在何处最好。
刘文龙回来后如实对他讲述了关内的政局变化， 认为民主与共和是大势所趋，人心所向，新疆肯定也得走这条路。于是他决定把家眷移向内地，再也不提埋骨天池的事了。
封建社会的官吏一般讲究死后落叶归根， 而杨增新也曾说过将来死后将他的灵柩运回老家云南老家，把他埋葬在那里。
然而，自他杀了云南同乡李寅和夏鼎，从新疆赶走了来自云南的同乡后，云南人与他为冤结仇，挖了他云南老家的祖坟，以泄心中之恨。
他在千里之外的新疆称王称霸， 而对云南老家却只有望乡兴叹的份儿。对挖他祖坟的伤心事他鞭长莫及，也只好忍气吞声了。
金树仁把杨增新的灵柩停放在他生前为教化百官而创建的上帝庙里，让人们虔诚凭吊，并为杨增新举办隆重的葬礼，大力颂扬，而对樊耀南则极尽丑化与谴责。
杨增新的灵柩从迪化借道苏联的西伯利亚运往北京， 埋葬在北京的房山。由于杨增新当年曾派兵配合苏联红军消灭了窜入新疆境内的白俄溃军， 后来又跟苏联塔什干苏维埃政府建立了通讯与外贸协议，建立了友好关系。所以，他的灵柩一进入苏联境内，苏联当局便派边境部队协助护送，直至中国境内。
杨增新在新疆主政长达十七年之久， 被枪杀时已年届六十六岁了，但身体很健康，思维很敏捷。在他死前不久，他还曾自豪地说他是“塞外风云一肩挑”。其实，这正是他独裁统治的内心表白。
他终于死于非命。
他终于结束了一肩挑的命运。
杨增新生前始终以老子和庄子的哲学思想为政治主张而实行“小国寡民”的封闭政策。他给自己家族的堂号起名为“乾德堂”，而“乾德”是他经过卦算而确定的，他认为那是上苍赐予的美德懿行，所以他的堂号替天布道，广泽天下。
他在个人修身方面以道家自居，讲究返朴归真而不修边幅，连自己的胡子都懒得刮，不洗脸也是常有的事。
他把自己的书房命名为“补过斋”，以示他非神仙亦非圣人焉能没有过错呢？他常对他的知己说：“人非神仙，孰能无过？”其实他并非真的悔过认罪， 而是借此不断总结他治人的疏漏与失策，在警醒的基础上更加提高和完善治人之术。
他与一般封建社会的官吏有所不同的一点是他亲自书写文稿，而不请人代笔据为己有以示风雅，这是难以可贵的地方。
《补过斋文牍》是研究杨增新主政新疆时期的重要历史资料和内容庞杂的各种文稿的汇总。大约收集了从他上台到1924年间的重要资料。
《补过斋日记》以他的读书笔记为主兼有其他文字记录和谈话记载，着重反映了他的政治主张和思想意识。
这两种不同形式的著述都是他亲自动笔写就的， 是了解和研究他的可靠资料。当然，这些出于他之手的资料为了达到治人治疆的目的而不乏美化他颂扬他的内涵。
这是封建统治者为了褒扬自己的功德无量而常常采取的以假充真的惯用手法，我们切不可一叶障目而盲目全信，应当认真分析，仔细研究，去伪存真，作出客观准确的结论来。
杨增新有三个儿子， 大儿子名叫杨应乾， 二儿子起名杨应坤。杨增新生前崇尚道术，自然很迷信卜卦之算。
所以，他给两个儿子起名字都离不开八卦范畴。“乾”字和“坤”字都是八卦之一，乾为至大无边的天，乾为至尊无上的君王。而坤为与天相应的无边无际的地，也象征着统治天下的九五至尊。
乾坤二字合起来便意味着天下与江山。他给他的两个儿子分别取此名就在于让他们成为像他一样劳心者治人的人上人，成为他的继承者。
杨增新在三道坝从河北青县人周涛手中巧取豪夺了四千亩稻田，以乾德堂家族的名义收租。为了维护他个人的私利，也为了更有效地控制三道坝这个坐落在迪化东北方向的门户之地，他将三道坝改为乾德城县佐，派官吏和警察监护管理。
为了中饱私囊， 他竟把自己用于社会活动的堂号改为县城的名字，打算永传子孙后代。然而，新中国成立后，在1985年3月，该县又被改为米泉县了。
杨增新统治新疆十七年很少大兴土木，但为了笼络文人，表明自己重视文化教育，爱惜人才，尊重人才，重用人才，于1918年开始，历时五年在迪化修建了一座同乐公园。
名曰同乐的公园亦即今日的乌鲁木齐人民公园。
杨增新在迪化同乐公园内的鉴湖西岸上建造了带有木制长廊的一排九间相连的土木平房，命名阅微草堂，表示纪念曾流放在这里的清代大才子纪晓岚。
杨增新生前经常对人们提起他所钦佩的两个历史人物：一个是东汉的班超，另外一个是清代的纪晓岚。
他纪念这两个人物自然有他的用意。颂扬班超的忠贞勇敢来教诲他的武将们效法班超而无限忠于他。
所以， 他把纪念定远侯班超的定远亭扩建为三层小楼的镇边楼，表白自己对班超的丰功伟绩永志不忘，而实际上以此为名来镇压各族人民的反抗。
杨增新在文官与文人中常常讲述纪晓岚如何才高八斗，如何文星高照，说他是清代乾隆皇帝最为宠爱的一代大才子。
言谈之中流露出他的惜才之心，以此来笼络文官为他尽忠，鼓励文人为他效力。为了证实他重用文人便修建了阅微草堂，表示纪念这位身处逆境而仍然忠于皇帝的戴罪大才子。
没想到阅微草堂建成后竟成了后世人们争议的焦点。有人误认为鉴湖西岸的阅微草堂就是纪晓岚当年所住的阅微草堂，而孤陋寡闻者以讹传讹，一时间广为流传。
在有真知灼见者们的言论中， 提到杨增新所建阅微草堂的来龙去脉，于是，他的大名便在考证纪晓岚的阅微草堂究竟在何处的口碑与文章中屡屡出现，并在文人中广为流传。
杨增新借助阅微草堂的修建而在文人中一时风光起来，他那功一美二的收获使他的名字载入考证流放新疆的清代大才子纪晓岚的种种文牍中。
附庸风雅的杨增新倘若泉下有知，也一定会感到欣慰了。
他会为自己的死于非命而惘然而茫然， 为死后的附庸风雅而留名感到欣然和怡然， 他会在痛苦的追思中潸然流涕而露出带泪的苦笑。