李景隆本是绔绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河涧驻扎。当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有五败，李氏全犯了，其兵必败无疑，这就是政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。为了引诱南军深入，朱棣决计姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣还撤去了芦沟桥的守兵。朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于十月直趋北平城下。经过芦沟桥时见无守兵，禁不住欢喜，说：不守此桥，我看朱棣是无能为力了。这时朱高炽在北平城内严密布署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀人张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军也无法攀城进攻了。朱棣解救永平之后，率师直趋大宁。
大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将于十一月回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，“乃弃兵粮，晨夜南奔”。
建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。朱棣围攻济南三月未下，遂回撤北平。李景隆一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，代之以盛庸。燕军屡胜轻敌，被南军大败，朱棣亲信将领张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，借朱能援军的接应才得以突围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。兵败后，朱棣总结说：东昌之役，接战即退，前功尽弃，今后不能轻敌，不能退却，要奋不顾身，不惧生死，打败敌手。
建文三年二月，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。燕军夺得的城池虽多，但往往得而复失，不能巩固。正在朱棣为此而苦恼之际，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣据此决定举兵南下，直指京城。
建文帝显然不是他叔叔的对手。从这一年的六月到十二月，短短半年时间，损兵折将不下百万，有的干脆就是望风而逃，或者率军来降。仅八月的真定一仗，建文帝的勤王之师就被他叔叔朱棣的“靖难之师”斩首三万级。
到了燕王朱棣兵临城下，建文帝朱允文似手只给自己留下了自焚一条路。谷王穗、李景隆等开门迎“靖难之师”，都城落在了朱棣手中也就等于大明江山落在了朱棣手中。朱棣没有急着入住皇城，而是有条不紊地安排妥守城部队，下令四处张贴布告，安抚军民，同时派人大肆搜捕齐泰、方孝儒等五十多名“奸臣”，自己率领其余人马回反龙江营地。第二天，群臣上表劝进，朱棣无任何表示。等到朱棣不不慌不忙地拜谒完孝陵步下台阶，才见得群臣早已准备好了天子的仪仗，捧着玉玺，齐涮涮地跪成一片，“万岁、万岁、万万岁”不绝于耳，朱棣大大方方坐上天子的乘辇，到奉天殿举行登基仪式。
在整个“靖难”过程，朱棣至始至终没说过一句一定要当皇帝，或这个皇帝的位子本该就是他的之类的话，但他一步步就走到了这个位置上，这也正是封建社会正统观念对朱棣不依不饶的一个“烂污”！
朱棣占领京城后，立即揭榜黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等数十人，并清宫三日，诛弑宫人，女官及内官无数，只留下了一帮曾给他通风报信的太监，并幽禁建文帝母亲于懿文陵，弑掉了其余三个兄弟。而建文帝和他的两个二岁的小孩都“不知所踪”，其结果也就可想而知了！
建文帝弑人的可怕，读其描写都让人不寒而栗，看几个例子：
杀方孝孺：朱棣要方孝孺为其“写诏与天下”，方孝孺乱写数字，并边哭边骂：“死即死而，诏不可草！”朱棣大怒，叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”方孝孺大喝：“便诛我十族又奈我何！”朱棣顿呈残暴本性。他命人用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂至耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐弑戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六岁。
临终前提绝命诗：
天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。
忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。
呜呼哀哉，庶不我尤！
杀铁铉：朱棣坐于御座，铁铉背立殿庭，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞进这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，铁铉至死笑骂不止。朱棣其后，流其父母于海南，弑其二子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个子儿入教坊充录妓女。
直到二十二年后，朱棣的儿子明仁宗朱高炽继位才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民”。
后世讲起朱棣，大多褒大于贬。对外方面，特别是他五征漠北，先后击败瓦剌和鞑靼诸部。同时，他又在西北设“关西七卫”，增设贵州布政司，在安南设交趾布政司。对内方面，他发展经济，休养生息，使国家岁粮收入大幅增加；同时剥夺藩王实权，进一步加强中央集权。文化方面，他授命臣下编纂《永乐大典》（当然主要目的是为了给他自己歌功颂德和篡改史实），对文化典籍进行系统整理。因此，《明史》中对他赞扬道：“文皇少长习兵，据幽燕形胜之地，乘建文孱弱，长驱内向，奄有四海。即位以后，慕行节俭，水旱朝告夕赈，无有壅蔽。知人善任，表里洞达，雄武之略，同符高祖。六师屡出，漠北尘清。至其季年，威德遐被，四方宾服，明命而入贡者殆三十国。幅员之广，远迈汉、唐。成功骏烈，卓乎盛矣！”