继安萨里之后，哲拉鲁丁·苏尤蒂亦从《古兰经》蕴涵的学科知识角度，阐述了科学注释《古兰经》的合理性。苏尤蒂分别在《古兰经学通论》（第65章）和《注释之冠》（’Iiklīl al-ta’wīl fī’istinbāal-tanzīl）中，求证经训和先贤遗训，说明《古兰经》是一部蕴涵所有知识的经典。其中，经文是：“我在天经里没有遗漏任何事物。”（6：38）“我曾降示这部经典，阐明万事。”（16：89）[17]圣训是：“各种不幸将会出现。有人问：‘出路何在？’先知说：‘真主的经典，其中有你们之前的信息，也有你们之后的信息，还有对你们的判断。’”[18]先贤遗训是，圣门弟子伊本·麦斯欧德说：“凡求知者，就当学习《古兰经》，因为《古兰经》蕴涵着古人和今人的信息。”[19]“真主在《古兰经》中降示了一切知识，为我们阐明了万事，但我们的知识不能及于真主在《古兰经》中为我们阐明的知识。”[20]沙菲仪说：“伊斯兰乌玛所讲的一切都是对圣训的注解，所有圣训都是对《古兰经》的注释。”[21]哲拉鲁丁·苏尤蒂在引用安达卢西亚注释学家、圣训学家艾布·法德里·穆尔萨（Abu al-fal al-mursā，？-1257），以及教义学家、哲学家伊本·阿拉比等人就《古兰经》蕴涵的学科知识的阐述后[22]，对此做了精辟总结：“真主的经典囊括了万事。至于所有学科的分类，则只要有原理性的门类或问题，就会有《古兰经》对此的证明。《古兰经》涵盖了人间的各种奇迹、天地的国权、天地的万有等，而这些都需要大量著作予以详细阐述。”[23]
近现代以来，亦不乏注释家和专业学者对科学注释《古兰经》的相关经文表示赞同。其中，当代学者塔希尔·本·阿舒尔（Al-āhir ben ‘āshūr，1879-1973）论述了科学注释的所有种类。他认为，为了揭示《古兰经》的各种经旨，没有必要对演绎《古兰经》中的各学科知识进行阻碍。他以真主创造人类的经文“我确已创造了你们，先用泥土，继用一小滴精液，继用一块凝血，继用完整的和不完整的肉团，以便我对你们阐明［道理］”（22：5）为例，说明解剖学在注释诸如此类经文时的作用——既有助于阐明真主的万能，也将经文和科学问题有机联系起来；既有助于理解经文大义，也有利于驳斥中伤《古兰经》者的谬论，更能肯定《古兰经》率先提到了其问世时世界上尚未出现的一些科学知识。[24]
注释家辛德·舍勒比（Hind shalbī）女士，则从科学注释揭示《古兰经》科学奇迹的角度，阐述了科学注释的合理性。她认为，“科学注释经文的目的就是揭示经文中的奇迹特性——界定这些奇迹出自真主，证实先知穆罕默德使命的真实性。但凡能够正确理解《古兰经》中关于科学奇迹的经文，或者从科学角度注释这些经文者，就要谈及经文蕴涵的各种经旨经义——不可能来自经文降示时的人类之语，因为这些经文揭示了一个事实，即当时的人类理智尚未达到领悟这些经义的能力。”[25]
穆罕默德·拉希德·里达尽管没有直接言及科学注释的所有种类，但仍从科学奇迹的角度，反映了他对科学注释的态度。他将《古兰经》的科学奇迹分为两类：其一，任何知识都无法破坏或丝毫有损《古兰经》的奇迹，尽管《古兰经》早在14个世纪前就已提到了所有知识。其二，《古兰经》提及的科学问题在其问世时尚未被认知，而在这个时代才逐渐得以发现和发明。[26]
埃及爱资哈尔大学宗教原理系前系主任穆罕默德·萨迪格·阿尔仲（Muhammad al-ādiq ‘arjūn）教授，从另外一个视角，说明了科学注释对解读相关经义经旨的作用。他认为，科学注释无疑是在各科知识阐释《古兰经》大义的范畴内，旨在说明真主在《古兰经》中业已确立的正道。各科知识仅仅有助于阐明经文导向的经义，科学注释则相当于《古兰经》的百科之一，能够填补伊斯兰世界里每个穆斯林都切身感受到的空白。阿尔仲教授还呼吁，穆斯林学者应当著书立说，彻底探究混淆在《古兰经》注释中的“以色列传闻”，以提醒穆斯林，免遭这类注释的危害。[27]
以上学者所持的赞同观点，说明了穆斯林的科学文化为何出现在《古兰经》注释领域的哲理所在，反映了这些学者们——无论是前人还是今人，无论是注释家还是其他学科的专家——意图使《古兰经》成为所有学科的渊源，以及一如既往地汲取《古兰经》营养，求索其知识，阐发其经义的价值取向和学术追求。如果细究《古兰经》注释的所有文献典籍就不难发现，科学注释《古兰经》的学术活动自阿拔斯王朝时期的科学活动繁荣昌盛以来，时至今日仍延绵不绝，成果斐然。
诚然，尽管持赞同观点的学者依据所求证的学理和法理，支持从科学角度注释《古兰经》的相关经文，但为防患于未然，仍然制定了一些务必遵循的基本要求和定理，以免误注、错注甚至肆意注释经文的不良学术现象发生。叙利亚大马士革大学《古兰经》和圣训学系的阿里·艾斯阿德博士根据文献，对科学注释《古兰经》的人务必具备的基本要求和定理，大致做了归纳：
1.精通《古兰经》注释学所要求的15门学科知识。
2.叙述科学事实的目的是服务于解读《古兰经》经旨，而不是科学事实本身。
3.注释家所叙述的科学事实已经定型与定性，既不能是理论，也不是或然性结果。
4.注释期间务必有经验科学领域的专家进行专业指导。
5.科学事实与注释的普遍原则不能互相矛盾。[28]
此外，哈立德·阿布杜拉·哈曼·俄克教授在《古兰经注释原理》中，亦就此归纳：
1.遵循注释学界定的所有注释要求，如15项基本学科与应该注意的事项。
2.注释科学性经文必须符合经文语言结构所表述的本义。
3.注释家不得舍本逐末，逾越注释的范畴而表述那些互相矛盾的科学理论。
4.注释家务必通晓相关科学理论知识，从而借助这些科学理论知识，注释涉及科学的经文。
5.注释家不能认为经文本身就蕴涵着科学理论，而是说明着科学现象，因此如果科学理论符合经义，就可借此注释经义，反之则放弃。
6.注释家务必将涉及科学的经文含义作为他注释的基础，要围绕经文本有的含义展开注释。
7.注释家注释科学性经文时，务必遵循经文的阿拉伯语语义，因为《古兰经》首先是阿拉伯语的经典。
8.注释家注释经义时，不得违反教义教法。
9.注释家的释文务必与所注经文经旨互相符合，既不能丝毫减损经文所需要的阐释，也不能附加与经义经旨不相符合的阐释，更不能断章取义，而要实事求是地注释经文的经旨。
10.注释家务必重视所注经文之间的内在结构，经文的上下文关系和内在联系，以便将被注经文有机联系起来，形成一个完整的科学注释专题。[29]
（二）反对观点
反对科学注释的学者引经据典，通过下列证据和理由，说明从科学角度注释有关经文的学术举措不可取。
1.《古兰经》奇迹亘古不变，注释家阐明其蕴涵的奇迹时，无须勉为其难地进行科学性注释，因为科学注释往往有损《古兰经》蕴涵的奇迹。
2.《古兰经》号召人们思考宇宙和各种科学知识，是广义性号召，旨在使人们从中汲取殷鉴与参悟经义，而不是号召人们阐明其细节，揭示其中的各种知识。
3.对于绝大部分涉足科学注释《古兰经》者而言，科学注释存在不同程度的错误，因为一项成功的理论为了融合两种截然不同或者互相近似的观点，往往建立在假定的基础上，因此其中难免存在错误。换言之，所有理论中，不一定每一项理论都是成功的。
4.科学注释涉足《古兰经》，此类注释家往往不由自主地逾越了经文辞藻本身的界限。究其原因，注释家自我认为，注释时必须要研究不同的科学领域，因为许多科学事实具有时限性和变化性，它不是一次性呈现出的结果，而是随着时代发展被重新发现和揭示。在此情况下，忙碌甚至盲目地寻求《古兰经》和科学之间的一致性，不符合伊斯兰法理。
5.科学中的某些发现仅仅是一种理论与假设，其价值体现于最大可能地解读宇宙、生物、心理或社会等各种现象，然后推出另外一种科学假设去更加精确地解读这些科学现象。从这个角度讲，科学理论始终存在着变化与调整、缺失与补充的问题，甚至由于新工具的出现或对旧的科学现象进行新的解释后，原有的科学理论会彻底改变。是故，为了让注释家不要尴尬地面对始终变化或者消失的科学理论，按照现有科学理论阐释《古兰经》的终极真理是不正确的。[30]
基于以上理由，持反对观点的学者认为，科学注释在解读《古兰经》经义领域不免夸大其词甚至过分，并因科学理论的不确定性而使一些经文承载了与其本旨不相符合的意义。
根据文献资料，沙推斌是最早反对科学注释《古兰经》的学者。他在《教法原理的协调》中，就其反对科学注释《古兰经》的观点做了相应阐述。他认为，《古兰经》降示前的阿拉伯人曾经重视一些知识，他们的哲人也曾致力于培植阿拉伯人的伦理道德，树立阿拉伯人的风俗习惯，故《古兰经》启示中，既对降示前的一些正确知识和事物予以修正和补充，对错误事物予以废除，也阐明了其中有益和有害的知识和事物。沙推斌引证经文举例说明《古兰经》肯定了古代阿拉伯人所重视的一些正确知识。如经文“他为你们创造诸星，以便你们在陆地和海洋的重重黑暗里借诸星座而遵循正道”（6：97）说明古代阿拉伯人重视星相知识；经文“他是以电光昭示你们，以引起你们的恐惧和希望，并兴起密云，雷霆在赞颂真主超绝万物，众天神因为畏惧他而赞颂他”（13：12-13）“真主使风去兴起云来，然后，把云赶至一个已死的地方，而借它使已死的大地复活”（35：9）说明他们重视天文和气象知识；经文“这是关于幽玄的消息，我把它启示你；当他们用拈阄法决定谁抚养麦尔彦的时候，你没有在场，他们争论的时候，你也没有在场”（3：44）说明他们重视历史知识；经文“你们应当吃，应当喝，但不要过分”（7：31）说明他们重视医学知识；经文“你说：‘如果人类和精灵联合起来创造一部像这样的《古兰经》，那么，他们即使互相帮助，也必不能创造像这样的妙文’”（17：88）说明他们重视修辞知识。接着，沙推斌又论述了《古兰经》直接或间接予以否认的一些错误知识，如占卜、预测、算卦、迷信等。[31]
沙推斌阐释了《古兰经》予以肯定和否定的知识后，谴责了那些为《古兰经》蕴涵的知识附加和演绎其他知识的学者，并给予反驳：“很多人在引证和注释《古兰经》时都超出了界限，他们给《古兰经》附加了前人和今人提到的一切自然科学知识和人文社会知识，如工程学、数学、逻辑学、语音学等理论家和学者们所认为的各科知识，这是不正确的。”[32]他指出，“圣门弟子、再传弟子与三传弟子是最通晓《古兰经》及其蕴涵的各种知识者。文献告诉我们，他们中没有任何人谈及《古兰经》知识之外的事物，只是谈及了《古兰经》中业已确定的知识和事物等。假设他们阐发了《古兰经》中的各种知识，那么我们就有了根据。但他们没有这样做，这就说明《古兰经》的目的不在于肯定科学注释《古兰经》的学者们所认为的各种知识。”[33]此外，沙推斌还就哲拉鲁丁·苏尤蒂与一些注释家引证并给予阐发的经文“我在天经里没有遗漏任何事物”（6：38）做了注释。他认为，这节经文中的“天经”是指“受保护的天牌”（85：22），而不是说明《古兰经》蕴涵着一切学科知识，无论是传述的，还是理性的。[34]
近现代以来，持反对观点的学者主要代表有穆罕默德·侯赛因·扎哈卜教授。他在肯定沙推斌的观点的同时，又从三个层面论述了自己所持的反对观点：
其一，语言学层面。扎哈卜教授认为，阿拉伯语的词汇意义不是一成不变，而是随着时代发展逐渐发生着变化。许多词汇含有多种语义，如果我们不知道一词具有多义的历史背景和发展过程，就无法界定它如何出现在不同的学科领域，并且形成一个专业术语，如语言学术语、法学术语等。这些词汇在《古兰经》降示时，有些是阿拉伯人知道的，有些是他们闻所未闻的。鉴于词义变化和发展的性质，我们何以肆无忌惮地理解《古兰经》词汇，使其成为新生术语之意的证据？又何以认为，《古兰经》部分词汇的意义，在其后能够发生变化，衍生新意呢？