捻军的首领是杰出的。李鸿章证实：赖文光、任化邦、张宗禹和其他捻军首领是勇敢的、有能力的。据说，他们比太平军的首领更富有战斗力。他们在反映人民的需要和愿望方面所表现出的敏锐的洞察力，是他们的力量的巨大源泉。在夺取某一城镇之前，他们总是先劝诱和争取当地居民的“自然”领袖，在攻取之后，他们总是小心地避免打扰居民，而去打开监狱，凌辱可恨的地方官。一旦控制一个地方，他们就把重点放在筹集粮食给养上，因为仅靠打劫清军的粮草是不够的。他们很重视粮食生产，并派遣从前线返回的小分队去帮助保卫和收割庄稼。
长期以来，人们一直认为捻军不像太平天国那样有自己的纲领和教义。[4]中国的马克思主义者和共产党人也倾向这种观点，认为民众起义如果没有一种学说作指导是必然要失败的。[5]然而最近的研究表明，捻军不仅有政治纲领（如上面已经指出的），而且有明确的意识形态和学说：“相反，捻社会所继承的白莲教的遗产提供了一种明显可辨的意识，它把捻军与普通土匪分离开来，而士绅的参加又使捻军初期的鼓动具有更广泛的政治意识和组织能力，这种政治意识和组织能力使它成为真正的起义。”[6]但是很遗憾，这个结论还缺乏来自捻军方面的文献证明。
在1865年以前，清政府对捻作战，无论在政治上，还是在军事上，都失败了。官员们报告说乡下人都支持捻军而不支持清军，可是他们似乎不明白这到底为什么。甚至有一次，清军因偶然的胜利而进入到捻军的根据地中心，但由于民众的敌视，还是失败了。
僧格林沁之死使清廷第一次真正感到震惊，结果导致了一个新政策——实行曾扑灭太平天国的那种政策。1865年5月27日，清廷任命曾国藩指挥山东、河南和直隶的全部帝国军队，他以前担任的两江总督一职暂时改由李鸿章署理。最精锐的神机营也被派去保卫通往北京的道路。如果起义军在此以前能够越过黄河，那么它通向首都的道路将几乎是没有阻挡的。正在清廷加紧调动布防的时候，它接到了关于捻军在直隶南部、山东和苏北取得了令人惊恐的胜利的报告。
在1865年夏季这一紧要时刻，曾国藩制定了新的消灭捻军的基本政策。值得一提的是，这一政策（后来由曾国藩的继承者李鸿章继续执行）在中国以后消灭“土匪”的努力中起了重要作用。
曾国藩的计划本质上是防御性的，它可以概括为这样四个字：“画河圈地”。曾国藩认为清军企图像捻军那样“流动”作战，那是自杀性的，因为在流动中，捻军能够获得大量的粮食给养，而清军却不能。因此他在安徽临淮、山东济宁、河南周家口和江苏徐州设立四镇重兵。起初，曾国藩是以传统的方式来运用这四镇重兵的；当一个地区受到威胁时，其他三镇即派兵增援。以这样的策略来对付流动的捻军是无用的，因此它为残酷无情的“画河圈地”策略所取代。三年以后，这一策略获得了成功，它限制了捻军的流动。
清政府调动一切力量，想尽一切办法来对付捻军：在苏豫皖鲁四省建起9支辅助部队，沿着运河和黄河筑起堤坎、长墙，开挖壕沟。而在所有的力量中，最重要的是中兴诸臣的政治洞察力。
曾国藩十分清楚，关键在于争取捻军地区人民的忠诚。当他北上就职时，他首先视察了捻军地区。他认识到许多“良民”跟随捻军是由于贫苦，因此他试图把他们划分开来，争取过来，用奖赏和身份证制度来使他们保持忠诚。然而，“人民”和“叛乱者”完全混合在一起，这使“剿抚并重”的政策遇到很大困难。因此曾国藩在这一地区实行“筑城清乡”政策比在太平天国地区无疑遇到更大的阻碍。但是，他还是能够切断乡民与捻军首领间的联系和重建地方政府。他向当地提供紧急救济，实施开荒计划，征募当地人入淮军，并给予较好的报酬，同时对军队严密控制。由于这些措施，到1867年，士绅和平民重又归顺大清，并重新构筑工事以防范土匪。
当然，在最初几年中，曾国藩的策略无论在政治上还是军事上都不是完全成功的。在1865年下半年和1866年，捻军运用运动战继续取得胜利。曾国藩“失败”了。1867年初，显然是由于他自己的请求，他又返回两江总督任上。李鸿章接替了他，继续实行他的总政策。
1866—1867年冬天，捻军在东西两路都取得了进一步胜利。[7]在西安附近的十字坡战役中，经过一天战斗，西捻军击溃了陕西省清军的主力。在湖北罗家集战役中，清军提督郭松林被俘（译者注：1867年1月，在罗家集战役中，郭松林兵败负伤，但未被捻军俘获）。
1867年初，第一个真正的危险是捻军对北京展开钳形包围运动。西捻军跨过大运河干旱的河床，击败前去阻截的清军，从南面威胁北京。如果湖北和陕西的捻军能够强行进入山西，那么它就能够从西面威胁北京。2月，朝廷连日发布谕令，表明清廷对于陕西、湖北和河南的形势十分惊恐。它任命李鸿章为湖广总督，负责制止捻军在湖北的进军，命令曾国藩和湖南巡抚李鹤年前往徐州，左宗棠立即去接管陕西。对这些著名指挥官的任命，反映出局势的严重性。
1867年6月，战争进入决定性阶段。当时东捻军主力向战略要地徐州运动，然后进入山东。它希望在那里得到长期沉寂的山东捻军的帮助。1867年6月14日，清廷谕令各路军队守住山东省界，但是捻军还是突破了运河防线，进入山东。
这时，山东成为关键地区。丁宝桢打算从南、北同时进攻，而奉命赶到山东的李鸿章则打算把捻军驱赶到山东半岛的顶端，然后再行剿杀。
1867年7月，增援的清军涌入山东和苏北，围剿计划最终付诸实施了。清军把黄河和大运河之间地带分割成几个部分，以防止捻军流动。李鸿章在距山东海滨40里处筑起封锁线，并派人去南京请水师派船队北上山东，炮击捻军营地。据农村逃出的难民说，沿海村庄被烧毁，芝罘一片恐慌。李鸿章受命全权指挥山东军队。清军捷报频传。
1867年8月初，清军显然已控制了局势。李鸿章开掘了一条从莱州到牟平县100英里的壕沟，把捻军困在山东半岛的顶端。沿黄河、胶莱河、大运河的防御准备工作似乎已经就绪。因此李鸿章十分自信地抽派部分在山东的直隶部队返直隶去帮助镇压地方土匪。他自己则进入前线。捻军似乎不可能逃脱了，除非它从海上逃走，而官员们已接到命令，不得允许任何船只在海岸逗留。
然而，8月28日，3000捻军出人意料地安全地通过了清军的防线。而且，很明显，在此以前，捻军多次获胜的消息已经传到北京，因为8月27日李鸿章遭到谴责和降职处分，丁宝桢被摘去顶戴，至少有一个战场指挥官被处决。
在随后3个月中，东捻军似乎可以自由流动了。如果李鸿章往南追击它，它就可能同时向北和向西运动。然而，当一支从满洲调来的骑兵增援部队到来时，清方的形势有了稳定的改善，运河防线得到了加强，补给系统也恢复起来。
皇帝不相信关于政府军重新获胜的最初一些报告，但到1867年12月，对胜利已不再有任何怀疑了。清军在潍县附近获得了重大胜利，有三四千捻军被杀死，剩下的向东北逃去。在随后的几次战斗中，3万多捻军，其中包括赖文光，全部被清军俘获、斩首。至此，最富有战斗力的东捻军实际已被消灭了。
1867年秋冬，清廷认为东捻军已不再是威胁，便把注意力转向西捻军。其时，西捻军在陕北已立住脚跟，并威胁着山西。山西是北京的外围防线和钱粮的主要来源区。捻军通过袭击包头地区，把清军从黄河防线吸引过来，然后在张宗禹的率领下突破黄河防线，进入山西，迫使清军把主要防线退到山西和直隶交界处。
此时，清廷不得不全力保卫直隶。从西部尾追捻军的清军，已被捻军远远甩在后面，因此，清廷命令正在赶往陕西赴任的左宗棠立即到直隶来，从东边堵截正向京师逼近的捻军。左宗棠受命指挥直隶清军，恭亲王奕訢和神机营则负责保卫北京。
1868年1月底，由于西捻军的进展，东捻军（它在上年12月被“镇压”，在本年1月初被“肃清”）又重新大批出现，并从山东进入直隶。李鸿章被认为应该对此负主要责任，因此被褫夺黄马褂、拔去双眼花翎、革去骑都尉世职。根据2月3日和5日的谕令，左宗棠、李鹤年、官文和其他一些人也受到了处罚。
现在形势危急。文祥描述1868年初北京紧张局势说：张宗禹率西捻从山西沿着太行山脉进入直隶，抵达卢沟桥，同时鲁南的捻军渗入到保定几英里内的地方。这局势并不比1853年或1860年更可怕，但是需要严厉的措施。保卫北京的方案已经制定出来，规定对一切出入这座城市的人进行检查。虽然除失败的消息之外，也有胜利的消息传来，但是捻军毕竟是逼近北京了。
到3月初，清军已经显然能够控制直隶了。到了月底，东西捻军已从直隶撤回到山西、河南和山东去了。
但是捻军仍在继续自由活动，而且其先头部队似乎很快就要降临。清廷于4月27日发出处罚李鸿章、李鹤年和左宗棠的上谕。5月1日，李和左两人受到警告：圣恩不能长久地保护他们不受严惩。5月9日，清廷命令李鸿章在一个多月的时间内完全消灭捻军。
尽管有前面所说的回光返照，但是因为捻军的力量从1865年起就不断遭受损失，所以从1868年7月中旬起，清军的胜利已逐渐多起来。当张宗禹率领最后一小部分捻军试图游过徒骇河（按，“徒骇河”为译者所加）到安全的地方去时，溺水而亡，捻军完全失败了。
1868年8月27日，清廷正式宣告捻军大叛乱已被平息，谕令嘉奖所有的战斗指挥官、高级参赞以及每一个官员，并派一位亲王去祭告已故的咸丰皇帝。
虽然捻军从来没有过一次真正的机会去推翻清廷的统治，但是，如果没有中兴诸臣的新政策的话，那么它凭着地形的优势，凭着灵活性和战斗技巧，是能够继续在中国北方流动的。捻军的失败是因为它在与清廷竞争获取人民支持的斗争中失败了，也因为被封锁了西撤的去路，不能流动作战了。曾国藩在1865年所制定的两项策略到1868年被证明是成功的。而清军在1866年以后在武器上的优势并不是重要因素，向清军提供武器是外国援助的惟一形式。
镇压西北回民起义
19世纪中叶西北回族大起义有两个显而易见的根本原因：（1）清地方官吏对回族的歧视；（2）出现于18世纪晚期的狂热的穆斯林“新教”的影响。这两个原因，前一个更重要，清政府的官方政策是提倡汉回平等的，但是由于满清王朝的日益汉化，使它在汉回民族争端中很难保持中立。
中国本土的穆斯林比东突厥穆斯林更汉化。尽管他们坚奉伊斯兰教和宗教婚俗，戒食猪肉、酒和不洁净之物，但是他们在许多方面同汉人的关系比同玉门关外的同宗教的突厥穆斯林的关系更密切。然而，他们有着长期反抗中国地方政权的历史记录，在人民中一直流传着反清英雄的传奇故事，在这些英雄中，有不少人曾参加过明末李自成起义。不过，19世纪中叶爆发的这次回民大起义，除了坚持新教以外，很少反对儒教国家，它主要起因于对地方歧视的长期不满。
直到今天，人们也没有完全弄清楚新教是怎么回事，但是一个不容置疑的事实是，它无论伸向哪里，总是同政治上的不妥协和反叛相联系的。它最初产生于黄河右岸中国的“麦加”——河州西边的十几个偏远的撒拉人村庄。这一地区在有清一代的穆斯林叛乱中一直起着重要作用。西方学者对新教有各式各样的说法。有的说它与伊斯兰苏非教派有关，苏非教派在中国被修改，因为其鼓吹者并不完全理解伊斯兰神秘主义[8]；有的说它与中亚逊尼派有关，其教义是正统逊尼派教义但省去了神秘的冥思[9]；也有的说它与瓦哈比派有关。[10]日本学者对此一直摇摆不定[11]，最近则根据中国清代有关史料证实，新教领导人是苏非派。[12]很明显，无论是中东学者，还是中国学者都一直未涉及到这个题目。前兰州长官被认为是研究这次叛乱的主要权威，他后来谈到，老教和新教的冲突引起了这次麻烦，但是他未说明新老教之间的不同。[13]
新教最初引起注意是在1762年，当时在西宁附近撒拉地区的新教领袖和老教领袖在中国地方官面前互相指责，结果都被查明有罪，从这一地区给驱逐出去了。1769年，双方再次相互指控，而这一次对新教的惩罚比较重。
新教是马明心创立的，他曾游历过中亚，返回以后传布真信仰——新教，并领导新教进攻老教。1781年撒拉地区的难以遏制的骚动爆发为公开的起义。这导致了清政府派人对这一地区进行了一次视察，在视察中，一个来自河州的官员谴责了新教，结果这个官员当天夜里就被劫持和杀害了。在兰州，许多老教信徒也被杀害了。一场反清起义已在进行中，清政府进行了一场大镇压，并伴有肆无忌惮的掠夺。爆发于1783年的规模更大的第二次起义也被镇压下去了。清政府向这一地区增派了驻军，取缔了新教。