马克思在《经济学手稿（1861-1863年）》中，还论述了属于《资本论》第3卷的内容，如剩余价值和利润，生产费用，平均利润率，利润率下降规律，利润分为产业利润和利息、商业资本、货币资本以及级差地租和绝对地租等问题。他科学地阐明了从剩余价值到平均利润，从价值到生产价格的中介环节，指出平均利润的形成是部门之间竞争的结果。他说：“资本的竞争力图把每个资本家作为总资本的一部分来对待，并且根据这一点来调节每个资本取得剩余价值的份额，也就是说，调节利润。”“直截了当地说，这无非是资本家们努力（而这种努力就是竞争）把他们从工人阶级身上榨取的全部无酬劳动量（或这个劳动量的产品）在他们相互之间进行分配，而且这种分配不是根据每一个特殊资本直接生产多少剩余劳动，而是根据：第一，这个特殊资本在总资本中占多大部分；第二，总资本本身生产的剩余价值总量。”[9]在地租问题上，马克思也取得很大进展。1862年6月18日，他写信告诉恩格斯：“现在我终于顺便把地租这个烂摊子……清理出来了。很久以来，我就怀疑李嘉图的学说是否完全正确，现在我终于揭穿了骗局。”[10]马克思指出，李嘉图把地租理论与价值规律直接地、有意识地联系起来，这是他的理论贡献。但是，李嘉图把级差地租与所谓土地肥力递减规律相联系，认为劣等地不提供地租，这是错误的。李嘉图还“为了理论而否认绝对地租”。李嘉图认为，农产品的生产价格是预付资本加平均利润，因此，如果存在绝对地租，就要破坏价值规律。马克思认为，农产品的生产价格和价值并不一致，绝对地租存在的事实，并不违反价值规律，“只不过证明农产品属于价值高于费用价格的一类产品”[11]。
《经济学手稿（1861-1863年）》主要部分的“剩余价值理论”，对17世纪以来的政治经济学史作了十分详尽的分析批判，在批判中进一步阐明了理论部分的相关问题。
同马克思所有手稿一样，《经济学手稿（1861-1863年）》是为了供自己进一步研究时参考，而不是准备发表的，因而带有手稿的一般特点。如有的问题较为展开，有的问题比较简略；有的理论作了严密的论证，有的则只有材料的摘录和简单的评注，思想的进程经常为一些与论题无关的东西所打断；有些内容不够连贯，有些内容存在重复；有些地方文字表达经过润色加工，多数地方未经琢磨等。但这些手稿内容博大精深，论述透彻精辟，解决了许多理论上的难题，是《资本论》的重要准备著作，具有极其巨大的理论意义。
[1]马克思：《致弗·恩格斯》（1859年11月7日），《马克思恩格斯全集》第29卷，第483页。
[2]马克思：《致弗·恩格斯》（1862年5月27日），《马克思恩格斯全集》第30卷，第246页。
[3]马克思：《致弗·恩格斯》（1862年6月18日），《马克思恩格斯全集》第30卷，第251页。
[4]马克思：《经济学手稿（1861-1863年）》，《马克思恩格斯全集》第47卷，第42-43页。
[5]马克思：《经济学手稿（1861-1863年）》，《马克思恩格斯全集》第47卷，第215页。
[6]同上书，第266页。
[7]同上书，第427页。
[8]马克思：《经济学手稿（1861-1863年）》，《马克思恩格斯全集》第47卷，第570页。
[9]马克思：《剩余价值理论》，《马克思恩格斯全集》第26卷第2册，第21页。
[10]马克思：《致弗·恩格斯》（1862年6月18日），《马克思恩格斯全集》第30卷，第251页。
[11]马克思：《剩余价值理论》，《马克思恩格斯全集》第26卷第2册，第270页。
七、《资本论》第三部手稿
马克思完成《经济学手稿（1861-1863年）》后，认为这部稿子还不能付排，无论从结构、内容和表现形式上，需要进一步修改和加工；同时，这部手稿对资本的流通过程、资本与利润的问题，还没有作系统的研究。于是，他从1863年8月开始写了一部新手稿。这是出版《资本论》的最后准备工作。[1]
1863年8月15日，马克思在向恩格斯介绍《资本论》写作的进展时说：“我的工作（整理手稿，准备付印），一方面进行得很好。我觉得这些东西在最后的审订中，除了一些不可避免的G-W和W-G以外，已经变得相当通俗了。另一方面，虽然我整天整天地写，但是进展并不像我久经磨炼的耐心所希望的那样快。”[2]进展不快的原因，一是这时马克思经常生病，有时甚至几个月不能进行理论研究；二是自从1864年9月国际工人协会成立后，参加国际工人协会的活动，占去他大量时间；三是他对写作抱着极端严肃认真的态度，他对自己的著作字斟句酌，反复推敲，而且在全部著作没有完成以前，决不把任何一部分先行发表。他说：“我不能下决心在一个完整的东西还没有摆在我面前时，就送出任何一部分，不论我的著作有什么缺点，它们却有一个长处，即它们是一个艺术的整体；但是要达到这一点，只有用我的方法，在它们没有完整地摆在我面前时，不拿去付印。[3]”
从1863年8月至1867年9月，马克思写成了一部包括《资本论》理论部分三大卷的手稿。
第1卷：《资本的生产过程》。现在保存下来的有：《第六章直接生产过程的结果》，第441-495页，共55页。第1卷第一至五章，即第1-440页手稿没有保存下来，一些研究者认为，这一部分手稿已经由马克思最后定稿并直接送出版社付排。他原来打算把《资本的生产过程》和《资本的流通过程》合并为第1卷出版；但在发稿前决定把《资本的流通过程》单独编为第2卷。因此，作为从《资本的生产过程》到《资本的流通过程》过渡的《第六章直接生产过程的结果》被抽了下来，未编入第1卷中。
第2卷，《资本的流通过程》第Ⅰ稿。这份手稿“大概写于1865年或1867年”，共有149页，包括《资本流通》、《资本周转》、《流通和再生产》三章，其结构与后来由恩格斯整理出版的《资本论》第2卷大致相同。恩格斯在整理马克思遗留的手稿时，发现属于第2卷内容的共有八个稿本。这个第Ⅰ稿是“最早的一个独立的、但多少带有片断性质的修改稿”[4]。按照马克思总是把最后的文稿作为根据的原则，恩格斯在编辑第2卷时，未直接利用这份手稿。手稿中还包括第2卷第Ⅲ稿和第Ⅳ稿。第Ⅲ稿一部分是引文和马克思札记本的提示汇编，一部分是经过修订的个别论点。由于有了后来的修改稿，恩格斯在编辑第2卷时也未加利用。第Ⅳ稿的部分内容，被恩格斯在适当的地方加以利用。
第3卷：《两者的统一，或资本的利润、利息》，共有手稿575页，是《资本论》第3卷唯一完整的手稿。恩格斯依据这个稿本整理出版了《资本论》第3卷。
同《资本论》前两部手稿一样，第三部手稿篇幅巨大、内容丰富，理论上有很大创新和突破，在《资本论》创作史上具有极其重大的意义。
现在保存下来属于《资本论》第1卷的《第六章直接生产过程的结果》，分别考察了三个问题：（1）作为资本产物的商品；（2）资本主义生产是剩余价值的生产；（3）资本主义生产是整个资本主义关系的生产和再生产。
马克思指出，作为资本产物的商品与作为资本主义生产出发点的商品是不同的。首先，作为资本主义生产出发点的商品，只是一个物化着一定量的劳动时间的商品，但从商品本身完全不能确定也没有必要确定这个物化劳动是从谁那里来的；作为资本产物的商品，必然包含着物化了的有偿劳动和无偿劳动，其价值中除了包含不变资本价值外，还包含可变资本价值和被资本家无偿占有的剩余价值。其次，作为资本主义生产出发点的商品，是单个的商品；作为资本产物的商品，是一个再现这预付资本的价值加剩余价值的商品量。每一个单个商品只是这个商品量的一部分；耗费在单个商品上的劳动量，只有作为这个商品量的总劳动的一部分才有意义。最后，作为资本主义生产出发点的商品，只是价值的物质承担者；作为资本产物的商品，是价值和剩余价值的物质承担者，实际上是资本的转化形式。要实现这些商品中包含的全部价值，它们必须全部进入流通过程。如果进入流通过程的不是全部商品而是部分商品，其价值就不能全部实现。由此可见，作为资本产物的商品与作为资本主义生产出发点的商品有着明显的区别。
马克思深刻分析了资本主义生产的本质，认为从考察资本主义直接生产过程内部可以看出，资本形式虽然像简单商品一样，具有使用价值和交换价值的两重形式；但在两重形式中已经包含着进一步的规定。从使用价值方面来说，在简单商品条件下，一个商品只要具有使用价值，能够满足社会各种需要就可以了。但在资本主义生产过程中，生产资料必须分为劳动对象和劳动资料（即生产的客观条件），以及劳动力（即生产的主观条件）。从交换价值方面来说，生产过程的资本的交换价值少于预付资本的价值，因为可变资本价值没有进入生产过程。代替可变资本进入生产过程的是活的劳动。在资本主义生产过程中，活劳动一方面把不变资本价值转移到新产品中，另一方面创造出包括可变资本价值和剩余价值的新价值。资本主义生产的本质是：“劳动过程只表现为手段，价值增值过程或剩余价值的生产才表现为目的。”[5]