赫鲁晓夫在发布他的“秘密报告”时并没有与东欧领导人协商。正如他后来所承认的那样，这份报告“在波兰和匈牙利产生了特别不好的影响”。当一份“秘密报告”送达波兰领导人贝鲁特手中时，他正因为肺炎在克里姆林宫医院里休养。当他读到这份报告时，突然心脏病发作，于3月12日去世。（有趣的是，赫鲁晓夫本人差不多也在同一时间生病了。“只是我的身体强壮，他的身体虚弱，否则我也难逃一劫。”赫鲁晓夫后来告诉斯塔斯日维斯基说。）这份报告“就像五雷轰顶一般”，贝鲁特的接班人爱德华·奥恰巴（Edward Ochab）回忆说。波兰共产党宣读这份报告的会议迸发为反苏和反俄罗斯的声讨大会。
铁托与拉科什素来不睦，甚至在第二十届党代会前，赫鲁晓夫对铁托的主动亲善表示就削弱了匈牙利领导人的地位，而这份“秘密报告”则几乎将他推上了绝路。虽然赫鲁晓夫后来承认“依赖白痴的拉科什是个重大的错误”，但莫斯科还是让他支撑到了夏天。受赫鲁晓夫“秘密报告”鼓舞而引发的动乱在6月份裴多斐（Petofi）圈子的一次喧闹的会议上已经露出了明确的迹象，裴多斐圈子是拉科什于3月份为年轻党员成立的一个知识界论坛，但却成了针对他的反对力量中心。6月27日的会议后来被苏联领导人称为是“没有开枪的意识形态波兹南”，会议成为对斯大林主义进行声讨的舞台。苏维埃主席团于7月12日召开会议，主席团成员谴责波兹南和裴多斐都是“旨在分裂和摧毁（社会主义国家）的帝国主义颠覆活动”。第二天，米高扬紧急前往布达佩斯，他建议克里姆林宫同意由艾尔诺·吉罗（Erno Gero）接替拉科什，拉科什先下台，后来证实吉罗对于将匈牙利人团结起来也没有什么太多的办法。
在接下来的四个月里，波兰和匈牙利的动乱消耗了赫鲁晓夫和他的同事们大部分的精力。那里的局势十分紧张，且不断升级，好像没有什么可施的良策。任由其发展可能会导致共产主义的崩溃，但占领波兰或匈牙利又会使人对共产主义产生疑惑。赫鲁晓夫的克里姆林宫对手们指责他将事情搞得一团糟。他拼命想在继续去斯大林主义化的过程中解决这两个由去斯大林主义化所引发的危机。如果努力失败，那他自己的地位也就岌岌可危了。
早在1956年3月，波兰的动乱局势就需要赫鲁晓夫亲自前往了。他到华沙参加了贝鲁特的葬礼，并留在那儿等待波兰中央委员会推选贝鲁特的接班人。斯塔斯日维斯基回忆说：“我们原来认为，作为一个大党的第一书记，他没有太多的富余时间。”然而，赫鲁晓夫不仅比计划逗留的时间长，而且打发时间的方式也让波兰人大吃一惊。他努力解释自己为什么会推行去斯大林主义化，在与别人交流时更多的却是在自言自语，他想讲仁义道德，但出口的却是政治上的陈词滥调，他时不时自相矛盾，因为他无法说清与斯大林的关系。
“我们释放了成千人，成万人，我们给我们的朋友恢复了名誉，”他一上来就自豪地说：“但当他们被释放出来后，我们能对他们说些什么呢？我们不能当着他们的面说什么都没有发生。……我们决定向共青团员，1800万热血的青年，宣讲秘密报告；如果他们什么都不知道，那么他们就不会了解我们，他们不可能了解我们。我们不仅要对党员讲，而且也要向工人们讲，这样非党成员会感到我们对他们的信任。……这就是为什么现在我们团结在中央委员会周围的凝聚力空前增强的原因。……同志们，我绝对相信，实际上我可以用我的项上人头作担保，由于我们的工作，我们将达成我们党内以及我们党周围人民群众间史无前例的等级差别的终结。”
“这是个悲剧，”赫鲁晓夫在谈到斯大林时说：“如果你们问，同志们，我们现在该如何评价斯大林？斯大林是个什么样的人？斯大林都做了些什么？他是不是党和工人阶级的敌人？那么回答是否定的，而这正是悲剧之所在，同志们。他不是我们的敌人，他是真正残暴的人，他认为他所有的残暴、无法无天以及滥用权力，他所做的一切，都是为了党的利益。”突然间，赫鲁晓夫高举双手：“我不知道，鬼才知道该如何解释为什么会有这么多人蒙受苦难。”
“你们会怎么办，同志们，”赫鲁晓夫突然问他的听众：“如果他们交给你签字画押的供状，在读了这些供状后，你们会怎么说？你们会感到愤怒。你们会说这是人民的敌人。（会议厅里传出议论：不会！）不会？不会，同志们？你说你们不会？你们这么说我不会感到意外。因为你们这么说是在我发表秘密报告后的1956年。俗话说得好，傻瓜事后也能变成智叟。”因为如果在斯大林仍在世的时候，他为斯大林的受害者辩护，那么“他们就会宣布我是敌人。……如果不陪斯大林一起喝酒吃饭，那就意味着你是他的敌人。如果他不是那么顽固不化，我们可能早就将他扫地出门了，我们会说，小鸽子们，听着，你不能老是这么醉醺醺的，我们还得工作，我们得对人民负责。我们为什么没有早点采取行动？我有个小孙子，同志们，他总是追着我问这问那。哎，有些事情是我们不能忽视的。……”
赫鲁晓夫又重新回到斯大林的话题上：“他比我们愚蠢吗？不。他比我们更智慧吗？作为一个马克思主义者，他是更为坚强的。我们得给他适当的评价，同志们，但斯大林也有毛病，他滥用权力。”还有，“他想全心全意地为社会服务，对此，我绝对相信。但问题是采取何种方式、方法。这是两个完全不同的问题。如何将这些问题联系起来？回答这个问题很困难，很困难。我们每个人都必须在脑子里仔细揣摩。……我们现在正在清算历史上的负面事件。但是，同志们，斯大林——我希望我能描述他好的一面，他对人民的关切。他是一个人，一个革命者。但是他有着狂想症，是个迫害狂，你们知道。这就是他不能停止他的暴行的原因，甚至连他自己的亲戚也不放过。”
赫鲁晓夫讲了几个小时。此后波兰人希望他离开，于是他们就宣布休息两个小时。但是他还是没有离开，他们只好喝起茶来。在回答斯大林对待犹太人的问题时，赫鲁晓夫突然间对苏联给身居高位的犹太人的秘密配额大加赞扬。斯塔斯日维斯基回忆说，不仅这个话题是犯禁的，而且赫鲁晓夫“谈论这个问题时的方式差点让我们从椅子上栽下来”。他不假思索地说道：“我们的配额是2%，这就是说我们的部委、大学和其他所有地方都有2%的犹太人。你们应该知道这些。我不是个反闪米特主义者，事实上，我们有一位部长就是犹太人……我们都很尊重他，不过你们也得对我们的限制表示理解。”听到这里，经济计划工作者希拉里·明克（Hilary Minc），他也是犹太人，“恐慌地”对斯塔斯日维斯基低声嘀咕：“打住，看在上帝的分上不要再与他交流了，他什么都不懂！打住！”
赫鲁晓夫未能看出他的听众（他曾将他们称为“小鸽子们”）对他讲话的反应。他对自己判读他人表情和内心世界的能力颇感自豪，但他现在是在作演讲，而不是坐在下面听，不能搜集他需要知道的信息来判断整个局面。
在6月的“波兹南骚乱”后，波兰共产党人开始孤注一掷了。到10月份，他们想提名刚刚从监狱里释放出来的哥穆尔卡担任他们的领导人，并解除苏联元帅康斯坦丁·罗科斯索夫斯基的国防部长职务，这个国防部长是莫斯科强加给他们的。“在反苏浪潮中”，哥穆尔卡的声望好像日渐提升，赫鲁晓夫回忆说：“波兰随时都有可能与我们决裂。”他要求华沙方面“抓紧时间”邀请他前往访问。波兰人拒绝了，但赫鲁晓夫的代表团，其中包括莫洛托夫、卡冈诺维奇、米高扬和朱可夫，同时还有华沙条约组织的领导人伊凡·科涅夫（Ivan Konev）和其他11位身着军装的苏联将军，还是于10月19日上午七时飞来了。莫洛托夫和卡冈诺维奇的出现表明波兰的危机已经极大地影响到了赫鲁晓夫的权威。他承认，机场的情形“很让人有一种山雨欲来风满楼的感觉”。在波兰人看来，这还没有充分表明事态的严重性。
知道自己的火爆脾气，赫鲁晓夫于是事先要求米高扬来陈述苏联的立场，但是当一下飞机，看到罗科斯索夫斯基已经被其他波兰人所取代时，他马上就爆发了。“他开始从远处对我们示威性的挥舞拳头，”波兰共产党领导人奥恰巴回忆说。当走得更近一点时，赫鲁晓夫“开始在我们的鼻子底下挥舞拳头”。他大喊道：“我们知道这里谁是苏联的敌人！奥恰巴的背叛行为已经被发觉了。这个囚犯是不会获得通过的。”哥穆尔卡当天早上晚些时候告诉他的同事们说：“这简直令人无法理解。整个谈话都是在大吵大嚷中进行的，机场上所有人，甚至司机，都能听得到。”
赫鲁晓夫在到达望景楼宫里时还在“大声嚷叫”，在那里苏联代表团等了两个小时，波兰中央委员会就在附近的会议厅里开会。他说波兰人不愿接待他就像“往我们脸上吐痰一样”。在苏联和波兰的谈判重新开始后，苏联军队也开始向华沙推进。波兰人动员他们自己的国内安全部队进行反击。赫鲁晓夫后来说，哥穆尔卡当时十分紧张，“嘴唇上都泛起了泡沫”，但他还是设法用言语打动了赫鲁晓夫：“赫鲁晓夫同志，我请求你停止苏联军队的行动。你也许认为只有你才需要波兰人民的友谊。但是作为一名波兰人和一名共产党员，我发誓波兰比起俄罗斯人需要波兰人的友谊来讲更需要俄罗斯的友谊。难道我们不明白，没有你们，我们就不能作为一个独立国家而生存吗？这里的一切都会恢复正常的，但是不能允许苏联军队进入华沙，否则要想控制事态发展是不可能的。”
经过再三犹豫，赫鲁晓夫命令苏联军队停止行动。在飞回莫斯科的飞机上，他冷静了下来，甚至想起了一句谚语：“第二天早上会比前天晚上更加明智。”米高扬则更加放松，当天晚上他正在家里泡热水浴时，突然克格勃头子谢罗夫来了，要他马上到隔壁的赫鲁晓夫家里报到。主席团预定的会议要到第二天才召开，但当米高扬故意消磨时间般地走到赫鲁晓夫别墅门口时，那里一次会议正要结束。“我们已经决定我们的军队还是应该于明天早上开进华沙。”赫鲁晓夫告诉他说。米高扬表示反对，但他只是唯一表示反对的成员。莫洛托夫对赫鲁晓夫的提议特别支持。负责指挥此次行动的布尔加宁和朱可夫没有表态。米高扬成功地将最后决定推迟到了第二天的主席团全体会议上，此时赫鲁晓夫又改变了他的想法。这时他劝说他的同事们要“有耐心”，建议他们“应避免武装干涉”。两天后，他又紧急召集了一次会议，“为了防止局势紧张和操之过急”。出席这次会议的包括东欧领导人和主席团成员，他说：“现在要找到冲突的理由很容易”，但“要找到结束这一冲突的办法却是很困难的”。
最后，赫鲁晓夫表现出了谨慎的克制。但是这并不能掩饰他所表现出来的无知、他采取的简单压制方法、对解决问题拼命的但却是非决定性的追求以及他的好运气，哥穆尔卡证明了自己既比赫鲁晓夫原来担心的更老练，也更有能力安抚他的波兰同胞。
如果克里姆林宫已经用纳吉取代拉科什，那么匈牙利可能会找到一种更为适度的共产主义道路。纳吉并不如哥穆尔卡那样狡猾，但他比吉罗更受欢迎，吉罗推行的是没有拉科什的拉科什主义，他在九十两月的大部分时间里都在外度假，这使匈牙利的局势进一步升级，直到10月23日布达佩斯暴乱爆发的前夕，他才回来。那天，学生发起了规模浩大的游行示威，欢呼哥穆尔卡在波兰的上台，要求匈牙利也要进行类似的改革，包括任命纳吉为总理。数十万示威者分成几路向议会大厦进发，聆听纳吉的讲演；向广播电台进发，坚持要求电台播放他们的要求；向斯大林雕像进发，后来示威学生将雕像推倒。匈牙利其他城市发生的集会则呼吁政府辞职。当天深夜，匈牙利安全部队在广播电台外向手无寸铁的示威者开枪，在随后的冲突中，骚乱分子的声势很快压过了匈牙利警察。
同一天晚上在莫斯科，除了米高扬以外的所有主席团成员都赞同向布达佩斯派遣苏联军队。“匈牙利就要分崩离析了。”莫洛托夫大喊道。“政府就要被推翻了。”卡冈诺维奇悲叹道。“匈牙利的情况和波兰不一样，”朱可夫说：“必须派部队。”米高扬建议让匈牙利人在刚刚加入政府的纳吉的帮助下，“依靠自己的力量恢复秩序”。“我们会失去什么？如果让军队开进去，那我们就把事情搞糟了。我们应该尝试通过政治手段来解决，只有在政治手段无效的情况下，才能派遣军队。”由于同事们的全力要求，以及他自己的担心增加，赫鲁晓夫也支持进行武装干涉，但他又想缓和事态的发展，于是同意米高扬的建议，即与纳吉合作，并派遣米高扬和苏斯洛夫去现场监控事态的发展。