由于天然土壤中常带有病菌孢子、害虫虫卵及活体以及杂草种子等，因此配制好的培养土需要进行消毒，以达到消灭病菌、病虫的目的。家庭养花常用的简便消毒方法有下列几种。
（1）目光消毒法将配制好的培养土放在清洁的水泥地或木板上薄薄的摊开，在烈日下暴晒2～3天。如在夏季暴晒可以杀死大量病菌孢子、菌丝和害虫虫卵以及线虫等。此法消毒虽不严格，但简便易行。
（2）加热消毒法加热的方法较多，有蒸煮、高压加热和蒸汽加热等。只要加热至80～100℃，持续30～60分钟，就可以达到消毒的目的。但加热时间不宜持续过长，否则会杀灭能够分解肥料的有益微生物，因而妨碍花卉的正常生长发育。家庭养花没有加热设备的可将配制好的培养土放入铁锅里，在火炉上炒20分钟，或放在高压锅内蒸10分钟，同样也能收到消毒的效果。
（3）药剂消毒法常用含甲醛40％的福尔马林进行消毒，在每立方米培养土中均匀撒上福尔马林400～500毫升加水50倍的稀释液，然后把土堆积，上盖塑料薄膜，密闭48小时后去掉覆盖物并把土摊开，待福尔马林气体完全挥发后便可使用。消毒时要戴上口罩和手套，防止药物吸入口内和接触皮肤。