从北平带出来的那一大箱重重的书，成为孩子们最宝贵的财富。大的孩子看完了，小的孩子接着看，有时大家还会抢着看。虽然战乱不安，但杨廷宝和陈法青丝毫不放松孩子们的基础教育。当时内乡乡下十分闭塞，只有旧式的“私塾教育”，师范学校学习的复式教学法用在孩子们的身上，将孩子们分成不同的年级，照着普通小学的学习科目进行教授。他们制定了严格的作息时间表和课程表，要求孩子们按照时间表和课程表安排一天的功课和活动。杨廷宝和陈法青当“老师”，大点的杨士英和杨士莪当班长，辅导其他几个小点的孩子。孩子们也非常听“老师”和“班长”的话。有一次上课，士芹忽然哭了，一问，原来是尿裤子了。问他为什么不去厕所，他回答说，大哥哥规定几点几分才准尿。在父母一丝不苟的教育下，两年多的逃难生活当中，孩子们不仅没有耽误学习，反而在父母有针对性的“因材施教”下，提前完成了各自的学业，为以后的学习打下了扎实的基础，养成了勤奋好学的习惯。杨士莪完成了小学阶段的大部分课程。
1940年，杨士莪兄弟姐妹随父母来到了战时的陪都重庆。大姐杨士英升入初中，就读于重庆的南开中学。杨士莪读五年级，第二年也升入了南开中学。事实上，由于当地乡绅的重视，重庆地方早在1936年就请天津南开中学的校长张伯苓帮忙，在重庆开办了一所南渝中学，成为天津南开中学的姊妹学校。抗战爆发后，天津的南开中学被迫内迁重庆，张伯苓等人来到重庆后，直接将南渝中学更名为南开中学。
杨士莪在南开中学一上就是五年。从初一开始，一直到高中二年级。他刚进入南开学校时，正巧学校从初中一年级的学生中抽取两个班，组成五年一贯制的幼年杨士莪（左一）与祖母、母亲及姐、弟在南阳老家实验班，采取不同于普通班的全新教学方式。在此情况下，刚满10岁的杨士莪很幸运地进了实验班。
在实验班，杨士莪年龄最小，虽然聪明，但显得比较贪玩和调皮。平时，他最不爱做的功课就是背单词、背课文，觉得死记硬背没意思，宁可用这些时间去看看课外书籍或做做数学题，或者跟同学们打闹玩耍。结果，英语成绩自然也就给他回应了点颜色：红灯。除了英语课考试不及格外，他还有一门课也不爱上：
劳作课。每当上劳作课时，老师都会要求学生做一些手工，杨士莪人小手笨，每次都完不成，这门课最后又给他亮了一个红灯。
当时的南开中学规定，如果三门功课考试不及格，就要被开除出校。读初三时，杨士莪碰巧还有一门功课也未及格，被列在了即将开除的黑名单上。可是他数学特别好，数学教研员唐秀颖觉得这样的孩子被开除出校实在太可惜了，于是就领着他去找校长。唐老师对校长说：“这个孩子特别聪明，我不同意开除他！
班上他年龄最小，我相信只要他认真学，一定会学好的。南开学校不能动不动就开除学生，对于学生应该全面判断，不能因为一两门功课就全盘否定。”校长一看这孩子的学习成绩除了个别课程外总体还可以，尤其数理化都十分优秀，各方面的综合素质也相当不错，最后也就让他继续留在了南开学校的实验班。
在南开中学，杨士莪最要好的同学是比他年长两岁、跟他一样喜爱数学的周光召。周光召老家在湖南省宁乡县，父亲周凤九曾担任湖南大学教授、湖南省公路总局局长等职。周光召从小受父亲的影响，对揭示大自然的奥秘有着浓厚的兴趣，特别喜欢物理和数学。1942年，周光召进入重庆的南开中学。家庭的熏陶和老师的教育不断开拓着他的视野，养成了他独立思考而又踏实进取的精神。后来，周光召成为世界著名的理论物理、粒子物理学家。因功勋卓著而被任命为中国科学院院长，是中国“两弹一星”功勋奖章的获得者，被誉为“中国科技领军人”，拥有第三世界科学院、美国科学院、苏联科学院、欧洲科学院等多家科学院的院士头衔。
在数学老师唐秀颖先生的影响下，杨士莪特别喜爱数学课，独辟蹊径地解开一个又一个数学难题。但由于受周光召的影响，他对物理学也产生了浓厚的兴趣。1946年初，周光召回老家湖南长沙，准备参加大学升学考试，他在临走之前，动员杨士莪和自己一起去长沙，一起考大学。杨士莪征求父母的意见，陈法青认为杨士莪此时才15岁，考大学年纪太小了，而且她还担心战乱时期孩子独自一人离家到人生地不熟的地方，不知道会发生什么事，就没有同意。
这一年，杨士莪的大姐杨士英也到了考大学的年龄，准备去南京参加大学入学考试。作为对杨士莪补偿，以及锻炼的机会，陈法青让杨士莪陪着姐姐一起去南京。这年春天，两个孩子一同到了南京，杨士英很快考进了金陵女子大学，上了一年后，又转学进了中央大学化学系。
回到南京后，杨士莪插班进了中央大学附属中学。中学没有宿舍，要自己解决住宿问题。正巧，杨廷宝手里有个工程——国民政府交通部大楼正在修缮当中，这里离中央大学附中不远，杨廷宝就安排儿子在工地的活动房住了下来。
1946年9月，陈法青带着另外三个孩子也来到了南京。杨廷宝想办法，在中央大学文昌桥宿舍借到了两间房，每间大约10个平方，陈法青和二女儿杨士华以及二儿子杨士芹就住在这儿，杨廷宝自己则住在基泰建筑事务所。杨士萱到南京后也进入了中央大学附中，所以跟杨士莪一起住在交通部大楼的工地活动房。直到1946年底成贤小筑建好后，一家人这才回到自己的家中团团圆圆地住下来。
然而，杨士莪未住几天，又面临着考学的问题。杨廷宝仍然抱着自己早年学习工科的想法，认为学工科将来能为国家实实在在地做点看得见的事，工作也比较好找，挣钱吃饭都比较容易。于是建议儿子学习土木工程。他还对几个孩子说：家里有条件，就努力供你们都读完大学。大学毕业后，要看你们自己的能耐了，家里不可能管你们一辈子。但杨士莪还是坚持要学物理。这时，他的好友周光召因前一年偏科被一所大学拒之门外后，被录取进了清华大学先修科，杨士莪如果能考进清华大学，两个人还是能够一个班，一起学习，一起玩耍。带着这样的想法，杨士莪对父亲杨廷宝说：“我将来毕业了，如果找不到其他工作，混个物理教员，总还能养得活自己的。”杨廷宝见儿子主意已定，也就没再干涉。
1947年秋，杨士莪顺利地考进了清华大学物理系。1948年，杨士华考入北京大学生物系，学习植物保护。1951年，杨廷宝最小的儿子杨士萱也考入了清华大学，他在杨廷宝和梁思成等人的影响下选学建筑，成为几个子女中唯一的同行。
对几个孩子的专业选择，杨廷宝都没有干涉，更没有为其中任何一个人设计，他在中央大学、南京工学院建筑系从教40多年，培养了戴念慈、吴良镛、齐康、钟训正等一批精英，可是他没有强迫自己的孩子学习建筑。杨士英本来想学建筑的，但考分差了几分，最后只好学了化学。杨廷宝也没有去想办法，找关系走后门，他对杨士英说，学化学也不错。后来，杨士英毕业留校当了教师，成为南京大学的教授。杨士萱进入清华大学建筑系，不买父亲的账，有时，会为一些学术问题和父亲发生争论，陈法青就笑说：“清华派和老古板吵起来喽！”杨士萱毕业后进入北京市建筑设计研究院工作，后来去了美国，在贝聿铭建筑师事务处从事建筑设计工作。