无论是私通还是贿赂，都不足以让武则天产生动刘祎之的念头。前有李义府公开卖官，后有来俊臣强占人妻，武则天都能够做到宽大包容，可见令武则天真正动怒的还是他那句著名的话——还政皇帝。
那么让谁去审这个案子？武则天的选择出乎所有人预料，当然也包括当事人。
当时监察和司法机关都已被酷吏把持，武则天并没有将刘祎之交给那些手段毒辣的酷吏以及专门弹劾的御吏，或其他京官审问，是因为武则天对他仍有深厚的君臣情感的关系。
树大招风，从他直属的部下以及那些落井下石者的相继上奏诬告可以想象得到。武则天不忍将其交给那些酷吏审问。如果交给那些恨他不死之人，结果就已注定，过程也极其可怕。
武则天不希望把事情做得太绝，她希望刘祎之能够得到公平的审判，毕竟跟自己一场。
选来选去，武则天选中了肃州刺史（今甘肃省酒泉县）王本立。当时王本立因事上奏，仍滞留在洛阳。交给不习惯亲自审判重臣的地方刺史手里——尤其被审问者，又是以学识和政治实绩闻名的宰相。这不是一般地方刺史所能对付得了的，因此到最后，就能达到不了了之的目的，刘祎之的性命就能得以保全。
垂拱三年（公元687年）五月庚午，武则天传下一道诏令，将刘祎之赐死于家中。
当王本立带人闯进刘祎之家，宣读太后敕令的时候，刘祎之表现得既平静，又吃惊。平静是因为一切尽是必然，吃惊是因为太后居然把自己交给一个地方刺史审判。
刘祎之虽然也觉得自己不应该落入那些污浊不堪的酷吏手中，可是也无法容忍一个不知名的地方官来审判自己这个堂堂的帝国宰相。刘祎之觉得自己受到了莫大的侮辱。原来自己虽然贵为一国宰相，但是在武则天的眼里也只配让一个地方刺史来审问自己。
“你宣读的是什么敕令？”刘祎之用眼神的余光打量着王本立。
“太后的敕令。”王本立不敢直视，低头回答，像是亏欠对方太多。
“太后的敕令？”刘祎之明知故问，他明白武则天这次是动真格的了。
“你是直接从宫里拿出来的吧？没有经过中书门下的也配叫敕令？”刘祎之语气傲慢，姿态无礼。
唐代三省制度下中书门下二省对皇权虽然有约束性，但就这件事情来看，这种制度仍然不能有效地制约君主专制。唐制敕令是由中书省起草，门下省审议，才能正式发布。
武则天临朝称制后创新工作机制，很多时候不通过三省。这边刚写出来，纸上的墨迹还没干，就直接拿出去发布。
刘祎之的辩驳，虽然是为了自卫，但他所持的理由，却是非常正当的，他所依据的原则是唐太宗时代的原则。但武则天既然决意要建立起新的推鞫程序，刘祎之却搬出这套原则来，武则天又怎能容忍？
如果不把旧有的制度推倒，而代之以新程序，那么她以后处决大臣都像杀裴炎那样费力，她要想推行自己的恐怖政策，将无从谈起。
刘祎之与武则天之间的这场冲突，既是两种推鞫程序的冲突，也是两个时代，即唐太宗时代和武则天时代的冲突。刘祎之对武则天这一套早就心生不满，在人前说出来捅出来，他已经不打算再做最后的妥协。
刘祎之的傲慢姿态使得王本立面如土色，半天没说出一句话。自己得罪谁了？刺史干得好好的，搞不清楚皇太后怎么会选中自己来主审堂堂的刘大宰相。
王本立带着羞辱，带着满腹的疑虑和委屈，回去向武则天复命。他把情况一五一十地向武则天作了汇报，请太后定夺。
武则天这次是真的愤怒了。看来刘祎之是铁了心要和自己对抗到底。她能够想象得到对方眼中那副高傲而又轻蔑的神情。武则天最不能容忍的就是背叛，尤其背叛者是她一手提拔起来的心腹。
如果说私下他和同事议论还政皇帝还可以原谅的话，那么公开质疑武则天敕令的合法性，则是可忍孰不可忍？武则天本来希望能够大事化小，只要刘祎之能够认个错，对那些看笑话的旁观者有个交代，武则天是不会揪住不放的。但这种想法，轻易就被刘祎之粉碎了。
武则天很快做出批示，刘祎之敢于对抗我派出去的御史（拒捍制使），立即逮捕入狱。昔日堂堂大国宰相，今日沦为阶下囚。大街小巷，妇孺皆知。
闭关修炼的睿宗李旦也在第一时间得到消息，自己的老师被母后抓了起来。
他和刘祎之的师生感情还是很深的，其他事他可以坐视不理，当哑巴，做聋子，可这事让他坐不住了。他也知道，自己在母后心目中几斤几两，但不管怎么样，该一个学生为老师尽的义务，自己要尽到。
李旦鼓足了勇气，写了一份措辞婉转、情真意切的奏章，列举了刘祎之的过往功绩，请求武则天能够在这件事上宽容自己的老师，更何况给当朝宰相定罪还是要本着谨慎持重的原则。
睿宗虽然是个傀儡皇帝，但皇帝毕竟是皇帝，瘦死的骆驼也比马大。李旦开口说话总比其他人力量要大，武则天多少要卖几分面子给他。刘祎之的亲友们都很开心，纷纷向刘祎之道喜。
刘祎之看着身边狂欢的亲友团，一句话都没说，只是摇头苦笑：你们想得太天真了。太后临朝独断，无所羁绊。皇帝这么做，虽是好心，但只会让我死得更快。
一句话让所有人都惊呆了，没有人比刘祎之更了解那个老妇人。
一如刘祎之的推测，睿宗李旦的请愿书让武则天不再有丝毫的犹豫。自己养在身边的辅政大臣，原来和自己并不是一条心。刘祎之的存在将有可能成为自己执政路上最大的障碍，前有裴炎，这又出了一个刘祎之。
睿宗的上表让武则天坚定了自己的想法。刘祎之公开挑战自己的权威，留下他就等于为自己实现下一步计划埋下一枚定时炸弹。睿宗李旦出面说情，武则天当然不会给他一次当好人的机会。李旦当了好人，那么自己只有背黑锅。她要让天下人都看清楚，今日之朝堂，是谁人在主宰。武则天立刻对刘祎之做出终审判决“因种种违敕，赐死”。
或许是为了表现自己温情的一面，武则天给了刘祎之最后的特权——回家受死。
刘祎之从牢狱被送回府邸，他并没有呼天抢地悲鸣。刘祎之已经做好了死前的一切准备，回到家中，沐浴更衣，面色平静，他让儿子给武则天写个感谢信（谢表）。他的儿子难过得心如刀割，哪里还能写出什么感谢信！
刘祎之自己操起纸笔，一挥而就，洋洋洒洒写了几大页纸。谢表中有个人感情的流露，也有对帝国前途的忧思。四个监刑官面面相觑。王本立征求其他三个监刑官的意见，出卖刘祎之的贾大隐也在其中。
写完，刘祎之把笔一掷，端起桌上御赐的毒酒，笑着对一旁的贾大隐说：“贾兄，太后有没有请你与我共饮此杯？”
刘祎之端起毒酒，一饮而尽，从容赴死，时年五十七。面对死亡，刘祎之依然坚持自己的信念。武则天和刘祎之本来就是两个思想互不相容，却又自我意识十分强烈的人。虽然在特殊时期，彼此认可对方的器重，但时过境迁却又不肯让步，最后只有相互撞击而迸出火花。
由于工作之便，台秘书郭翰、太子文学周思钧看到刘祎之临终给武则天留下的那份谢表，被刘祎之临终之言所打动。他们逢人就替刘祎之鸣冤，认为朝廷失去了一位有才干的忠臣。
这件事被武则天所知晓，二人同时被贬黜外放。
作为北门学士之首的刘祎之是武则天身边的头号红人，他的死完全是自找的。
朝臣之中，刘祎之算不上是好人，也算不得坏人，他用自己的结局告诉我们，中国传统文人的倔强和骄傲，不因权势而凋亡，也不因富贵而折断。
北门学士曾经是政坛一股重要力量，刘祎之被除掉后，能在武则天面前说上话的只有两个人，范履冰和周思茂。
明堂之制，借建李唐宗庙为由修武周祖庙，都是这两个人出的点子。此一时非彼一时，当年组建北门学士，武则天是押宝未来；而今天的北门学士，已经没有多少可榨取的剩余价值。
没有利用价值，又掌握太多机密，不收拾你们，收拾谁？
周思茂，垂拱四年（公元688年）下狱死。
元万顷，永昌元年（公元689年）为酷吏所陷，配流岭南而死。
范履冰，曾拜同凤阁鸾台平章事，兼修国史，载初元年（公元690年）因举荐不当被杀。
曾经翻云覆雨的北门学士，除了武则天临朝前自然减员（病亡）的苗神客与胡楚宾二人，其他人都被武则天诛杀殆尽。
对此时的武则天来说，世间已无可信之人，世间已无不可杀之人。