黄兴到任后，全力以赴筹措经费，并通电全国，要求各省选派学生到中国公学就读。革命元勋振臂一呼，自然引来各省纷纷响应。据哲学家冯友兰回忆，河南省高度重视此事，立即发出通告在开封招考，计划选拔20名学生，并给予每人每年官费200两银子。当时冯友兰正在武昌中华学校读书，得此消息，立即同几个同学一道回开封应考。这年冬天，冯友兰同其余19人一起到上海，进入中国公学大学预科读书。
真正开学要到1913年的春天。当时上海的学校，无论什么课程，都讲究“原本”，也就是英文原本。其实学生的英文程度大多很差，老师也高明不到哪里去，就胡乱念一念、讲一讲，倒是有的学生求知欲高涨，刻苦自学，培养起最初的学术兴趣。据冯友兰回忆：
我有一门课程是逻辑，所用的课本，是耶芳斯的《逻辑要义》。先来了一位先生，他公开地把这本书当一本英文读本来教。有一次，他把我叫起来，问Judgment（判断）那个字中的g字母后面有没有e字母。后来又换了一位先生。他倒是有意要讲点逻辑，可是他实在不懂什么是逻辑。我当时对逻辑很有兴趣，就自己学习。这本书的后面有很多练习题，我就自己做练习。有一道题，实在做不下来了，我就去问这位先生，他想了一会儿说：“等下一次告诉你。”可是，他以后就再不来了。13
这也难怪，虽然当时国内局势初定，但其实暗潮汹涌，而中国公学又经费窘迫，能请来老师已属不易。好在学生们自己争气，也不完全指望老师。冯友兰就是在中国公学时期对逻辑学产生兴趣，进而迷上哲学，考入北京大学中国哲学门，最终成为一代哲学大家。
事实上，即便是这样勉强凑合的教学，都无法得到完全保障。“二次革命”兴起后，革命党人纷纷避居海外，中国公学校舍被占用，正常秩序受到严重影响。等到国内形势稍缓，学生返校，中国公学一度竟无人主事，情势岌岌，不可终日。1913年冬，中国公学学生代表李荫秾赴京，向国会议员王敬芳求援。当时，王敬芳正作为河南省代表在京与英商福公司谈判交涉河南矿务问题。
在为中国公学奔走的过程中，王敬芳逐渐意识到没有经济实力，便无法大兴教育，于是开始将一部分精力转向兴办实业。1909年，英商福公司打入河南，进行开矿，并通过与省交涉局私订条约，赢得在当地自由销售煤炭的权利。消息传出后，群情愤慨。正在上海忙于中国公学事务的王敬芳，以河南旅沪同乡会会长的身份，与万鸿图等人一道致函河南巡抚吴重熹和豫籍京官，要求抵制福公司，收回矿权。
在给河南巡抚的信函里，王敬芳直斥与英商私订卖煤条约的杨敬宸为“汉奸”，“必至全豫火食尽仰外人鼻息，且等内地于租界，后患何可设想”，要求豫抚坚决阻止外务部对福公司妥协。1913年12月19日，受河南人民委托，王敬芳和好友胡汝麟作为河南方面代表，与英国福公司代表堪锐克、英国公使代表巴尔敦等人在北京开始谈判。
正当艰难的谈判“拉锯战”进行之中，王敬芳接到了中国公学告急的消息。他感念中国公学创办的艰辛，尤其是“因为不忍心看着已死的朋友张俊生、姚剑生等的遗泽湮没”，遂答应“挺身担负公学责任”。
由于在京谈判，分身乏术，王敬芳决定在京重组中国公学董事会。董事会推举汤化龙为董事长，王敬芳为校长。对于学校事务，王敬芳则先后派刘星楠、张坤、张仲友等人南下，担任总务干事一职，代行校长职权。
王敬芳的这一义举，得到了好友胡汝麟的大力支持。胡汝麟，字石青，河南通许县人。1906年以优异成绩从京师大学堂毕业，任河南高等学堂教务长，继而兼任河南咨议局书记长。1912年，当选国会议员。在河南保矿运动中，胡汝麟与王敬芳互相配合，赢得了谈判的全面胜利，更结下了深厚的友谊。对于王敬芳接手中国公学的决定，胡汝麟鼎力支持，全力帮助筹款，东罗西掘，维持中国公学的生存。
1914年8月，矿权谈判结束后，胡汝麟、王敬芳决定将河南地方“土窑”——中州、明德、豫泰三公司合组为中原公司。胡汝麟任中原公司总理，王敬芳任协理。1915年6月，中原公司与福公司合组为福中公司，分采合销。王敬芳出任总经理，兼中原公司经理。在胡汝麟、王敬芳的努力下，福中公司决定每年拿出5万元，其中3万元补助河南公益事业，2万元捐助中国公学。由此，中国公学第二次获得常款资助。
不过，在此期间，王敬芳的主要精力都在与福公司的谈判及后来中原公司的组建与运营上，无暇顾及中国公学深层次的发展。1914年，经熊希龄动议，曾将中国公学与宋教仁在北京发起创办的国民大学短时期合并，改名中国公学大学部，在上海依旧保留中学部及在校之专门科。
时局动乱，再加上乏人管理，中国公学中学部勉强维持了一段时间。等旧有的政、法、商各班学生毕业后，中学仅剩下数十人，摇摇欲坠。中国公学当局当机立断，决定停办中学，改办大学，将所剩学生分送上海各中学。
没料想，时局再度生变。当时第一次世界大战正打得热火朝天，战火迅速蔓延到世界各地。1917年3月14日，中国政府正式对德宣战并与之断交。中德遂成“冤家”。上海法租界当局以同济医工学校系德国人在华创办为由，强令学校解散，并要求师生限期撤离。但教育系百年大计，岂能因国事争端而耽误年轻人的前程，在社会各界纷纷呼吁下，教育部与中国公学商量，将吴淞校舍借给同济临时之用。中国公学只得再度暂停办学。
同济最初借用校舍时，本来说好是短期暂借，但历经数载，一直有借无还，致使中国公学复校遥遥无期。1919年春，上海、北京两地的中国公学成立校友会，一致认为，公学停办既久，应尽快复校。王敬芳与熊希龄、夏敬观、梁维岳等董事决定响应校友们的号召，一边催促教育部协调同济医工学校尽快归还校舍，一边租借威海卫路德国所办的小学校舍先行恢复办学。
在王敬芳等人的推动下，中国公学重组董事会，公推熊希龄为会长，王家襄为副会长。范源濂、胡汝麟、袁希涛、夏敬观、叶景葵、梁维岳、王敬芳等为常务董事，议定开办商科专门及中学。
王敬芳再次被推选为中国公学校长，担纲大任。1919年9月10日，重新招生开办的中国公学举行开学礼。据第二天的《申报》记载：
沪西威海卫路中国公学于十号上午行开学礼，……校长王敬芳报告公学历史，大旨谓：公学之成立，基于十五年前日本取缔留学生之事。当时由郑苏戡、熊秉三、谭心休、姚宏业、张邦杰诸先生苦心经营，奔走呼号，公学基础稍定。……辛亥革命事起，公学停办。光复后，改办政、法专预两科，学生达五、六百人。其后因经济困难，岌岌可危，幸赖胡君石青等竭力维持，各级学生卒能先后毕业。支持至民国五年，终不得已而停办。迨至今春，上海、北京两处设校友会，倡议恢复，诸旧董事与旧同学竭力联络，一致进行，幸获今日之结果，此至可欣喜者也。15
第二年，同济归还吴淞校舍，中国公学集体迁回。由于此前停顿数年，中国公学外债累累，达万余元。身为一校之长，王敬芳独撑大局，再度向福中公司请求补拨停办期间资助款，竟得应允。如此一来，中国公学不仅还清了外债，还余下4万余元，又有了继续前行的储备。
“王敬芳不过某党系人”
1919年9月中国公学复校之际，正逢“五四”风潮过去不久，新文化运动如火如荼，外交遗患纷纷扰扰。当时有个教员叫周淑楷（字君南），刚刚从北京大学法科经济学门毕业来到中国公学担任教职。受国内局势的影响，他便与几个公学同人商量，“在本学堂附设一个月报，把所研究的道理，发表出来，贡献于国人，以挽救时局的豫备”16。
这一想法得到了校长王敬芳的支持。他说：“我向来的意见，想挽救时局，必需先革新国民的思想。想革新国民的思想，除借文化的力量以外，没有第二种法子。报章是传播文化最有力的器具。所以办报，我是顶赞成的。”有了公学高层的肯定，这个杂志的创办自然是水到渠成了。
1919年11月，杂志正式出版，定名为《新群》，“以革新国民的思想为目的”。王敬芳亲自为这个杂志撰写了发刊词，定下基调：
积极方面，有两种：（一）注意环境。就是要观察世界各种国家、各种社会的情状，务求与之相应，以定指导国民的方针。（二）注意时代。就是要观察人类进化的趋势，务求与之相应，以定指导国民的方针。
消极方面有三种：（一）要没有党同伐异的私见。（二）要没有南北地域的偏见。（三）要没有旧新文学的成见。
《新群》杂志共有编辑九人，分别为上海总社五人、北京分社四人。其中，周淑楷、曹志武专谈社会主义，梁乔山专评政治，刘秉麟专论经济，吴芳吉负责诗作。周淑楷任杂志社主任。
关于周淑楷的资料，如今已难寻觅。网络上有一篇其侄孙辈后人所写的博客，就提到周淑楷写信给远在美国留学的好友吴宓，请教创办刊物《新群》的有关事宜。1919年7月25日，吴宓在日记中写了如下一段文字：“是夕，复周淑楷长函一通，约七八千言，论办报事；并述国防会内情，及宓事忙，只可任驻美通信员之役。又述意见若干条，大旨以办报须仿外国大杂志，以文学、政治为主。万不可效‘讲义录’体裁。宜对症下药，如医生之开药方，而不可但以钞录《本草》及医书了事。又凡论事宜分轻重缓急，大处落墨，而不可拘泥于一家之说。又不可专提倡一种主义。至材料一边，则首宜论列国内外时事，为日记及史论体，使人阅之全局瞭然。又宜注重外国史事，等等。”17
吴宓的这封信，为《新群》定下了基调。对于当时争议较大的社会主义思潮，《新潮》给予了大篇幅的论述和传播。王敬芳在发刊词里就专门谈到这个问题：
至于提倡社会主义的人，有的主张集产，有的主张共产，有的主张急进，有的主张缓进。他们的方法，虽然千差万别，但是没有一个不是以求人类全体的平等幸福为号召的。人敢说，从今以后，这贫富问题，是全世界的人类不能不解决的大问题。可怜我们中国的大多数人，对于这种惊天动地的大潮流，还像做梦一样，莫名其妙。政府是去禁止他。守旧的人，是认为异端邪说，去排斥他。就是稍为明白时局的人，也说（说）欧美各国，因为工商业发达，贫富阶级太相悬殊的缘故，所以发生社会主义。中国没有这种情形，就不必研究他了。不知道，如今时代，无论何种学说，都是以世界为传播的区域。像这样大的潮流，要是只知道禁止他、排斥他，恐怕就是派像欧洲大战这样多的军队，去办防堵，好像堵空气一样，也是没用的。若说中国没有欧洲各国劳动家、资本家的情形，就不必去研究他。试问中国没有贫富阶级的不同么，还不趁这个时候，去拼命研究这种主义，谋方面上的改良，以预防激烈行为的实现，等待时机到了，演出了社会种种惨状的时候，再想去研究他，恐怕就来不及了。
按照这种思路，《新群》先后发表了大量研究社会主义、社会改造等内容的政治论文，视野开阔，论述精深，成为早期传播社会改良思想的重要阵地，如周淑楷的《租税问题之研究》《中国实行平民政治之研究》《国际劳动同盟》等，曹志武的《社会问题之面面观》《群众运动与中国社会之改造》《达尔文与近代社会思想》等，梁乔山的《军阀政治评论》《俄苏维埃和宪法评论之评价》《真值之基础》等。