某有疑问呈先生日：“人物之性，有所谓同者，又有所谓异者，知其所以同，又知其所以异，然后可以论性矣。夫太极动而二气形，二气形而万化生，人与物俱本乎此，则是其所谓同者。而二气五行鲴缢交感，万交不齐，则是其所谓异者。同者其理也，异者其气也。必得是理，而后有以为人物之性，则其所谓同然者，固不得而异也。必得是气，而后有以为人物之形，则所谓异者，亦不得而同也。是以先生于《大学·或问》，因谓‘以其理而言之，则万物一原，因无人物贵贱之殊；以其气而言之，则得其正且通者为人，得其偏且塞者为物，是以或贵或贱，而有所不能齐’者，盖以此也。然其气虽有不齐，而得之以有生者，在人物莫不皆有；理虽有所谓同，而得之以为性者，人则独异于物。故为知觉、为运动者，此气也；为仁义、为礼智者，此理也。知觉运动，人能之，物亦能之；而仁义礼智，则物固有之，而岂能全之乎？今告子乃欲指其气而遗其理，梏于其同者，而不知其所谓异者，此所以见辟于孟子。而先生于《集注》，则亦以为‘以气言之，则知觉运动，人物若不异；以理言之，则仁义礼智之禀，非物之所能全’也。于此则言气同而理异者，所以见人之为贵，非物之所能并；于彼则言理同而气异者，所以见太极之无亏欠，而非有我之所得为也，以是观之，尚何疑哉！有以《集注》、《或问》异同为疑者，答之如此，未知是否？”先生批云：“此一条论得甚分明，昨晚朋友正有讲及此者，亦已略为言之，然不及此之有条理也。”
这一段讨论理气同异的关系，是何等的明白透彻。太极是指理而言，二气是指气而言。人物之生，俱本乎太极，这是就理说，所谓同也。二气交感，万变不齐，这是就气说，所谓异也。人物之性，禀受于理，这是同而非异，所以说，“万物一原，固无人物贵贱之殊”。人物之形，禀受于气，这是异而非同，所以说，“得其正且通者为人，得其偏且塞者为物”。
晦庵说明理同气异，则谓：“人物之生，天赋之以此理，未尝不同。但人物之禀受，自有异耳。如一江水，你将杓去取，只得一杓，将碗去取，只得一碗！至于一桶一缸，各自随器量不同，故理亦随以异。”这是就“万物一原”说。晦庵说明气同理异，则谓：“自一气而言之，则人物皆受是气而生；自精粗而言，则人得其气之正且通者，物得其气之偏且塞者。惟人得其正，故是理通而无所塞；物得其偏，故是理塞而无所知。”这是就“万物异体”说。所以他说：
以理言之，则无不全；以气言之，则不能无偏。（《学的》）又说：
论万物之一原，则理同而气异；观万物之异体，则气犹相近，而理绝不同。（《学的》）
然则气和理是两个对立的东西吗？却又不然。他说：
天下未有无理之气，亦未有无气之理。（《学的》）又说：
有是理必有是气，不可分说。都是理，都是气，哪个不是理，哪个不是气？（《语类》）
原来理和气是不能分说的，“天下未有无理之气，亦未有无气之理”，这一句话，把理和气的关系，说得是何等的明白了。理和气虽然不能分说，但是晦庵却认定理在气中。他说：
人之所以生，理与气合而已。天理固浩浩不穷，然非是气，则虽有是理，而无所凑泊。故必二气交感，凝结生聚，然后是理有所附著。（《语类》）
又说：
此本无先后之可言，然必却推其所从来，则须说先有是理。然理又非别为一物，即存乎是气之中，无是气，则是理亦无挂搭处。气则为金木水火，理则为仁义礼智。（《语类》）
“故必二气交感，凝结生聚，然后是理有所附著。”理非别为一物，即存乎是气之中，无是气，则是理亦无挂搭处。”晦庵在这两段话里面，很明显地告诉我们：理在气中。不过他以为理虽在气中，却仍以理为主。他说：
有是理便有是气，但理是本。（《语类》）
又说：
天道流行，发育万物，有理而后有气，虽是一时都有，毕竟以理为主。（《语类》）
理和气虽一时都有，却仍以理为主。于此，我们可以看出晦庵的思想，依旧是“理一元论”的立场。
晦庵论性，也是根据理和气的观点。他提出一个天地之性和气质之性的分别来。他说：
论天地之性，则专指理言；论气质之性，则以理与气杂而言之。
未有此气，已有此性，气有不存，而性却常在。虽其方在气中，然气自是气，性自是性，亦不相夹杂。至论其遍体于物，无处不在，则又不论气之精粗，莫不有是理。（《语类》）
在这一段话里面，含着四层意思。第一，他告诉我们，天地之性是理，气质之性是理与气杂。第二，他认为：“未有此气，已有此性，气有不存，而性却常在。”这与他所说的“论万物之一原，则理同而气异”相发明。第三，他说：“虽其方在气中，然气自是气，性自是性，亦不相夹杂。”这与他所说的“有是理必有是气，不可分说。都是理，都是气，哪个不是理，哪个不是气”的话，似乎是冲突，其实不然，因为他又说过：
“观万物之异体，则气犹相近，而理绝不同。”第四，他告诉我们，理虽在气中，却仍以理为主。说明了上述几点之外，他便作出这样的结论：
有天地之性，有气质之性。天地之性，则太极本然之妙，万殊而一本者也。气质之性，则二气交运而生，一本而万殊者也。（《学的》）“太极本然之妙”，是指理而言，所以认为是天地之性；“二气交运而生”，是指气而言，所以认为是气质之性。“万殊而一本”，就是他所说的“于彼则言理同而气异者，所以见太极之无亏欠，而非有我之所得为”。
“一本而万殊”，就是他所说的“于此则言气同而理异者，所以见人之为贵，非物之所能并”。但气质之性何以是“二本而万殊”呢？《语类》上这样写着：
问：“气质有昏浊不同，则天命之性有偏全否？”日：“非有偏全。
谓如日月之光，若在露地，则尽见之；若在莽屋之下，有所遮蔽，有见有不见。昏浊者是气昏浊了，故自蔽塞，如在莽屋之下。然在人则蔽塞有可通之理，至于禽兽，亦是此性，只被他形体所拘，生得蔽隔之甚，无可通处。至于虎狼之仁，豺獭之祭，蜂蚁之义，却只通这些子，譬如一隙之光。至于猕猴形状类人，便最灵于他物，只不会说话耳。”（《语类》）
天命之性无偏全，气质之性有昏浊，这是由于被形体所拘的缘故。既被形体所拘，则所得之气虽同，而理实各异。物之蔽隔甚者，无可通处；虎狼、豺獭、蜂蚁，只通一隙之光；猕猴虽灵于他物，然终不若人。这便是“气同而理异”的道理，所以晦庵对于气质之性，也看得非常重要。他说：
才说性时，便有些气质在里，若无气质，则这性亦无安顿处。所以继之者只说得善，到成之者便是性。（《语类》）又说：
孟子未尝说气质之性，程子论性，所以有功于名教者，以其发明气质之性也。以气质论，则几言性不同者，皆冰释矣。退之言性亦好，亦不知气质之性耳。（《语类》）
天地之性是理，气质之性是理与气杂，理虽在气中，然而依旧以理为主。我们把握了这一点去观察晦庵的思想，便无难处。
第三、修养的方法
李正叔批评晦庵的思想，有几句扼要的话，他说：
先生之道之至，原其所以臻斯阈者，无他焉，亦日，主敬以立其本，穷理以致其知，反躬以践其实。而敬者，又贯通乎三者之间，所以成始而成终也。（《学的》）
主敬以立其本，是指涵养的功夫而言；穷理以致其知，是指致知的功夫而言；反躬以践其实，是指力行的功夫而言。这三句话，把晦庵的修养方法，包括无余。
现在我们先研究晦庵的涵养的功夫。晦庵说：
旧读程子之书有年矣，而不得其要，比因讲《中庸》首章之旨，乃知“涵养须用敬，进学则在致知”者，两言虽约，其实入德之门，无逾于此。（《学的》）
“涵养须用敬，进学则在致知”二语，成为晦庵思想的骨干。所以晦庵的涵养功夫，特别看重一个敬字，他说：
人之为学，千头万绪，岂可无本领？此程夫子所以有持敬之语。（《学的》）
敬字功夫，乃圣门第一义。（《学的》）
自古圣贤，自尧舜以来，便说个敬字。孔子日：“修己以敬。”此是最紧要处。（《学的》）
又说：
敬之一字，圣学之所以成始而成终者也。为小学者，不由乎此，固无以涵养本原，而谨夫洒扫应对进退之节，与夫六艺之教。为大学者，不由乎此，亦无以开发聪明，进德修业，而致夫明德新民之功。
是以程子发明格物之道，而必以是为说焉。（《学的》）敬字在晦庵看来，是一种成始成终的功夫。学之始，要有敬字功夫，才能着手，学之终，更要有敬字功夫，才能完成。小学的洒扫应对进退之节以及六艺之教，是以敬字功夫为涵养本原；大学的开发聪明，进德修业，以及明德新民之功，是以敬字功夫为格物之道。所以晦庵认“敬字功夫，乃圣门第一义”。敬字功夫在圣门中为什么这样重要呢？晦庵说：
敬者，一心之主宰，万事之本根也。（《学的》）敬何以是一心的主宰？他说：
俨然端庄，执事恭恪时，此心如何？怠惰颓靡，涣然不收时，此心如何？试于此审之，则知内外未始相离，而所谓庄整齐肃者，正所以存其心也。（《学的》）
俨然端庄，执事恭恪，便是敬的表现；怠惰颓靡，涣然不收，便是不敬的表现。有诸内必形诸外，反之，形诸外必有诸内，内外本是相即不离的，所以说“庄整齐肃，正所以存其心”。有人问晦庵，敬如何用功？他答道：“只是内无妄思，外无妄动。”又问，下手功夫？他说：“只是要收敛此心，莫要走作。”（《学的》）这两次的答话，都是从“一心的主宰”着眼的，无怪他说：
人之心，惟敬则常存，不敬则不存。（《学的》）敬何以又是万事的本根呢？晦庵说：
敬之一字，万善根本，涵养省察，格物致如，种种功夫，皆从此出，方有据依。（《学的》）
又说：
圣贤之学，彻头彻尾，只是一敬字。致知者，以敬而致之也；力行者，以敬而行之也。（《学的》）
致知的功夫，看重专一，只有敬，才能够专一。晦庵说：贤辈但知有营营逐物之心，不知有真心，故识虑皆昏。观书察理，皆草草不精。眼前易晓者，亦看不见，皆由此心杂而不一故也。所以前辈语初学者必以敬。日，未有致知而不在敬者。今未知反求诸心，而胸中方且丛杂错乱，未知所守，持此杂乱之心，以观书察理，故凡功夫皆一偏一角做去，何缘会见得全理。某以为诸公莫若且收敛身心，尽扫杂虑，令其光明洞达，方能作得主宰，方能见理。不然，亦终岁而无成耳。（《语类》）
“丛杂错乱”，当然是不专一，这是由于不敬的缘故，如何能做到“见得全理”的致知功夫？所以要说“未有致知而不在敬者”。力行的功夫。
看重切实，只有敬，才能够切实。晦庵说：
学固不在乎读书，然不读书则义理无由明，要之，无事不要理会，无书不要读。若不读这一件书，便阙了这一件道理，不理会这一事，便阙这一事道理。要他底须着些精彩方得，然沈沈做又不得。故程先生教人以敬为本，然后心定理明。（《语类》）“沉沉做”，当然是不切实，这也是由于不敬的缘故，如何能做到“心定理明”的力行功夫？所以要说“以敬为本，然后心定理明”。我们既已知道致知力行，都离不了一个敬字，那么，涵养省察，格物致知种种功夫，皆是由敬而出，更可了然。所以晦庵认为，敬之一字是“万善根本”。
不过“敬”的功夫，在无事时和有事时，各有不同。晦庵说：
无事时，敬在里面；有事时，敬在事上。有事无事，吾之敬未尝间断也。（《学的》）
又说：
方其无事，而存诸中不懈者，敬也。及其应物，而酬酢不乱者，亦敬也。（《学的》）
存诸中不懈者，指心而言，这是无事时的敬；应物酬酢不乱者，指理而言，这是有事时的敬。可见无论有事无事，敬的功夫总是不可间断的。