原来，当袁世凯和冯国璋等北洋军实力逐渐壮大的时候，清政府也在极力想要巩固和加强自己的力量，尤其是想牢牢控制住军权。因此，到了1906年11月上旬的时候，清政府便以改革官制为理由，将原来的兵部、练兵处以及太仆寺这三个看起来并没有什么联系的机构合并在一起，成立了一个陆军部。这看起来是在仿照日本的军事制度进行改革，实际上清政府是为了收回地方督抚通过编练新军获得的军权。
很明显，清政府的这一决定有很大一部分是在针对袁世凯和冯国璋等人的北洋军势力。因为在当时，虽然除了直隶省之外的其他各省确实也通过编练新军获取了很多军权，但都没有哪个省的军队实力有北洋六镇那么强大。
所以，这次改革完全可以看成是清政府跟袁世凯集团之间的一次权力博弈。
对于这一点，袁世凯和冯国璋等人自然是心知肚明。不过，到嘴的肥肉是不会那么容易被人抢走的。在接到建立陆军部的消息之后，袁世凯清楚，自己不割舍一点肥肉；就保不住老本了。无可奈何之下，袁世凯跟清政府打起了小算盘。最终，他以直隶省“幅员辽阔，控制弹压须赖重兵”为理由，依旧保留了北洋六镇中的第二镇和第四镇的军队，非常不情愿地将第一镇、第三镇、第五镇和第六镇的军队都交给了陆军部统一领导。
这样一来，北洋六镇就被分割掉了，清政府达到了分割和获取更多地方军权的目的。对于袁世凯个人来说，他的权力自然受到了很大的削弱。这次的斗争，其实就是以袁世凯为首的北洋集团和以醇亲王载沣为首的满洲贵族少壮派之间的权力争夺战。最终的结果是，军权部分回归中央，袁世凯实力受损。
然而，一点也不奇怪的是，在这次政治斗争之中，作为袁世凯北洋集团的几大主将之一的冯国璋，非但没有失去权力，反而加官进爵，受到了清政府的重用。而这背后的原因，就是冯国璋跟载沣等满洲贵族少壮派之间结下的良好友谊。除此之外，在载沣等人看来，冯国璋是一个忠诚踏实的实干家，完全可以借助他的能力巩固自己的统治地位。因而，冯国璋的升迁就是相当自然不过的了。
在清政府成立陆军部的第二年，也就是1907年6月，冯国璋被任命为陆军部军咨处的正使。按照清政府当时的机构改革计划，所谓的陆军部就是全国陆军的统一领导机构，而军咨处也就是军事咨询处，实则是陆军部的“大脑”，起着参谋处的作用。因此，大家可以想象，作为军咨处的正使，也就是最高长官，冯国璋的地位该有多高！
冯国璋这一两年的官运亨通还不止于此。到了1908年的时候，冯国璋又得到了一次升迁。那年的11月，光绪皇帝死在了颐和园瀛台。紧接着，慈禧太后也去世了。在慈禧去世之前，她钦点由溥仪继承大统，这就是历史上的末代皇帝宣统。当时，溥仪才刚满三岁，完全无法亲政。因此，就只能由他的父亲醇亲王载沣当摄政王，清政府的大权实际上掌握在载沣等满洲贵族少壮派手中。
载沣监国之后，自然要进一步加强皇权，巩固清政府的中央权力。虽然慈禧对袁世凯宠信有加，但是在载沣等人眼中，袁世凯是一个非除掉不可的眼中钉。因而，载沣刚刚掌权，就曾想以袁世凯手握重兵、意图造反的名义杀死他。然而，在张之洞等汉族重臣的极力劝阻下，加上当时西方势力对于袁世凯的信赖和倚重，载沣投鼠忌器，只好放了袁世凯一马。不过，虽然杀不死袁世凯，但也不能再让他手握重权了。于是，载沣下令，袁世凯因为长期有腿疾，所以不宜担当重任，就让他回原籍去养病吧。这样一来，袁世凯的兵权就被剥夺了。
侥幸逃得一命的袁世凯，十分沮丧地回到了河北彰德府。在那里，他过了一段似乎很有闲情雅致的田园生活。他明白，这是自己政治生涯的一个低谷。当年跟随他的那些战友和部下，好多都已经被载沣等人清理了。不过，还有一个人，却没有因为袁世凯的下台事件受到牵连，这个人就是冯国璋。
袁世凯下台之后，冯国璋依然在军咨处正使的位置上呆得好好的。到了第二年，也就是1909年的春天，清政府将军咨处升级了，变成了军咨府，而冯国璋也顺理成章地当上了军咨府的长官，可以说是平步青云、官运亨通。
看到这里，有人会问，作为袁世凯的爱将，袁世凯对冯国璋一直以来都极为信赖和器重，难道冯国璋对于袁世凯的下台，就没有一点意见和不满吗？
答案自然是否定的。实际上，自从袁世凯下台以来，冯国璋心中都相当不满。
在他看来，即便袁世凯确实有为自己争权夺利的行为，也属于正常，毕竟在编练新军之中，袁世凯的功劳是有目共睹的。不过，冯国璋这个人，在为人处事上一向都是相当稳健的。他不会因为要袒护某个人而去得罪另外一个人，更多的时候，他采取的是一种不偏不倚、调和中庸的处事方式。
这一次也不例外。就在清政府成立军咨府之后不久，冯国璋就向朝廷“先后条陈时事至数万言”。在这些条陈之中，冯国璋以一种十分委婉的方式，表达了对朝廷为了收回军权，而剥夺地方军事长官权力做法的不满。
在冯国璋看来，清政府想要将军权收归中央无疑是正确的做法，毕竟当时的中国还是一个君主集权的国家。但是，在将军权从各省收归中央的同时，也不应该统得过死。
既然如此，最好的做法又是什么呢？在冯国璋眼中，兵权确实不应该过于分散在各省，尤其是不能被少数几个军事势力控制，但同时最好是“改置军区”，“合数省为一区，区各数师”，也就是在全国统一的军权之下设立几大军区，每个军区都服从中央领导。
很显然，冯国璋的条陈内容，跟载沣等满洲贵族少壮派的意图是有所冲突的。载沣等人的意图，就是清朝的中央政府必须绝对控制军权，不允许地方上有能够跟中央分庭抗礼的军事势力存在。可是，冯国璋的建议，却是要建立几大军区，这无疑是违背载沣等人意图的。正是由于这个原因，冯国璋虽然写了数万言的条陈，但是它们最终都没有得到载沣的采纳。
老领导袁世凯下了台，自己的条陈石沉大海，一时之间冯国璋心里有些沉不住气了。就在这个节骨眼上，冯国璋的母亲孙太夫人和原配夫人吴氏又先后病故。亲人的离世，加上政治上比较孤立，没有多少真心实意的朋友，让冯国璋顿时生出了退出官场的念头。
更倒霉的是，1910年，冯国璋兼任西陵梁格庄的值班兵丁大臣，在参加清明节的西陵祭祀仪式时，不小心从马上摔了下来，而且受伤还不轻。这样一来，就更加坚定了冯国璋隐退的想法。
他向朝廷写了一封请假信，请求准许他回老家养病。但是，载沣等人怎么会同意呢？结果，冯国璋“屡乞假不得许”。无可奈何的他，干脆闭上了嘴，什么多余的话都不说。用《冯国璋年谱》的话来说，就是“钳口结舌，随声画诺，不复言天下事。”
然而，历史的发展，已经把袁世凯、冯国璋等北洋军人推向了风口浪尖。
隐退和缄口不言，都只是暂时的。此时的中国，正隐藏着更大的危机，一场轰轰烈烈的民主革命运动即将展开。
就这样，在历史车轮滚滚向前的巨大推动力作用下，袁世凯和冯国璋得以重新聚首，再振雄风！