2.转制过程中出版企业治理的问题
出版社在由事业单位向现代企业制度转变的过程中，若要建立比较健全的出版企业治理结构，不仅需要按照现在公司制度的要求分开所有权与控制权，建构健全的公司治理制度，还需要克服计划经济时期“事业单位、企业化管理”体制下形成的出版组织治理结构的不足，预防传统出版社的治理弊端成为新生的出版法人治理结构的绊脚石。总的看来，在向现代出版企业转制过程中，出版公司在治理结构上可能出现的问题主要表现为以下三个方面：
第一，国家股代理人虚位。出版社的公司制转型中，国家股股东权的主体很明确，但国家股代理人处于虚位状态。根据《公司法》第六十七条和第七十二条规定，国家股代理人包括国家授权投资的机构、国家授权投资的部门和国务院授权的经营管理制度健全、经营状况较好的大型国有独资公司。在实践中，担任国家股权代理人的机构，除了作为民事主体的公司，如国有资产经营公司外，还包括作为行政机关的政府部门，如国有资产管理委员会。并且，我国公司的股权非常集中，主要被各级政府控制，政府官员是实际的权力行使者。但事实上由于政府官员并没有剩余索取权，也不用承担风险，他并没有很大的动力去经营好企业。同理，出版企业的管理人员目标利益函数与公司的目标函数并不具有一致性，致使出版企业内的成员集体合谋寻租，共同损害企业利益。因此，政府部门作为代理人，既不会像所有者一样切实关心国家股权的合理行使，也不能保证国有资产在运营中的保值和增值，国家股代理人形同虚设。
第二，内部人控制问题严重。内部人控制是日本经济学家青木昌彦提出的，其定义为：经理人员事实上或依法掌握了控制权，他们的利益在公司战略决策中得到了充分的体现。在现代公司制企业中，由于所有权、经营权的分离而引起委托—代理关系，出资者与经营者有着不同的利益目标和效用函数，使得现代公司制企业中都不同程度地存在内部人控制的倾向。从中国出版企业的现状看来，虽然有些出版企业已经进行了公司化改制，但是，由于国有资产所有权约束的弱化，以及国有出版企业本身的行政性授权方式和行政性权力运作方式，使公司治理结构的权责制衡机制遭到了破坏，出版经营者的权利相对较大，容易出现内部控制的现象。现实中，出版内部人控制往往表现为过度的在职消费、过度提高小团体的福利待遇、注重眼前利益忽视长远发展、利用所拥有的控制权侵占国有资产等。
第三，激励和约束机制不健全。我国对出版国有资产的控制是通过多层次委托代理实现的。从所有者到最终代理人，其中存在诸多委托代理环节，这些环节共同构成了一个委托—代理关系的长链。在“国家统一所有，地方分级管理”的国有资产管理体制下，由地方政府管理的国有资产还增加了地方政府等环节。多层次委托代理关系的存在使所有者对经营者的约束和激励必须经过多环节的传递才能作用于经营者，这使所有者对经营者的激励和约束很难有效。其主要原因有二：一为所有者和各级代理者的目标不一致。各级代理者在追求自身利益的过程中往往会不同程度地偏离甚至损害所有者的目标，而且，各级代理者为促进自己目标的实现，必然会给下一级代理者施加与其目标相适应的约束和激励机制。
二为所有者和经营者之间严重的信息不对称。在多层次委托代理制度下，所有者远离经营者，有关经营者的信息经过多环节逐级传递而来，信息可靠性难免受到影响，而且，每级代理者相对上一级代理者而言，都享有信息优势，在追求自身利益过程中可能发生“道德风险”，导致所有者对经营者的约束的难度增加。当各级代理者出于自身利益考虑存在虚报信息或隐瞒信息的行为时，所有者很难得到准确的信息，其结果是，所有者对经营者的约束机制在建立的时候便已不能适应激励和约束的需要。
二、出版法人治理的特殊要求
1.转制过程中出版权利关系的变化
所有权是权利主体对自己的所有物享有的占有、使用、收益和处分的权利；控制权是权利主体对自己所有物可供支配和利用的资源进行控制和管理的权利。出版控制权包括出版权和经营权的决策控制、执行控制、监督控制和剩余控制。在出版转制背景下，事业单位性质的出版社转变为现代公司制的出版企业，相应带来了出版所有权与控制权的两权分离和出版所有权、经营权、出版权之间的三权分离。
在计划经济时期，出版社是政府的一个部门，出版的所有权和控制权都归党和政府所有。但在出版改革中，经营性出版社转制为企业，并通过授权明晰产权，建立了现代公司制度，获得公司法人地位；有的还进一步通过股份制改造，吸收社会资本，实现股权多元化。而政府代表国家作为出资人，行使国有出版资产出资人权利。在此情况下，出版的产权关系就转变为两种权利：一是出资人所有权，国有出版资产归出资人——国家（政府）拥有；二是法人财产权，即出版的法人财产由出版企业法人（即董事会）拥有。这样，政府和出版公司在法律上就成为两个对等的权利主体，政府作为出资人依法享有股东权，但不能再直接干预出版公司具体的经营活动；出版公司依法享有法人财产的控制权，对自己的经营活动负责。出版所有权和控制权的关系的这种变化，为出版企业市场主体地位的确立提供了制度保障。
当出版所有权与法人财产权分离后，出版企业就拥有了充分经营权，追求资本的升值。在此情况下，国家就要保护投资者的利益，保证股东和出版经营方都享有发言权和资本收益权，形成出版所有权与经营权的分离。同时，在我国，出版的意识形态属性决定了党和政府必须控制出版的政治导向，即通过严厉的出版社审批制、准入制和书号（和刊号等）制等方式控制出版权。这就需要对计划经济时期形成的出版社的出版权和经营权合一的状况进行调整，使二者分离，从而使党和政府得以继续控制出版权，把握出版的政治方向；出版企业独立行使法人财产的经营权。这种出版权与经营权的分离，“既可以保证出版不会变质，又可充分利用外部资金加速发展，逐步实现市场化经营”。
出版所有权和出版权、经营权的分离，是通过出版企业法人财产权这个中介实现的。首先，政府和出版企业董事会之间通过所有权的信托关系，实现出资者所有权与出版企业法人财产权的分离；然后，通过董事会与出版和经营层的授予关系，实现董事会与出版层和经营层之间的控制权的委托代理关系，实现出版企业所有权同出版权和经营权的分离。出版企业的所有权、出版权和经营权分离后，在出版企业内就形成了三个主要体系：一是以董事会为主的所有权决策体系，二是以总编辑为首的出版权执行体系，三是以总经理为首的经营权执行体系。出版企业的治理结构需要围绕这三种权利和三个体系进行。
2.我国出版法人治理结构的特殊要求
在出版所有权、出版权和经营权分离条件下，创建出版企业法人治理结构的复杂程度就远高于其他行业。因为中国的政治体制决定了中国出版业的特殊性，即使在改制后，出版企业也不能像一般行业的企业那样单纯追求经济效益，而要以社会效益为首先追求的目标。这就要求出版企业需要有特殊的制度安排，“不仅要能够适应国有独资体制的需要，还必须适应国有多元、社会多元乃至上市公司体制的需要；不仅能适应一般稳定时期党的控制力的需要，还必须保证在特殊波动时期党能够有效地控制出版企业”，即出版企业法人治理结构在符合现代公司制度要求的前提下，还得保证党和政府对出版的控制。
党和政府对出版的控制权有明确的外延，以控制出版当事人所承担的风险为限，不仅要以出版的政治利益为重，还要兼顾出版的经济利益和社会利益，兼顾各方投资者及利益相关者的利益。按照现在政策，党和政府对出版的控制主要体现在两个方面：一是体现在党对出版的管理和引导上，尤其是对主要领导干部的任免、重大事项的决策、资产经营的控制、出版选题的导向上；二是体现在政府同其他股东按股权份额分享经营权的同时，也要防止资本话语权的膨胀，规避其对编辑出版方向的干涉。