2.出版业要素市场体系发育不健全
出版业的生产要素包括资本、人才、版权、技术、制度等，但前三种是最基本、最重要的。所以，出版要素市场主要由出版资本市场、出版人才市场和版权市场组成。目前，中国出版要素市场体系发育不健全，主要表现在三点：
（1）要素市场发育不健全。在事业单位体制下，出版资本和出版人才都很难在市场上流动。转制后，绝大部分的出版企业产权结构单一，归国家所有，分别受中央政府部门或地方政府的国资委及出版行政管理部门管理，在市场上进行融资、并购等资本交易时，需要诸多的行政审批。在改制过程中，国家为了保障社会稳定、保护既有出版从业者的利益，不鼓励出版社淘汰人员，出版人才市场还没有真正建立起来。在发达国家里，出版版权市场一般由作者、作品、出版单位、出版经纪人和一些作品（版权）交易市场构成。出版经纪人，“就是接受作者的委托代理作者作品版权及其他出版事宜并由作者发给佣金的中间人”，介于作者与出版单位之间。欧美等发达国家的作家们大多有自己的经纪人，尤其是畅销书作家。但是作为版权市场的一个环节，中国的出版经纪人市场还处于孕育阶段。
（2）书号作为一种特殊的制度性要素被市场化，成为滋生腐败的温床。书号本来只是书的标志代码，但在中国的现有出版制度下成为一种特殊的出版要素。这一制度形成于20世纪80年代中期，其实质是政府根据出版社中责任编辑生产能力，按每人每年5个的数量进行书号配置，后来作为一种奖励制度，对表现良好的出版社适当增加书号，是一种典型的计划分配方式。在这一制度下，书号就成为图书的“准生证”，书号的政府供给越来越不能满足出版需求时，书号就成为制约出版业发展的稀缺资源。出版社为解决书号的不足，有的采用一号多书的方式违规出版。同时，民营出版机构为获得出版权，就向出版社购买书号；一些经营能力低下的出版社在自己出书亏本的情况下，索性以卖书号为谋利之道，书号市场由此产生，助长了出版业“优不胜、劣不汰”的状况，造成出版资源的浪费。为了改变这一状况，新闻出版总署出台了《书号实名申领管理办法（试行）》，在2009年4月开始实施，新的书号管理制度是否能遏止书号的市场化尚需要实践检验。
（3）市场机制在出版要素的配置中作用有限。由于长期以来我国将出版业当作意识形态领域的组成部分而加以管理，因而不仅对出版机构的设立实行严格的行政审批制度，而且对出版机构的数量进行了严格的控制，社会上的资本难以进入该行业。从经济学的角度讲，由于审批制限制了社会资本进入出版业的通道，因而也就限制了市场机制对出版资源的配置作用，事实上形成了对出版业的行政垄断。这就使得现有出版单位可以依赖政府部门的行政权力享有稳定的出版资源和市场份额，因而能够获得高额的垄断利润；也使得那些经营不善、业绩差的出版单位可以在行政垄断的保护下获得生存空间，在效率低下的状态下运营，从而造成资源的低效利用和浪费。
3.政府与市场的责任边界模糊
出版行业的政企分离、政事分开是近年来出版体制改革的一个重点，其目的就是理清政府与市场的责任边界。但目前出版宏观管理中，政府与市场的职能分工仍然是突出的问题，政府的“越位”“缺位”和“错位”现象时有发生。这主要表现为两种倾向：一是“泛行政化”倾向。目前转企改制后的出版企业基本都是国有独资企业，长期的政企、政事不分，使政府有关部门在管理上仍然存在不少惯性思维，依然将出版企业视为政府的一个行政部门，容易过多地介入出版企业具体的经营活动。二是“过度市场化”的倾向。这种“过度市场化”的倾向，一方面是由于对出版业的性质以及政府和市场各自的功能特点认识不清，尤其是对市场的缺陷认识不足，以为市场“看不见的手”能解决所有的问题。另一方面，是基于减轻财政负担的追求。这种现象在经济欠发达的地区更加突出。目前不少地方财政紧张，多为“吃饭财政”“人头财政”，投入到社会文化事业的经费能省则省，投入严重不足。因此，在改革的过程中，往往将应当由政府承担的职责转而由企业承担，如要求出版单位出版各种公共物品类出版物，而在财政税收政策上没有相应的补偿措施；或将不应该企业化、市场化的出版社推向市场。这些机构改制后，在以营利为主要目标的市场压力下，忽略或放弃社会效益或公益目标，最终使国家和社会利益受损。
4.信用体系缺失，企业信用风险很大
市场经济是信用经济，发达国家的商业交易绝大部分是信用交易，而中国出版业则相反，只有很小部分是信用交易，赊销已经成为出版物销售的普遍方式，出版企业承担了的巨大的信用风险，出版界经常陷入诚信危机。出版业的诚信危机有职业道德层面的原因，但主要还在于信用体系的缺失。出版业的信用体系缺失主要表现在四个方面：
（1）出版社内部缺乏基本的信用管理制度。目前在国内大多数出版社，图书销售和账款回收都由发行人员一并承担。不同的客户资信情况如何，赊账额度多少，相应的奖励和惩罚政策怎样，诸如此类的信息和决策权都掌握在各个业务人员手中。对客户的信用风险缺少客观统一的评估和预测，交易中往往凭主观判断做决策。
（2）业内普遍缺乏现代市场经济条件下的信用意识和信用道德规范。中国的市场经济发育还不充分，信用经济起步较晚，市场信用交易不发达。而刚刚脱离计划经济，正在向现代企业转型的出版业，市场化程度更低，信用意识更加淡薄。无论是出版社还是书店，都普遍缺乏现代市场经济条件下的信用意识和信用道德观念的培养。
（3）国家信用管理体系不健全，缺乏有效的失信惩罚机制。主要体现在：一是缺乏相关的立法，信用经济无法可依。我国的《民法通则》《合同法》和《反不正当竞争法》中虽然都有诚实守信的法律原则，刑法中也有对诈骗等犯罪行为处以刑罚的规定，但仍不足以对社会的各种失信行为形成强有力的法律规范和约束，针对信用方面的立法仍然滞后。二是业内缺乏严格的失信惩罚机制。在不完善的法制下，将失信行为诉诸法律成本太高，因此出版社一般都选择内部解决。这样，失信行为得不到相应的惩罚，不讲信用的法人和个人也不能受到谴责。失信的机会收益高于机会成本，失信现象自然愈演愈烈。
（4）信用信息的市场开放度低，缺乏对信用信息的正常获取和检索途径。我国在信用数据的开放与使用等方面没有明确的法律规定，政府部门和一些专业机构如公安、工商、人事、税务、统计等部门所掌管的大量企业信息资源很多没有公开，增加了征信的难度。出版社面对的是各种各样的渠道，书店开张和歇业随时都在发生，经营状况随时都在变化，这样的信息目前仍无法及时准确地从公开的渠道获取，这更增加了出版社客户管理的难度，加大了信用风险。