然而，这种中国“威胁”论的观点遭到了中国学者的坚决批评。因为，亨廷顿将儒家文明圈作为向西方文明的挑战者，指责中国向中东国家输出高技术和武器，并支持伊斯兰文明与西方相对抗，在近10年大量增加军费以推进武装力量现代化，使得儒家与伊斯兰教的军事联系成为西方的潜在威胁。在很多海内外华人学者看来，亨廷顿预测中国可能向西方对抗，提醒西方警惕中国，完全是耸人听闻地设想假想敌。至于中国经过了百年的现代化历程，今天占主导地位的是否是儒家文明也都还是一个问题。再加上今天中国文化现状究竟是人文精神的失落或人文价值关怀的弱化，还是儒家文明思想的整合和秩序，也同样是一个问题。
在我们看来，“大中华圈”的文化并不是好战的文化，而是容忍、和平的柔性文化，它今天的根本任务是实现自身现代化而不是向西方进行挑战。亨廷顿的这种寻找挑战国的做法，有可能刺激“大中华文化圈”中的许多基本力量，而将其整合到民族主义基本立场上去，甚至会产生一些负面效应。
事实上，中国的经济力量和政治影响迅速增加，走了一条独特的中国现代化道路，一条非西方的经济发展模式，对其他国家乃至世界都可能起着某种示范作用。因此，强调儒家文化对抗基督教文化将成为未来社会的主要冲突，提出中国“威胁”论，这确实是出于对中国综合国力以及在国际地位的上升而出现的担忧。但是问题在于，包括儒家国家、基督教国家和伊斯兰教国家在内的不同文化和国家之间固然会有矛盾和摩擦，然而，是否一定会变成世界的主要冲突，甚至形成世界性的战争呢？文化既有冲突又有融合，既有裂变又有对话，单方面地强调冲突，就有可能使一些局部的小的矛盾转化为激烈的抗争，这种冲突论反而不利于国际和人类大同。亨廷顿过分强调今日世界几大文明的冲突必定大于民族文化之间的冲突，空前突出了精神信仰和文化遗产的重要作用，坚持宗教信仰、文化传统、种族归宿感、价值观念、意识形态等精神因素，虽有其识见，但其将西方与儒家文明和伊斯兰文明决然对立，则可能因文化的差异而导致更大的文化冲突。
再次，是处于夹缝中国家的挑战。这些国家深受殖民主义的侵害，与西方的疏离感是明显的，但力量悬殊，并不能真正构成对西方的威胁。
这就说明，亨廷顿强调构成西方未来社会的非西方的挑战国主要是伊斯兰文明与儒家文明。他站在西方中心主义立场，对未来的发展和整个世界格局忧心忡忡，并表示要提出控制未来世界的对策，限制潜在的敌对文明即儒家文明和伊斯兰文明，扼制其军事势力的扩张，削弱其文化影响力，力求将其整合在西方的价值观念之内，使西方与非西方的文化的冲突归于失败。
未来社会中的现代化和西化之间仍然存在着重要的区别。现代化包括工业化、城市化、识字率、教育水平、富裕程度、社会动员程度、多样化的职业结构，是整个科技发展所带来的新的知识文化场。现代社会中人的态度、价值、知识和文化都区别于传统社会，西方首先获得具有现代性的文化，但是否世界各国走向现代化都必然走向西化呢？尤其是现代化是否就一定意味着西化或全盘西化呢？
现代化不等于西化。亨廷顿指出，日本、新加坡等即是现代化的繁荣社会，但它们显然是非西方的。那种认为现代文明即西方文明，西方文明即现代文明的看法，是一种完全虚假的同一。西方远在现代化以前就是西方了，使西方区别于其他文明的主要特征产生于西方现代化之前，而这些特征就是古典遗产，包括希腊哲学和理性主义、罗马法、拉丁语和基督教，还包括天主教新教、欧洲语言、社会多元主义、代议机构、个人主义等。西方的扩张促进了西方的现代化和西方化，因此有不同的“挑战”和“回应”，如拒绝主义、基马尔主义、改良主义等。总体上看，西方化和现代化密切关联，非西方社会吸收了西方文化众多的合理因素，并在走向现代化中取得了某种进展。
然而，当现代化进度加快时，西方化的比例下降而本土文化获得了复兴，于是发展着的现代化改变了西方文化和非西方文化的均势，加强了本土文化的信心。换言之，在现代化的早期阶段，西方化促进了现代化，而在后期阶段，现代化促进了非西方化和本土文化的振兴。在社会层面上，现代化提高了社会的总体经济、军事和政治实力，鼓励其社会集团中的人们对自身文化的信心，从而成为本土文化的伸张者。在个人层面，当传统纽带和社会关系断裂时，现代化便造成了异化感和反常感，并导致精神价值的认同危机。
现代化并不一定意味着西方化，非西方化社会并没有放弃它们自己的文化、体制和实践，而是通过不同的道路实现自身的现代化。冷战后的“西方化”确实是不可能的，西方单一文明的绝对胜利只是一种心造的幻影。相反，现代化加强了各种文明和文化的自信心，并减弱了西方文化的威慑力，世界正从根本上变得更加现代化和更少西方化。各种文明以不同的方式达到了现代化，而不一定去西化自己。亨廷顿这一看法是清醒的。他对西方国家那种一枝独秀的“西方中心论”的冷静反省是深刻的。当然，他过分强调文明的冲突必然导致未来世界的冲突，甚至成为世界大战的危险因素，确实有些危言耸听，但他看到了很多文明都以自己的方式文明化了，文明之间的差异可能会导致冲突，仍然值得人们关注。
从现代化与西化更深一层的角度来看全球现代化存在的诸多问题，使得亨廷顿发出这样的疑问：现代化在全社会提高了文明的物质水平，但是否提高了文明的道德和文化水平？而且这个大混乱的世纪，许多地方的法律和秩序崩溃，国家管理不利，无政府主义日益蔓延，跨国犯罪集团猖獗，吸毒现象泛滥，信任感和社会凝聚力下降，在世界很大一部分地区，民族宗教和文明间的暴力活动及其武装统治盛行，以致人们已然意识到全球性的政治危机。在世界范围内，文明似乎在许多方面正在让位于野蛮状态，它导致了一个前所未有的现象，一个全球的黑暗时代也正在降临人类。在这个正在来临的时代中，文明的冲突是对世界和平的最大威胁，而建立在多文明基础上的国际秩序是防止世界大战的最可靠保障。
可以看到，亨廷顿已经从他的新权威主义，甚至他前些年的关于美国国力和西方世界独霸的“乐观主义”走向了深刻的“悲观主义”。因此，关键性问题在于价值冲突、文化差异、文明冲突的当今时代，作为未来世界的一种总体看法，究竟应该是一种本土化即文明冲突论，还是全球化即文明融合论？