独立学院转设政策执行过程中的利益博弈主要是在政策制定者与政策执行者、政策执行者与政策对象以及政策对象之间进行。155独立学院转设政策的制定者主要是中央政府（主要是教育部），它负责制定全国性独立学院转设政策，独立学院转设政策的执行者是独立学院，主要涉及合作方和申请方这两个行为主体，地方政府（主要是省级教育行政部门）既是政策的制定者也是政策的执行者，对于中央政府制定的独立学院转设政策地方政府部门要认真执行，同时要结合本地区的实际情况制定更为具体的转设政策，以备本地区内独立学院参照执行，也就是说地方政府既是国家层面独立学院转设政策的执行主体也是地方层面独立学院转设政策的制定主体。在独立学院转设政策执行的过程中存在各方利益的博弈，具体表现在：
1.中央政府与地方政府之间的利益博弈。中央政府制定独立学院转设政策的意图在于通过对社会利益关系的调整、社会利益结构的规范来解决政策问题，以促进整个社会的健康发展，因而政策的实施有利于社会普遍利益的实现。这一政策的实施可能会使一部分地区收益，而另一部分地区利益受损。根据目前独立学院发展的状况分析来看，在独立学院发展较好的省份如东北地区，这一政策的制定有利于本地区的利益，则地方政府会严格执行，并出台相应的配套措施以适应当地独立学院转设的需要；但是对那些独立学院欠发达的省份特别是一些中西部省份，这一政策的制定无疑在一定程度上会损害他们的利益，于是就采取“上有政策、下有对策”的办法，可能对中央政府制定的独立学院转设政策进行曲解，以有利于自身发展的方式来执行政策，也可能对其进行敷衍、阻碍或者是有选择的执行，这些都是对独立学院转设政策执行偏差的表现，这种做法显然违背了这一政策的精神实质。
2.地方政府与合作方、申请方之间利益博弈。地方政府作为地方独立学院转设政策的制定者，如果地方政府考虑到自身利益等因素可能不进行地方政策供给，合作方与申请方即使想执行转设政策，因缺乏具体的可操作性，也难以实现转设的愿望。合作方与申请方之间也存在利益的博弈，合作方考虑到每年要支付学费一定比例的管理费（通常在10%-30%，有的更高）给申请方，其负担较重，一旦转设为民办高校则会节约这笔办学经费，但是申请方考虑到自身利益不愿与独立学院脱离“母子关系”，而愿意转设的母体高校占少数，以湖北省独立学院为例，仅中南民族大学这一母体高校支持其独立学院转设为民办高校156。
3.中央政府与合作方、申请方之间的利益博弈。合作方考虑到如果失去母体高校这块“金字招牌”，其投资回报值可能会降低，本身尚不愿意转设为民办高校。申请方考虑到管理费问题自然不愿放弃继续举办独立学院这个可以缓解办学经费紧张局面的机会。教育部第26令中指出：基本符合《办法》要求的，由省级教育行政部门向教育部提出考察验收申请，教育部组织考察验收，并对考察验收合格的独立学院核发办学许可证。也就是说，如果在5年后，独立学院没有通过验收就意味着要停办，独立学院也将无法获得学士学位授予权。但是这一政策规定能否会真正贯彻落实是值得考虑的问题，因为并未见对那些未完成资产过户的独立学院进行相应的处罚或警告157，此次独立学院转设政策会不会也与资产过户政策一样不了了之呢？大多数独立学院的合作方和申请方考虑到自身的利益仍旧处于观望状态。
三、制度创新：协调利益关系，实现博弈均衡
（一）整合各方利益，协调利益关系，实现各方行为主体的利益均衡
要提升政策效力，实现政策目标，就必须对政策执行过程中的各方利益进行整合，协调各方利益之间的关系，以实现利益的均衡化。一是要考虑出资者的“合理回报”问题。要让出资者可以从办学结余中取得略高于社会平均利润率的合理回报，只有这样才能充分调动出资者的办学积极性。另外，合理回报的比例是一个实质合理性问题，必须制定一个既切合各省实际，又有助于各省教育资金合理流动的回报比例。158二是母体高校收取的“管理费”问题。从全国的独立学院的协议看，多数独立学院是采取的收取管理费的方式，管理费所占比例为学费的10%－30%之间。但收取管理费的方式未能准确反映母体学校的实际贡献，品牌价值，甚至造成国有资产流失。159独立学院转设政策的实施将使母体高校收取的“管理费”问题得以解决，即不再向独立学院收取管理费，与独立学院之间脱离“母子关系”，使其走向真正的独立。三是地方政府与中央政府之间关系协调问题。一方面，地方政府的利益要服从中央政府的利益，因为中央政府代表着全社会的普遍利益，地方政府必须克服狭隘的地方本位主义观念，坚决贯彻执行中央政府的各项政策。另一方面，中央政府要兼顾地方的特殊利益。地方政府作为不同利益主体所具有的不同利益诉求都要求在中央政府政策的制定和执行过程中得到适当的反映和体现。中央政府制定的独立学院政策要考虑到地方的特殊性，既要考虑到发达地区独立学院的发展状况，同时也要兼顾欠发达地区独立学院发展现状。
（二）拓宽利益表达渠道，完善利益表达机制，创新决策组织制度
不同的利益主体具有不同的利益诉求，教育政策的制定与执行必须要充分考虑到这些不同利益主体的利益诉求问题，这需要加强信息沟通，拓宽利益表达的渠道，完善利益表达的机制。中央政府在教育政策的制定与执行过程中，必须重视地方各相关利益主体的参与，加强与他们之间的意见沟通和信息交流，注意倾听来自地方各利益主体的不同声音，做到“问政于民”，强化与地方各利益主体之间的合作精神。如我国中央政府部门在2010年制定的《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》就是在听取社会各界不同利益群体意见的基础上反复多次修改后形成的，这种利益表达机制的建立有必要在以后得以推广执行，即凡是有重大教育政策的制定均可考虑采用这种办法。另外，还可以采取“一省一票制”的决策机制，这是一种良好的决策组织制度创新，可以在教育部设置一个专门委员会，其成员由来自全国30多个省市的代表和中央代表组成，教育部在制定重大教育政策时，将草拟的意见稿提交该专门委员会进行讨论、协调和修正，采取“一省一票制”的办法来进行科学决策，这种决策办法有利于协调中央和地方之间的关系，同时也有助于制定教育政策时倾听来自不同利益群体的声音和利益诉求，进而使教育政策的制定与执行趋向合理化、科学化。
（三）完备博弈规则，健全法律法规，建立政策执行的诚信档案
完备的博弈规则，完善的法律法规，有效的激励约束机制，是博弈各方良性互动，博弈活动有序进行的制度保证。法律制度是各种制度中最强硬的一种，它是社会发展过程中不可或缺的一种稀缺资源，明确的法律法规有助于减少摩擦和冲突，降低交易成本，减少改革的代价。160目前与独立学院相关的法律主要涉及《高等教育法》和《民办教育促进法》，尚没有专门针对独立学院的法律，现行的独立学院政策主要是教育部颁布的一些规章制度和条文，并没有上升到法律层次，其执行的效力自然没有法律那样具有约束力，因此要尽快将独立学院问题纳入法制化轨道，加紧出台专门的《独立学院促进法》，由宪法和法律对独立学院关键性问题做出明确规定，为独立学院相关政策的有效执行提供明确的法律依据和规范的制度保障。另外，还需要对各利益主体的政策执行情况建立诚信档案，对不诚信行为予以惩罚，可采取通报批评、责令改正、罚款等办法予以处理，对长期处于诚信行列的政策执行者采取激励办法，给予一定经济补偿或政策倾斜，鼓励不诚信者向诚信行列靠拢。