3．政策导向上有偏差
由于国家明确了独立学院的未来发展之路——独立成为民办的本科院校，个别省份已经开始试点。如果学院的固定资产比例越大，按照文件规定的股份制形式，那么无形资产的价值就会水涨船高，也就是说未来五年，如果独立学院通过合格验收，必然会脱离公办高校而成为独立设置的民办本科院校，这时候就涉及到资产清算的问题。如独立学院的合作方支付给母体学校的费用愈高，这种制度设计会促使合作方进行相反的选择。要么是在未来的五年将减少或干脆不投入，这都不利于独立学院的发展。因此，国家一方面要求将无形资产计入办学总投入比例，又要独立学院加大投入，达到国家的标准。另一方面要求独立学院达到标准后走向独立，政策的制定应考虑各方利益诉求和的平衡，要有利于促进独立学院的发展，特别是鼓励那些热爱教育事业的单位及个人。
总之，无形资产作价涉及到各方的利益，如果处理不好，势必产生矛盾或引发新的不稳定，这将不利于独立学院的长远发展。
（2）合格验收相关问题
《办法》第五十八条规定，自办法实施5年内，基本符合本办法要求的，由独立学院提出考察验收申请，经省级教育行政部门审核后报国务院教育行政部门组织考察验收，考察验收合格的，核发办学许可证。《办法》正式出台前，全国独立学院的艺术类招生简章及考试等工作已完成，对这部分学生的招生宣传中仍然沿用了过去的提法，没有提到2008年以后以独立学院的名义颁发学位证书，这仍然存在一定的不稳定隐患。同时，如果在5年后，达不到这个要求，即没有通过验收，或甚至是停办了，独立学院就不具有颁发学位证书的资格。根据教育部2008年公布的招生计划，全国有3所独立学院停止招生。他们是复旦大学太平洋金融学院、福建的华侨大学福建音乐学院、新疆的石河子大学科技学院。如果在这5年中，没通过验收的仍然由普通高校代发，这就会造成新的不公平，不利于独立学院积极申请验收，也违背了国家的初衷。
教育部提高办学质量的用心可以理解，对于西部地区的一些独立学院达到普通本科院校的标准十分困难。由于全国独立学院在规模、合规程度、办学条件达标、培养质量及环境条件上都存着极大的不平衡，东部和西部差异很大，解决不平衡就应该用不平衡的办法，不应该一刀切。
（3）过户的相关问题
《办法》明确提出了独立学院的资产过户，但有诸多问题，一年内完成存在相当的困难，甚至是不可能。根据教育部教发厅[2006]2号《教育部办公厅关于对普通高校、独立学院办学条件等有关问题核查情况的通报》文件精神，通报了对完全靠租赁土地和教学行政用房办学的6所独立学院，原则上2006年度不安排其招生；对自有土地、教学行政用房均不达标的5所独立学院，及自有土地或教学行政用房不达标的33所独立学院减少招生；对资产未过户到独立学院名下的189所独立学院，予以通报批评。可以看出全国独立学院没有过户的占很高的比例，当然，没过户的原因也各有不同。
全国的独立学院主要有以下几种举办形式：（1）公立高校与地方政府或国有企业单位合作创办的；（2）公立高校与民营企业单位合作创办的；（3）公立高校与民办高校合作创办的；（4）公立高校与公立大专、中专合作创办的；（5）公立高校与港澳台同胞或海外侨胞合作创办的。当初许多高校是利用闲置的土地资源和教学资源来办独立学院，在这种情况下资产过户涉及方方面面，属于国有资产转移，要通过国资委，要征得这些部门的同意，并不是简单的一个土地使用证上的更名。公立高校与地方政府或国有企业单位合作也存在资产过户的问题。不是高校不想过户，而是手续将会很复杂，会牵涉到很多的部门。如广西大学行健学院当初是母校以土地入资办起来的，已经投入了3亿多元，能满足1万学生就学。但根据《办法》第八条，普通学校主要利用学校名称、知识产权、管理资源、教育教学资源等参与办学。社会组织或者个人主要利用资金、实物、土地使用权等参与办学。国家的资助、向学生收取的学费和独立学院的借款、接受的捐赠财产，不属于独立学院举办者的出资。母体学院不能以土地出资，这种情况下，学校怎么办，如何将国有资产过户到独立学院，因此，国家政策的制定要因地制宜，根据不同的情况作不同的处理。
其次是要求最基本的不少于500亩的国有土地证或国有土地建设用地规划许可证。当年国家审批独立学院时，要求占地150亩，规划面积300亩。很多独立学院严格按照300亩的标准进行修建，现在有些独立学院面临的问题是合作方愿意投入再征地，但限于城市的快速发展，其周边已无地可圈，这也是一个现实的问题。要么合作方重新选址，但原有的校区将形成新的浪费，要么办分校，凑足500亩地，但又不符合教育部的相关规定，即独立学院不能办分校，这对合作方来说形成新的两难选择。
独立学院多是按非营利性教育用地的规定而获得政府的“划拨用地”，即主要是获得土地的使用权。而出让土地使用权则必须交纳高额的土地出让金，一些独立学院通过“招、拍、挂”或协议的方式出让土地使用权，其土地价格接近商业用地，其办学成本将成为学院的一笔巨大的办学成本。一些独立学院主要是靠租用土地来办学，如果土地不过户，那么过户就没有什么实质意义了。同时，独立学院资产过户的过程中还存在着相关税费、土地性质变更、土地和校产抵押贷款等现实问题。这些问题的解决需要教育外部力量的支持配合。如果按4％的资产过户费计算，一般独立学院就要付出上千万的费用。教育部应该协助呼吁一下有关部门，出台过户费减免政策。
总之，独立学院的顺利开展仍需相关的配套政策来进一步规范和保障。制度的建立与完善赋予了独立学院崭新的内容和意义，这些内容和意义将随着独立学院今后渐趋规范的发展而得到更为清晰的凸现。因此，独立学院的政策应该在追求教育公平与公益的价值追求中，寻找新体制生成中的政策选择。今后，作为民办高等教育的一种办学模式，独立学院应严格执行民办高等教育的有关法律，法规和政策，将发展重点转移到稳定规模，提高质量，规范管理上来。
10.2 民办二级学院遗留问题探究
10.2.1 民办二级学院突围之路
1999年是中国高等教育大众化启动，高校开始大规模扩招的一年，由于我国高等教育的大众化和扩招政策的出发点在很大程度上受到经济因素的主导，为了在数量扩大的同时保证质量，高等教育规模的急剧扩张主要是依托高校自身的扩招，而不是通过新增公办学校来消化，这致使资金短缺问题凸显，高等教育扩容与政府办学经费投入不足之间的矛盾成为政府面临的一大难题。受传统办学体制的影响，公办高校筹资扩容能力受限，民办二级学院的出现，为问题的解决提供了一个突破口。
10.2.1.1 独立学院的制度变迁与创新
（1）独立学院的制度变迁
独立学院制度变迁的动因是获取最大的“潜在利润”，正是获利能力无法在现在的安排结构内实现，才导致了新的制度安排的形成。独立学院制度的产生与发展，集中体现了自发性、渐进性和盈利性等特点。
①自发性，是指独立学院的制度变迁，不是由政府行政命令和法律强制推进和实施的制度变迁，而是按照现有的制度安排，无法获得某些潜在的利益。公办大学认识到改变现有的制度安排，就能获得在原有制度安排下得不到的利益，这时就产生了改变现有制度安排的需求。民办二级学院的产生就集中体现了这一点。
②渐进性，体现在独立学院的制度变迁是一种自下而上的，从局部到整体的缓慢制度变迁过程，是根据制度的需求和决策的安排，逐步地推行，以避免产生巨大的震荡。由于社会对独立学院有了制度需求，对具体的制度安排开始进行改变，逐渐扩展到与其有关的其他制度安排。然后自下而上的产生对制度需求的认可，通过不断的经验积累与试点，最后上升为国家政策，从民办二级学院自发产生到独立学院的规范发展，就体现了渐进性的特点。
③盈利性，是指制度变迁的动因是主体期望获得最大的潜在利润，正是由于获利能力无法在现有制度结构内实现，才导致了新的制度安排的形成。当制度创新与变迁所获取的收益大于为此而付出的成本，一项新的制度安排就会被创造。公办大学在现有的制度安排中不能达到办学获利的目标。虽然近年来，从中央到地方，政府都增加了对公办高校的经费投入，但由于经费的增加与扩招的规模不成比例，再加之投资主体的单一化，经费严重不足仍然是公办高校普遍地问题。独立学院通过兴办民办二级学院，一方面解决扩招的问题，另一方面，也吸引了大量的民间资本进入民办教育领域。
（2）独立学院相关政策遗留的问题
当初制定独立学院的政策时，较多地考虑到一些民办二级学院利用较多的制度空缺和漏洞，在与民办高校及公办高校的竞争中处于不公平的竞争优势，影响教育公平，导致国有资产流失等问题，随着民办二级学院在全国的大规模发展而变得愈加突出和严重。如“校中校”问题，本质是变相地在搞收费的“双轨制”。还有学历证书问题，有的学院以校本部的名义颁发文凭，有的以学院的名义颁发文凭，招生宣传也不明确，办学条件差参不齐，这些都是民办二级学院不稳定的因素。
《若干意见》的出台，严格设置标准，努力缩小办学条件存在的明显差距，集中体现“优”、“独”、“民”三个特点。这无疑提高了办独立学院的门槛，也就是说，以前那种无序的状态正在规范，没有雄厚实力的单位及个人也不可能就轻易办学，这有利于促进独立学院的规范发展。但是，由于当时的任务急、时间紧，独立学院作为一项“重大探索”，在推动了教育改革，促进了制度创新的同时，也不可避免在制度的设计上存在一些漏洞，同时，由于政策的模糊，导致了一些遗留问题的出现，这需要国家对独立学院的相关制度做进一步的完善。这些问题主要表现为：
①理解的偏差
“《通知》提出，对不符合《若干意见》要求的要坚决停办，并认真负责地处理好善后事宜，对暂不符合要求的学校，要提出限期整改的明确意见和具体措施，使其尽快达到标准。符合条件的按程序申报为独立学院。对此，不同地方对此文件的认识与执行有很大的偏差。一些地方严格按照教育部的相关要求，对所有未能申报为独立学院的民办二级学院停止招生，对原来的学生进行了安置，如转入本校或进入独立学院，而一些地方认为《通知》中没有明确规定必须停办，而只是暂不符合要求，当然，不符合要求主要是指硬件的不达标，一些民办二级学院继续招生，不断扩大办学规模，按照国家的政策要求进行校园建设。
②申办数量的认知偏差
一些民办二级学院由于考虑到未来独立学院将要独立发放文凭，担心其未来生源受到影响，因此采取了观望态度。一批实力雄厚，各方面办学条件很好，符合国家政策要求的民办二级学院由于对政策理解的偏差及观望态度，错失了申办独立学院的时机，没有在当年积极申报。同时，申办学校在独立学院申报数量上没有考虑到未来会规定对独立学院申报数量的限制，没有对独立学院进行有效地整合。”133
③制度垄断造成供给稀缺
在第一批独立学院的申办过程中，评估专家严格按照教育部的要求，对学院的各项条件进行了认真的检查。同时，评估专家还按照教育部的规定，对申办学校的条件，申办独立学院的数量，名称等都作了严格的要求。如参与举办独立学院的普通高等学校须具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件，一般应具有硕士授予权。对申办独立学院的数量规定一般为一所，因此，在第一批申办的独立学院中，最多批准为两所，此后，尽管没有明文规定一所学校最多能申办两所独立学院，但在实际的操作中，两所已成为申办学校的上限，到目前为止都没有突破。独立学院的名称也有相应的要求，如不能出现“国际”，“中国”，“校区”和“分校”等字眼，在实际的操作中都有严格的限制，除北京师范大学珠海校区，华中科技大学武昌分校，华中师范大学汉口分校这个特例外，其余的独立学院都按规定命名。由于公办学校在事实上不能再申办两所以上的独立学院，国家对申办学校的资质也有明文的规定，具备申办独立学院资质的公办学校有限及对独立学院数量上的限制造成事实上的制度稀缺，一些实力雄厚的企业或个人因政策而无法进入独立学院领域，而最先进入者由于垄断而减少了竞争，这样不利于公平竞争。