独立学院的经费问题，关系到独立学院的健康发展。国家应该通过立法，一方面加强引导和管理，从而发挥它的公益性，另一方面通过立法，保障举办者的合法权利，从而做到“有法可依”。所以，加强立法来规范独立学院的经费，有着重大的意义。同时，政府建立合理的经费管理体制是独立学院健康发展的基本保证，防止过去效率低下，且浪费不必要的非教育开支等状况的发生。国家应设置相应的管理机构来加强对学校经费的规范管理，其主要职能是核查审批独立学院报送的收费标准和对独立学院的财务审查监督，以规范收费和保证经费的正确用途。指导和帮助独立学院建立健全财务机构，完善财务制度，定期对独立学院的财务检查、监督和指导，促使独立学院提高经费使用的效益，保证资金的正确用途。国家应委托相关机构对独立学院经费的审计，了解经费使用用途，保证经费使用的最大效益。目前，我国在独立学院经费政策上的立法还是一片空白，它的制定将会明确有关方面的权利和责任，不仅为国家对独立学院的经费动作实施管理提供了依据和保障，保护学生及家庭的经济利益和社会捐资者的合法权利。这也是促使独立学院的进一步规范化、法制化、条文化。
5.形成多渠道、多元化的经费筹措新格局
独立学院在运行中必须要不断地多渠道吸收资金，使办学能够可持续的发展，没有资金的不断投入，独立学院就可能陷入与公办学校遇到的投入不足一样的困境。除了现有的经费来源渠道外，独立学院在资金投入上还可以开拓以下几种经费来源渠道。一是产业渠道，即学校从其投资创办的全资产业公司、企业、投资控股或参股的合资企业营利分配中得到投入。二是学校从社会及海外等各方面获得的捐赠赞助收入。三是学校可通过社会联系，由团体、个人等在学校设立指定用途或非指定用途的基金。四是科研渠道，学校可通过承接纵向和横向科研课题而获得一定的经费收入。五是贷款渠道，即学校通过各种金融机构获得的有偿还性的资金和由主管部门安排的特定科研贷款等取得的收入。六是利息渠道，根据有关金融管理犯规，学校可将一些基金，按照“安全、低风险、合法”的原则进行运作，取得一定的利息收入。六是信贷资金的的利用。在国家投入不足、自身筹措经费又不能满足需要时，寻求信贷资金是一个重要的选择。利用信贷资金来进行学院的教学设备、基础设施等基本建设，有助于缓解学校经费紧张的状况。而且，商业性银行对学校提供贷款，看重的是投资效益，这就将市场机制引入了独立学院经费管理，必将对学院内部的经费配置和使用产生科学、有效的启示。在信贷资金的使用上，学院应通过建立和实施约束和激励机制，加强资金使用的评价与监督，提高经费的使用效率。当然，学院在贷款时，必须在信贷资金的数额、负债比例等方面作十分谨慎的考虑，因为负债毕竟伴随着风险。154
6.借鉴股份制办学模式，拓展融资渠道
《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》中指出：“大力发展国有资本、集体资本和非公有资本等参股的混合所有制经济，实现投资主体多元化，使股份制成为公有制的主要实现形式”。因此，独立学院还可以考虑股份制方式筹措经费。实践证明，单一的融资渠道，特别是针对实力不强的投资方而言，应考虑股份制办学方式。独立学院的合作方不仅仅包括企业、事业单位，社会团体和个人，还应考虑吸收外资，国际合作等途径。股份制办学是指以入股集资取得社会资本的使用权，以持股份额分配股息和承担有限风险，以招聘校长（院长）实行科学管理的一种制度创新。通过发起或募集方式，形成资产联合的投资主体来筹措办学资金。自然人以其个人合法财产、企业法人以其依法可支配的资产或具法人资格的事业单位和社会团体以国家法律政策允许用于经营的资产，按发起或募集方式，出资认购一定股份，取得股权凭证后成为股东，组成学校资产联合的投资主体。如四川师范大学的合作方成都星亿科技投资有限公司是在几个全资公司和多家合资公司的基础上，依托雄厚的资金积累和融资渠道，专门为投资教育产业而组建的。到目前为止，该公司已投入学院的建设资金和运行成本已超过1.5亿元。公司前期投入的资金作为办学的启动投入，在学校发展过程中股东还需按照股份持有的数量追加投资。教育股份制能够极大地调动公众教育投资的积极性，使全社会教育投资的整体能力大大提高。当股份充分细化时，教育股份制对单个投资人资金实力的要求几乎可以不受当地经济发展水平的制约。“教育股份制”的实践为人们重新认识家庭对教育的投资并非只能局限于家庭内成员的人力资本增长，为社会提供新的教育机会也是一个可行的投资方向，而由此产生的社会效益——新的教育机会，更是提高学杂费所难以实现的。
4.2 高校独立学院收益权的政策分析
收益权是产权系统中的一个核心概念，也是财产所具有的根本属性，无利益的产权是不存的，同时产权的激励作用也明显地表现在产权主体可以运用产权来谋求自身利益。一个有效的教育资源配置制度是我国独立学院发展的关键。独立学院的营利性与公益性的两重属性，决定了独立学院也应享有收益权。对独立学院的举办者、管理者给予合理回报是保护各层次产权主体权益、发挥产权的激励、效益功能的重要手段，正常的合理回报机制有利于协调产权主体间的关系，进一步增强独立学院办学经费的结余。55
独立学院合理回报是质与量的辩证统一，质是坚持在公益性的前提下，与区域经济、高等教育发展和学校自身发展相适应，又要保护举办者获得收益的合法权力，激励他们办学的热情，有利于民办教育的进一步发展。合理回报的度是所获得的收益在公益性与举办者合法及预期的收益，鼓励更多的企业积极投资教育，这个限度必须确定一个合适的比例，既保证教育的公益性又保证举办者的积极性。作为积极的产权政策的一部分，独立学院的产权在不损害师生利益前提下拥有处分、收益的权利。在扩大收益权的同时，对直接收益率予以弹性调控，在效果上比简单的限制其收益权要好。独立学院是面向市场的教育组织，独立学院存在和发展的前提是明晰的个人产权，特别是举办者的回报收益权应得到保护，有效的经济组织（产权）是经济增长的关键。56
当然这种回报是有所限制的，有一定条件和程序的。尽管有人对目前“合理回报”的一些限制性条款和烦琐的程序提出了不同意见，但其目的是在于限制“举办者牟取暴利”，限制寻利投资为追求利益最大化而影响独立学院的发展。根据《促进法》和《条例》规定，关于“合理回报”问题原则和程序的规定是清楚的。具体如下：一是由独立学院的最高决策机构（董事会、理事会或者其他形式决策机构）决定是否取得合理回报；二是举办者按照会计年度，从办学结余中确定比例（办学结余是独立学院扣除办学成本后形成的年度净收益，扣除社会捐助、国家资助的资产，并按照规定预留发展基金以及按照国家有关规定提取其他必须的费用后的余额）；三是合理回报的比例由学校事先做出并写入学校的章程；四是学校取得合理回报的比例前应当从年度净收益中，按不低于年度净资产增加额或者净收益的25%的比例提取发展基金，用于学校的建设，维护和教学设备的添置、更新。国家规定八种不能取得回报的情形，如发布虚假招生简章或招生广告，骗取钱财的情形。根据《促进法》和《条例》规定，提取合理回报的程序为：①独立学院的内部最高决策机构（董事会、理事会或者其他形式决策机构）做出选择要求取得合理回报，并在学校的章程中明确体现这一点；②根据规定，必须“向社会公布与其办学水平和教育质量有关的材料和财务状况”。③按照《条例》的具体规定，确定举办者取得合理回报比例的决定。④在做出合理回报比例的15天以内，将学校的决定和向社会公布的办学水平、办学质量的材料，财务状况报审批机关。⑤出资人在每个会计年度结束时，按照学校确定的合理回报的比例，从学校的办学节余中提取“合理回报”。
在确认民办教育属公益性教育机构的前提下，对现有收益权模式进行思考与探讨。根据国情及独立学院发展的实际，鼓励、刺激、引导独立学院举办者的办学行为，鼓励社会资金投资独立学院。因此，要尽快完善相关的法规，以便于实际的操作。根据产权激励的原则，在学校内部治理中，确立多元配置剩余索取权的方式将是一种有效的发挥产权激励机制的方式。激励机制是管理理论研究中的一个重要内容，采取不同的管理方式可能生成同样的激励机制和激励效应，也可能生成不同激励机制或者不同水平的激励效应。在实践中，考虑到政策的公益性，以维护学生利益及学校的长远发展，还要考虑政策的可操作性，适应性，体现激励性，合理性等多种因素。可以考虑以下几种制度选择。4
1.以投资额定回报
可以根据独立学院出资方的出资数额确定一个合理回报的比例。通过界定独立学院初始的投资额及追加的资金数额，明确区分出资人的出资，政府的资助以及学校收入中用于学校发展的数额。
2.以办学结余定回报
通过对成本的计算，确定每年的结余，国家可以据此确定一个合理回报的比例，可以鼓励学校提高效率与效益，增加结余。
3.办学收入定回报
可以将学校每年所有的办学收入（主要是指学费）统计出，计算方便，以便于公开学校的实际收费，国家可以确定一个合适的比例，现在一些独立学院的学校董事会基本按学费的比例确定管理费。可以参照这种办法。有利于鼓励学校提高办学质量，吸引更多的学生，增加办学收入。
4.组合回报
可以根据以上三种回报方式组合成多种回报方式，如可以按投入与办学相结合两种方式来考虑回报问题，这样就可以鼓励举办者多投入资金，另一方面，又要考虑办学成本与效益的问题，结合回报的方式，可能让举办者获得稳定的办学收益，减少投资风险，激励举办者的积极性。