预防接种效果受很多因素影响，包括疫苗的质和量、预防接种的途径、预防接种的次数和间隔时间、预防接种的年龄、预防接种的器械、疫苗的储存等。
疫苗的质和量对免疫效果的影响
抗原的性质不同，对机体刺激的强弱不同，以致抗体形成的速度也不一样，抗体在机体内持续的时间也不一样。抗原初次进入机体后，需要经过一定的潜伏期，潜伏期的长短与抗原的性质有关。接种菌苗后5～7天，血液中即有抗体出现；按种类毒索需在2~3周后才产生抗体。初次反应所产生的抗体量不多，持续时间也较短。
抗原进入机体后，一部分随机体的代谢而消失，另一部分则与机体的免疫活性细胞起作用，刺激机体产生免疫应答，但剂量过小，则不足以调动机体的免疫应答，在一定范围内，免疫力的产生和接种剂量成正比，但增至一定的程度，抗体增长反而较缓，达到最高限度时即不再增加。试验证明，抗原量超过机体耐受限度，反而抑制抗体产生，使机体抵抗力明显降低，甚至出现免疫麻痹（一种免疫学现象，指通过注入大量抗原所致的免疫无应答状态）。因此，要获得满意的免疫力，必须有足够的抗原刺激量，在最适量的情况下，可产生大量的抗体，开始为IgM（在感染过程中IgM 首先出现，但持续时间不长，是近期感染的标志），接着出现IgG。在欠适量的情况下，则产生较低抗体水平，并且仅有IgM 产生，不出现IgG，所以在预防接种时要参照使用说明书中各年龄组所规定的剂量。任意减少或增加剂量，均会影响免疫效果。
预防接种途径对免疫效果的影响
预防接种途径不同，抗原在体内滞留的时间不同，抗原接触机体的免疫组织也不同；抗原在体内滞留时间长者抗体反应高。目前预防接种最常用的接种途径是皮下注射，其次是皮上划痕、皮内注射、口服等。每种疫苗都有最适宜的途径，这种途径既要最大限度地产生免疫力，又要免疫反应小。口服方便，用于口服脊髓灰质炎病毒活疫苗，效果良好，但任意将其他疫苗改为口服，则不能获得满意效果。同一疫苗不同预防接种途径其效果也不一样，卡介苗以皮内注射效果最好，皮上划痕次之。
选择合适的接种途径，应根据疾病传染的机制来考虑。例如麻疹、百口咳、白喉、破伤风等以注射的免疫效果好；口服脊髓灰质炎病毒活疫苗以口服的免疫效果好。
一般认为，抗原到达血液循环越早越好。这样看来，似乎疫苗应以静脉注射为宜。其实不然，一则静脉注射并不简便易行；二则一些可溶性抗原进入血液循环容易很快消失，并且可引起严重的反应，所以静脉注射不是良好的免疫途径，一般只用于制造动物免疫血清。
预防接种途径的选择，还应考虑抗原在体内滞留时间的长短。在体内滞留久者，机体产生的免疫反应即高，而皮下注射往往滞留时间较长，所以常常选用皮下注射这一途径。机体对吸附制剂（是在疫苗中加入佐剂如磷酸铝或氢氧化铝吸附剂制成，如吸附精制破伤风、白喉类毒素。这类制品的优点是注入人体后，吸收慢、刺激时间长，可提高免疫效果。同时，还可减少注射次数和剂量）吸收缓慢，故采用肌内注射。
预防接种的次数和间隔时间对免疫效果的影响
预防接种大多数是通过连续注射来完成的，短时间的间隔可使机体组织经常存有抗原物质，并且也不会由一次注射大量的抗原而发生毒性反应。毒性轻的抗原分次注射也能有效地刺激机体的免疫活性细胞不断产生抗体，并维持一定的时间。
灭活疫苗的接种量大，为使机体获得良好和持久的免疫力，常分为2～3次接种。每次间隔时间根据免疫力形成的快慢而定。有些疫苗免疫力产生较快，每次间隔7～10天；有些疫苗免疫力产生较慢，每次间隔不少于4周。通常情况下，经过2～3次接种可获得稳固免疫力。
免疫力形成的快慢反映了机体产生抗体的过程及抗体在体内消长的情况。
抗原第一次进入机体后，经吞噬细胞处理，约需要24小时。
然后，B 淋巴细胞接受抗原刺激，产生抗体，需要4～5天。
一般于第一次接种后的抗体水平接近高峰时进行第二次接种。
第二次接种3～5天后，抗体明显成倍上升，一周左右达高峰，且较长时间在血液中还有较高浓度的抗体。
间隔一段时间再进行第三次接种，可以引起机体的回忆反应，促进记忆性淋巴细胞迅速参与反应。抗体不但在短时间内再次上升并且能持续稳定更长时间。
第一次接种相当于动员机体产生抗体，而无抗感染作用。第二次接种才有保护机体的作用，但此时抗体不稳定也不持久。第三次接种后才能获得较好而稳固的免疫力。
如果只接种一次，体内的抗体在两周左右达到高峰，持续一段时间后逐渐下降，经数周或数月后降至最低水平，甚至消失。因此，全程免疫是非常重要的。
预防接种的年龄对免疫效果的影响
绝大多数婴儿能产生抗体反应，而月份较大者反应较好。
一些未产生抗体的仍能在再次免疫时产生。
婴儿自动免疫反应差，一是因为婴儿的免疫系统发育尚不完善；二是因为母体传递抗体的抑制作用（但可借增加免疫次数及抗原浓度来加强免疫反应）。
通常情况下，出生两个月后，由母体传递给婴儿的抗体开始消失，这时可以给婴儿服用口服脊髓灰质炎病毒活疫苗。出生三个月开始接种百白破疫苗。
出生六个月后，由母体传递给婴儿的抗体逐渐消失，因此，大多数疫苗的初次接种在出生后六个月以后。
预防接种的器械对免疫效果的影响
预防接种多用1毫升注射器和4号、5号针头，应做到一人一针一消毒。
医务人员应戴口罩、帽子；手应清洁，应一人一洗手；接种环境无尘。
如果使用的不是一次性医疗用品，为注射器消毒前应彻底清洗，针筒内不得有残留的水，以免因酸碱度不符合要求而影响疫苗质量或影响剂量的准确。
疫苗的储存对免疫效果的影响
不同疫苗对温度的敏感性也不同，大多数疫苗在2～8℃阴暗处较稳定，也有的疫苗储存温度不得低于0℃。温度过高或过低都会对疫苗的活性成分造成不良影响，影响接种效果。因此，妥善运输和保存疫苗，对维持其效价，保证免疫效果十分重要。