贞德被交给英军之后，暂时被关在一个要塞里，直到12月23日才被送到鲁昂，囚禁在城内的监狱里。
贞德被关在一间单人牢房，完全失去了自由，根本见不到阳光，也完全接触不到她最喜爱的大自然。但是，敌人似乎还不满意。他们把贞德放在铁笼里，脖子和手脚都用沉重的铁链锁住，并且派了五个英国士兵监视这个铁笼。
按照当时的习俗，狱卒无论如何虐待犯人，都不会受到干涉。因此，那五个英国士兵很粗暴地欺负贞德，用许多不堪入耳的秽语嘲笑她。
贞德只能更加专心地向神祷告，除此之外，她已经没有别的法子了。幸好，圣女们一直轮流用温柔的话语安慰她、鼓励她。
1430年圣诞节左右到1431年5月30日这漫长的五个月里，贞德就这样在牢里度过。她呼吸不到新鲜空气，还受到种种身体和精神上的虐待。
对天主教徒来说，吃到象征基督血肉的葡萄酒与面包，是心灵上最大的滋养。英军为了折磨贞德，从她入狱的第二个星期开始，已经不给她供应葡萄酒与面包了，只给她少量的已经腐败变质的食物。后来，英军又禁止贞德参加弥撒。物质和精神的滋养都被剥夺，贞德好像丧失了补给品般地空虚、颓丧。
英国人觉得，贞德越痛苦，他们才越快乐。
饥饿加上永无休止的审问，使贞德疲惫不堪，身心交瘁，终于病倒。可是，她一刻也不能松懈、大意，因为那些毫无人性的士兵随时都在窥视着，想对她施暴。尤其是夜晚，贞德根本无法放心睡觉。
可怜的贞德，好几次流着眼泪请求让她移到女囚专用的牢里，可是都被拒绝。
贞德有时不禁自暴自弃地想：“不如让士兵们强暴，然后下地狱算了！”
事实上，不仅看守的士兵，就是英国贵族，也想趁机玷污她。
裁判贞德的圣职者人数众多，差不多有60名。英国为了使教会承认贞德是异端者、魔女，可谓下了血本。
裁判团名义上的裁判长是一位勇敢而正直的大审问官。他很不赞成裁判贞德，可是教会的命令无法违抗。所以，他表面上接受这个任务，实际上，每一次审判，都故意缺席不到。
除了前面提到的首席裁判官柯逊，巴黎大学神学院还派了6名神学者担任裁判官。另外，还有英国方面的大主教、卢森堡的弟弟卢森堡主教、鲁昂教区的参事及由英国和诺曼底派来的圣职者等等。
1431年2月21日，裁判团第一次审问贞德。裁判官们得到了教会的授意，所以一开始，他们就认定贞德有罪，像猫在戏弄到手的耗子那样摆布着贞德。
可是，贞德非常坚强，每一个问题都回答得十分清楚，并且经常使裁判官哑口无言。
贞德在审判之初，曾要求教会尊重她应有的权利，请律师为她辩护，可是遭到否决。于是，贞德只能像耶稣基督一样，孤独地站在裁判官们的面前。
裁判官首先要贞德向教皇发誓绝不说谎，绝不对裁判团有所隐瞒。贞德坚定地说：“我以我的双亲发誓，自听到天使声音以来的事，我都会据实以告。不过，神不允许我说的，即使你们杀了我，我也不会说。”
然后，审问开始。
审判官先问了贞德关于教义和信仰的问题。贞德回答说：“我的双亲都是主虔诚的信徒。我从小受到母亲的教导，学习主祷文、圣母祝词和使徒信经。”这让贞德回忆起无忧无虑的童年，故乡如同世外桃源的风景，慈祥和蔼的双亲，一起嬉戏玩乐的同伴……一想到这些，贞德不禁流下泪来。
这一次审问的主要重点，是在贞德面前出现的圣人、圣女以及他们对贞德的告示。
中世纪时代的人们认为，有些天使可能是恶魔的化身。通常，恶魔都是以乌鸦或黑猫的姿态出现，可是，当他要迷惑人时，就会掩盖自己的本来面目，变成天使一样的美丽圣洁。
裁判官们认为贞德遇到的根本不是圣米迦勒，而是化身成天使的恶魔。如果是这样，那么，贞德首次在希农城谒见查理王子时，传达给王子的话，就不是“神的告示”，而是“恶魔的妖言”。贞德帮助恶魔散布妖言，就是恶魔的仆人，也就是魔女。这就是英国方面授意裁判官加在贞德身上的罪名。
贞德很快否认这项诬告，她说：“我以主和法兰西的名义起誓，我遇到的的确是天使圣米迦勒。但是他给我的告示，我只能告诉王子一个人，这是神的意思。所以，即使砍我的头，我也不能泄露。”
在这次审问中，贞德表现出很了不起的幽默和机智，她虽未受过正式教育，不过头脑聪明、机智，反应很快，而且勇敢。这从她对下面几个问题的回答中可以看出来。
首席裁判官柯逊问她：“天使圣米迦勒出现时是不是赤裸着身子？”
柯逊的这个问题十分恶毒，他想诬赖出现在贞德面前的圣米迦勒是恶魔，而贞德是受到化身为赤裸美少年的恶魔的迷惑，所以成了他忠实的奴仆。
贞德完全了解柯逊的用心，她机智地回答：“主教，你认为神连给圣米迦勒穿的衣服也没有吗？”
这样一来，贞德既化解了他对自己的刁难，又当着许多裁判官的面，揭露了柯逊的愚笨。柯逊也就无法再问下去了。
接着，另一位著名的神学家问贞德：”你第一次在希农谒见王子时，王子的全身是不是被一团光包围着？”
贞德回答：“是的！王子全身都笼罩在一阵光芒中，那是一种非常耀眼神圣的光芒，并不是只有主教才会发出圣光。”
这又使他哑口无言。
还有一个裁判官问贞德：“圣女玛格丽特和凯瑟琳，是不是憎恨英国人？”
贞德回答：“圣人和圣女都遵从神的意志。他们爱神所爱，恨神所恨。”
裁判官又进一步质问：“那么，神是不是僧恨英国人？”
“我怎么敢随便揣测神的圣意！我只知道神告诉我，英国人迟早会被赶出法国，法国人一定会赢得这场战争！”贞德的回答非常机敏而且直截了当，令质问的裁判官慑服。
诸如此类的审问，每天要持续8到10小时。裁判官采用“车轮战术”，每一两个小时就换一批人，可是贞德却必须从头至尾站着回答。
裁判官还不断提出一些微小而繁琐的问题质问贞德，他们有意让贞德思维疲惫、头脑混乱，这样就有机可乘。可是他们的阴谋没有得逞，贞德对讯问过的问题十分清楚，一发现有重复的问题，马上拒绝回答。裁判官们一度拿贞德毫无办法。