拿破仑瞧不起路易十六的软弱，并断定国王迟早要垮台。他做事果决刚毅，在巴黎观望徘徊，想寻求机会进取，但他的内心仍挂着阿雅克修。恰巧，一件家务事为他请假提供了借口。他的妹妹玛丽娅娜，当时正在巴黎城里旅游，很不安全，他要把她送回科西嘉。于是他又回到了阿雅克修。
这时，驻在科西嘉岛的法国志愿军与岛上的国民自卫军正准备联合进攻撒丁岛。拿破仑一回来，就受命指挥一营兵力配合攻岛战斗。但此次作战，由于指挥官科洛纳·塞沙里指挥失当和“拉福韦特”号军舰的海军不执行命令而失败。对于这次出征，保利也支持不力。国民公会委派的特派员萨利塞蒂，正要组织科西嘉的防御，以对付英国舰队的袭击。他们后来发现，保利已经成了反叛者。他长期在伦敦居住，会不会与英国人有勾结还不能肯定。这时，拿破仑的弟弟吕西安·波拿巴在土伦俱乐部告发了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱乐部当即致函公会，公会马上发出对保利的逮捕令……
消息传出之后，不明真相的农民手持武器誓死保卫保利。波拿巴一家对吕西安的疯狂举动惊慌失措。吕西安却洋洋自得地写信给兄弟们：“我给我的敌人以致命的一击……你们是想象不到的！”拿破仑一家估计到保利人多势众，会来报复。果然，在拿破仑去巴斯提亚找萨利塞蒂商议问题时，半路上被一帮保利分子包围住，他费了九牛二虎之力才连夜逃脱。当天晚上，他坐上一条小船逃跑，沿海岸绕了一段，然后上岸，骑马跑到巴斯提亚，通知他母亲：“你们准备走吧，这地方不是我们的安身之地。”莱蒂齐娅逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，烧为废墟。科尔特的议事大会，声明波拿巴一家为卑鄙无耻之徒，宣布把他们永远驱逐出境。
从此，拿破仑和保利彻底决裂了。他说服萨利塞蒂及其同事，带领四百多步兵和二十多名炮手，突袭阿雅克修，准备占领该城，但没有成功。最后，他不得不带着全家离开了科西嘉，登船逃往了土伦。
拿破仑后来再也没有见到过保利。在后来的年代里，保利投靠了英国人，最终被迫离开了科西嘉岛。1799年，当拿破仑推翻了热那亚共和国时，保利还曾欢呼过并写信向拿破仑表示了致敬。
拿破仑从科西嘉逃出后，重又回到了他的炮兵团。他老首长的兄弟让·德·泰伊当团长，拿破仑当了他的副手。不久，收复土伦的命令下达，当时土伦已投靠国民公会恨之入骨的英国人。指挥收复土伦的指挥官是卡尔托，这是位蹩脚的将军，原来是个肖像画家。卡尔托的炮兵指挥官是多马尔坦，他刚披挂上阵就受了伤。国民公会赶派特派员萨利塞蒂和加斯帕兰去监督卡尔托。萨利塞蒂知人善任，便调任拿破仑代替了受伤的炮兵指挥官多马尔坦。从此拿破仑时来运转。这位聪明的青年炮兵指挥官到土伦港后，没花多少时间就看出了整个土伦要塞的关键是控制内外两港的拉塞因半岛。这个半岛只要被攻下，英军在内外两港就无法立足。而现在岛上的英军已构置了一个叫“马尔格雷夫堡”的坚固据点，拿破仑于是计划在英军防线的西南面构筑一个炮兵阵地，并集中了53门炮，准备重点打击马尔格雷夫堡。拿破仑将这个作战计划报上去，很快获得了卡尔托和特派员萨利塞蒂的批准。此后不久，在巴黎的救国委员会又听取萨利塞蒂和加斯帕兰两位特派员的建议，指派了老将迪戈米埃将军接替卡尔托担任了总指挥，迪戈米埃让杜特担任炮兵指挥。杜特是一个视察阵地都要由人抬着走的病人，他对拿破仑的作战计划很满意，因而放手让拿破仑指挥炮兵。到11月25日，迪戈米埃最后批准了拿破仑拟定的作战计划。12月中旬，法军又将围城兵力增加到38000人，比守军多了一倍多。当一切准备就绪后，法军于12月17日发起了攻击。经过连续48小时的炮击，英军的坚固工事大部被摧毁。次日，法军地面部队发起猛烈进攻，马尔格雷夫堡及其两翼很快被攻占。拿破仑在进攻中也加入了步兵突击，拼杀中他的臀部也被英军刺伤了，由于法军攻占了这个重要阵地，在港内的反法联军的舰船全部暴露在法军的火力之下。结果，联军不得不从土伦港仓皇撤走了。
土伦战役以法军的胜利而宣告结束。这次战役沉重地打击了保王党分子及其反法联军，同时也使拿破仑的卓越指挥才能得到了显现。战役结束后，攻城总指挥上书陆军部称赞拿破仑道：“他拥有一颗充满智慧的头脑，知识渊博，性格坚定。这位非常优秀的军官的才能是无法描绘完全的”。另一位将军也写信给国民公会推崇拿破仑道：“请你们奖励并提升这位年轻人，如果不嘉奖他，他靠自己也会飞黄腾达的。”
由于众将军的一致推崇，年仅24岁的拿破仑，即被国民公会正式任命为炮兵准将，当时是1794年9月14日。
“葡月将军”
登上权力顶峰的道路依然曲折坎坷。随着国内外形势的逐步好转，大资产阶级再也不愿忍受雅各宾派的激进措施，于1794年7月27日发动“热月政变”，将罗伯斯比尔等革命领导人送上了断头台。两星期后，拿破仑也锒铛入狱，被关了十天。但由于在他的档案里还没有发现什么致命的材料，所以随即被释放了。当然，这个可疑的年轻人并没有得到新政权的信任，上司对他的评价是：“精通炮兵业务，但野心太大，惯于耍弄权谋。”拿破仑困顿在巴黎，形容枯槁，衣冠不整，度过了1794年艰难的冬天，又度过了1795年更为艰难的春天。
这时的巴黎，正陷于一片疯狂和堕落。热月党人代表在革命时期靠军需、土地和粮食投机大发横财的暴发户的利益。他们一上台就取消了最高限价法令和反投机法令，物价随之暴涨，老百姓每天只能配给半斤（后来又减为二两）面包。城郊工人区的母亲们饥寒交迫，往往把自己的孩子活活勒死，然后自尽；“金色青年”手执大头杖横行无忌，殴打贫民，捣毁革命纪念物，官员们贪污中饱，监守自盗，贿赂公行；暴发户们狂饮滥赌，炫财斗富；伤风败俗的歌舞、骇人听闻的淫乱，层出不穷。
热月政变是法国大革命史上一次决定性的转折，也对拿破仑的思想产生了深远的影响。他目睹政治舞台上的风云变幻以及革命高潮过后的种种丑恶，青少年时期所具有的一点接近雅各宾主义的革命理想，彻底幻灭了。从那段时间以后，在他的书信中再也找不到有任何微弱的信念。他变得更加深沉，更加精明。他渴望权力和荣誉，但还必须等待时机。
这一次，他没有需要等待多久。1795年10月，巴黎形势愈益凶险。当时，国民公会掌握的武装还不到6000人，而王党控制的叛乱分子却近3万人。为了应付迫在眉睫的反革命暴动，国民公会委任热月党首领巴拉斯为巴黎城防司令，并不拘一格，起用“精通炮兵业务”的拿破仑为巴拉斯的助手。
拿破仑走马上任后，首先派辅助他的骑兵队长缨拉到巴黎城西北的萨布劳地拉来四门大炮，又从凡尔赛调骑兵，布置好兵力，把巴黎的保卫工作做的滴水不漏。
1759年10月5日，这天的巴黎出奇得冷，阴沉的天空布满乌云，居民们在这一天都静坐在家中没有出门。但拿破仑却听到密报得知，保王党徒今天将进攻巴黎，颠覆政权。
拿破仑站在微微细雨中，身披雨衣，神色严峻。他在交通要口布下了重兵，把大炮支在路中，准备决斗。
当下午五时，保王党徒大举进攻时，拿破仑举剑向下一挥，40门大炮同时开火。一时间，巴黎上空浓烟滚滚，叫声、喊声不绝，保王党徒们没有想到热月党政权会有这么一招。
战斗开始前，保王党叛军仗着人多，武器精良，所以必胜的想法非常明确。
当他们控制了巴黎不少街道，高喊着：“打倒共和”、“绞死国民公会”的口号，伴着震耳的乐曲，准备占领国民公会时，不想拿破仑的大炮倾天而坠，不少叛军直到进入地府都不相信国民公会竟想用大炮还击。仅只花了一个小时，保王党徒们在拿破仑的指挥下，魂飞魄散，血肉横飞，吓得狼狈逃窜。
这个谋划了很久的颠覆阴谋，顷刻间就宣告失败了。
一时间里，拿破仑成了巴黎人心目中的英雄。不管是军界，还是在社会的每个阶层，他成了军事奇才的化身，成为刚毅、果敢与伟大的同名词。国民公会也认为是他的英明挽救了共和国，巴黎人崇敬地称他为“葡月将军。”
这次胜利，对于国民公会来说，是至关重要，也是功德无量的。对于拿破仑来讲，这次战斗远没有指挥土伦之战那么壮观，那么能发挥才能到淋漓尽致。但这次战斗的胜利带给巴黎的影响远不是土伦之战所能比拟的。
尽管拿破仑感到自己并没有使出全身解数，但这足以折服所有为巴黎前途担忧的人们。在他们眼中拿破仑是救世主，这次战斗，给拿破仑的一生也带来了无比的惠利。
国民公民一致通过，任命拿破仑担任法国内防军司令，兼巴黎卫戍副司令，晋升为少将。
国民公会建立义和政府。设了元老院、五百人院和督政府。至此，拿破仑挺起了胸膛。
征服意大利
拿破仑任意大利方面军总司令之职，在一般人是难以理解的选择，而在拿破仑自己本身来说是合乎逻辑的结果，这也是法国各种力量交互作用的一个产物。
对事业近乎酷爱的拿破仑，同样不能忘记自己的爱妻约瑟芬。他们婚后的第三日早晨，在副官接拿破仑出征时，拿破仑紧紧搂着他娇美的妻子，喃喃嘱咐道：
“亲爱的，我就要到意大利去打仗了，你在家一定要等我回来，给我写信。”
“好的，亲爱的，你放心地去吧。”约瑟芬娇声笑应。
拿破仑亲吻着妻子脸颊，依依惜别了爱妻。
拿破仑没有忘记自己除了是约瑟芬的丈夫外，更是一位勇猛无比的将军。他率领部队经过长途跋涉，到达尼斯意大利军团司令部后，清楚地看到了他面临的内外双方困难。
首先是自己方面军队的情况很坏。战斗尚未开始，而士兵们却都似病人般地疲惫衰弱，长时间的断油断肉和粮食不能充足供给，使土兵们一脸青黄；军资馈乏，许多士兵衣不蔽体，不挡寒暑；纪律松懈，自由散漫，酗酒闹事天天发生。军官们很看不起这位貌不惊人的新任司令官，加上拿破仑的年青阅浅，更使上层军官不服气。
而敌方则是有备无患，占尽天时地利之优势。敌方首先在地理位置上占有优势。如皮埃蒙特，它与法国毗邻，三面被阿尔卑斯山相围，常年冰雪覆盖，为了防止法国人的入侵，在境内修筑了大量的战壕、碉堡、工事。其次在后方配给上，粮食充盈，官兵温饱不成问题，而且贮备了大量的武器弹药。再有就是敌方兵力比法方多。
拿破仑检阅了自己的部队，分析了敌方的情况，同时，看到了军队里的弱点，开始整顿军风军纪。当然，首先还应该从军官做起。
经过拿破仑的一系列整顿军风纪，军队立时变了样，几位将军也暗自折服敬畏起这位说到做到的小将军了。但拿破仑深知只严而不宽也不能统帅部队，所以，他在战前深入部队，视察演讲，调动士兵的民族优越感，号召他们保卫共和国，打击外国入侵者。
4月9日，远征军翻越阿尔卑斯山天险，进入意大利。当时，奥、撒（撒丁王国）联军虽有八万之众，但防守分散。拿破仑则相机采取集中优势兵力、分割包围、各个击破、穷追猛打的战略战术，半月之内六战六捷，首先迫使撒丁王国割地求和。然后，他又强渡波河，在洛迪大败奥军，5月15日占领了奥属伦巴第的首府米兰。7月，法军开始包围欧洲最坚固的要塞之一——曼图亚，奥皇急忙调兵六万驰援。可是在阿尔科拉和利沃里两次血战中，拿破仑又接连取得了决定性的胜利。1797年2月2日，奥军统帅维尔姆泽率部投降，献出曼图亚要塞。至此，奥地利本土便暴露在法军面前。拿破仑不给敌人以喘息之机，马不停蹄，移师北上，直逼奥京维也纳。4月，奥地利被迫同法国在累欧本签订停战协议。
拿破仑在意大利战役的大小65次战斗中获得全胜，俘敌15万。这赫赫武功，使老将们为之折服。在洛迪、阿尔科拉两次血战中，他曾高举军旗，率先冲锋，更是赢得士兵的好感。从此，老兵们在私下里都亲昵地称他为“小班长”。
意大利战役不仅使拿破仑在法国军队中真正树起了个人威望，而且也使他第一次名震全欧。俄国著名统帅苏沃洛夫惊呼：“这位干将跑得太远了，现在是让他停下来的时候了！”但是，拿破仑的一位朋友早就预言：“他是不会停止前进的，他会一直走下去，要末登上皇帝宝座，要末登上断头台。”是的，在拿破仑攻占米兰不久，他就对一位将军赤裸裸地说道：“命运是个女人。她给我做的事越多，我对她的要求也越大。”在另一个不眠之夜，他在帐蓬前踱来踱去，反复地问自己：难道今后我要永远为督政府去夺取胜利吗？深思熟虑的结果是：不！但果子尚未成熟。
1797年12月，拿破仑在响彻云霄的欢呼声中凯旋巴黎，巴黎市政府特地把他住所所在的街道改名为“胜利街”。这时，只有海上霸主英国还在同法国抗衡。为了痛击这个强劲对手，督政府同意拿破仑的建议，决定发动远征，攻占埃及，以控制地中海和红海的咽喉，切断英国与其重要殖民地印度之间的交通线，为最终夺取这颗英国“王冠上的宝石”准备条件。