灸法与针术一样，亦是以脏腑学说为指导，以经络学说为依据的，故灸法与针术的治疗原理相同，但不同的是针术刺入于皮下，灸法置艾于皮上。
（一）作用原理
《灵枢·经脉篇》云：“陷下则灸之。”又《灵枢·禁针篇》云：“陷下者，脉血结于中，中有蓄血、血塞，故宜灸之。”《针灸大成·千金灸法》云：“若要安，三里常不下。”明朝《医学入门》云：“药之不及，针之不到，必须灸之。”说明在不同穴位上施灸，不但能治疗疾病，还有预防疾病和保健强身作用，还可弥补药疗与针疗之不足。灸法是利用艾燃烧的温和热力刺激体表腧穴，通过经络传导，籍以激发人体脏腑经络的功能，调整机体阴阳气血运行（调气）的作用。《新针灸学》云：“是由于它激发和调整人体神经系统功能的作用。这种作用，在于依靠集中在一定穴位上的温热刺激，通过神经系统的反射作用而达到的。”现代科学实验和临床实践证明，这种作用的机制是艾灸具有调整脏腑组织功能，促进体内新陈代谢，增加红、白细胞的数量和吞噬细胞的吞噬功能，调整和提高机体的免疫功能，增加机体的抗病能力。这与传统的认识是一致的。因为通过艾灸一定穴位，能使人体产生一种温和灼热的感觉。利用这种热力作用，透入人体肌肤里面而产生的刺激，能促使血液循环通畅而收治病和保健之效。又艾叶性温，有温经散寒作用；艾味芳香，有开毛窍、透肌肤作用，又“艾能温通十二经脉”，加之点燃熏灸，作用尤著。所以通过艾灸就能达到治病、预防、保健的目的。
（二）功用
临床实践证明，灸疗的治疗作用是多方面的，而且功效显著。因所用灸法、灸材和施灸穴位不同，其功用也不尽相同。根据古今医家经验和笔者40多年来临床体会，归纳起来主要有以下几个方面：
1.调和阴阳人体阴阳的偏盛偏衰是疾病发生发展的根本原因。而运用灸法的补泻作用，泻其有余，补其不足，以达调和阴阳之效。
2.温通经脉，驱散寒邪《素问·调经论》云：“血气者，喜温而恶寒，寒则泣而不流，温则消而去之。”艾叶性温，加之点燃熏灸，可使热力深达肌层，温气行血。因此，灸法具有良好的温通经络，散寒除湿，调理气血，宣痹止痛之功。
3.行气活血，消瘀散结气见热则行，见寒则凝，气温则血滑。灸法为温热刺激，可使气血协调，营卫和畅，血脉和利而收行气活血、消瘀散结之功。
4.温阳补虚，补中益气《灵枢·官能篇》云：“上气不足，推而扬之。”灸法对气血运行能起“推而上之”的引导作用。如灸百会穴即有补中益气、升阳举陷之功。
5.回阳救逆《本草从新》云：“艾叶苦辛……纯阳之性，能回垂绝之阳。”《伤寒论》有“下利手足厥逆，无脉者，灸之”，“少阴病吐利，手足逆冷……脉不至者，灸少阴7壮”等条文均为热性病过程中阳气虚脱的危重证候用灸法治疗的论述，可见灸法治疗疾病有回阳复脉之功。临床上对阴寒内盛，阳气衰微的证候，用灸法疗之，能达回阳救逆之功。
6.防病保健，强身益寿人以阳气为本，得其所则体强而寿彰，失其所则体弱而寿天。灸能温阳，无病自灸，如常灸足三里、关元、大椎等穴，能激发人体正气，提高抗病能力，起到治病保健、延缓衰老、强身益寿之功。
以上所述6种功用仅是大概而言，灸疗的功用是多方面的，而且较为复杂。如所取部位或穴位不同，灸法之异，刺激强度不同或施灸所用材料不同，因而功用也不同；即使同一穴位，用不同的灸法，或同一灸法，作用于不同的部位或穴位上，其功用也不相同；即使在同一情况下，也是多种功用的共同体现。因此，临床应用时应当视具体病情，选择不同的穴位和操作方法。