改约结束之后，插入了上述“玛也西”号船事件，此事件的处理，不仅为日本赢得了声誉，也为其处理台湾、琉球问题，赢得了谋划的时间，并得到了美国的“支援”。准备停当之后，副岛种臣便以换约为名，到中国来套取其谋略中的口实。《副岛大使适清概略》中记载：“副岛上疏曰：外人有觊觎台湾者，不可使之妨碍我王事。使清人甘让生番之地，开拓领土以得民心，非臣恐难成此事。请亲自赴清，藉换约以进入北京，说服各国公使，绝其娟疾，与清政府因论谒帝而告以伐蕃之由，正其经界，开拓半岛。制曰：可。”《副岛大使适清概略》，岛善高编《副岛种臣全集》第2卷，第144—145页。其中“娟疾”难解，疑为“狷急”。如他自己在谈到这次中国之行所说，在台湾问题上“由于无论如何要使支那服从，便作为使节去了支那。因此，表面上先以大使之礼谒见清朝皇帝，但内心却抱着听取台湾处理之事。这样就不仅仅与支那一国谈判，也同时与欧洲各国（的使节）进行了谈判”《副岛大使适清概略》，岛善高编《副岛种臣全集》第2卷，第145—146页。
1872年11月19日，天皇就已经给副岛下达了赴清换约与祝贺清帝大婚亲政的敕语，并给他颁发了致清帝的国书，副岛也于翌日致函李鸿章告知赴清换约之事，说：“本大臣奉即促装，拟于来月下旬启行，过沪买舟赶入津门，决不迟误。”《大日本外交文书》第5卷，第302页。而事实上他到1873年3月11日（农历2月13日。农历1872年12月3日改为明治6即1873年1月1日，此后开始用阳历）才从横滨出发，为什么延误了呢？第一，是他于1872年11月15日致函三条实美太政大臣，希望雇用李仙得为外务省的二等官（月薪一千圆），直到11月28日才正式任命其为“准二等出仕”，而等李仙得辞去美国驻厦门公使之职以及与美国政府方面的各种手续等，得到驻日本美国公使关于日本雇用之事的正式答复已经是12月29日了，不过该函中表示了对李仙得为日本天皇效力的大力支持。《米公使ヨリ副島外務卿ヘ李仙得雇入云々復柬》，见国立公文书馆数字文书馆（http：//www.digital.archives.go.jp）。第二，是为了得到作为日本政府全权处理台湾问题的资格任命，而这一任命直到1873年3月9日（农历2月11日）才下达并对其作出了具体的四点指示。此任命书及其特别指示并未收入《日本外交文书》，但在日本国立公文书馆可以找到，其指示正文全文如下：辛未冬，我琉球藩民漂到台湾岛，五十四人遭其岛东部之生蕃人横杀，此事件命汝种臣派遣至清国政府，使其谈判处置，因宣示朕委任之要旨：
一、 清国政府如视台湾全岛为其所属地，可接受上述谈判，任其进行处置，应责成其为遭横杀者充分申冤。
上述处置要给罪人以相当的惩罚，要对横死者的遗族给予若干扶助金，并且保证今后不再有同样的暴逆之事件发生。
一、 如果清国政府以政权之未及，而不以之为其所属地故不接受上述谈判，则应由朕处置。
一、 清国政府若以台湾全岛为其属地，却事托左右而不接受谈判，则辨明清国政府将失去政权，且论责生蕃人无道暴逆之罪；如若不服，既然如此，则任由朕之意见处置。
一、 上述谈判，如有外乎以上三条之答，须遵守公法，不失公权，要审思注意，临机处理。
上述敕旨须件件钦奉勿愆。《副島外務卿ヘ生蕃問罪ノ為メ清国応接振四箇条別勅》，译文参照李理、赵国辉《李仙得与日本第一次侵台》中所引而据原文稍有改动，原文可从国立公文书馆数字文书馆（http：//www.digital.archives.go.jp）上查到。同一天，太政官还指示副岛在清国处事要“重交际，以和平为旨”，曰：“清国与我国往来非一朝之事，曾有邻好之谊。今又交换订交之约书，值此之际，谈判生蕃暴逆事件，全然为我政府对国民之义务，出于不得已，故要重交际，以和平为旨，不要使两国间产生衅隙。”《大日本外交文书》第6卷，第123页。
这里有几点值得注意：第一，辛未冬，即1871年冬，那时琉球还没有被封藩。被封为藩王，如上所述是在1872年9月14日，故所谓“琉球藩民”不妥。后面所谓的“政府对国民之义务”更是强词夺理。第二，从其战略上看，是所谓“问罪”与“修好”并行。但是副岛种臣中国之行，实际上是以“修好”为幌子而暗中套取对台湾兴师问罪的口实。
副岛在赴清的龙驤舰上，看着台湾海的黑潮涌动，赋诗曰：风声（势）鼓涛涛声（势）奔，火轮一封（帮）舰旗翻。圣言切至在臣耳，保护海南新建（置）藩。《副岛大使适清概略》，岛善高编《副岛种臣全集》第2卷，慧文社，2004年，第149页。此诗后冠以《南海望琉球诸岛》之题，收入《苍海全集》卷一（括号内为该《全集》改动处），见岛善高编《副岛种臣全集》第1卷，慧文社，2004年，第9页。一句“保护海南新建（置）藩”直言不讳地导出了其志向之所在。这里的“新建藩”或“新置藩”，不用说就是指琉球。
关于副岛来华换约及觐见清帝之事参见白春岩《1873年における清国皇帝への謁見問題—李鴻章と副島種臣との外交交渉—》，早稲田大学大学院社会科学研究科《ソシオサイエンス》Vol.16，2010年3月。这里仅就中日两国的相关记载，稍加介绍。
李鸿章对副岛来华换约一事非常重视，他在1872年12月初二接到沈秉成转来的副岛11月20日寄出的来华换约的照会，在农历12月19日就给总理衙门（或称总署、译署）致函，说：“日本距中华最近，该国君臣现与西洋各国情谊深浃，事事力图自强，中国似应加意笼络，以固近交。观其叠次来使，情词均尚恭顺，如本年秋间，秘鲁国玛也斯船拐卖华民二百三十名至彼，全数扣留收养，交江南委员陈福勋带回，不肯索还用费，情礼周挚倍越寻常，是其亲向中国讲信修睦，尚非虚假，我国自不得不推诚接待。”《论日本副岛种臣来津换约》，《李鸿章全集》（译署函稿卷一）第6册，第2932页。可见他对日本的态度。对于副岛“谨奉国书恭伸庆贺”之事，李鸿章紧接着说：“彼因我皇大婚礼成，亲政在迩，遣派外务大臣奉书致贺，似应奖以礼貌，而阴却其不必与西国合纵，急求面递国书，致伤雅谊。如果将来各国俱准觐见，自无不准。该使朝觐之礼，该使自不得越众。”同上书，第2932页。［清］文庆等纂辑《筹办夷务始末同治》卷八八，第50—51页记述李鸿章奏稿曰：“惟据称觐奉国书一节，窃虑临时必附从西洋各国，合词请觐，冀得沐浴恩宠。可否请饬下总理各国事务王大臣，密为筹议，届期传知臣等，传商该使遵照。”见《筹办夷务始末》第8册，上海古籍出版社（影印），2008年，第403—404页。而朝廷的答复是：“其觐奉国书一节，著李鸿章于换约时体察情形，脱慎酌办。”（同上卷八九，第6页。《筹办夷务始末》第8册，第409页。）某种意义上可以说正是如李鸿章的这种欲“加意笼络”日本的态度，使得副岛在后来的觐见问题上敢于固执己见而得寸进尺的，从而凸显了日本的特殊性。
副岛大使一行于1873年4月20日（农历3月24日，以下如无特殊说明，日期为公历）到天津之后，不是首先向李鸿章表示迟来的歉意，相反在未见李鸿章之前，便为中方未主动派员向其请安而表示不满。李鸿章表示自己在农历2月初就已经在天津恭候其光临，到4月24日（农历3月28日）副岛来会晤李鸿章时，李鸿章首先对日本处理“玛也西”号事件表示感谢，副岛种臣说：“今秘鲁总统派使来我东京以求和约，又欲讨论翻扣留玛丽耶流士船之案，此值余解缆二三日之前也。故我言使清换约之期已延迟，便匆匆相别，将其谈判之事托付代办处理，等余归国之后再作决定。希望在此地换约结束之后，即入北京，完成出使之事欲迅速归国。惟望阁下谅解。”《大日本外交文书》第6卷，第137页。文庆等纂辑《筹办夷务始末同治》卷八九第21页记载，李鸿章说：“前据上海委员探称，该使知北河开冻较迟，拟于正月杪由日本启程。惟迄今未闻到沪确信，来津想需时日。”见《筹办夷务始末》第8册，上海古籍出版社（影印），2008年，第416页。“玛也西”号船的善后处理，虽然确有其事，但是在这里，副岛种臣拿此事来搪塞其迟到的理由，可以说是对此事件的再次利用。
2.有关副岛一行在京津进行外交活动的基本史料①—⑧
4月30日（农历4月初四）中日双方于山西公馆办理了换约手续，翌日，副岛携带日本土产拜访李鸿章，其详细情况（指副岛的言论）《使清日记》有详细记载：大使云：不腆微物，笑纳幸甚。予今日访阁下，乃就去年柳原临时商议之各条，今以公文加以说明而附于约后加以公布。此乃我国外交之权日进，政府之意欲使外民归我管辖。予今区区议解一二，何益之有？待岩仓钦使归朝，立一体之法，然后临时而定续约可也。试思尔我两国并立于亚细亚，古来交通文字法律大体相同，如同欧洲列国之政体一途相沿，同教之国的人民不论彼此，服从现在住地的政令，故两国人民亦仿此由其住地管辖，如至于尽善，则亦应以政权管辖外国人。尔我两国与欧西诸国结约以来，彼等虽划住地之租界，于我境内而施彼之政权，此因条约而所甘心也。此西人于其本国虽为不曾允许之事，行之于非洲及印度以东之国。当时此理未明已签订条约，以今观之，乃所谓卧榻之下而容他人酣睡也。我国方欲改定条约，整起公法普通的主权。即如今如与各国人换约，必招致我政府衙门而执行，昨日闻贵国必需要在双方公会之地，如此皆自坠其权也。
李赧然曰：此乃沿袭先例，焉知使坠权。阁下所见正大，万万不及也。于桌上以指画近交远和四字，云：是吾志也。但从来应接外国，我专审事之情理以使其心服而已。
大使曰：诚善。昔唐虞氏为国，何尝限于此土。所谓东至于海而西至于流沙。惜哉！周公之才务分夏夷，终屈王化。当时历世皆以尧舜之心为心，荡荡乎，如开国则不分赤夷白夷，至今之欧西之地，皆为贵国之属。故以中国自画，以夷狄为外，则非尧舜之道，焉能宣化而得民心也。予在本国担当外务以来，与阁下文书往来，且闻内外使臣之言，夙知阁下之体度，谓阁下为清之柱石。今得亲切谈心，窃揆实注之处，正与予志如合符节。抑两国间盛衰强弱皆有关系，当路者于兹可不思议乎？故交虽浅而言不可不深也。夫自主之国操权立法，而治其境内。有谚语曰：天无二日，国无二主。两国眼下容他国之政令，虽为因条约而甘心，实为坠自主之权也。故希望两国先使其人民归住地之管辖也。古人云：请自隗始。
李大喜，答曰：阁下之论，至大至公，予所同意也。但岩仓大臣之改约一定，万绪当可随时更张。话毕，定大使进京之日，约由李派遣向导之委员。且曰：江苏记名道孙士达现已在总理衙门，议外使觐见之事，阁下如有事，可用此人，必能致力。话毕，有列酒馔款待。大使戏云：人或谓予曰：李中堂每接子谈国事，必以酒食，不知何意。予对曰：岂有鸩人羊叔子乎？李闻之，忽焉离席来握大使之手，曰：阁下读汉籍，何以渊博如此！相携而出，大笑而别。《大日本外交文书》第6卷，第138—139页。“请自隗始”，典出于《战国策·燕策一》，隗为郭隗的自称。“岂有鸩人羊叔子乎”典出于《晋书·羊祜传》，羊祜字叔子，“祜与陆抗相对，使命交通，抗称祜之德量，虽乐毅、诸葛孔明不能过也。抗尝病，祜馈之药，抗服之无疑心。人多谏抗，抗曰：‘羊祜岂鸩人者！’时谈以为华元、子反复见于今日。”（《晋书》卷三四《列传第四·羊祜》）（史料①）农历四月初七日，李鸿章给总理衙门也递交了《述副岛商论外交》《述副岛商论外交》，《李鸿章全集》（译署函稿卷一）第6册，第2933—2934页。的公函，所述颇为详细。为便于对照，引其全文如下：日本公使副岛种臣抵津商办换约，叠经咨呈冰案，该使亟欲赴京，因订于四月初四日互换上年所议条规章程。事毕，专摺具陈，另文钞咨谅邀俯鉴。去夏柳原来津议改五条，当经鸿章批饬津海关道等转致，俟换约时核办。彼此照会附刊约后。此次副岛谓：甫经互换，不必多此枝节。上年柳原之行，本非渠意所乐为。将来该国岩仓大臣由西洋回时，欲令各国驻日本之洋人悉遵日本法令约束。如果办成，再请中国通融商办，想可蒙准，此时应无庸议等语，殊为爽直了当。