如此，则菩萨亦是佛功德智慧的人格化，本质上与金刚力士无异。所以一行这样解释：前明诸执金刚，一向是如来智印。今此菩萨，义兼定慧，又兼慈悲，故别受名也，亦是毗卢遮那内证功德（又称“佛身四德”）。如执金刚有十佛刹微尘数众，当知诸菩萨法门相对，亦有十佛刹微尘众；以加持故，各得从法界一门，现为一善知识身也。意谓，菩萨系众生内证自心毗卢遮那所得之“善知识身”，或者说，善知识身系毗卢遮那加持而行菩萨道所得。内证毗卢遮那的法门无数多，或者说，毗卢遮那示现的法门有多少，则菩萨数就有多少。总而言之，一切执金刚、所有菩萨，都可以说是毗卢遮那加持的反映，或是毗卢遮那的示现。毗卢遮那“现执金刚、普贤、莲花手等像貌，普于十方宣说真言道、清净句法，所谓初发心乃至十地次第，此生满足”。
推而广之，一切密教的宣教者、修持者、信仰者，也都成了毗卢遮那的示现或加持。这样，我们也就回到《华严经》的《入法界品》：万物有神，悉能显现卢舍那佛性。所以经文这样说：毗卢遮那一切身业、一切语业、一切意业，一切处、一切时，于有情界宣说真言道句法；又现执金刚、普贤、莲花手菩萨等像貌，普于十方宣说真言道清净句法。（《大毗卢遮那成佛神变加持经》卷一）据此也可以说，所谓如来“加持受用身”，“即是毗卢遮那遍一切身”（《大毗卢遮那成佛经疏》卷一，下同）；“普贤、秘密主等上首诸仁者，即是毗卢遮那差别智身”，就像《华严经》所说，万物众生无不受光明照耀，大日佛也就存活在万物众生中。因此一行说：毗卢遮那普于十方一切世界，一一皆现佛加持身。是一一身，各十佛刹微尘数等菩萨、金刚大众；此诸大众诸根相好，亦复无边，如胡麻油，遍满法界，于中无空隙处。二、 “众生自心”的特征及其开发的主要方式
一行认为初品《入真言住心品》的内容乃全经之大意：所谓众生自心，即是一切智智；如实了知，名为一切智者。是故此教诸菩萨：真语为门，自心发菩提，即心具万行，见心等正觉，证心大涅槃；发起心方便，严净心佛国。从因至果，皆以无所住而住其心，故曰入真言门住心品也。我们不妨就用这段话作为把握全经的要点。
此中“众生自心”，是全经立论的中心观念，也是诸菩萨借“如实了知”、得以成佛的特殊对象；所谓“住心”包括“见心”和“证心”，是全经的最高目的，即成“等正觉”和“大涅槃”（此说原自法相宗）；达到这一目的的根本方法，是“真语”即“真言”，通过这一渠道，令“自心”发起觉悟（发菩提），与“心”相即（即心），就是一切菩萨行；亦与“心”相应，入世处世，广度众生（心方便），令众生心得以完全的严净（心佛国）。于是，从认识“众生自心”为“因”，最后证得自心清净为“果”，都离不开“住心”，而贯穿于这一因果过程，并实现这一由因到果之转变的法门，即是“真言门”。一行于此处，特别解释如何“住心”：“以无所住而住其心”。
上述强调“众生自心”的“心”，具有“本体”意义，与唯识学派中的“清净心”论者大同，所以要求去知去证；但知与证的过程，包括“真言”所示的诸种法门，都属方便手段，因而不得执著，不得停滞于其中，就此而言，全经又充满了否定词句，带有浓重的般若色彩。
本经的关键是，什么是“众生自心”？一行的界定为“一切智智”。什么又是一切智智？经文如此说：云何如来应供正遍智得一切智智？彼得一切智智为无量众生广演分布，随种种趣、种种性欲，种种方便道，宣说一切智智——或声闻乘道、或缘觉乘道、或大乘道、或五通智道，或愿生天、或生人中，及龙、夜叉、乾闼婆乃至说生摩睺罗伽法。若有众生应佛度者，即现佛身；或现声闻身……或现菩萨身，或梵天身……乃至摩喉罗伽、人非人等身，各各同彼言音，住种种威仪，而此一切智智道一味，所谓如来解脱味。世尊，譬如虚空界，离一切分别、无分别，无分别、无无分别，如是一切智智离一切分别、无分别，无分别、无无分别。世尊，譬如大地，一切众生依，如是一切智智，天、人、阿修罗依。世尊，譬如火界，烧一切薪无厌足，如是一切智智烧一切无智无厌足。世尊，譬如风界，除一切尘，如是一切智智除去一切诸烦恼尘。世尊，喻如水界，一切众生依之欢乐，如是一切智智为诸天世人利乐。（《大毗卢遮那成佛神变加持经》卷一，下同）如此，则“一切智智”既是众生赖以依存的永恒实体，也是菩萨需要修习和把握的根本智慧；佛之所以为佛，即是了知证得此等智智，所以称作“一切智者”。
“一切智智”的特性，首先是“离一切分别”，包括最细微的主客观分别，因而是绝对的不动，也可解作“不生不灭”；就此而言，它是无分别的；但它同时也是对“无分别”的否定，所谓“无无分别”。譬如虚空，本无分别；但它容纳万有，现示差别万千。此一切智智本性无差别，而蕴含万有，能现示万有的诸多差别。前者即是毗卢遮那的本性；后者则表现为毗卢遮那之“遍一切身”及其“差别智身”。因此，“一切智智”即是包容了知识一切差别及其共相之智的智慧。按照《般若》类经典的说法，此智大致包揽了“一切智”和“一切种智”在内的智慧，音译亦作“萨婆若”，而含义有些微差别。
接下来的问题是，“一切智智”怎样才能够被开发出来。经云：“如是智慧，以何为因，云何为根，云何究竟？”佛言：菩提心为因，悲为根本，方便为究竟。这两句话，一般作为密乘之区别于其他佛教派别的主要教义，其实欠妥，因为《华严经》的结构，也可以作此等解释。我们这里就事论事，先看那个作因的“菩提心”指的是什么？云何菩提？谓如实知自心。仅从文字理解，此“菩提心”有两重含义，第一，指“如实知自心”的觉悟和智慧；第二，指被觉知的那个“众生自心”。经文和注疏缺乏明晰的说明，所以往往将“菩提”与“菩提心”混为一谈。如是“菩提心为因”，也就含有了“菩提”为因的意思。实际上，在《大乘起信论》里，就是作这两重用法的，只是给予的位格不同罢了：一个“菩提”是处于不动的“一心”；一个是具有了知此“一心”的“菩提”，即“阿耨多罗三藐三菩提”。不论是哪个“菩提”，均不在“心外”，不可于众生自心之外他求；它不等于众生的世俗心，可也不离世俗心。它的本质是“无所得”，不可用决定相作规定。所以佛说：是阿耨夺罗三藐三菩提，乃至彼法少分，无有可得。何以故？虚空相是菩提，无知解者，亦无开晓。何以故？菩提无相故……诸法无相，谓虚空相。因为“众生自心”只是一个纯粹的精神主体，不受时间和空间的限制，没有任何差别和运动，所以“菩提”作为对它了知的一种觉悟和智慧，永远不会穷尽它的内涵；对它作任何规定，都会背离它的实相。因此只能用“虚空”去形容，用“无相”去否定世人强加给它的一切性相。人们一旦了知菩提心本是众生自心，那就是觉悟，也就获得了菩提；从此以往，全部修持即集中于修心，而用不着徒劳地向心外求佛了。
那么，众生又是如何去了知“自心”的呢？按经文的问法：“谁寻求一切智，谁为菩提成正觉者，谁发起彼一切智智？”佛言：“自心寻求菩提及一切智。何以故？本性清净故。”“众生自心”既是被了知的对象，也是能了知自心的主体。当它作为对象时，自心即是“菩提心”，本性清净；当它成为了知者，自心则是“菩提”，是有分别有运动的，因而无有自性。前者是绝对的无差别，静止不动；后者一动，即是差别。“寻求菩提及一切智”，就是心动的反应之一。因此，众生自心是主体与对象的统一，“能”与“所”的统一，静与动的统一。于是一行释曰：菩提心，名为一向志求一切智智。若一切智智即是菩提心者，此中谁为能求，谁为所求？谁为可觉，谁为觉者？又复，离心之外都无一法，谁能发起此心，令至妙果者？（《大毗卢遮那成佛经疏》卷一，下同）针对这个问题，佛答言：“自心寻求菩提及一切智。何以故？本性清净故。”虽众生自心，实相即是菩提，有佛无佛常自严净。然不如实自知故，即是无明……正观三法实相，即是见心实相。心实相者，即是无相菩提，亦名一切智智。虽复离诸因缘，亦非无因而得成就也。所以关键全在那“不生不灭”、“常自严净”的自心上；如果“不如实知”，就是无明生死；如果如实知（“见心实相”），那就是“一切智”。而这一切智，其实也就是“自心”之处于有生有灭的状态。
唐宗密是禅教一体的倡导者，他将禅宗与华严宗在“心”的基础上衔接起来。他有句名言：“知之一字，众妙之门”（《禅源诸诠集都序》卷二），用“知”诠释“心”的本质，亦即“菩提”的实际含义。其说与这里以“一切智智”诠释“众生自心”大体一致：“心”的一切性能悉可抽象为“知”，亦可释为永恒不灭的灵魂，同时亦是觉悟成佛的认识对象。这也是《起信论》的观念。
经文接着回答“云何自知心”： 谓若分段，或显色，或形色，或境界；若色，若受想行识；若我，若我所，若能执，若所执，若清净，若界，若处，乃至一切分段中，求不可得……此菩萨净菩提心门，名初法明道。（《大毗卢遮那成佛神变加持经》卷一，下同）一句话，“知自心”即是知心体之不生不灭，不能作任何分别规定，而又具菩提知觉之功能。
了知自心即是“明道”。“明道”即可修学除障，如经云：菩萨住此修学，不久勤苦，便得“除一切盖障三昧”。若得此者，则与诸佛菩萨同等住，当发五神通，获无量语言音陀罗尼；知众生心行，诸佛护持；虽处生死，而无染着；为法界众生，不辞劳倦；成就住无为戒，离于邪见，通达正见……住此除一切盖障菩萨，信解力故，不久勤修，满足一切佛法……以要言之，是善男子善女子无量功德，皆得成就。因此，觉悟的要义是认知自心本无分别而无无分别，终于不可得，尤其是“我”之不可得。如经云：心不在内、不在外，及两中间；心不可得……如来应正等觉，非青非黄……非长非短……非明非暗，非男非女，非不男女……心非欲界同性，非色界同性，非无色界同性；非天、龙、夜叉、乾闼婆……人非人同性……心不住眼界，不住耳鼻舌身意界，非见非显现。何以故？虚空相心，离诸分别、无分别，所以者何？性同虚空，即同于心；性同于心，即同菩提……心、虚空界、菩提，三种无二。达到此等认识，亦即“悲为根本，方便波罗蜜满足”——“自心”中即具备满足大悲与方便。此所谓“心、虚空界、菩提”之“三种无二”，一行称之为“一法界心”。他说：即此一法界心，虽因缘毕竟不生，而不坏因缘实相。以不生故，则无能、所之异；以不坏故，以得悲为根本、方便波罗蜜满足，即是究竟不思议中道义也。（《大毗卢遮那成佛经疏》卷一，下同）这不生的自心，为什么会产生认知万事万物之差别及其本质的种种佛教智慧？这答案还可以用另一种方式表达：（心相）从无始以来，本自不生。以本不生故，无有一法能令染污动摇，常住不变，永寂无相……尔时行人为此寂光所照，无量知见，自然开发，如莲花敷，故云无量智成就。此智成就，即是毗卢遮那心佛现前，故云正等觉显现。这样又回到了“众生自心”即是毗卢遮那，亦即“心佛”的出发点；此佛的本性固然“不生”，如《华严经》所说，但却“发光”，能遍照一切世界，此处称作“寂光”；寂光所照，即是一切智——一切皆知。据此，众生自心等于毗卢遮那心佛，所以自心的心体可以不动，而能灵知一切，包括了知自心。
到此为止，一行诠释的《大日经》哲学，没有超出《大乘起信论》的理论体系。但由于它更加明确地把毗卢遮那引进了“众生自心”之中，并用以规定心的根本属性，使《大乘起信论》所谓的“一心”，由强调“不生不灭”的主“静”，转移到了主“知”的方面，从而推动了华严宗和禅宗的思想变化。而《大乘起信论》最终还被密宗扩充为《摩诃衍论》，一行的《大日经疏》可能起了决定性作用。
附带说明，从《楞伽经》、《大乘起信论》开始，就提出心性本“静”的主张，“无明”则源于心“动”。但为什么“静”的本性会产生“动”的现象，经论都用海水与波浪的关系作喻，水性不动，动的只是波，而波来自风，与水性无关，所谓“无明风动”使静的心变成了动的心。一行的解释也用了这个譬喻。但这譬喻有一个根本缺陷，即无法说明这无明之风来自何处。本经以毗卢遮那心佛作解释，那就圆满得多了：心体固然不动，但不妨心知能照，体用是一致的。
三、 “识知自心”的修持方法和“即心成佛”的成佛途径