此四种生死中都发生在意生身上：“方便生死，譬凡夫位；因缘生死，譬须陀洹以上。”至于“有有者，未来生有，更有一生……如上流阿那含人于第二生中般涅槃者，余有一生故，故名有有。无有生死者，是三圣意生最后身为缘，是不可思惟退堕”，譬如生为缘。说起来这都是佛教中的神学问题，无需细究。此说的唯一目的，在于说明已经涅槃了的阿罗汉等并没有死，他们以意生身的身份，在三界之外的另一个世界里经历生死之苦，并给他们一个继续修习大乘，获得法身四德的机会——他们之还有生死，不能成就常乐我净之身的原因，说到底，是“无明住地”在作怪：无明住地为一切烦恼所依止处。而一切烦恼通名无明者，以无明为众惑根本。根本既未灭尽，犹为一切烦恼垢臭秽熏习故，阿罗汉、辟支佛及自在菩萨，不能至得无所染污大净波罗蜜。同样道理，此三种意生身不能得“无行无想大我波罗蜜”、“极离因果苦大乐波罗蜜”、“极无别异老死等大常波罗蜜”。相反的情况则是：以如来法身一切烦恼习气皆灭尽故，是名极净；一切我无我虚妄执灭息故，故名大我；意所生身因果究竟尽故，故名大乐；生死涅槃平等通达故，故名大常。据此，在“三界”之内，超越“五阴”之外，理应另有一个有情世界，而非我们世人所思议。但是，论文的笔锋一转，在谈及“法身四德”的认识时，又要求必须远离断、常二见。论文引《胜鬘经》说：若见诸行无常，是名断见，不名正见；若见涅槃常住，是名常见，非是正见。是故如来法身离于二见，名为大常波罗蜜。由此如实法界道理门故，即是涅槃，即是生死，不可分别，即是得入不二法门。亦不一不二，住无住处故——由灭诸惑，不住生死；由本愿故，不住涅槃。由般若故，诸惑得灭；由大悲故，本愿得成。故《不可思量经》偈中说：诸惑成觉分，生死成涅槃，修习大方便，诸佛叵思议。这段话在整部《佛性论》中十分突兀。主张离二边，走中道，是一般大乘的老生常谈，目的在于反对把生死与涅槃分裂开来，对立起来，这一点我们在《维摩诘经》中已经看得很清楚，“入不二法门”也是《维摩诘经》的提法。不过这一主张此处称为“如实法界道理法门”——从法界看，“即是涅槃，即是生死，不可分别”；而此“法界”即是“如来藏”，以如来藏亦称“无明壳藏”故——“如来”即藏在无明生死壳中。因此，论文又有了下边一番议论：此清净性事能有二：一于生死苦中能生厌离，二于涅槃欲求乐愿。若无清净之性，如是二事，则不得成。故经中说：世尊，若无如来藏，于生死苦无厌离意，亦无欲求乐愿之心。故不定聚众生起此二事为用：一于生死苦，观于过失，为依止处，生不定聚众生厌离心故；二于涅槃乐，观于功德，为依止处，生不定聚众生欲求乐愿。所谓“不定聚众生”，指五种姓中的“不定种姓”，其实也就是一般人，他们之所以厌生死、乐涅槃，即在于如来藏具有清净之本性。就是说，如来藏处于无明壳时，它是生死和涅槃不可分的，但它的“清净性”依旧发挥作用，具体就表现在厌生死、乐涅槃上，此即是众生能够起信大乘的内在依据。《大乘起信论》的说法与此大体相同。
五、 果位中的如来藏：“转依”与“如来法身”
《佛性论》是对“法身”论述最为具体的典籍，由此显示大乘全部修习的最终结局与众不同，用一个词可以概括之，即“如来法身”。此“法身”也与众不同，不是一个模糊的抽象，而是具有实在的内容，是可以清晰理解的概念。
首先，用譬喻说，如来法身如“日”，日有三相“一体，二光，三明”，此与佛身之“三身相似故”，就是说，“法身”相当于“日”之“体”；其所发之“光”、所照之“明”，相当于佛之“报身”和“应身”。与此相应，亦以日为喻，譬法身具备之“三法”，所谓“神通、流灭、显净”：一神通者，譬日有明，能除障自境界无明之暗以为事用故，与日明相似。二流灭者，谓尽无生智，能烧除业烦恼令无余以为事用故，与日光相似——所言灭者，即是真智，正能除惑故；与灭名尽者，即惑无时，名为解脱，故与尽称。三显净者，谓尽无生境名转依，极清净故，无垢故，澄静故，与日轮相似。清净者，解脱障灭故；无垢者，一切智障灭故；澄静者，客尘所不能染，以本性清净故；转依者，胜声闻独觉菩萨三人所依止法故。（《佛性论》卷三，下同）此处以日为喻，明显是受毗卢遮那佛信仰的影响，据此解释传统的“神通”，但重点不再是自在游戏，而是驱除无明之暗，故譬之为日所照明。所谓“流灭”，即灭除生死流转的能力，此指“尽无生智”，亦称“真智”，由于此智而能灭尽一切业与惑，令不再生死，此似日光，遍照一切角落而无遗留。但是注意，生死之流虽然断绝了，生命体不但没有消失，反而真正显示出来：光明所驱逐的是由生死障蔽的黑暗，黑暗既尽，放射光明的本体太阳就显露出来了，这就是“显净”，即纯净的如来法身，一种永恒的生命体。
在“流灭”中的“尽无生智”，是由生死流转转变为无生死流转的关键一环，瑜伽行派用了“转依”一词来表达。这个词的使用，使此派的终极目的与其他佛教派别的区别更清楚了。什么叫“转依”？上文只讲了一句话：“胜声闻、独觉、菩萨三人所依止法”——声闻等三人，依“意生身”存活，与佛果所得“如来法身”当然不同了，而“如来法身”说到底是依“二空”所成之“我”或“大我”。“转依”就是由“意生身”转为“我”或“大我”，这是其他佛教派别不能和不敢明言的。
论文以“四种相”阐释“转依”的具体内涵，即“生依、灭依、善熟思量果、法界清净相”。其中生灭二依，互相关联：一、 生依者，佛无分别道相续依止。若不缘此法，无分别道即不得生，以依缘此故，名此法为道生依。二、 灭依者，一切诸惑及习气究竟灭不生，无所依止故。若不依此转依法究竟灭惑者，则声闻独觉与佛灭惑不异；由不同故，故知此法为究竟灭惑依止。“生依”即“道生依”，此“道”指“无分别道”，包括“根本无分别”和“后得无分别”，这是把握真如和运用真如之道，只有从依止有分别之修道，转到依止无分别之修道，才是通达成佛之路。更清楚些说，就是从有分别智转依为无分别智。所谓“灭依”，指灭除烦恼及其习气得以产生的依止，转为令诸惑及其习气彻底不生的依止——这种能够灭除诸惑，又能使之不生的“依止”，并非二乘理解的仅仅是消极的“灭惑”，而是要转依到令诸惑不生的依止上来。我们知道，这一依止就是如来自性——真如。“转依”的另外两种相，是对上述“二依”的进一步阐发：三、 善熟思量果者，善正通达，长时恭敬，无间无余等修习所知真如，是转依果。若在道中，转依为因；若在道后即名为果。若转依非是善熟思量果者，则诸佛自性应更熟思量，更灭更净，而不然者，故知转依为善熟思量之果。四、 法界清净相者，一切妄想于中灭尽故。此法界过思量、过言说所显现故，故以法界清净为相。此即心行处灭，言语道断，不可诠，方是得无所得真如理故。此“善熟思量果”，所谓“转依果”，即是上述之“无分别道”或“无分别智”；其在趋向“真如”之道，名“转依因”，认知了“真如”，即是“转依果”；在“道”的过程即是智之“思量”过程，所以把握了真如，就叫“思量果”。此“思量果”，也就是“法界清净相”——“法界”可以泛指一切各具特性诸法产生之因，此处特指法界清净部分，即一切佛法——一切佛法就来自如来性、真如。由于此法界已经是思量果，故不可再思量；其作为“真如”，尽管超越言语思量，但不是不可以得的。它是法身所得，是不经语言思量所得，故称“得无所得真如理”。此“真如理”，得到瑜伽行派的普遍承认，一般叫做“离言自性”。承认“离言自性”或“真如理”，是瑜伽行学派与中观学派最重要的区别之一。
此“如来转依”摄持有八种法，所谓“不可思量、无二、无分别、清净、照了因、对治、离欲、离欲因”。
“此八法合有二意：一离欲，是灭谛；二离欲因，即是道谛。”
就是说，“转依”的内涵，即是四谛中出世间的灭谛和道谛，但论文对此二谛内涵的界定——“灭”，限于灭“欲”；“道”，限于“离欲因”。据此，如来转依所成如来法身，本质即是“离欲”，“离欲”即是“法身”。至于为什么把“离欲”看得如此重要，论文没有解释，单说：“如来法身，苦灭究竟，永无生起。云何如此？非为除灭一法故名为灭，以本来不生故名为灭。”据此，或许此“欲”是泛指一切欲求，而不是特指欲界之欲，故以“苦灭究竟”称谓“离欲”。论文说到这里，话头一转，又对“灭”作了这样的解说：“以本来不生故名为灭。”接着引《无上依经》中说：“阿难，于无生无灭法中，心意及识，决定不生故。”于是有了下面一段重要的诠释：心者即六识心，意者阿陀那识，识者阿梨耶识；于此三中不得生故。此中若无三识，则无分别；分别既无，亦无不正思唯等。既无三识，则不得起无明。是以如来法身离不正思惟故，则不起无明；若不起无明，十二有分不为生缘，故名不生。此中所谓“三识”，即是玄奘新译之“八识”体系，只是译名有所不同。在作为精神世界总称的“心意识”中，第八识“阿梨耶识”，被列入“识”类，新译“阿赖耶识”，则归于“心”类；第七识“阿陀那识”，新译为“末那识”，均意译为“意”，新译更以“阿陀那识”为第八识的异名；前“六识”，即眼、耳、鼻、舌、身、意，此处统归于“心”，新译归之谓“识”。这些差别，与新旧两译的教义关系不大，唯此处将所有八识的特点统归之为“分别”，以“分别”界定三类识的共性，而从本论看，凡“分别”都不可能“得无所得真如理”，因而也不能完成“转依”，成如来法身。换言之，真谛所谓“转依”，说到底，是转此八识，归依于如来藏中的如来性，成就法身。
瑜伽行派在中国佛教中形成新旧两大译家，他们的差异在这里也可见一斑。
此外，关于“转依法身”的特性，论文用“七种名”作了更细致的规定。此七名是：一沉没，沉没取阴故；二寂静，诸行无生故；三弃舍，弃舍诸余伴故；四过度，出二苦故；五拔除，拔除本识故；六济度，济度五怖畏故；七断，断于六道果报故。其中略有新意的主要是第三与第五：三、 弃舍诸余。诸余者，二乘人有三种余：一烦恼余，谓无明住地；二业余，即无漏业；三果报余，谓意生身。一烦恼余应灭；二道余应修；三虚妄余应除。如来已离虚妄，说名无余；二乘未离故名为余。如来转依法身，已度四种生死故，一切烦恼虚妄已灭尽故，一切道已修故，弃生死舍道谛故。此二无四德故，唯法身独住；四德圆满故，是名弃舍诸余。“独住”而“四德圆满”，此即是“法身”特色——一个人格化了的佛身，跃然而出。所谓“意生身”已经令人难以想象了，到了这样的佛身，他“独住”于何处，又是如何“常乐我净”的，连想象的余地都没有了。五、 拔除阿梨耶。阿梨耶者，依隐为义，是生死本，能生四种末故。四末者，烦恼有二，业一，果报一。
初烦恼本二者：一者，一切诸见，以无明为本，无相解脱门为治道。二者，离诸见外一切烦恼，以贪爱为本，无愿解脱为对治道。次业本一者，以凡夫性为本；凡夫性者，即是身见故。次果报本一者，一切生死果报，依阿梨耶识为本故，以未离此识，果报不断。
于法身中由两道故，二世灭尽，故说拔除。言两道者，一无分别智，能除拔现在虚妄，能清净法身，即名尽智；二无分别后智，能令未来虚妄永不得起，圆满法身，即无生智。拔者清净，灭现在惑；除者圆满，断未来惑，故名拔除。此文是旧译对阿梨耶识最简明的界说。所谓“依隐为义”，是解释“阿梨耶”词义的，“依隐”即是“藏”。说它“是生死本”，是对其内涵的诠释；有情之所以会有生死，全在于有阿梨耶识。此识所生的“四末”，一是“诸见”，即“以无明为本”的观念系统；二是“烦恼”，即是“以贪爱为本”的欲望情感系统——把佛教通说的“烦恼”，重新划分为这么两种，是大乘的创造，意在强调智慧，认识“真实”，掌握“如”“理”；同时作为一种尺度，贬损小乘佛教之出离，仅限于欲望情感系统的解脱，没有观念系统上的转变，因而是不彻底的。
至于把阿梨耶规定为“业本”，或谓“以凡夫性为本”，这是把凡夫之所以成为凡夫归结为阿梨耶；阿梨耶是凡夫之因，理由是它是“身见”的根源。阿梨耶又是“果本”，因为只要此识存在，生死轮回就不可避免。换句话说，阿梨耶识是“因果”的统一，是生死流转的主体。所谓解脱，说到底是从阿梨耶识中解脱。
因此，解脱就是“拔除阿梨耶”。拔除的方法是对治“四末”：以“三解脱门”中的“无相”与“无愿”，对治“诸见”与“烦恼”；以“无分别智”和“无分别后智”，拔除作为“业本”和“果报本”的阿梨耶，由此“清净法身”，“圆满法身”，得如来法身。