《大般涅槃经》的态度是：诸佛菩萨终不定说因中有果，因中无果，及有无果，非有非无果。若言因中先定有果及定无果，定有无果、定非有非无果，当知是等皆魔伴党，系属于魔。这一观点，本经有多处发挥。《迦叶菩萨品》之三记佛说：如有人问，是种子中有果无耶？应定答言，亦有亦无。何以故？离子之外不能生果，是故名有；有子未出芽，是故名无。（卷三五，下同）“亦有亦无”的原因是：“时节有异，其体是一。”以此譬如众生佛性，“若言众生中别有佛性者，是义不然。何以故？众生即佛性，佛性即众生。直以时异，有净不净”。同样，“是子能生果不？是果能生子不？应定答言，亦生、不生”。譬如，若说“乳中有酪，是名执著；若言无酪，是名虚妄。离是二事，应定说言，亦有亦无。何故名有？从乳生酪，因即是酪性，果即是酪……云何名无？色味各异，服用不同”。另一方面，“若言乳中有酪性者，乳即是酪，酪即是乳，其性是一，何因缘故乳在先出，酪不先生……是故知酪先无今有”。“若有说言，乳无酪性，能生于酪；水无酪性，故不生酪。是义不然。何以故？水草亦有乳酪之性。所以者何？因于水草，则出乳酪。”按此中水草，相当于本经讲的“缘因”。据此当知“是酪本无今有”；“是故智者应言，乳中非有酪性非无酪性”。同样，若言“一切众生定有佛性，是名为著；若无佛性，是名虚妄。智者应说，众生佛性亦有亦无”。此话是对前分《如来性品》之五的重述，那里说：清净佛性常住不变，若言有者，智不应染；若言无者即是妄语……如因乳生酪，因酪得生酥，因生酥得熟酥，因熟酥得醍醐。如是酪性为从乳生，为从自生、从他生耶……若从他生，即是他作，非是乳生；若非乳生，乳无所为；若自生者，不应相似相续而生；若相续生则不俱生……虽不一时，定复不从余处来也。当知乳中先有酪相，甘味多故不能自变，乃至醍醐亦复如是。是牛食噉水草因缘，血脉转变而得成乳；若食甘草，其乳则甜，若食苦草，乳则苦味……是诸众生以明、无明业因缘故，生于二相；若无明转，则变为明。一切诸法善、不善等，亦复如是，无有二相。“不定说”也贯彻在对众生佛性的理解上：如乳是一，表现的形态多种多样，不可以作决定说有说无。因为众生了见佛性的程度各有差别，如佛性之在凡夫可能不见，如一阐提；有些众生虽见而有声闻、缘觉、菩萨、佛等区别。就此而言，不能说众生没有佛性，亦不可说众生具有同等的佛性。这些区别，是众生各自修为的结果，并不是佛性的先天决定；后天的修为才起决定作用。因此，《光明遍照高贵德王菩萨品》之五说：“如来说言，非有非无”，“从缘生故，名之为有；无自性故，名之为无”。
这里涉及的是佛教另一个重要观点：因果属有为法，而佛性和大涅槃属无为法。绝不可以用有为法的因果论，理解佛性与大涅槃的孤因独果，也不可否定作为了见佛性和证得大涅槃那个属于有为法的因缘说。《光明遍照高贵德王菩萨品》之六举例说：箜篌之声清妙，这声是哪里来的呢？将其弦、皮、木，以至“悉皆析裂，推求其声，了不能得”。原因是：“取声者，法不如此。应以众缘、善巧方便，声乃出耳。”据此说明，佛性之于众生，并非一因一缘可见，大涅槃亦非佛性所成：如乳中有酪性者，不应复假众缘力……若本有酪何故待缘？众生佛性，亦复如是，假众缘故则便可见，假众缘故，得成阿耨多罗三藐三菩提。若待众缘然后成者，即是无性；以无性故，能得阿耨多罗三藐三菩提。（卷二六）类似的话，《师子吼菩萨品》之一也说：佛性者非阴界入，非本无今有，非已有还无。从善因缘，众生得见……佛性亦尔，一切众生烦恼火灭，则得闻见。《光明遍照高贵德王菩萨品》之一举例说：如火有本性，遇缘则发；眼有见性，因色、因明、因心故见。众生生法亦复如是，由本有（生）性遇业因缘，父母和合则便有生。这里强调的是因果的复杂性，尤其是反对一因论。一因论是佛教缘起说的大敌，故云：一切诸法，异因异果：亦非一因生一切果，非一切果从一因生……如从四事生于眼识，不可复说从此四事应生耳识……智者不可见离方便从乳得酪，谓得生酥亦应如是离方便得……因生故法有，因灭故法无……如盐性咸，能令非咸使咸。若非咸物先有咸性，世人何故更求盐耶？若先无者，当知先无今有，以余缘故而得咸也。（卷三五）由此才能准确理解：涅槃之体，非本无今有……有佛无佛，性相常住；以诸众生烦恼覆故，不见涅槃，便谓是无……涅槃是常住法，非本无今有，是故为常。（卷二一）这样我们就得到两种佛性、两种涅槃：一是本体论意义上的，“有佛无佛，性相常住”，独因孤果，不受因果律制约，一切众生悉有；二是认识论意义上的，其作为了见的对象，服从因果律，是无常的、变化的，不同众生有不同反应。这两者讨论的不是一个问题，所以不容混淆。为了说明众生佛性，即作为常住的佛性变为了见的对象，以及众生是如何了见它的，《大般涅槃经》提出了两对全新的“因”概念，即“生因”与“了因”、“正因”与“缘因”。
《师子吼菩萨品》之二说：“因有二种：一者生因，两者了因。能生法者，是名生因；灯能了物，故名了因。”譬如“因缘诸结，是名生因；众生父母，是名了因。如谷子等，是名生因；地水粪等，是名了因”（卷二八）。依照这些譬喻，“生因”指生果的根本因、是决定生果性质的因，若无此因，定无此果；“了因”是将本有的生因显现出来，是生果的辅助条件。任何事物，都必须具备这两个因才会结果，缺一不可。按有部等关于“四缘”的分类，“生因”相当于“因缘”，“了因”相当于其余三缘。此处所不同的是，“生因”是直接对果起生成作用的原因；“了因”无直接生果功能，而是使既有之物显露出来，令人可见。将此种二因说运用于涅槃佛性论，则成如下情况：生因，谓六波罗蜜阿耨多罗三藐三菩提；复有了因，谓佛性阿耨多罗三藐三菩提。复有了因，谓六波罗蜜佛性；复有生因，谓首楞严三昧阿耨多罗三藐三菩提。复有了因，谓谓八正道阿耨多罗三藐三菩提；复有生因，所谓信心六波罗蜜。（卷二八）对于大涅槃而言，六波罗蜜、八正道、首楞严三昧、信心，以及佛性和无上菩提，都是它的因，可以说是多因的结果；由于“因”和“了”与“生”的性质不同，凡与“佛性”有关的因性，均被列入“了因”范围，作为“生因”的，是六度与首楞严三昧。换言之，在这一切因中，唯一可以确定的，是“佛性”不能成为大涅槃的生因，只能作为了因。其余论述都很含混，但又与生因、了因的区分密切相关，所以不得不略作考察。
首先在分别大涅槃的生因、了因时，从来不使用单一的词解释：“生因”是六度与无上菩提连用，首楞严三昧与无上菩提连用，信心与六度连用；“了因”是佛性与无上菩提连用，六度与佛性连用，八正道与无上菩提连用。这意味着，即使作为了因，佛性也不能单独发生作用，而无上菩提、六度以至八正道，这类通向涅槃的道路，必得与佛性联结在一起，才能走通；无上菩提，既在生因中与六度等并称，又在了因中与佛性结合，正表现出它的特殊地位来：它既像佛性那样是被了知的对象，也是有了知佛性能力的智慧；六度的情形与无上菩提相同，二因中都有。关于这些关系及其如此之安排，在于表明，大乘普遍遵循的成佛之道，《大般涅槃经》是全部接受了的，但都给以佛性的规定，使它们获得新的质；而作为新质的佛性，又不许其自行发挥功能。
《师子吼菩萨品》之二说，还有两种因：“一者正因，两者缘因。正因者，如乳生酪；缘因者，如醪、暖等。”（卷二八，下同）根据此说，则“从乳生故，故言乳中而有酪性”，此属正因；亦可说“乳中本无酪性，今方有者”，此属缘因。缘因可以很多，正因只能是一。以此例证“众生佛性”，在师子吼菩萨与佛的一番问难中表达出来。佛说：“正因者，谓诸众生；缘因者，谓六波罗蜜。”师子吼按照这个定义解释说：“我今定知乳有酪性……诸众生内有佛性”，此酪性即是佛性；“以有性故，故须缘因。何以故？欲明见故；缘因者，即是了因……是故虽先有性，要假了因然后得见。以是义故，定知乳中先有酪性”。
师子吼的这个解释，以佛性为正因，以六度等为缘因，在逻辑上说得过去。但佛陀却给以坚决的驳斥。驳斥的言论很多，集中于一点，就是不能承认因中有果，不能承认佛性本身有了见的功能，也就是说，不能把大涅槃看做是佛性自我了知的结果：佛性不能既是正因，又兼缘因，而将二因融于一体。
这类辩难很繁，最后结论大体如此：众生佛性不名为佛。以诸功德因缘和合得见佛性，然后得佛。汝言众生悉有佛性何故不见者，是义不然。何以故？以诸因缘未和合故。善男子，以是义故，我说二因：正因、缘因。正因者，名为佛性；缘因者，发菩提心。以二因缘得阿耨多罗三藐三菩提，如石出金。这话算是说清楚了，但又提出一个问题：所谓菩提心与佛性，两者是什么关系？此处的回答很明确：“此菩提心，实非佛性。”原因在于，“心非佛性。何以故？心是无常，佛性常故”。
此“菩提心”，属于无常。可“阿耨多罗三藐三菩提”呢，是心？非心？如果是心，还有什么“发心”、与“缘得”的区别？如果“非心”，它与佛性又有什么区别？对佛教来说，这是些重要问题。《如来性品》之六有段话：“《大涅槃》光能入众生诸毛孔故，众生虽无菩提之心，而能为作菩提因缘。”因为此经“能除一切众生恶业、四波罗夷、五无间罪……因是则得发菩提心”，唯除一阐提。
如此看来，阿耨多罗三藐三菩提不是众生所固有的；人们要具有菩提心，必须接受《大涅槃》的光照，所谓发菩提心，也就等于下决心接受“大涅槃”的信仰。这一解释，对我们理解大乘经典屡屡把获取无上菩提作为成佛的依据，是一把钥匙。
除此之外，《光明遍照高贵德王菩萨品》之一列有另一对因：复有二因：一者作因，二者了因。如陶师、轮、绳，是名作因；如烧烛等照暗中物，是名了因。善男子，大涅槃者，不从作因而有，唯有了因。了因者，所谓三十七助道法、六波罗蜜。这话说得就更清楚了。
在谈到“心”与“菩提”以及与“佛性”的关系时，论题就转向了“心性”的内涵问题。
传统上，佛教有两种对立主张：一主“心性本净，客尘所染”；一主“心性杂染”，本有贪性和解脱性等。此处都不赞成。《光明遍照高贵德王菩萨品》之五说：诸佛菩萨终不定说心有净性及不净性，净、不净性，心无住处故。从缘生贪，故说非无；本无贪性，故说非有。善男子，从因缘故心则生贪；从因缘故心生解脱。就是说，心性是中立的，无记的，如同一张白纸，无所谓净不净，所以再次强调：诸佛菩萨不决定说心性本净、性本不净。善男子，是心不与贪结和合，亦复不与瞋痴和合……譬如日月虽为烟尘云雾及罗睺罗（指日月蚀）之所覆蔽，以是因缘令诸众生不能得见；虽不可见，日月之性终不与彼五翳和合。心亦如是，以因缘故，生于贪结；众生虽说心与贪合，而是心性实不与合……以是义故，贪欲之结不能污心。如此说来，这个心性也应该是常恒不变的，它可以受到烦恼的遮蔽，但不能被污染；可以被了知，但不会因此而更洁净。这样的心性，也可以比做众生皆有的佛性，但经文却无明确的表达。相反，它对心的本质，依旧用“无常”去界定，其与佛性之常住完全相反，故有“愿作心师，不师于心”的说法。心性之不等于佛性，似乎是清楚的，可佛性究竟存在于何方？这是本经的一大悬案。然而有一点是肯定的，那就是不能把心之贪瞋痴或从中所得到的解脱，说成是心的固有性质：一切凡夫无明所盲，作是定说：色有著义，心有贪性。复言：凡夫心有贪性，亦有解脱性；遇贪因缘心则生贪，若遇解脱心则解脱。虽作此说，是义不然。为什么这么说不对，因为此亦是“因中有果”论，是一种决定说。本经不赞同将贪等烦恼或所得的解脱，说成是存在于心的贪性或解脱性中。心不决定，起决定作用的是因缘。说得再清楚些：是烦恼还是解脱，与心的先天本性无关，而是众生后天因缘行为的结果。
这样的心性论，或后天决定论，在整个佛教中是独树一帜的。昙无谶译的《菩萨戒本》有同类的思想。
此类问题，引起中国佛教义学的不少讨论，例如分佛性为正因佛性、了因佛性、缘因佛性；从修习的过程，将佛性列入因位，涅槃作为果位，或把因位佛性称为性佛性，把所获涅槃称为修得佛性，等等。目的都在于解释，既然众生佛性与大涅槃实为一体，为什么在众生平等悉有的前提下，会有六道三乘等诸多差别，以及为什么皆有佛性而不成为现实的佛；其所以作这类解释，目的又在于强调后天修习，尤其是学习大乘经典、护卫大乘法师的特殊性和重要性。在哲学上，还引发了心性与佛性的关系，两者是一是异，以及心性的具体规定等。