企业物流组织形式在不同的发展阶段时，每个企业都需要根据自身的规模、战略、技术和生产方式来选择符合实际的物流组织形式。以下是几种比较典型的企业物流组织形式。
1.功能型物流组织
在功能型物流组织形式中，将传统企业分散在各个部门内的关键物流业务集中成“部”和“科”的工作。一般情形是企业将核心的物资配送和物料管理的功能独立出来，形成与财务、制造以及市场营销等相平等的专业部门。由此，物流的经营职能在一定的范畴内明确下来，以适应企业物流经营比重的扩大和整个企业的物流活动的增加，保证生产和营销的充分协调。但是，这种结构中物流职能管理和物流现场作业还不能完全统一，因为许多物流具体作业是分散在生产和营销活动之中的，物流在同生产和营销的关系中，有时是被动地执行职能，这就会产生对变化迅速的交易和生产的诸多不适应，而且会产生组织职能与组织之间的协调问题。
2.物流部门型组织
这是一种开始重视物流整体功能的物流组织形式。企业设立专业的物流部，但是在不同的企业，物流部门的职权类型、职责范围等存在差异，导致物流组织管理效能不一样。
1）顾问式物流部门
物流部在企业中只具有顾问、参谋的职能，只负责企业整体物流的规划、分析、协调和物流工程，并产生决策性的建议，对各部门的物流活动起指导作用，但物流活动的具体运作管理仍由各自所属的原部门负责，物流部门无权管理。
这种组织结构带来的问题是：物流部门对具体的物流活动没有管理权和指挥权，物流活动仍分散在各个部门，所以仍会出现物流效率低下、资源浪费以及职权不明等弊病。
2）直线式物流部门
物流部门对所有物流活动具有管理权和指挥权的物流组织结构。优点是组织结构形式较为简单，物流经理全权负责所有的物流活动，不再出现互相牵制的现象，物流活动效率较高，职权明晰。但由于没有顾问部门或人员提出的决策建议，物流经理一方面管理下属各部门日常业务的运作，另一方面又兼顾物流系统的分析、设计和规划。这对直线式物流经理的业务水平和能力要求较高，物流经理的决策风险较大。
3）直线顾问式物流部门
这是一种将顾问式组织和直线式组织合二为一的组织形式。物流部处于第一层的子部门是顾问部门，其职责是对现有的物流系统进行分析、规划和设计，并向上级提出改进建议，它们对具体业务部门没有管理和指挥权，只起到指导和监督的作用。处于第二层的子部门是业务部门，负责物流业务的日常运作。物流总经理对两个子部门均实行垂直式领导，具有指挥和命令权。
这种组织结构方式消除了物流在企业中的从属地位，恢复了物流部门功能上的独立性。当然，这并不意味着物流部可以与企业其他部门隔绝而独自运作。物流部门中诸如规划、协调等顾问性功能仍有必要与其他部门紧密配合，才能使企业作为一个整体得到改进，而非仅仅是企业的物流功能得到改进。
3.矩阵型物流组织
矩阵型物流组织由美国学者丹尼尔.W.蒂海斯和罗伯特.L.泰勒于1972年提出。它的设计原理是将物流作为思考问题的一种角度和方法，而不把它作为企业内的另外一个功能。比如一个典型的物流业务所包含的内容从预测、订单处理、配送、产品存货控制、运输到包装、生产、车间储备、生产物料控制、原材料保管、搬运以及原材料采购与存货控制。履行这样一个物流业务需要跨越多个部门，历时较长，涉及的人和事较多，所以在某种程度上，一个物流业务可看做是一个项目。
泰勒和蒂海斯提出的矩阵型物流组织形式，其大体内容是：履行物流业务所需的各种物流活动仍由原部门（垂直方向）管理，但水平方向上又加人类似于项目管理的部门（一般也称为物流部门），负责管理一个完整的物流业务（作为一个物流“项目”），从而形成了纵横交错的矩阵式物流组织结构。在矩阵式组织结构下，物流项目经理在一定的时间、成本、数量和质量约束下，负责整个物流项目的实施（水平方向），传统部门（垂直方向）对物流项目起着支持的作用。
矩阵型物流组织有三个优点：第一，物流部门作为一个责任中心，允许其基于目标进行管理，可以提高物流运作效率。第二，这种形式比较灵活，适合于任何企业的各种需求。第三，它可以允许物流经理对物流进行一体化的规划和设计，提高物流的整合效应。矩阵式组织结构的缺点是：由于采取双轨制管理，职权关系受“纵横”两个方向上的控制，可能会导致某些冲突和不协调。
4.物流子公司制
物流管理组织设置，有在企业内部或在企业外部的差别，企业除了对内部物流功能进行整合外，还有一种新的选择，即在外部设置物流管理组织——物流子公司。物流子公司（亦称物流管理公司）是企业物流管理组织的一个新形式，特点是物流的一部分从原企业中分离出来，作为一个独立公司，专门负责物流工作。物流子公司处于能够代替母体企业物流部门全部或部分组织的地位，是把企业物流管理组织“另外公司化”。
企业物流管理采用物流子公司制，与企业内的物流管理组织相比较，具有几个方面的优点：
（l）物流费用的明确化。通常情况下有关企业物流成本的计算是十分困难的，含糊的地方很多，并且常需要寻求特别的方式，需要财务、物流等部门的通力合作。然而，一旦物流单独公司化，物流的“核算”便简单而明确了，同时母体企业也容易以交易方式来控制物流成本。更进一步，企业的物流不但可作为费用控制中心，而且还可以作为利润中心的领域进行管理，从而企业物流效率的测定从隐性转为显性。
（2）减少阻碍物流改善的因素。实际企业管理中，来自生产和销售方面固执地使物流不合理的事态时有发生，内部组织结构中的协调面临管理成本的限制往往不尽如人意。而作为独立的子公司，物流的合理化就容易通过市场交易的手段予以解决，回避外界对物流的冲击。
（3）能提高企业物流人员的工作积极性，也有利于对物流人才的选拔和培养，还有利于推动物流设备的更新。
（4）扩大物流活动的领域。一般的，企业内物流部门的对象，只是该企业的物流。对此，物流子公司是从母体企业独立出来的法人，其工作对象的领域跟内部物流部门相比要广泛得多，比如与其他企业的物流共同化、开拓多方物流业务等。这符合把物流作为一种经营的物流发展要求。当然，物流子公司的组织形式也存在许多问题，其中最主要的是母子关系的处理问题，有时，这种关系处理不得当的话，会损害企业的系统经营。
3.3现代企业物流组织的创新和发展
现代社会的一个趋势是走向综合化。分工虽然使效率空前提高，但分工过细也使协调空前复杂。因此，当前管理领域正经历着一场世界范围内对传统层级式管理的根本变革，这种变革在组织管理上表现为流程型组织、虚拟型组织、学习型组织和面向供应链的组织等新型组织形式的发展，其对物流管理的影响已日益凸显。
3.3.1流程型物流组织的发展
在传统的以职能为核心的企业组织里，一个业务流程是被分割成独立的任务，按照工序分配不同的部门完成。在这样的组织中，流程是隐含的，没有人专职对具体的流程负责，流程成为片段式的任务流，任务和任务问的脱节和冲突司空见惯。在以流程为中心的企业，企业的基本组成单位是不同的流程，不存在刚性的部门，每个流程都由专门的流程主持人负责控制，由各类专业人员组成的团队负责实施，流程成为一种可以真实的观察、控制和调整的过程。
流程型物流组织模式围绕着企业关键业务流程组织员工、评估指标和系统。
将属于同一企业流程内的物流工作合并为一个整体，使流程内的步骤按自然的顺序进行，工作连续而间断。比如，一个物流组织围绕关键的客户服务、物料供应、分销物流和物流成本控制四个关键流程来整合企业物流管理，在首席物流执行官下设立副总，分别负责管理客户反应（客户服务和订单处理业务）、供应管理（周转、订单满足和采购业务）、分销（运输和仓储）、物流计划及最优化工作。一般来说，流程型物流组织的创建可以从以下几个方面进行。
1.设置流程经理
所谓流程经理就是管理一个完整物流流程的最高负责人。对流程经理而言，不仅要有激励、协调的作用，而且应有实际的工作安排、人员调动、奖惩的权力。这是有别于矩阵式组织结构中的项目经理的地方。项目经理的组织方式虽然也是基于流程管理，由各个部门的人组成一个完整的流程，但他们只是这个项目的召集人，或者是一个协调者，没有实权，难以保证这个流程不受本位主义的干扰。
2.新型职能部门的存在
虽说在同一流程中，不同领域的人相互沟通与了解能创造出新的机会，可同一领域的人之间的交流也很重要。而新型职能部门正好为同一职能、不同流程的人员提供了交流的机会。当然，在新的组织结构中，职能部门的重要性已退位于流程之后，不再占有主导地位，它更多的转变为激励、协调、培训等。
3.注重人力资源的开发
基于流程的企业组织结构中，在信息技术的支持下，执行人员被授予更多的决策权，并且使多个工作汇总为一个，以提高效率。这对于人员的素质要求更高。因而人力资源的开发和应用更显得重要。
这种以流程为基础的物流组织结构，强调把物流活动作为增值链来管理，强调物流作为一个综合系统，强调物流效率，而且，物流组织是以“流”定位，更容易实施所需要的物流重组。
3.3.2虚拟型物流组织的发展
虚拟组织指两个以上的独立的实体，为迅速向市场提供产品和服务、在一定时间内结成的动态联盟。它不具有法人资格，也没有固定的组织层次和内部命令系统，而是一种开放的组织结构，因此可以在拥有充分信息的条件下，从众多的组织中通过竞争招标或自由选择等方式精选出合作伙伴，迅速形成各专业领域中的独特优势，实现对外部资源的整合利用，从而以强大的结构成本优势和机动性，完成单个企业难以承担的市场功能。
虚拟型物流组织的形成是由于信息技术的发展，企业内和企业间的通信十分便利，传统上在企业内部执行的物流活动更容易外包，因此，物流的一体化发展和物流活动的完成不再需要将功能归组或集合进一个正式的组织单位，那些需要运输、仓储、库存以及其他物流服务的企业只需要对自身的物流需求进行恰当的定位，然后利用电子网络，把物流工作交给精选的合作伙伴和专业公司来完成。