关于党的整顿问题，邓小平在1975年7月4日对中央读书班学员讲话中实际上已经提出来了。他说：“毛泽东同志讲军队要整顿，整个党也有这个问题，特别是在党的领导和党的作风方面。”到8月18日邓小平在讨论《工业二十条》的会议上讲话时，党要整顿的思想与部署已经十分明确。邓小平说，不但各行各业要整顿，党也要整顿。还说，浙江的“双突”，不只是浙江一个省的现象，全国各省、市的一些地区和单位都不同程度地有这个问题。不整顿不行。不整顿，我们这个党就成问题。他说，今冬明春，在整党的同时，1975年11月、12月，要腾出时间来搞好企业管理、生产秩序、设备维修等。在9月19日这次谈话之前，邓小平在9月15日全国农业学大寨会议开幕式的讲话中，就已经提出了全面整顿的任务。在这次谈话后，9月27日在全国农村工作座谈会上他又进一步指出：“当前，各方面都存在一个整顿的问题。农业要整顿，工业要整顿，文艺政策要调整，调整其实也是整顿。要通过整顿，解决农村的问题，解决工厂的问题，解决科学技术方面的问题，解决各方面的问题。”“整顿的核心是党的整顿。只要抓住整党这个中心环节，各个方面的整顿就不难”，“整党主要放在整顿各级领导班子上”。至此，邓小平完整的全面整顿的思想形成。
按照邓小平的上述论述，《论总纲》对整顿写了这样一段话：“毛主席的三项重要指示，是互相联系的不能割裂的统一整体，不能丢掉任何一项，也不能孤立地只抓其中任何一项。我们必须以这三项重要指示为纲，总结无产阶级文化大革命以来的丰富经验，制定各项工作的具体政策，用这个工作总纲和各项政策来指导各方面的工作，整顿各方面的工作。工业要整顿，农业要整顿，交通运输要整顿，财政贸易要整顿，科学技术要整顿，文化教育卫生要整顿，文学艺术要整顿，军队要整顿，党也要整顿。这次整顿的目的，是为了巩固和发展无产阶级文化大革命的胜利成果，是为了迎接明年开始的第五个五年计划。”并指出：“在各个方面的整顿中，党的整顿、党的工作的整顿是重点。”“四人帮”对邓小平领导的整顿恨之入骨。1976年2月，姚文元对上引这一段话加了三条批语，说“九大‘整顿’。可谓天罗地网。”“杀气腾腾，一副地主资产阶级‘还乡团’的腔调。”对“为了巩固和发展……”批道：“换几个字，为了扼杀和取消就对了。”在这几句批语中，他们这一伙儿不要安定团结，反对把国民经济搞上去的极“左”面貌真是暴露无遗。
9月19日谈话涉及的另一件事，是督促胡乔木抓紧筹办综合性刊物《思想战线》。
谈话中提到的《化石》杂志，是1973年复刊的科普刊物（半年刊）。1975年8月，毛泽东左眼做手术后视力有所恢复，看了《化石》创刊以来的各期，写了批语，要求印大字本送他。9月6日，该刊编辑部张锋给毛泽东写信，反映办刊困难和科学院的一些情况。毛泽东于9月16日作了批复。他给来信加了标题：“一封诉苦的信”，并批示：印发在京各中央委员、中央候补委员。
关于办刊物，邓小平6月29日同胡乔木谈话时就提出“学部要办个刊物”。七八月间邓小平又催过几次。胡乔木曾催问胡绳有关《思想战线》筹备的情况，很着急，认为事情办得拖拉，说小平同志对这个刊物很重视，催了好几次了，要赶快办起来。
9月5日学部临时领导小组已起草了关于创办综合性刊物《思想战线》杂志的请示报告初稿。9月19日谈话后，22日请示报告送给胡乔木审阅修改。
胡乔木于9月29日改写后，1975年10月4日以哲学社会科学部临时领导小组名义上报国务院和中央政治局。报告说：“遵照中央政治局的指示，哲学社会科学部已经逐步恢复业务工作。学部所属各研究所过去出版过的各个杂志，只有《历史研究》、《考古》、《考古学报》仍在出版，其余都已停刊多年。现在除准备按照需要和可能逐步出版各种分科的杂志外，打算先出版一个综合性的杂志。”关于“刊名和性质”，报告说：“刊名定为《思想战线》。它是一个理论性、批判性、讨论性的哲学社会科学综合性月刊。”对刊物的方针，报告提出“以马克思列宁主义、毛泽东思想为指导。坚持党的基本路线，为无产阶级政治服务，为工农兵服务，为巩固无产阶级专政服务”、“认真贯彻‘百花齐放、百家争鸣’的方针。贯彻‘古为今用’、‘洋为中用’、‘厚今薄古’的原则”、“要面向全国，面向广大群众，注意同工农兵结合，实行开门办刊物”、“坚持理论联系实际的原则，提倡从理论和实践的结合、观点和材料的统一上说明问题。坚持一分为二的观点，努力避免片面性和绝对化”、“提倡革命文风”等五条。
10月5日邓小平批：“拟同意，请主席批示。”经毛泽东圈阅，10月6日邓小平又批：“请政治局同志传阅后退胡乔木。”
10月6日当天上午，政研室召开会议，讨论《思想战线》工作，胡乔木讲了话。他指出，《思想战线》不单单是学部纯学术的机关刊物，它是面向全国、面向广大群众的刊物。应当办成政治性、战斗性、现实性、理论性的，能代表党的路线的刊物。学部领导要把办好这个刊物当作头等重要任务来抓。文章的选题与质量，都应与党目前在各条战线上的方针任务和要求相适应。编辑部要与党、与各个实际工作部门保持密切的联系，把他们工作中的问题，转换为我们的选题、文章。胡乔木指出，学部的领导、刊物编辑部要能了解和熟悉党在各条战线上有哪些任务，对现在各条战线上的干部和群众中的许多思想理论问题，刊物要有所反映，要根据马列主义毛泽东思想给予说明和解决，阐明正确的观点，批判各种不正确的观点。结合当前报刊的情况，胡乔木指出，毛泽东关于“要安定团结”的指示已两年多了，还没有一篇系统地研究的文章；批评报刊的宣传不去解决经济工作中关于革命与生产、生产力与生产关系、生产中技术与政治的关系、生产组织管理制度等非常迫切的问题，这些问题不解决，国民经济是搞不上去的。他还说：“群众并不要求那些一窝蜂的文章，这样的文章与其写，不如不写，与其出，不如不出。”这些意见，尖锐地批评了“四人帮”控制的报刊宣传，也从反面说明了对《思想战线》的要求。胡乔木还谈了作者队伍与编辑部的建设问题。他指出：我们刊物的作者应当是全国范围的，要搞五湖四海，打破那种小圈子习气。作者要广泛，要老、中、青三结合，提倡理论队伍与群众相结合。他还指出：刊物的方针、内容和文章的要求，写在报告上容易，真正做到却是很不容易的。这需要一个很强的编辑部的班子，人员要严格选择。他认为编辑部要有两部分，一部分有观点、有思想，活动能力强，能出好题目；另一部分能够对文章的质量负完全责任。
10月6日下午，胡乔木又在会上具体谈了《思想战线》的选题。针对“四人帮”的“左倾”理论及其造成的混乱，提出不少重要论题。如：在教育工作方面，要从理论上阐明列宁反对崇拜自发性的观点，阐明毛泽东的实践论观点，无政府、搞破坏绝不是反潮流、反师道尊严。封建主义的师道尊严要破坏，社会主义的师生关系要建立。要讲清楚什么是以学为主，重新阐述“五七”指示；关于科学工作，可以按照《科学院汇报提纲》的精神拟出“科学是生产力”、“马克思主义哲学和自然科学的关系”、“理论科学和应用科学的关系”、“党的知识分子政策”等选题；经济工作，要区别关于唯生产力论、利润挂帅、技术至上的正确了解和歪曲了解，要用马克思主义的劳动价值理论来解释怎样提高劳动生产率，使生产搞上去；无产阶级专政理论问题的讨论，最好不纠缠资产阶级法权问题，不如从事实、从分析中去讲明主席指示的精神，讲明在社会主义条件下产生新资产阶级分子的根据和与它作斗争的途径；评论《水浒》，可以就这个题目讨论中国农民战争的问题，分析农民战争的几种类型，不同时期、不同的战争、不同的路线、人物、结果，批判一些错误观点。说明宋江投降不是什么农民阶级的局限性，但晁盖、吴用、李逵，有他的局限性。肯定他们的革命性，也指出他们的局限性。无产阶级则不同，第一，无产阶级不是法家，第二，无产阶级不是晁盖。
此后，在政研室指导下，《思想战线》拟定了1976年第一季度的选题，编就了刊物的第一期。但因“反击右倾翻案风”起而未能面世。
第十五次 1975年9月25日
早上，邓小平把胡乔木找去，说：一定要搞一个毛主席和马克思主义经典作家关于哲学不能代替自然科学的语录，说明《汇报提纲》在理论上是有根据的，站得住的。这个语录作为科学院《汇报提纲》的附件，明天早上就要编好印发，因为有同志有意见。
说明
《科学院工作汇报提纲》（交国务院讨论稿）中提出“对毛主席的革命科技路线，必须努力进行系统的、准确的宣传，并且注意防止和克服对这一路线的任何偏离、割裂或曲解。”并列举了五个方面，说明应该怎样全面认识与把握，防止两种错误倾向。其中说道，“一定要强调马列主义哲学对自然科学的指导作用，提倡科研人员学习自然辩证法，认为哲学对自然科学的研究没有指导意义，是不对的；另一方面，以为哲学可以代替自然科学，以为不依靠科学本身的大量的辛勤劳动和精确论证，就可以简单依靠哲学的一般原理去推演出具体科学问题的具体结论，也是不对的”。
邓小平得知纪登奎对于上述论断有些意见，立即找胡乔木编印语录，说明《汇报提纲》理论上有根据，站得住。
胡乔木当即要于光远组织政研室同志摘编。国内组孙小礼连夜编好一份题为《哲学只能概括、引导而不能代替自然科学》的材料，引用毛主席的论述5条，恩格斯、列宁的论述12条。这份材料在9月26日印出，下午开会时发到每个与会者手里。邓小平在26日会上谈到了哲学与自然科学的关系，还特别交代：哲学与自然科学写清楚。
会后，胡乔木等又对《汇报提纲》中的这一段话做了修改，成为：“一定要强调马克思主义哲学对自然科学研究的指导作用。不积极组织科技人员学习毛主席的哲学思想、学习自然辩证法，不鼓励和帮助他们在工作中自觉地运用辩证法，不认真开展对自然科学领域中的唯心主义和形而上学的批判，是不对的；另一方面，不注意哲学与自然科学的区别，以为哲学可以代替自然科学，以为有了哲学就可以不要各门自然科学的基础理论，以为不需要依靠辛勤的科学实验和精确的科学论证，只依靠哲学的一般原理就能推演出具体的科学问题的科学结论，也是不对的。”所附的材料，后来又补充了不少条，重新编辑。分两部分：（一）自然科学的研究必须以哲学为向导。（二）哲学不能代替自然科学。两部分都引用了“毛主席的论述”（第一部分引二条，第二部分引三条）和“马克思、恩格斯、列宁的论述”（第一部分引九条，第二部分引十三条）。题目改为《必须用哲学指导自然科学的研究，但不是用哲学代替自然科学》。
第十六次 1975年9月26日
早上，邓小平又找胡乔木去，要他先去找那位对《汇报提纲》中关于哲学与自然科学关系问题的表述有意见的中央负责同志面谈一下，并要胡乔木一定参加下午国务院讨论《汇报提纲》的会。
说明
胡乔木即按邓小平的嘱咐找这位负责同志（纪登奎）面谈。纪主张用毛泽东在《整顿党的作风》中关于“哲学则是关于自然知识和社会知识的概括和总结”的提法。胡乔木即引毛泽东的话作根据，说明（汇报提纲》中用《实践论》、《改造我们的学习》强调马克思主义哲学的认识路线的道理。其实，在9月26日国务院会议上分发的关于哲学与自然科学关系的语录，第一条就是“哲学只能包括而不能代替电子论”那一段（引自《在延安文艺座谈会上的讲话》），第二条就是《整顿党的作风》中“哲学则是关于自然知识和社会知识的概括和总结”那一段。
9月26日下午，国务院召开科学院《汇报提纲》汇报会，除科学院胡耀邦、李昌、王光伟外，还有计委、建委、国防工办、国防科委和教育部负责同志参加。胡乔木和吴冷西、于光远以及学部林修德也参加了这次会议。邓小平说到自动化提高后科学技术是生产力时，胡乔木插话说：“科学技术是生产力。马克思说生产力首先是科学。”根据会上邓小平的谈话，以及会下邓小平的交代，胡乔木又对《汇报提纲》做了若干修改，如：队伍，注明全国各专业科研机构五个系统共约25万人；明确要选拔科研人员担任正副所长等职；科技大学要从应届优秀高中毕业生中直接招生；整顿的内容还增加了“整顿科技出版工作”一项。9月30日晨，稿子修改好付印，午后送邓小平报送毛泽东。
第十七次 1975年10月3日
下午，邓小平同政研室七位负责人一起第七次读《毛泽东选集》的选篇（《党在过渡时期的总路线》、《反对党内的资产阶级思想》等），又一次强调要学习1954年中共七届四中全会的文件。