印度还批评美国为了使巴基斯坦站在美国一方，而在恐怖主义问题上采取双重标准———“只打击那些危害美国安全的恐怖主义分子，而不是那些困扰着印度的那些恐怖主义分子。”[46]美国采取积极步骤把“拉什卡民兵组织”和“穆罕默德圣战组织”列入外国恐怖主义组织（Foreign Terrorists Organizations，FTOs）名单，仍不能令印度满意，因为美国认为这两个组织是“无国家”（stateless）的恐怖主义组织，其目标既是针对印度的，也是针对巴基斯坦的。此外，作为“9·11”事件后一系列恐怖分子袭击[47]的主要受害者，印度在2002年夏威胁不惜以战争来对付巴基斯坦，就像以色列对付巴勒斯坦、俄罗斯对付车臣一样。美国呼吁印度保持克制，因为那样将削弱并改变全球反恐战略。
在克什米尔这一“比基地组织更重要”[48]的问题上，印度政府对美国要向该地区派遣一个特使的想法非常冷淡，也反对美国提出的要求印度与巴基斯坦进行会议的要求。印度还日益认识到并担心，“9·11”事件以后美国把更多的精力集中到全球反恐问题和次大陆的危机管理上，而较少继续“9·11”事件之前与印度建设战略伙伴关系和“改造”双边关系的努力。为了反恐需要，美印双边防务合作有了相当的加强，包括美国几十年来首次考虑向印度转让武器，但是，双边经济关系，包括更多的直接投资和高技术转让以及其他方面，却没有取得什么进展而令印度失望。
以下一些问题如果不能很好处理有可能对美印战略伙伴造成阴影。
第一，美巴结盟困扰着印度。美国已宣布巴基斯坦是其在南亚的“主要非北约盟国”（major non‐NATO ally，MNNA），美国因此将向巴基斯坦出售更先进的武器，甚至包括交付F‐16战斗机。印度媒体质疑“伊斯兰堡是否真的需要反装甲和反舰导弹来搜捕本·拉登”，并称“华盛顿正在推行一项对巴基斯坦军事政权使媚眼的亲善政策”。[49]印度政府一位官员则明确指出政府反对美国向巴基斯坦提供F‐16战斗机，因为“它们可能被用来对付印度”和“导致该地区的军备竞赛”。
第二，不扩散问题上的新因素。随着时间的推移，印度的核和导弹项目越来越得到美国的理解甚至默许。但在不扩散领域有可能出现新的问题。2004年9月29日，美国国务院确定印度两位科学家（C.Surender和R.S.R.Prasad）违反了2000年伊朗不扩散法（the Iran Nonproliferation Act of 2000）而将被制裁，因为他们向伊朗转移了与大规模杀伤性武器有关的设备和（或）技术。但印度拒绝这一制裁并称“没有发生敏感技术的转移”。美国对印伊关系的进一步发展提出了警告。但印度发现伊朗是其在西亚的一个重要同盟，声称印伊关系局限在能源、贸易和运输等方面，不涉及核领域的合作。
第三，美国对印度经济最为关注的是其改革的范围和步伐。一些美国学者和官员认为，过度管制和官僚结构对印度发挥其经济潜力形成了障碍。2004年3月，美国驻印度大使穆尔福德（David Mulford）说，“美国是世界上最开放的经济之一，而印度是最封闭的经济之一。”美国传统基金会的《2004年经济自由指标》（2004 Index of Economic Freedom）把印度列为“大体上不自由的”。美国次国务卿拉尔森（Larson）也抱怨，由于“印度经济改革步伐缓慢”，“美国和印度的贸易和投资大大低于它们应有的水平。”另外，不彻底的知识产权保护也是两国之间长期存在的问题。2004年5月，由于印度在知识产权保护和执法方面的“软弱”，美国贸易代表（USTR）再次把印度列入“特别301重点观察名单”（the Special 301 Priority Watch List）。
第四，在一些重大国际问题上的分歧。在全球反恐中，美印并没有实质性的合作。美国对印度拒绝派兵前往伊拉克表示很大的失望。在全球贸易谈判中，美印在劳工、环境和知识产权保护等问题上存在不同的立场。印度对美国的单边主义、先发制人和削弱联合国的做法也不满意。
此外，在执行NSSP方面，也存在一些操作性问题。美国次国务卿贾斯特在一次有关NSSP的会议上指出，一个主要问题在于印度不是某些多边出口控制机制的成员，如核供应国集团（Nuclear Suppliers Group，NSP）、澳大利亚集团（The Australia Group，处理化学和生物武器）、导弹技术控制机制、瓦森纳尔安排（The Wassenaar Arrangement，处理双用途产品和常规武器），更不用说《不扩散核武器条约》。[50]为防止相关技术的扩散，美国在驻印大使馆设立了出口控制部门以监督出口到印度的敏感技术的最终用途。[51]
尽管美国与印度短期内在巴基斯坦、恐怖主义和克什米尔等问题上有分歧，但这并不能掩盖美印在共同商业利益、安全合作和民主价值上的长远共性。美国驻印大使布莱克韦尔在一次演讲中说，“很难找到两个国家像美国和印度那样同样程度地同时面对三个强大挑战———在民主价值基础上促进亚洲安全；每天面对国际恐怖主义的威胁；需要减缓大规模杀伤性武器的进一步扩散。”[52]也许他的估计有点过高，但美国确实在次大陆获得了比过去任何时候更多的影响和手段。美国对巴基斯坦的支持和援助是后者国家重建的动力和机会。而美国的合作对印度实现其经济、政治、安全和外交目标，也是至关重要的。
总之，美印战略伙伴对中国将产生一定的影响，包括美国和印度因素分别在中印、中美关系中的作用，以及中美印战略三角更具有现实意义（见结语部分的分析）。
第四节巴基斯坦：从“前线国家”到“主要非北约盟国”
除了阿富汗，巴基斯坦是受“9·11”事件影响最大的伊斯兰国家，这种影响对巴基斯坦来说是非常明显和深远的。在阿富汗开展的“持久自由行动”，更使巴基斯坦成为美国反恐行动中的“前线国家”。因此，美国立即要求巴基斯坦作出选择，要么加入美国领导的反恐联盟，要么继续与塔利班政权为伍而与美国敌对。
巴基斯坦方面，穆沙拉夫正确估计了形势，并在“9·11”事件后72小时内作出了“战略性”和“困难的”选择：从塔利班政权的支持者变为塔利班政权的敌人。
穆沙拉夫深知，如果巴基斯坦不与美国合作，巴基斯坦将被美国和国际社会排斥和孤立，甚至巴基斯坦本身因为支持塔利班和与之关系紧密而有可能成为受打击的目标。2001年9月19日，穆沙拉夫向巴基斯坦人民解释了他决定参加美国反恐行动的理由，是基于巴基斯坦4个方面的国家利益：国家安全、经济复兴、维护战略核武器和导弹设施的安全、克什米尔问题。在2002年1月12日向全国发表的电视讲话中，穆沙拉夫指出：“我们决定参加国际反恐联盟，我们做出这个决定是基于原则和我们的国家利益”。他还说：“巴基斯坦不会允许其领土被用来进行恐怖主义活动”。[53]他还提出经济和社会改革是其政府的迫切的优先要解决的问题。
美国非常重视巴基斯坦在全球反恐中作为前线国家的作用。美国认识到，没有穆沙拉夫和巴基斯坦的支持，美国在阿富汗的军事行动很难取得成功。有两个因素使巴基斯坦在美国眼中重新获得了战略意义：一是巴基斯坦与阿富汗交界，并且是少数几个与阿富汗塔利班政权有正式外交关系的国家；二是巴基斯坦本身有可能“构成美国的两大主要安全威胁：大规模杀伤性武器和与恐怖主义的联系”。[54]2001年10月，美国决定取消因1998年核试验和1999年军事政变而对巴基斯坦实施的制裁。11月，布什就巴基斯坦至关重要的支持，向来访的巴基斯坦总统穆沙拉夫表示感谢。[55]2002年2月，穆沙拉夫再次访美，布什公布了一份新的援巴计划，主要内容包括：（1）债务免除———2003财政年度免除约10亿美元的债务；（2）民主援助———为2002年10月在巴基斯坦进行的立法选举提供20亿美元的技术支持；（3）教育援助———2002年度提供3400万美元的教育援助计划，并开始一项多年度总共约1亿美元的支持巴基斯坦加强教育及其改革的项目；（4）防务合作———重新建立防务协商小组讨论军事关系，2003年度为国际军事教育与训练（IMET）提供100万美元，恢复核安全问题的对话；（5）执法合作———已成立的执法联合工作小组以改进反恐和反麻醉品中的合作，美国司法部长将邀请巴基斯坦内政部长到华盛顿讨论反恐问题；（6）科技合作、空间合作、市场准入等。[56]
“9·11”事件后，美国恢复对巴基斯坦的经济和军事援助。
2002—2004三个财政年度，巴基斯坦共获得美国20亿美元的援助。美国已承诺从2005财政年度开始的未来5年向巴基斯坦提供总共30亿美元（每年6亿美元）的一揽子援助，其中一半为经济和发展援助，另一半为安全和军事援助。
其中2005年度还另加1亿美元，达7亿美元。
“9·11”事件特别是在阿富汗开展反恐行动后，美国与巴基斯坦还发起成立了反恐和执法联合工作小组（Joint Working Group on Counter‐terrorism and Law Enforcement）。2002年9月，美巴重新恢复防务协商小组（Defense Consultative Group，DCG）的活动，就军事合作、安全援助和反恐进行高层讨论。美国国防部长拉姆斯菲尔德认为与巴基斯坦的关系是“长期”、“战略性”和“互利”的，因此，“我们将希望通过各种不同的方式加强这种关系。”
美巴之间的安全合作因巴基斯坦在美国领导的反恐行动中的特殊作用而达到冷战结束以来的最高水平。2002年7月，美国允许向巴基斯坦进行商业销售以便巴基斯坦能维修一部分美制F‐16战斗机。2003年7月，美驻巴大使宣布伊斯兰堡将从洛克希德·马丁公司（Lockheed Martin）获得价值约7500万美元的5架C‐130大型军用运输机。美国还与巴基斯坦签订另一项价值约1.55亿美元的外国军事销售紧急协定（Pending Foreign Military Sale Arrangement），包括向巴基斯坦提供6个航空卫星侦察雷达，以帮助巴基斯坦加强反恐能力。
2003年9月，美国又向巴基斯坦提供价值超过3亿美元的武器，包括12个雷达和40架“铃”（Bell）直升机，以加强巴基斯坦支持美国“持久自由行动”的能力和边界安全。2004年8月，五角大楼通知国会将向巴基斯坦提供价值约7800万美元的军用雷达系统以改进巴基斯坦的通信能力和增强巴基斯坦与美国领导的反恐力量之间的合作能力。美国还帮助训练和武装巴基斯坦的陆上和空中打击力量，以便能快速行动来发现和锁定恐怖分子目标。
除了提供直接的经济和军事援助，美国还提高巴基斯坦在美国全球战略中的地位。2004年6月，美国总统布什根据1961年对外援助法（the Foreign Assistance Act）517款，将巴基斯坦列为美国在南亚的“主要非北约盟国。这样，巴基斯坦成为继以色列、日本、韩国、澳大利亚和菲律宾后的又一个主要非北约盟国”。[57]2003年6月，布什与穆沙拉夫在戴维营会谈时，提出未来5年的一揽子援助计划和美国对巴基斯坦政策的主要目标：维持巴基斯坦反恐战争中的伙伴、控制大规模杀伤性武器的扩散和民主化。[58]
这是历史上美国第三次与冷战时“亚洲最紧密的盟友”（the most allied ally in Asia）结盟，前两次分别在20世纪50年代和80年代。历史具有惊人的相似。
1954年，共和党的总统艾森豪威尔签署《共同防御援助协定》，向巴基斯坦提供17亿美元的援助，以邀请当时巴基斯坦的总司令阿尤布·汗对抗“共产主义威胁”。1981年，又是共和党的总统里根要求国会恢复对巴基斯坦的经济和军事援助，以换取巴基斯坦总司令齐亚·哈克的帮助，以在阿富汗建立反苏抵抗阵线。20年后，还是共和党的总统，布什要求国会取消制裁以得到巴基斯坦将军穆沙拉夫的帮助，以便在同一地方，即阿富汗开展反恐行动。
正如美国著名南亚问题专家丹尼斯·库克斯所说：“美巴关系就好像过山车，其特征是在艾森豪威尔、尼克松和里根政府时期结成联盟关系和紧密伙伴，而在肯尼迪、约翰逊、卡特和克林顿当政时期却关系冷淡和紧张。”[59]