在南亚部分，克林顿主要阐述了美国在不扩散、克什米尔、双边关系和恐怖主义等方面的政策。在不扩散问题上，美国认为核武器并不会增加印度或巴基斯坦的安全，相反会导致军备竞赛，从而破坏全球不扩散机制、威胁国际安全。
报告提出美国将继续要求印度和巴基斯坦加入不扩散的国际主流，包括：加入和批准《全面禁止核试验条约》、加入支持禁止生产裂变材料的国际行列、加强出口管制、避免核和远程导弹的军备竞赛。在克什米尔问题上克林顿首次在国家安全战略报告中明确美国的立场：尊重实际控制线，反对以暴力手段解决冲突，要互相克制。关于双边关系，克林顿提出美国加强与印度各个领域的合作，与印度进行定期的高层次对话，对巴基斯坦继续实行接触政策，促使其回到民主政治轨道。关于打击恐怖主义，克林顿首次在国家安全战略报告中提出把目标指向阿富汗及其庇护的恐怖主义分子，包括本·拉登（Osama bin Laden）及其基地组织（al Qaeda），并对巴基斯坦支持塔利班（Taliban）政权，允许它继续保护激进分子表示关注。[13]
这一报告是对克林顿南亚安全战略的一个总结。从中可以看出，美国的三大目标在南亚具体表现为：安全利益———避免印巴战争、打击恐怖主义、实现南亚地区稳定；经济利益———开拓印度这一庞大的新兴市场；政治利益———加强与印度作为最大的民主国家的政治关系，同时，促使巴基斯坦回到民主政体。报告还表明美国在南亚主要面临三大安全难题：不扩散、印巴克什米尔冲突、恐怖主义。基于巴基斯坦在不扩散、恐怖主义、民主等方面的利益冲突，克林顿在其第二任期实行明显向印度倾斜的政策。
第二节美国在南亚的利益和目标
在冷战的40多年时间里，美国在南亚的利益和目标，以及美国的南亚政策都受冷战的制约。随着苏联于1989年从阿富汗撤军，美国在南亚的主要目标变为避免印度和巴基斯坦走向核国家和控制南亚地区危机。克林顿政府在一系列广泛的领域对印度采取接触政策，但不扩散在美国南亚战略中仍处于主导地位。
然而，20世纪90年代在南亚发生的一系列事件，使美国在南亚的利益和目标受到重大挑战。1995年印度政府不再支持《全面禁止核试验条约》，第二年更是公开拒绝了这一条约；1998年5月，印度和巴基斯坦用连续11次地下核试验宣布自己成为核武器国家；1999年6月，在敏感的克什米尔山谷的卡吉尔地区，两个刚刚拥有核武器的国家发生了一场严重的对抗，使冷战后的世界第一次面临核战争的危险，这一对抗又直接导致了3个多月后巴基斯坦的军事政变，民选的谢里夫政府下台，成立了以穆沙拉夫为首的军人政权。这些事态的发展不得不使美国重新审视美国的南亚战略，包括美国在南亚的利益、目标、力量和政策等。
如果说冷战时期美国在南亚没有生死攸关的战略利益，因为这里既没有迫在眉睫的威胁，也没有至关重要的资源，那么，冷战结束后，按苏米特·甘古力的说法，至少有三个原因使美国重视这一地区：第一，南亚的规模和人口，使美国作为一个有全球利益的超级大国不能忽视它；第二，南亚处于石油产地中东和不断富裕的东南亚之间，具有战略重要性；第三，南亚两个主要国家印度和巴基斯坦获得核和导弹能力，使这一地区冲突的破坏性大大增加。[14]
曾于上世纪90年代初担任总统南亚事务特别助理的理查德·哈斯指出，把遏制共产主义扩大到南亚地区不再是美国的战略议程，美国的外交政策已从把南亚印巴之间的问题与全球战略挂钩转变为视南亚为一个独立和不同的地区，因此，“我们需要与印度和巴基斯坦都保持友好关系”。[15]可见，美国已开始用新的视角来看待南亚地区。
1993年4月23日，美国国务院南亚局助理国务卿帮办约翰·马洛（JohnR.Malott）在众议院对外关系委员会举行的听证会上提出了美国在南亚的基本目标，包括：第一，避免战争的发生和大规模杀伤性武器及其运载工具的扩散；第二，支持经济改革和发展，使美国的贸易和投资获得更多的机会，改进知识产权保护；第三，支持和加强该地区的民主制度和实践及对人权的尊重；第四，加强军事联系，获得无障碍的海上通行权；第五，结束恐怖主义；第六，与有关国家一起控制毒品的生产和走私，帮助促进人口规划，控制艾滋病的扩散，保护环境和支持救灾活动；第七，支持国际社会对该地区3000万难民的援助和遣返。[16]同年5月，他访问了印度和巴基斯坦。他在印度国际中心（India International Center）的演说中指出，冷战的结束，使“美国第一次可能直接面对南亚而不必考虑地区外大国”。[17]这表明美国在南亚的利益和目标不再与对抗苏联/俄罗斯联系在一起，而与南亚本地区的状况直接相关。
1995年2月9日，美国负责南亚事务的助理国务卿鲁宾·拉斐尔在出席国会举行的听证会上发言时，把美国在南亚的目标和利益概括为：第一，避免战争，缓和紧张局势，帮助和平解决冲突；第二，避免大规模杀伤性武器和弹道导弹的进一步发展和部署；第三，鼓励自由市场经济和美国与南亚地区国家的贸易和投资；第四，促进民主和培育广泛公认的人权的保护；第五，打击毒品的生产和泛滥。[18]可见，美国的利益和目标是多方面的，包括地区稳定、不扩散、经济、民主和全球性问题等。
1997年7月10日，卡尔·因德弗思在被提名为负责南亚事务的助理国务卿后，在参议院对外关系委员会的一次讲话中指出，美国在南亚地区的主要利益和政策目标包括：促进和平与安全，特别是支持印巴对话；防止扩散；改进经济和商业关系；加强传统的安全合作；推动可持续发展维护地区环境。[19]
克林顿时期美国众议院国际关系委员会亚太小组委员会主席伯瑞特（Doug Bereuter）在2001年度B.C.Lee演讲时提到美国在亚太地区的三大利益：维持地区稳定和安全；开放和扩大亚洲市场，促使系统和结构改革以利于亚洲经济的长期健康和繁荣；促进民主和保护人权。[20]
2002年6月，美国布鲁金斯研究院著名的南亚问题专家斯蒂芬·科恩在一次南亚问题讨论会上把美国在南亚地区的利益分为消极利益和积极利益，其中消极利益包括克什米尔、核扩散和反恐战争，这三个地区问题困扰着美国的决策者，[21]这也是美国在南亚地区的三大主要安全挑战。如果说科恩主要从功能主义角度提出了美国在南亚的利益，美国对外关系委员会主席理查德·哈斯则从地区主义角度指出了美国在南亚面临的主要问题。2003年12月，他在《印度斯坦时报》（Hindustan Times）组织的一次演讲中指出，除了印巴紧张关系、巴基斯坦国内改革和阿富汗问题，“使南亚成为一个地区”，不仅仅是地理上的，而且是外交和经济上的一个地区也是南亚地区安全的核心问题。[22]
2004年4月，克里斯蒂娜·罗卡（Christina B.Rocca）在一次演讲中说，在过去三年中，南亚已上升为美国外交政策的最高点，南亚地区对美国决策者的重要性不仅在于核扩散和恐怖主义问题，还在于扩展民主的需要。[23]
美国国会研究处最新一期的“巴基斯坦与美国的关系”（《问题简报》）提出，美国在巴基斯坦的政策利益包括“反对恐怖主义、核武器和导弹扩散，南亚地区稳定，民主和人权，经济改革和市场开放，以及反毒品走私”。[24]
从上述美国国务院主管南亚事务的官员、国会议员和思想库著名学者的讲话中可以看出，美国在南亚的利益和目标是其全球利益和目标的一部分，两者是相一致的，即安全—经济—民主。具体来说，就是安全利益———维护南亚地区稳定；经济利益———开放南亚特别是印度市场；政治利益———促进南亚地区的民主和人权。
一、安全利益：地区稳定
冷战时期，美国在南亚的主要安全利益是避免南亚落入苏联的控制。“南亚仅仅是美国的边缘地区和派生利益。南亚没有美国想得到的对美国经济至关重要的资源。美国与该地区的贸易和投资也不足以使之成为一个重要的伙伴，支配美国南亚政策的主要考虑是其全球利益。”[25]
冷战结束后，在美国看来，南亚地区存在三个主要安全问题：克什米尔、核扩散、恐怖主义。这三个安全问题存在某种联系。在克什米尔问题上，美国的主要利益是促使争端的和平解决。在核扩散问题上，美国的利益从1998年以前的防止该地区的核扩散，已逐渐转变为核安全。在恐怖主义问题上，美国的利益是打击该地区的恐怖主义活动。在这三个地区安全问题上，美国的基本利益和目标是实现该地区的稳定。
南亚地区安全问题的焦点是印巴之间的克什米尔冲突。克什米尔问题是少数几个“冷战后的冷战问题”。克林顿上任之初，把印巴克什米尔争端视为世界热点问题之一，并把它的解决与人权、贸易联系在一起。美国的主要利益是维护该地区的稳定以免影响美国其他至关重要的利益，如美国与俄罗斯、中国、日本和中东的关系。由于印巴双方在该争议地区不时发生冲突，克什米尔的分离主义激进分子又经常发动袭击以反对印巴对克什米尔的占领，美国最关注的是如何避免冲突的升级。
美国另一重要安全利益是不扩散。印巴从20世纪80年代起就开始发展核武器项目。90年代早期，印巴是最接近拥有核武器的国家。美国担心印巴掌握核武器和导弹技术会导致印巴冲突升级为核对抗。因此，冷战结束后，美国加强对印巴施加压力，特别是对巴基斯坦实施了严厉的制裁，并要求他们加入国际核不扩散体制，特别是《不扩散核武器条约》和《全面禁止核试验条约》。1998年核试后，美国的利益和目标作出相应调整，要求印巴实现核武器的“安全性”，避免大规模杀伤性武器、技术和材料向其他国家扩散，避免印巴之间的核战争。
美国的安全利益还包括诸如打击阿富汗境内的恐怖主义活动和避免这些活动向南亚其他国家渗透外，处理日益严重的跨国问题，如毒品走私、环境污染、人口泛滥等。
二、经济利益：开放市场
冷战的结束不仅意味着东西方政治对抗的消失，也为经济全球化、自由贸易和开放市场消除了最大障碍。冷战结束后，美国视南亚为继东亚以后的又一个快速增长和发展的主要地区之一。特别是印度的经济改革为美印之间的贸易和投资合作打开了大门。美国认为印度的计划经济和保护民族工业的政策是美国在该地区扩展其经济利益和促进投资和商业利益的最大障碍。
克林顿总统第一任期外交政策的目标次序是：经济—安全—民主。克林顿认为，美国的利益是与一个新的全球经济联系在一起的，贸易已经成为美国外交政策中的一个关键因素。美国外交政策的主要目标是要占领发展中国家迅速扩大的市场，特别是印度。1994年4月，克林顿在给国会议员麦克德穆特（James A.Mc Dermott）的一封信中呼吁加强与印度的经济关系，称印度正在进行的经济改革“令人激动”，将为双边贸易和经济关系带来巨大的机会。
国务卿克里斯托弗（Warren Christropher）也认为：“在今天的全球经济，美国的经济福利更依赖于我们打开外国市场和促进自由贸易和投资的能力。？？我们要把美国的产品扩展到新兴大市场———如阿根廷、巴西、中国、印度、印尼、墨西哥、波兰、南非、韩国、土耳其，以及日本。”[26]
克林顿执政时期的美国驻印度大使富兰克·魏斯纳（Frank Wisner）认为：“美国是最早把印度视为崛起中的经济大国的国家之一，印度正在成为全球贸易和投资的一个重要角色。事实上，如果世界银行的估计成为现实，印度在2025年之前将成为世界上第四大经济体。”[27]他还指出：“我们与印度的关系是冷战后时代我们最重要的对外关系之一，它提供了世界上两个最大的民主国家之间的经济和政治伙伴的机会。”[28]