（三）方国珍的归服
割据浙东沿海台州、温州、庆元三路的方国珍，在朱元璋对张士诚用兵的几年内，依然靠两面派讨生活，他既接受元朝的官位，又向朱元璋献白金、绢匹，但其内心则是倾向元朝的。因此，方国珍对朱元璋阳奉阴违，暗地里探视应天虚实，设兵把守险隘，以期久据三州之地。对此，朱元璋也是了解的，只是由于他正集中力量攻打张士诚，故未发兵浙东，仅遣使问罪而已。
至正二十七年（1367年）4月，当张士诚的灭亡已成定局时，“方国珍既入贡，复阴泛海，北通扩廓帖木儿，南交陈友定。……屡假贡献觇胜败，为叛服计。”其不降之心更加暴露，朱元璋为书斥责，数其有十二大罪，谕其归服。方国珍得书不报。7月，朱元璋再次遣使，谴其“怀奸挟诈，阳降阴叛，数相愚弄”之罪，并令其贡粮二十三万石，否则将加兵三郡。方国珍惶恐不能决，“惟日夜运珍宝，集巨舰，为泛海计”，准备逃往海上。至正二十七年（1367年）9月八日，朱元璋攻灭张士诚，9月28日，即分兵两路攻方国珍，其一路由朱亮祖率金华、衢州（今浙江衢县）等卫马步、舟师等攻台州路，方国瑛败退黄岩，后又逃往海上，朱亮祖克台州，进占仙居诸县。10月二自，朱亮祖自黄岩攻温州路，大败方军于城办，斩首六十级，获马八十余匹。方明善携妻子出逃厂城破，俘其员外郎刘本，分兵取瑞安。11月1日，“朱亮祖率舟师袭败方明善于乐清之盘屿，追至楚门海口。”另一路由征南将军汤和率领常州、长兴、宜兴、江阴诸军，10月10日出发，自绍兴渡曹娥江，攻占上虞、余姚。11月9日，攻破庆元，方国珍驱部下乘海舟入海，汤和率兵追击，败方国珍于海上，俘其副枢密使方惟益，元帅戴廷芳等。汤和回师下定海、慈溪等县，俘二千人，获战舰六十三艘，马二百余匹，粮食三十五万多石。11月17日，朱元璋又命廖永忠为征南副将军，率水师自海上助攻方国珍。24日，方国瑛遣其子向朱亮祖投降。12月9日，方国珍率其弟方国珉等向汤和投降，得步卒水师两万三千余人，海舟四百二十艘，粮十五万石。继而元昌国州达鲁花赤阔里吉思亦降。浙东地区平定。
（四）陈友定被俘杀
陈友定，又名有定，福州福清（今属福建）人，后迁居汀州清流（今属福建）。其家境贫寒，曾经商，破产后又为驿卒。至正十三年（1352午）红巾军进入福建后，他组织地主武装镇压农民起义，多次打败进入福建的陈友谅部厂还镇压过福建地区的其他小股农民起义军，以军功被元授为县尹，行省参知政事等。至正二十五年（1365年），元于延平（今福建延平）置福建行省分省，以陈友定为平章政事，于是，实际上“闽中八郡皆其所有”，统治了福建全境。
福建多山，交通不便，更加以农民起义在全国爆发，南北驿路隔绝，元朝政令不能及时到达福建，因此，陈友定实际上成为一个地方割据势力，福建的人事、甲兵、赋税得以独专。但他对元廷十分恭顺，在张士诚、方国珍停止向元朝运粮后，他却从福建运粮至大都。他北抗陈友谅、朱元璋，阻挡红巾军南下福建，他还北攻处州，杀朱元璋大将胡深，一直与农民军为敌。
至正二十七年（1367年）11月，朱元璋命胡廷瑞为征南将军、何文辉为副将军，率兵南下攻陈友定，由杉关进入福建，很快攻占了光泽、邵武、建阳，逼近建宁（今福建建瓯）。12月，朱元璋又命汤和，廖永忠率水师自庆元由海道攻福州。至正二十八年（1368年）正月，胡廷瑞下建宁，破延平，陈友定服毒未死，俘送应天被杀。延平既下，兴化、泉州、漳州等地守将也相继投降，福建平定。
福建平定后，今湖南、广东、广西等地的一些元末割据势力，随后也相继被朱元璋统一。
（五）明升投降
元末割据四川的是明玉珍。明玉珍，随州（今湖北随县）
人，为人刚直，其“家世以农亩为业”，元末红巾军大起义爆发后，被当地富豪推为屯长，组织地主武装，结寨白保。至正十一年（1351年）冬，徐寿辉起义军发展起来，遣使招谕，明玉珍归服，被授为统兵征虏大元帅，率原部军马，镇守沔阳一带，至正十五年（1355年）春，徐寿辉令明玉珍率斗船五十艘入川筹粮，满载而归。至正十七年（1357年）四川行省右丞完者都与左丞哈林秃守重庆，二人不和，12月明玉珍乘机攻占重庆，俘哈林秃，押送汉阳，徐寿辉以其功授陇蜀省右丞。至正二十，年（1360年）4月，明玉珍大败元兵于嘉定，杀完者都，进占蜀中各州县。至正二十年（1360年）5月，陈友谅杀徐寿辉，明玉珍怒曰：“一吾与友谅同事徐氏，今友谅弑主自立，当整兵讨之。遂令莫仁寿领兵守夔关，不与相通。“三军缟素，为宋主发丧。”10月，玉珍自称陇蜀王。至正二十三年（1363年）正月1日，明玉珍称皇帝，改元天统，国号大夏，仿周制，中央设六卿，后改方中书省，枢密院等；地方府置刺史，州设太守，县曰令尹，并开科取士，明玉珍还实行屯田，“以赡国用”，又“颇尚节俭”，“赋税十取其一，农无力役之征”，蜀中人民“赖以初安”，获得了一个比较安定的生产、生活环境。明玉珍曾命万胜领兵攻取汉中、云南等地，虽也取得了一些胜利，但其辖地没有扩大。至正二十四年（1364年）以后，明玉珍即转入防守，基本控制了今四川及贵州的北部地区。至正二十六年（1366年）2月，明玉珍病死，死前嘱群臣曰：“汝等同心协力，但可自守，慎勿妄窥中原，亦不可与各邻国构隙。”其子明升即位，年仅十岁，由其母彭太后垂帘听政，基本上继承了明玉珍的睦邻守疆政策，大夏成为地方性的割据政权。
明玉珍时期，大夏与朱元璋已建立通使关系，相互友好。明升即位后，依然与朱元璋保持联系。张士诚，方国珍灭亡后，明升日益孤立，大夏政权内部大臣之间也矛盾重重，国势日益衰落。明王朝建立并北伐灭元后，朱元璋当然也不会再允许这一割据政权的存在，洪武二年（1369年），乃招谕明升归顺，明升不从。洪武四年（1371年）正月，以汤和为征西将军，周德兴为左副将军，廖永忠为右副将军，率水师由瞿塘峡西上攻重庆，傅友德为征虏前将军，顾时为左副将军，何文辉为右副将军，率步骑由秦陇攻成都。东路军汤和受阻于大溪口，北路军则进展顺利，很快攻占阶州（今甘肃武都西北）、文州（今甘肃文县）、绵州（今四川绵阳），汉州（今四川广汉），进逼成都。6月10日，东路军廖永忠绕道背后攻破夔州，18日，逼近重庆，明升大惧，22日投降。大夏灭亡。
二、朱元璋的转化和建立明朝
朱元璋出身于贫苦的佃农家庭，父兄死后，孤苦无依，当了和尚，成为游方僧，过着乞丐式的生活。红巾农民起义爆发后，他投入农民军队伍，由一名战士逐渐升为大将。在反元斗争中，朱元璋叱咤风云，发挥了他的智慧和才能，成为农民起义军的领袖，但后来却又转化为封建皇帝。
朱元璋在元末农民战争中的活动，大体上可以分为前后两个讨期，从至正十二年（1352年）至至正二十三年（1363年）是朱元璋进行反封建斗争和逐渐向地主阶级转化的时期，至正二十四年（1364年）正月朱元璋称吴王，就标志着朱元璋完成了向封建地主阶级的转化，此后他所进行的战争，已经不再是反封建的农民战争，而是以建立一个新王朝为目标的封建统一战争了。
前一时期，朱元璋在阶级压迫和民族压迫的逼迫下，走投无路，参加了郭子兴的起义军。参加起义后，如前所述，他“每遇敌，智勇奋出，身先士卒”，确实与地主阶级和元朝统治者进行了殊死搏斗。对人民群众，朱元璋则采取保护政策，每新占一地，即对贫民进行赈济，抚问疾苦，因此，朱元璋的军队受到广大人民的热烈欢迎，许多农民纷纷参加他的队伍，而一些地主、官绅则骂朱元璋的军队是“淮西寇”。在这一时期内，他尊奉小明王，用龙凤年号，称韩林儿的命令为“圣旨”；他以“复宋”相号召，与韩林儿、刘福通的政治口号是一致的；当安丰受到张士诚的围攻而向他求援时，他能冒陈友谅乘虚进攻应天的风险，不顾李善长等人的反对，亲自带领主力增援，救韩林儿于危难之中。这都说明，在这一时期内，朱元璋不愧为是农民起义军的领袖。
但是，也应当看到，朱元璋在至正十六年（1356年）攻占应天后，也加速了向地主阶级的转化，转化主要表现在：第一，保护封建生产关系，扶植新老地主阶级分子。朱元璋攻下应天后，即“悉召官吏，父老、人民谕之曰‘……汝宜各安职业，毋怀疑惧，贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之。居官者慎毋暴横，以殃吾民。旧政有不便者，吾为汝除之。’”让官吏、父老各安职业，就是保持旧的生产关系，允许他们占据原有土地，依旧过剥削生活，对老牌地主采取保护政策。另外，还扶植新生地主阶级分子，朱元璋一谓武官曰：‘听从开垦荒田，以为己业，’文官拨典职田，召佃耕种，送纳子粒，以代俸禄。”对作战有功的将领，朱元璋还经常赐田。这样，就扶植出了一批新权贵，出身于贫苦农民的起义军将领，很快成为新生的地主阶级分子。第二，招降纳叛，重用地主阶级知识分子。攻占应天后，由于朱元璋明确宣布“贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之。”因此，许多在元朝统治下失意的知识分子，也纷纷应聘投到朱元璋的门下，特别是刘基、宋濂、章溢、叶琛所谓“四先生”来到应天后，江南地主知识分子来投者更多，为此，朱元璋特设“礼贤馆”接待。对地主阶级知识分子的任用上，最初还比较警惕，不让他们掌握实权，对他们的建议，也不一定采纳，但渡江之后，“所克城池，得元朝官吏及儒士尽用之”，朱元璋的感情便逐渐发生了变化，从而对他们也一个个加以重用，都安排到重要官位上。如李善长、宋思颜担任了江南行中书省的参议，陶安、孙炎、孔克仁、孙宪等充省官。李善长深得信任，“军机进退，赏罚章程，多决于善长。”秦从龙曾任元和林行省左丞、江南行台侍御史，后避兵乱在镇江闲居，徐达破镇江，朱元璋即令其寻访致意，后又以朱文正、李文忠为代表用白金、文绮往聘，秦从龙到应天时，朱元璋亲至龙江迎接，随后“事无大小，悉与咨谋，密书漆板问答，左右皆不知。上称先生而不名，……